โรงเรียนพรตพิทยพยัต (อังกฤษ: Protpittayapayat school) ก่อตั้งในปี พ.ศ. 2492 ก่อตั้งโดย หลวงพรตพิทยพยัต-ท่านเลี่ยม บุนนาค ผู้อำนวยการคนแรกคือ นายเขียน ขำปัญญา โรงเรียนพรตพิทยพยัตเป็นหนึ่งใน 500 โรงเรียนที่อยู่ในโครงการโรงเรียนมาตรฐานสากล
โรงเรียนพรตพิทยพยัตก่อตั้งบนที่ดิน 1,041 ไร่ของของ คุณหญิงเลี่ยม บุนนาคที่ได้มอบที่ดินให้กระทรวงศึกษาธิการ โดยมีวัตถุประสงค์ให้สร้างสถาบันทางการศึกษาขึ้นในท้องที่เขตลาดกระบังเพื่อให้เยาวชนในเขตลาดกระบังได้มีการศึกษา
เลี่ยม บุนนาค ได้สมรสกับหลวงพรตพิทยพยัต ไม่มีบุตรธิดาด้วยกัน เลี่ยมจึงได้เจริญรอยตามเจตนารมณ์เดิมของเจ้าคุณทหาร คือ ต้องการให้สร้างโรงเรียนขึ้นในท้องที่นี้ ท่านได้สร้างบ้านพักไว้ 1 หลัง ในปี พ.ศ. 2492 กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศตั้งโรงเรียนมัธยมขึ้นในท้องที่ลาดกระบัง ได้ใช้บ้านพักของท่านเลี่ยมเป็นโรงเรียนชั่วคราวและ ตั้งชื่อว่า "โรงเรียนพรตพิทยพยัต" เพื่อเป็นอนุสรณ์แก่ ศ.ดร.หลวงพรตพิทยพยัต ได้เปิดสอนครั้งแรกเมื่อวันที่ 1 สิงหาคม พ.ศ. 2492
ปี พ.ศ. 2500 ท่านเลี่ยมได้มอบที่ดินให้กระทรวงศึกษาธิการ และแบ่งให้โรงเรียนพรตพิทยพยัต จำนวน 200 ไร่ (นอกนั้นให้ใช้เป็นสถานที่ก่อสร้างสถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าเจ้าคุณทหารลาดกระบัง) ต่อมาโรงเรียนพรตพิทยพยัตได้แบ่งที่ดิน จำนวน 63 ไร่ให้แก่วิทยาลัยช่างศิลป์ โรงเรียนพรตพิทยพยัตจึงเหลือที่ดิน 137 ไร่
ศูนย์กีฬาหลวงพรตท่านเลี่ยมก่อสร้างในปี พ.ศ. 2535 กรมสามัญศึกษาได้ยกที่ดิน จำนวน 33 ไร่ ให้กรมพลศึกษา จัดสร้างสนามกีฬาแบบมาตรฐาน โดยจัดสรรงบประมาณต่อเนื่องจนแล้วเสร็จประมาณ 100 ล้านบาทโดยมอบให้โรงเรียนพรตพิทยพยัตดูแลรักษา ภายในศูนย์ประกอบไปด้วย
อุทยานหลวงพรต-ท่านเลี่ยมเป็นสถานที่ที่สำคัญที่สุดภายในโรงเรียนเพราะภายในอุทยานเป็นที่ตั้งของตัว อนุสาวรีย์หลวงพรต-ท่านเลี่ยมเพื่อเป็นอนุสรณ์แก่ท่านทั้งสอง ตัวอนุสาวรีย์เองนั้นวางศิลาฤกษ์ ในวันที่ 9 ธันวาคม พ.ศ. 2525 แต่ตัวอุทยานก่อสร้างในยุคต่อมานำโดย นายเฉลียว พงศาปาน ผู้บริหารในยุคนั้น
ละครเพลงภาษาฝรั่งเศสของโรงเรียนพรตพิทยพยัตจัดแสดงขึ้นในทุกปีโดยกลุ่มการเรียนรู้ภาษาต่างประเทศ เรื่องแรกที่จัดแสดงคือ Rom?o et Juliette ในปี พ.ศ. 2545
กีฬาบุนนาคเกมส์ หรือกีฬาภายในได้มีการจัดการแข่งขันมาตั้งแต่สมัยเริ่มแรกของโรงเรียนแต่ในตอนนั้นยังไม่มีการเรียกชื่ออย่างเป็นทางการจนในปี พ.ศ. 2544 นายเฉลียว พงศาปาน ผู้อำนวยการโรงเรียนในขณะนั้นได้มีการเรียกชื่ออย่างเป็นทางการว่า บุนนาคเกมส์
