เสรีภาพทางศาสนาในประเทศต่าง ๆ ไม่ว่าจะมีการปกครองรูปแบบใดก็ให้ความสำคัญแก่เสรีภาพในศาสนาของประชาชนทั้งสิ้น โดยตั้งอยู่บนหลักการพื้นฐานสองประการ คือ
บุคคลย่อมมีเสรีภาพบริบูรณ์ในการถือศาสนา นิกายของศาสนา หรือลัทธินิยมในทางศาสนา และย่อมมีเสรีภาพในการปฏิบัติตามศาสนธรรม ศาสนบัญญัติ หรือปฏิบัติพิธีกรรมตามความเชื่อถือของตน เมื่อไม่เป็นปฏิปักษ์ต่อหน้าที่ของพลเมืองและไม่เป็นการขัดต่อความสงบเรียบร้อยหรือศีลธรรมอันดีของประชาชน ในการใช้เสรีภาพดังกล่าวตามวรรคหนึ่งบุคคลย่อมได้รับความคุ้มครองมิให้รัฐกระทำการใด ๆ อันเป็นการรอนสิทธิหรือเสียประโยชน์อันควรมีควรได้ เพราะเหตุที่ถือศาสนา นิกายของศาสนา ลัทธินิยมในทางศาสนาหรือปฏิบัติตามศาสนธรรม ศาสนบัญญัติ หรือปฏิบัติพิธีกรรมตามความเชื่อถือ แตกต่างจากบุคคลอื่น
เสรีภาพในการเลือกนับถือศาสนาหรือ ความเชื่อ ในที่นี้นั้นหมายรวมถึงเสรีภาพในการยึดมั่นศรัทธาหรือมีความเชื่อที่แตกต่างจากบุคคลอื่น ในหลักการทางศาสนาหรือความเชื่อใด ๆ หรือเสรีภาพที่จะไม่นับถือศาสนาใด ๆ เสรีภาพในการ นับถือศาสนาจำเป็นต้องมีเสรีภาพในการเลือกนับถือศาสนา สิทธิที่จะคงไว้ในความเชื่อถือศรัทธา จึงไม่มีบุคคลใดที่จะถูกบังคับให้เป็นที่เสื่อมเสียแก่เสรีภาพในการเลือกถือศาสนาด้วยมาตรการใด ๆ หรือให้นับถือศาสนาใดศาสนาหนึ่งไม่ว่าโดยทางตรงหรือทางอ้อม
เสรีภาพในการนับถือศาสนาในประเทศไทย มีลักษณะเช่นเดียวกันกับเสรีภาพในเรื่องอื่น ๆ ตามที่บทบัญญัติของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย ได้บัญญัติรับรองไว้ กล่าวคือ เสรีภาพในการนับถือศาสนา โดยเนื้อหาของการใช้เสรีภาพแล้วเป็นเสรีภาพที่สมบูรณ์และไม่อนุญาตให้มีการจำกัดใด ๆ ได้เลย รัฐหรือหน่วยงานของรัฐไม่มีอำนาจแทรกแซงเสรีภาพในการถือศาสนา
สำหรับประเทศไทยนั้นเริ่มกล่าวถึงเสรีภาพต่าง ๆ ไว้ในรัฐธรรมนูญไทยฉบับแรกเมื่อวันที่ 10 ธันวาคม 2475 ได้บัญญัติเกี่ยวกับการรับรองเสรีภาพในการนับถือศาสนาไว้ในมาตรา 13 ของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2475 หมวด 2 ว่าด้วยสิทธิและหน้าที่ของ ชนชาวสยามความว่า “บุคคลย่อมมีเสรีภาพบริบูรณ์ในการ ถือศาสนาหรือลัทธิใด ๆ และย่อมมีเสรีภาพ ในการปฏิบัติพิธีกรรมตามความนับถือของตน เมื่อไม่เป็นการขัดต่อความสงบเรียบร้อยหรือศีลธรรมของประชาชน” แนวความคิดการให้ความคุ้มครองเสรีภาพในการ นับถือศาสนานี้เกิดจากคณะผู้ยกร่างรัฐธรรมนูญ เห็นว่าการให้เสรีภาพในประเทศไทยไม่มีความชัดเจนแน่นอน ซึ่งไม่อาจเป็นการให้หลักประกันของประชาชนได้ จึงจำเป็นต้องบัญญัติไว้ในรัฐธรรมนูญให้ชัดเจน ซึ่งเป็นกฎหมายสูงสุดของประเทศเพื่อเป็นหลักประกันสิทธิเสรีภาพของประชาชนว่าผู้ปกครองจะละเมิดมิได้ และนับตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา รัฐธรรมนูญไทยฉบับ หลัง ๆ ทุกฉบับก็ได้วางหลักประกันสิทธิเสรีภาพ ในศาสนาตลอดมา
รัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทยฉบับปัจจุบันก็ได้บัญญัติรับรองเสรีภาพในการ ถือศาสนาไว้เช่นเดียวกัน แต่มีบางกรณีที่เกิดปัญหาอยู่บ่อยครั้ง คือ กรณีที่ผู้นับถือศาสนาอิสลามที่ศึกษาอยู่ในสถาบันการศึกษาของรัฐที่ต้องแต่งกายโดยหญิงมุสลิมต้องคลุมหน้า (หิญาบ) ตามบทบัญญัติของศาสนาอิสลาม แต่ไม่อาจกระทำได้เนื่องจากผู้บริหารการศึกษาอ้างว่าไม่ได้บัญญัติรับรองไว้ในรัฐธรรมนูญไทย ทำให้เป็นปัญหาแก่ผู้นับถือศาสนาในการปฏิบัติตน จะเห็นได้ว่ารัฐธรรมนูญฉบับปัจจุบันได้บัญญัติขยายความหมายเสรีภาพในศาสนาในรัฐธรรมนูญ ให้มีรายละเอียดชัดเจนขึ้น ส่งผลให้รัฐต้องอำนวยประโยชน์ให้บุคคลได้รับประโยชน์สมดังสิทธิที่ได้ รับรองไว้ และหลักการอีกประการหนึ่งคือ การใช้เสรีภาพจะต้องไม่เป็นปฏิปักษ์ต่อหน้าที่ของพลเมือง และไม่เป็นการขัดต่อความสงบเรียบร้อยหรือศีลธรรมอันดีของประชาชนด้วย หากมีการใช้เสรีภาพที่ไม่ชอบย่อมจะไม่ได้รับความคุ้มครองตามรัฐธรรมนูญ นอกจากนี้รัฐธรรมนูญยังได้วางหลักไว้ว่าบุคคลจะไม่นับถือศาสนาใด ๆ เลยก็ได้ รัฐจะบังคับให้ราษฎรนับถือศาสนาใดศาสนาหนึ่งก็ไม่ได้ และยังได้วางหลักประกันความเป็นธรรมต่อบุคคลที่จะไม่ถูกเลือกปฏิบัติอย่างได้เปรียบหรือเสียเปรียบอันเนื่องมาจากความเชื่อทางศาสนาของตน ที่วางหลักไว้เช่นนี้เป็นการนำกรณีที่เคยมีปัญหาการเลือกปฏิบัติต่อบุคคล มาบัญญัติให้ชัดแจ้งว่าจะเลือกปฏิบัติโดยไม่เป็นธรรมเพราะเหตุความเชื่อทางศาสนาไม่ได้
ในประเทศสหรัฐอเมริกามีบทบัญญัติ เกี่ยวกับเสรีภาพในการนับถือศาสนาในบทแก้ไขเพิ่มเติมรัฐธรรมนูญที่ 1 (Amendment 1) กล่าวไว้ว่า “สภานิติบัญญัติจะต้องไม่ออกกฎหมายรับรอง การจัดตั้งศาสนาใดศาสนาหนึ่งหรือห้ามการปฏิบัติพิธีกรรมทางศาสนาโดยอิสระ” ทำให้เกิดปัญหา ความขัดแย้งกันเบื้องต้นในการพิจารณาของ สภาคองเกรสว่าสภานิติบัญญัติจะออกกฎหมายห้ามการปฏิบัติศาสนกิจโดยเสรีไม่ได้จริง ๆ หรือไม่ทั้งนี้ เนื่องจากบทบัญญัติในรัฐธรรมนูญไม่มีข้อแสดงเงื่อนไขจำกัดเสรีภาพไว้เลย แต่สิทธิของบุคคลที่จะกระทำตามความเชื่อของตนไม่ใช่สิทธิเด็ดขาด รัฐอาจวางข้อจำกัดบางประการเกี่ยวกับการปฏิบัติศาสนกิจได้ ถ้าความเชื่อของเขาไปขัดต่อหน้าที่ทางสังคมหรืออาจเป็นอันตรายต่อสังคม
แต่อย่างไรก็ดีในเรื่องนี้ เป็นเรื่องที่ยังมีข้อโต้เถียงกันมากและมีผู้ให้ความเห็น ซึ่งต่างกันออกไป แต่ศาลสูงของสหรัฐได้สร้างข้อจำกัดเสรีภาพดังกล่าวไว้อย่างเป็นทางการในคดี United States V. O’Brien โดยศาลได้ให้เหตุผลในการจำกัดเสรีภาพในการปฏิบัติศาสนาว่า จะต้องนำมาเปรียบเทียบกับประโยชน์ของรัฐหรือประโยชน์มหาชน (Government Interrest) ประโยชน์ของรัฐย่อมมีความสำคัญมากกว่า และรัฐสามารถปฏิบัติกิจการบางอย่างได้ตามรัฐธรรมนูญหากประโยชน์นั้น มีความสำคัญ มากพอ กล่าวคือถ้าประโยชน์ของรัฐมิได้กระทบต่อเสรีภาพในการนับถือศาสนาอย่างเด่นชัด รัฐก็ควรมีความชอบธรรมที่จะปฏิบัติเพื่อประโยชน์ของส่วนรวมได้
ในประเทศเยอรมันได้มีการคุ้มครองเสรีภาพในการนับถือศาสนาไว้โดยถือตามหลักทั่วไปยอมรับว่า การใช้เสรีภาพของบุคคลย่อมต้องมีขอบเขตและเสรีภาพในการนับถือศาสนาแม้จะไม่มีกฎหมายจำกัดขอบเขตไว้อย่างชัดเจน แต่ในบางกรณี การใช้เสรีภาพของบุคคลมีความจำเป็นที่จะต้อง อยู่ภายใต้เงื่อนไขบางประการ ถ้าเสรีภาพนั้นขัดกับเสรีภาพพื้นฐานในเรื่องอื่นหรือกระทบต่อสังคมเพราะหลักการของสิทธิพื้นฐานย่อมมีหลักประกันว่าทุกคนในสังคมมีสิทธิที่จะมีชีวิตในสิทธิพื้นฐานตราบเท่าที่การใช้เสรีภาพของบุคคลในสิทธิเหล่านี้ไม่ละเมิดสิทธิหรือประโยชน์ของบุคคลอื่น แต่ถ้าในกรณีที่มีความขัดแย้งกันระหว่างสิทธิพื้นฐาน ศาลจะพิจารณาถึงประโยชน์และความจำเป็นทั้งสองด้านเพื่อความสมดุลในผลกระทบที่เกิดขึ้นระหว่างสิทธิทั้งสอง
เคยมีคดีตัวอย่างที่เกิดขึ้นจริง เป็นคดีการใช้เสรีภาพในศาสนาของโบสถ์เกี่ยวกับการตีระฆังในตอนเช้าวันอาทิตย์ ศาลต้องทำให้เกิดดุลยภาพกับสิทธิของบุคคลที่อยู่บริเวณใกล้กับโบสถ์ที่อาจจะถูกรบกวนโดยเสียงระฆัง และศาลจะต้องไม่ล่วงละเมิดคุณค่าพื้นฐานของการใช้เสรีภาพที่จะตีระฆังได้แต่ทั้งนี้เพื่อไม่ให้กระทบประโยชน์ของบุคคลอื่นอาจจะปรับในเรื่องเวลาในการตีระฆังเป็นการตีเพื่อบอกเวลาแทน
