นิกายเพรสไบทีเรียน (อังกฤษ: Presbyterianism) เป็นหนึ่งในนิกายในศาสนาคริสต์ฝ่ายโปรเตสแตนต์ที่มีต้นกำเนิดที่สกอตแลนด์ ยึดถือแนวคิดทางเทววิทยาแบบลัทธิคาลวิน และมีการจัดระเบียบองค์การแบบเพรสไบทีเรียน หลักเทววิทยาแบบเพรสไบทีเรียนเน้นเรื่องอำนาจอธิปไตยของพระเจ้า สิทธิอำนาจของคัมภีร์ไบเบิล และการรับพระคุณจากพระเจ้าได้โดยศรัทธาในพระเยซูเท่านั้น ในสกอตแลนด์วิธีการปกครองคริสตจักรของเพรสไบทีเรียนได้รับการรับประกันตามพระราชบัญญัติสหภาพ ค.ศ. 1707
นิกายเพรสไบทีเรียนสมัยใหม่สืบเค้าไปได้ถึงการปฏิรูปศาสนาในสกอตแลนด์ คริสตจักรท้องถิ่นแต่ละแห่งปกครองโดยคณะธรรมกิจซึ่งมาจากตัวแทนของคริสตจักรนั้น ในทางทฤษฎีนิกายนี้ไม่มีการแต่งตั้งบิชอป แต่มีการสถาปนาโดยเลือกตั้งคณะผู้ปกครองขึ้นเพื่อทำหน้าที่อภิบาลคริสต์ศาสนิกชนหรือสมาชิกคริสตจักร รวมไปถึงการตัดสินใจต่าง ๆ ในคริสตจักร มีมัคนายกทำหน้าที่ดูแลสมาชิกและครอบครัวและส่วนมากดูแลเรื่องการเงินของคริสตจักร ผู้ปกครองและมัคนายกจะมีวาระการประจำการ วาระละ 2-3 ปี แล้วแต่คริสตจักรนั้น ๆ จะกำหนด ตำแหน่งผู้ปกครองเมื่อได้รับการสถาปนาแล้วจะอยู่ในศาสนศักดิ์นั้นตลอดชีพ
นิกายเพรสไบทีเรียนมีต้นกำเนิดมาจากการปฏิรูปศาสนาในยุโรปช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 16 ซึ่งมีฌ็อง กาลแว็งเป็นหนึ่งในนักปฏิรูปคนสำคัญ คริสตจักรปฏิรูปส่วนมากสืบมีวิธีการปกครองที่สามารถสืบย้อนไปได้ทั้งแบบเพรสไบทีเรียนและคองกรีเกชันแนล ในคริสต์ศตวรรษที่ 20 คริสตจักรเพรสไบทีเรียนหลายแห่งเริ่มมีบทบาทในขบวนการคริสต์ศาสนสัมพันธ์ เช่น การตั้งสภาคริสตจักรสากล บางคริสตจักรในนิกายนี้ยังเริ่มหันมาทำงานร่วมกับคริสตจักรปฏิรูปกลุ่มอื่น ๆ บ้างก็เข้าร่วมกลุ่มกับนิกายอื่นเลย เช่น คริสตจักรคองกรีเกชันแนล ลูเทอแรน แองกลิคัน และเมทอดิสต์
นิกายเพรสไบทีเรียนไม่ใช่โปรเตสแตนต์กลุ่มแรกที่เข้ามาในประเทศไทย แต่สามารถทำพันธกิจได้เจริญรุ่งเรืองเป็นปึกแผ่น คณะเพรสไบทีเรียนจึงผลักดันให้คริสต์ศาสนิกชนนิกายโปรเตสแตนต์ในไทยรวมกลุ่มกันตั้งคริสตจักรของตนเองขึ้นเป็นอิสระ จนปี พ.ศ. 2477 จึงตั้งคริสตจักรในสยาม ต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็นสภาคริสตจักรในประเทศไทย ในปี พ.ศ. 2500 คณะเพรสไบทีเรียนจึงถ่ายโอนงานและทรัพย์สินของคณะให้แก่สภาคริสตจักร จากนั้นคริสตจักรอื่น ๆ เช่น คริสเตียนเชิร์ช (ดิสไซเปิลส์ออฟไครสต์) ก็เริ่มเข้าร่วมตาม นิกายเพรสไบทีเรียนในประเทศไทยปัจจุบันจึงสังกัดสภาคริสตจักรในประเทศไทย
