เครื่องกำจัดเกลือ (อังกฤษ: Desalter) เป็นกระบวนการหนึ่งในโรงกลั่นน้ำมันเพื่อแยกเกลือออกจากน้ำมันดิบ โดยใช้หลักการใช้น้ำทำการละลายเกลือในน้ำมันดิบและแยกน้ำซึ่งจะละลายเกลือออกจากกัน โดยใช้การสร้างสนามแม่เหล็กขึ้นเพื่อใช้ตรึงแยกหยดน้ำซึ่งละลายเกลือออกจากน้ำมันดิบ โดยปกติแล้ว กระบวนการกำจัดเกลือมักจะเป็นกระบวนการแรกในการกลั่นน้ำมัน
เครื่องกำจัดเกลือสามารถแบ่งออกได้เป็น 2 ประเภท คือ แบบศักย์คงที่ และแบบมีการเปลี่ยนแปลงศักย์ตามช่วงการทำงาน เพื่อป้องกันไม่ให้เกลือแร่หลุดออกไปทำปฏิกิริยากลายเป็นกรด ทำให้เกิดการกัดกร่อนกับระบบซึ่งเป็นโลหะ
คำว่า "เครื่องกำจัดเกลือ" สามารถหมายถึง เครื่องทำน้ำทะเลให้เป็นน้ำจิด ซึ่งสามารถบำบัดน้ำกร่อยที่เกิดจากเกษตรกรรม โดยเป็นการทำน้ำให้สะอาดสำหรับการบริโภคของคนและสัตว์ หรือเพื่อลดความเค็มของน้ำก่อนที่จะผ่านพรมแดนระหว่างประเทศ ซึ่งมักจะเป็นเงื่อนไขในสนธิสัญญาระหว่างประเทศ เครื่องกำจัดเกลือยังถูกใช้ในการบำบัดน้ำในอ่างเก็บน้ำบาดาลในพื้นที่อันได้รับผลกระทบจากฝูงปศุสัตว์
