คริสตจักรโรมันคาทอลิกในประเทศไทย หรือที่ชาวคาทอลิกเรียกโดยย่อว่า พระศาสนจักรในประเทศไทย เป็นประชาคมของคริสต์ศาสนิกชนนิกายโรมันคาทอลิก มีการปกครองตนเองภายใต้การควบคุมของสันตะสำนัก ตามสถิติคาทอลิกในประเทศไทย พ.ศ. 2559 มีชาวคาทอลิกอยู่ราว 379,347 คน และมีโบสถ์คาทอลิก 506 แห่ง
ปาโดรอาโด เป็นสัญญาที่ทำขึ้นระหว่างคริสตจักรคาทอลิกกับรัฐคาทอลิกในยุโรป ให้รัฐเหล่านั้นมีอำนาจในการบริหารและสนับสนุนคริสตจักรภายในเขตอธิปไตยของตน เมื่อโปรตุเกสและสเปนขยายอาณานิคมไปทั่วโลก ทำให้สิทธิ์ตามสัญญานี้ขยายไปทั่วโลกไปด้วย และทำให้เกิดกรณีพิพาทระหว่างทั้งสองรัฐเพราะต่างก็ต้องการรักษาผลประโยชน์ของตน สมเด็จพระสันตะปาปาอเล็กซานเดอร์ที่ 6 จึงทรงให้แบ่งโลกเป็นสองส่วน แล้วยกดินแดนซีกโลกตะวันออกทั้งหมดให้โปรตุเกสมีอำนาจปกครองทั้งทางการเมืองและทางศาสนา แต่เนื่องจากโปรตุเกสเป็นชาติเล็ก มีประชากรน้อย การปกครองอาณานิคมจำนวนมากจึงต้องอาศัยอาสาสมัครจากต่างชาติเข้าร่วม รวมทั้งงานด้านศาสนาด้วย คริสต์ศาสนาซึ่งเข้าสู่สยามครั้งแรกจึงเป็นนิกายคาทอลิกโดยโปรตุเกส และปรากฏหลักฐานว่ามีมิชชันนารีคู่แรกเป็นบาทหลวงคณะดอมินิกัน 2 ท่าน คือบาทหลวงเยโรนีโมแห่งไม้กางเขน (Jeronimo da Cruz) และบาทหลวงเซบาสตีอาวแห่งกันโต (Sebastiao da canto) ซึ่งเข้ามาอยู่ในกรุงศรีอยุธยาเมื่อปี พ.ศ. 2110 (ค.ศ. 1567) ทั้งสองทำหน้าที่สอนศาสนาให้ชาวโปรตุเกสรวมทั้งชาวพื้นเมืองที่เป็นภรรยา เมื่อท่านทั้งสองเริ่มมีอิทธิพลในสังคมไทยก็ถูกชาวมุสลิมที่อิจฉาริษยาทำร้ายร่างกาย บาทหลวงเยโรนีโมเสียชีวิต ส่วนบาทหลวงเซบาสตีอาวบาดเจ็บสาหัส จึงขอพระบรมราชานุญาตพามิชชันนารีจากมะละกามาเพิ่มเติม ต่อมาจึงมีมิชชันนารี 3 คนทำงานในสยาม ต่อมามิชชันนารีทั้งสามคนเสียชีวิตพร้อมกันเพราะถูกทหารพม่าฆ่าตายขณะกำลังอธิษฐานในอยู่ในโบสถ์ระหว่างการเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่หนึ่งปี ค.ศ. 1569
เมื่อบ้านเมืองเข้าสู่ภาวะปกติ ก็มีมิชชันนารีซึ่งเป็นนักบวชจากคณะนักบวชคาทอลิกต่าง ๆ เข้ามาเผยแพร่ศาสนาในสยาม เช่น คณะดอมินิกัน (ซึ่งเข้ามาก่อนแล้ว) คณะฟรันซิสกัน (ในปี พ.ศ. 2125 หรือ ค.ศ. 1582) คณะเยสุอิต (พ.ศ. 2150 หรือ ค.ศ. 1607) คณะออกัสติเนียน (พ.ศ. 2220 หรือ ค.ศ. 1677)
แม้ว่าจะพยายามเผยแพร่คริสต์ศาสนาในกลุ่มชาวสยาม แต่เนื่องจากปัญหาด้านภาษา และขาดความเข้าใจเรื่องสังคมและวัฒนธรรมท้องถิ่น ประกอบกับการดำเนินงานภายใต้สิทธิปาโดรอาโดของโปรตุเกสมีข้อจำกัด คือมิชชันนารีในอาณัติมีแตกต่างกันไปหลายเชื้อชาติและคณะ ทำให้การดำเนินงานไม่เป็นเอกภาพ และมีการวิวาทกันเองบ่อยครั้ง ทำให้การแผยแพร่กับคนสยามในระยะนี้ไม่ประสบความสำเร็จเท่าที่ควร เหล่ามิชชันนารีจึงหันไปมุ่งงานอภิบาล (pastoral work) คนในอาณัติโปรตุเกสแทน
ปัญหาข้างต้นทำให้สันตะสำนักหาทางแก้ปัญหาโดยตั้งสมณะกระทรวงการเผยแพร่ความเชื่อ (Sacred Congregation for the Propagation of the Faith) หรือ โปรปากันดา ฟีเด (Propaganda Fide) เพื่อให้การเผยแพร่ศาสนาและปกครองคริสจักรที่สิทธิ์ปาโดรอาโดยังไปไม่ถึงได้ขึ้นกับสมณะกระทรวงนี้แต่เพียงแห่งเดียวโดยตรง และเมื่อทราบว่าคริสตจักรทางตะวันออกไกลต้องการให้มีผู้แทนพระสันตะปาปาไปปกครอง สมเด็จพระสันตะปาปาอินโนเซนต์ที่ 10 จึงแต่งตั้งบาทหลวง 3 ท่านเป็นมุขนายกเกียรตินามและผู้แทนพระสันตะปาปาประมุขมิสซังต่าง ๆ ดังนี้
มุขนายกทั้งสามได้ตั้งคณะมิสซังต่างประเทศแห่งกรุงปารีสขึ้นเพื่อฝึกหัดบาทหลวงที่จะไปเป็นมิชชันนารีในภูมิภาคตะวันออกไกล เมื่อมิชชันนารีเหล่านี้เดินทางมาถึงก็ได้ข่าวว่ากำลังมีการเบียนเบียนคริสต์ศาสนิกชนในจีนและญวน คณะทั้งหมดจึงตัดสินใจพำนักที่กรุงศรีอยุธยาเพราะทราบว่ากษัตริย์ไทย (ขณะนั้นคือสมเด็จพระนารายณ์มหาราช) มีไมตรีกับชาติตะวันตก จากนั้นจึงดำเนินการเผยแพร่ศาสนาทันที
การเผยแพร่ศาสนาดังกล่าวได้ก่อให้เกิดความขัดแย้งกับมิชชันนารีฝ่ายปาโดรอาโด มุขนายก ล็องแบร์จึงส่งบาทหลวง ฌ็อง เดอ บูร์ชไปแจ้งปัญหาแก่สันตะสำนัก ในที่สุดโรมจึงตั้งมิสซังสยามขึ้นในปี พ.ศ. 2212 (ค.ศ. 1669) ให้อยู่ภายใต้การปกครองของประมุขมิสซังซึ่งพระคุณเจ้าทั้งสองเลือกเอง จึงถือเป็นการสิ้นสุดยุคปาโดรอาโด
เมื่อสันตะสำนักตั้งมิสซังสยามเป็นเขตผู้แทนพระสันตะปาปาแล้ว ก็ให้มุขนายกทั้งสองท่านอภิเษกบาทหลวงคนหนึ่งขึ้นเป็นผู้แทนพระสันตะปาปาประจำกรุงสยาม (Vicar apostolic of Siam) หรือเรียกอีกอย่างหนึ่งว่าประมุขมิสซังสยาม ทั้งสองตัดสินใจเลือกบาทหลวงหลุยส์ ลาโน (Louis Laneau) ซึ่งเป็นมิชชันนารีในคณะของมุขนายกปาลูว์เป็นประมุขมิสซังสยามคนแรก นับจากนั้นมาก็มีประมุขมิสซังสืบงานต่อมาดังนี้
ในปี พ.ศ. 2384(ค.ศ. 1841) สันตะสำนักได้แบ่งมิสซังสยามออกเป็น 2 เขตผู้แทนพระสันตะปาปา คือมิสซังสยามตะวันออกซึ่งครอบคลุมพื้นที่อาณาจักรสยามและลาว และมิสซังสยามตะวันตกซึ่งครอบคลุมพื้นที่เกาะสุมาตรา แหลมมลายู และพม่าใต้ โดยมุขนายกกูร์เวอซี ย้ายไปเป็นประมุขมิสซังสยามตะวันตก ประจำอยู่ที่สิงคโปร์ ส่วนมิสซังสยามตะวันออกได้อภิเษกบาทหลวงปาลกัว อดีตมุขนายกรองประมุขมิสซัง ขึ้นเป็นประมุขมิสซังสยามตะวันตกแทนสืบมา เขตผู้แทนพระสันตะปาปาประจำมิสซังสยามตะวันออกมีลำดับประมุขดังนี้
ในปี ค.ศ. 1924 มิสซังสยามตะวันออกถูกเปลี่ยนชื่อเป็นมิสซังกรุงเทพฯ มุขนายกแปโรยังรั้งตำแหน่งประมุขมิสซัง และมีประมุขมิสซังกรุงเทพฯ สืบทอดต่อมาอีกดังนี้
ในปี พ.ศ. 2432 (ค.ศ. 1889) สันตะสำนักได้แยกลาวออกไปตั้งเป็นมิสซังลาว ต่อมาปี พ.ศ. 2484 (ค.ศ. 1941) พื้นที่ราชบุรีได้ถูกยกขึ้นเป็นมิสซังเขตผู้แทนพระสันตะปาปา ตามด้วยจันทบุรีก็ได้เป็นมิสซังมิสซังเขตผู้แทนพระสันตะปาปาในปี พ.ศ. 2487 (ค.ศ. 1944) ส่วนมิสซังลาวต่อมาเหลือพื้นที่เฉพาะภาคอีสานของไทยแล้วเปลี่ยนชื่อเป็นมิสซังท่าแร่ ต่อมาในปี ค.ศ. 1953 ได้ตั้งอุบลราชธานีเป็นมิสซังเขตผู้แทนประสันตะปาปาและอุดรธานีเป็นมิสซังเขตหัวหน้าจากสันตะสำนัก ตั้งเชียงใหม่เป็นมิสซังเขตหัวหน้าจากสันตะสำนักในปี ค.ศ. 1959 ทำให้ในช่วงท้ายยุคโปรปากันดาฟีเด ศาสนจักรคาทอลิกในประเทศไทยประกอบด้วยมิสซังถึง 7 มิสซังซึ่งมีสถานะเป็นเขตผู้แทนพระสันตะปาปา 5 มิสซัง และเขตหัวหน้าจากสันตะสำนัก 2 มิสซัง
ตลอดยุคเขตผู้แทนพระสันตะปาปา การเผยแพร่คริสต์ศาสนานิกายโรมันคาทอลิก มีทั้งช่วงที่เป็นปกติเรียบร้อย และช่วงที่ถูกเบียดเบียน สาเหตุเป็นเพราะนิกายคาทอลิกมีภาพลักษณ์ว่าเป็นศาสนาของชาติตะวันตกและเป็นสัญลักษณ์ของอิทธิพลตะวันตกที่แพร่หลายในสังคมไทย เมื่อการเมืองไทยอยู่ในภาวะตึงเครียดเพราะความขัดแย้งกับชาติฝรั่งเศส คริสตจักรคาทอลิกในสยามซึ่งมีผู้ปกครองมิสซังเป็นคนชาติฝรั่งเศสก็ถูกเบียดเบียนไปด้วย เช่น การรัฐประหารตอนปลายรัชกาลสมเด็จพระนารายณ์ มีการกวาดล้างอิทธิพลของฝรั่งเศสในการเมืองไทย ทรัพย์สินของมิสซังสยามได้ถูกยึด มุขนายกลาโน และมิชชันนารีหลายคนถูกจับขังคุกและทรมานร่างกาย เมื่อสถานการณ์กลับสู่ภาวะปกติทุกคนจึงถูกปล่อยตัว และคืนทรัพย์สินให้มิสซัง ต่อมาในปี พ.ศ. (ค.ศ. 1940 - 1941) เกิดกรณีพิพาทอินโดจีนหรือสงครามระหว่างไทย – ฝรั่งเศส ทำให้คนไทยกลุ่มหนึ่งออกมาต่อต้านฝรั่งเศสรวมทั้งศาสนาคริสต์ด้วย มีชาวคาทอลิกถูกข่มเหงต่าง ๆ การเบียดเบียนที่รุนแรงที่สุดคือ การสังหารชาวอีสานคาทอลิก 7 คนที่หมู่บ้านสองคอน โดยมีนักพรตหญิง ฆราวาสหญิง และเด็กรวมอยู่ในนี้ด้วย ต่อมาผู้พลีชีพทั้งหมดได้รับประกาศให้เป็นบุญราศีและเป็นมรณสักขีแห่งสองคอน
นอกจากนี้วิธีการเผยแพร่ศาสนาก็เป็นต้นเหตุสำคัญให้นิกายคาทอลิกถูกต่อต้าน กล่าวคือมิชชันนารีมักใช้วิธีเหยียดหยามศาสนาท้องถิ่น เช่น มีการพิมพ์เผยแพร่หนังสือชื่อ “ปุจฉาวิสัชนา” ซึ่งแต่งโดยมุขนายกลาโน มีเนื้อหาเปรียบเทียบศาสนาคริสต์ – ศาสนาพุทธ ชี้ให้เห็นความเหนือกว่าของศาสนาคริสต์ ดูหมิ่นพุทธศาสนา ทันทีหนังสือเล่มนี้ถูกเผยแพร่เป็นครั้งแรกก็สร้างความไม่พอใจให้กับราชการไทย สมเด็จพระเจ้าอยู่หัวท้ายสระทรงเรียกบาทหลวง 3 คนขึ้นศาลไต่สวน ที่สุดมีพระราชโองการห้ามไม่ให้ใช้ภาษาไทยในการเผยแพร่ศาสนา ห้ามคนไทย มอญ และลาวเข้ารีตศาสนาคริสต์ และห้ามมิให้มิชชันนารีติเตียนศาสนาของคนไทย มิชชันนารีที่ไม่ปฏิบัติตามจะถูกเฆี่ยนแล้วเนรเทศ ส่งผลให้การเผยแพร่ศาสนาแก่คนไทยในยุคนั้นต้องหยุดชะงักไป ต่อมาในรัชกาลที่ 3 มุขนายกปาลกัว ให้พิมพ์หนังสือนี้ออกเผยแพร่อีก พอถึง พ.ศ. 2501 (ค.ศ. 1958) สมัยจอมพลสฤษฎิ์ ก็มีการเผยแพร่หนังสือดังกล่าวอีกครั้ง ตำรวจจึงเรียกบาทหลวง 3 คนไปสอบสวน หนังสือถูกยึด ภายหลังก็สงบลง
แม้คริสตจักรคาทอลิกในประเทศไทยจะประสบปัญหาในบางช่วง แต่โดยภาพรวมก็ถือว่ามีความก้าวหน้าอย่างต่อเนื่อง ช่วงที่ถูกห้ามเผยแพร่ศาสนาให้คนสยาม ก็ได้แผยแพร่ให้คนต่างชาติในสยามแทนจนเกิดโบสถ์คาทอลิกขึ้นหลายแห่ง เช่น โบสถ์คอนเซปชัญของชาวเขมร โบสถ์ซางตาครู้สของชาวจีน เป็นต้น เมื่อได้รับเสรีภาพในการประกาศศาสนาก็ทำให้การดำเนินงานสะดวกขึ้น มีการตั้งโรงเรียน วิทยาลัย และโรงพยาบาลขึ้นหลายแห่งภายใต้การบริหารงานของคณะนักบวชคาทอลิกคณะต่าง ๆ
เมื่อเห็นว่ากิจการของคริสตจักรในประเทศไทยก้าวหน้าเป็นอย่างดี สมเด็จพระสันตะปาปาปอลที่ 6 ก็ได้ยกสถานะมิสซังทั้งหลายในประเทศไทยขึ้นเป็นมุขมณฑล (diocese) เมื่อวันที่ 18 ธันวาคม พ.ศ. 2508 (ค.ศ. 1965) โดยแบ่งเป็นสองภาคคริสตจักร (ecclesiastical province) คือ
ต่อมาได้มีการแยกพื้นที่ทางตอนเหนือของเขตมิสซังกรุงเทพฯ ออกไปกับบางส่วนของเขตมิสซังเชียงใหม่ ตั้งเป็นเขตมิสซังนครสวรรค์ในวันที่ 25 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2510 (ค.ศ. 1967) และแยกภาคใต้ออกจากเขตมิสซังราชบุรีเพื่อตั้งเป็นเขตมิสซังสุราษฎร์ธานีในวันที่ 26 มิถุนายน พ.ศ. 2512 ทั้งสองเขตมิสซังใหม่ยังคงรวมอยู่ในภาคกรุงเทพฯ คริสตจักรคาทอลิกในประเทศไทยจึงประกอบด้วย 10 เขตมิสซังซึ่งล้วนแต่เป็นมุขมณฑลดังเช่นปัจจุบัน
ในระยะแรกบางมิสซังยังมีมุขนายกเป็นชาวต่างชาติอยู่ ต่อมาเมื่อเขตมิสซังมีความพร้อมจึงลาออกเพื่อให้มีมุขนายกใหม่ที่เป็นคนไทย คริสตจักรคาทอลิกในประเทศไทยปัจจุบันจึงได้ดำเนินการด้วยคนไทยเองอย่างสมบูรณ์ แต่ยังต้องรายงานและรับนโยบายสำคัญจากสันตะสำนักด้วยเพื่อความเป็นเอกภาพของคริสตจักรคาทอลิกที่มีอยู่ทั่วโลก
คริสตจักรคาทอลิกในประเทศไทยยังได้รับเกียรติจากพระสันตะปาปาในสองเรื่อง คือ สมเด็จพระสันตะปาปาจอห์น ปอลที่ 2 ได้แต่งตั้งอัครมุขนายกไมเกิ้ล มีชัย กิจบุญชู ประมุขมิสซังโรมันคาทอลิกกรุงเทพฯ ขึ้นเป็นพระคาร์ดินัลซึ่งเป็นสมณศักดิ์สูงสุดในคริสตจักรคาทอลิกรองจากพระสันตะปาปา นับเป็นบาทหลวงชาวไทยคนแรกที่ได้รับเกียรตินี้ พิธีสถาปนาจัดขึ้นเมื่อวันที่ 2 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2526 (ค.ศ. 1983) ต่อมาวันที่ 10-11 พฤษภาคม พ.ศ. 2527 (ค.ศ. 1984) สมเด็จพระสันตะปาปาจอห์น ปอลที่ 2 ได้เสด็จเยือนประเทศไทยอย่างเป็นทางการ นับเป็นครั้งแรกที่ประเทศไทยได้ต้อนรับประมุขแห่งคริสตจักรคาทอลิก ในการนี้ได้ทรงบวชบาทหลวง 23 องค์ด้วย
ศาสนจักรคาทอลิกในประเทศไทยมีสภาประมุขแห่งบาทหลวงโรมันคาทอลิกแห่งประเทศไทยเป็นองค์การปกครองสูงสุด มีสมาชิกซึ่งประกอบด้วยมุขนายกมิสซังต่าง ๆ ทั่วประเทศไทย ปัจจุบันมีพระคุณเจ้าหลุยส์ จำเนียร สันติสุขนิรันดร์ เป็นประธานสภาฯ นอกจากนี้สภาฯ ยังได้ตั้งคณะกรรมการที่ปรึกษา คณะกรรมการฝ่าย และคณะกรรมการคาทอลิกเพื่อกิจการด้านต่าง ๆ ดังนี้