โบสถ์น้อยซิสทีน (อังกฤษ: Sistine Chapel; อิตาลี: Cappella Sistina) เป็นโบสถ์น้อยภายในพระราชวังพระสันตะปาปา ซึ่งเป็นที่ประทับอย่างเป็นทางการของพระสันตะปาปาในนครรัฐวาติกัน โบสถ์น้อยซิสทีนมึชื่อเสียงในทางสถาปัตยกรรมเพราะเป็นสถานที่ที่ทำให้ระลึกถึงพระวิหารของพระเจ้าโซโลมอนในพันธสัญญาเดิม, การตกแต่ง, จิตรกรรมฝาผนังโดยจิตรกรผู้มีชื่อเสียงในสมัยฟื้นฟูศิลปวิทยารวมทั้งมีเกลันเจโลผู้วาดเพดานของโบสถ์จนที่เป็นที่เลื่องลือ และสุดท้ายคือความสำคัญในการเป็นสถานที่ทำการประชุมเลือกตั้งพระสันตะปาปาองค์ใหม่
โบสถ์น้อยซิสทีนเป็นที่รู้จักกันดีว่าเป็นสถานที่สำหรับการประชุมเลือกตั้งพระสันตะปาปาองค์ใหม่ ในสมัยสมเด็จพระสันตะปาปาซิกส์ตุสที่ 4ในปลายคริสต์ศตวรรษที่ 15 ผู้มีสิทธิเลือกตั้งมีด้วยกันทั้งหมด 200 คนรวมทั้งนักบวช, เจ้าหน้าที่ของวาติกัน, และผู้นำฆราวาส
ปฏิทินพระสันตะปาปากำหนดไว้ว่าจะต้องมีการทำพิธีทางศาสนา 50 หนต่อปี ในจำนวน 50 หน 35 หนจะเป็นการทำพิธีมิสซา และใน 35 หนนั้น 8 จะทำภายในมหาวิหารนักบุญเปโตรโดยมีผู้ร่วมพิธีเป็นอันมาก ซึ่งรวมทั้งคริสต์มาส และอีสเตอร์มิสซา ในสองโอกาสนี้ผู้เป็นประธานในพิธีจะเป็นองค์พระสันตะปาปาเอง มิสซาอีก 27 ครั้งจะจัดในบริเวณที่เล็กกว่าคือในชาเปลซิสตินซึ่งสร้างบนชาเปลเก่าที่เรียกว่า “กัปเปลลามัจโจเร” ซึ่งใช้ทำพิธีเช่นเดียวกัน
“กัปเปลลามัจโจเร” หรือ โบสถ์น้อยหลัก ได้ชื่อเช่นนั้นเพราะมีโบสถ์น้อยอีกแห่งหนึ่งที่ใช้โดยพระสันตะปาปาสำหรับทำพิธีประจำวัน ในสมัยพระสันตะปาปาซิกส์ตุสที่ 4 เป็นโบสถ์ที่สมเด็จพระสันตะปาปานิโคลัสที่ 5ซึ่งตกแต่งโดยฟราอันเจลีโก “กัปเปลลามัจโจเร” ตามหลักฐานมีมาตั้งแต่ปี ค.ศ. 1368 จากการติดต่อระหว่างพระสันตะปาปาซิกส์ตุสที่ 4 กับ อันเดรียส์แห่งเทรบิซอนด์เมื่อ “กัปเปลลามัจโจเร” ก็อยู่ในสภาพที่เสื่อมโทรมมากก่อนที่จะถูกรื้อทิ้งเพื่อสร้างชาเปลปัจจุบัน
โบสถ์น้อยหลังปัจจุบันออกแบบโดยบาชิโอ พอนเทลลิสำหรับพระสันตะปาปาซิกส์ตุสที่ 4 ซึ่งโบสถ์ได้ตั้งชื่อตาม การก่อสร้างคุมโดย โจวันนี เด ดอลชี ระหว่างปี ค.ศ. 1473 ถึงปี ค.ศ. 1484 ขนาดของชาเปลปัจจุบันเป็นขนาดพอๆ กับชาเปลเดิม หลังจากสร้างเสร็จภายในก็ตกแต่งด้วยจิตรกรรมฝาผนังโดยจิตรกรคนสำคัญๆ ที่สุดของคริสต์ศตวรรษที่ 15 รวมทั้งซันโดร บอตตีเชลลี, กีร์ลันดาโย (Ghirlandaio) และ เปรูจีโน (Perugino)
พิธีมิสซาครั้งแรกภายในชาเปลซิสตินฉลองกันเมื่อวันที่ 9 สิงหาคม ค.ศ. 1483 ซึ่งเป็นวันสมโภชแม่พระรับเกียรติยกขึ้นสวรรค์ และเป็นวันสถาปนาของโบสถ์ซึ่งอุทิศให้พระนางมารีย์พรหมจารี โบสถ์นี้ยังเป็นสถานที่ทำพิธีของพระสันตะปาปาอยู่จนทุกวันนี้ ภายในโบสถ์มีที่สำหรับร้องเพลงสวดซึ่งเป็นที่ ๆ เพลงสวดหลายเพลงเขียนขึ้นที่นี่รวมทั้ง “Miserere (Allegri)” ซึ่งเป็นเพลงสำหรับร้องสดุดีในโอกาสวันพฤหัสบดีศักดิ์สิทธิ์ (Maundy Thursday)
