เขมรอิสระ (Khmer Issarak; ภาษาเขมร: ???????????) เป็นกลุ่มต่อต้านฝรั่งเศสและกลุ่มชาตินิยมเขมร ก่อตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2488 โดยได้รับการสนับสนุนจากรัฐบาลไทย จุดประสงค์เพื่อต่อต้านการเป็นอาณานิคมของฝรั่งเศสและจัดตั้งรัฐเขมรที่เป็นเอกราช อย่างไรก็ตาม ภายในกลุ่มมีความแตกแยกทางความคิดมาก สุดท้ายทำให้สมาชิกแยกตัวออกไป สมาชิกของกลุ่มนี้หลายคนมีบทบาทสำคัญในสงครามกลางเมืองกัมพูชา
เขมรอิสระเริ่มจัดตั้งครั้งแรกใน พ.ศ. 2483 โดย ปก พอลกุณในกรุงเทพฯ ซึ่งเป็นเวลาเดียวกันที่เซิง งอกทัญเข้าไปขอความช่วยเหลือจากญี่ปุ่นในการต่อต้านฝรั่งเศส ต่อมา ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2483 ไทยได้เข้ายึดครองพระตะบอง และเสียมราฐจากฝรั่งเศสในกรณีพิพาทอินโดจีนฝรั่งเศส และญี่ปุ่นได้เข้ามาไกล่เกลี่ยในต้น พ.ศ. 2484 และต่อมา ปก พอลกุณได้เป็น ส.ส. ในจังหวัดพระตะบองของไทยด้วย
เขมรอิสระกลุ่มใหญ่อีกกลุ่มหนึ่งจัดตั้งโดยอดีตพระภิกษุ 2 รูปคือพระอาจารย์สก (ต่อมาคือ ตู สามุต) และพระอาจารย์เมียน (ต่อมาคือ เซิง งอกมิญ) หลังจากการเรียกร้องเอกราชในพนมเปญเมื่อ 20 กรกฎาคม พ.ศ. 2485 อาจารย์เมียนเดินทางไปยังกำปงชนัง และจัดตั้งกองกำลังติดอาวุธเพื่อต่อสู้ อาจารย์สกซึ่งเป็นครูสอนภาษาบาลีในพนมเปญได้เข้าร่วมใน พ.ศ. 2485 หลังจากที่มีการโจมตีใน พ.ศ. 2488 และมีการทิ้งระเบิดโดยกองทัพอากาศสหรัฐ กลุ่มของเซิง งอกมิญได้เข้าร่วมกับเวียดมิญและจัดตั้งพรรคคอมมิวนิสต์กัมพูชาเมื่อ พ.ศ. 2488 ทั้งเซิง งอกมิญและตู สามุต ทำงานร่วมกันในพรรคคอมมิวนิสต์อินโดจีนในเวียดนาม ซึ่งเวียดมิญเข้ามาเป็นผู้นำในการปฏิวัติเดือนสิงหาคมหลังจากญี่ปุ่นประกาศยอมแพ้สงคราม และรับกลุ่มของชาวขแมร์กรอมในเวียดนามใต้เข้าร่วมด้วย
กลุ่มของปก พอลกุณที่ไทยสนับสนุนอ่อนกำลังลงใน พ.ศ. 2489 และไทยก็ถูกฝ่ายสัมพันธมิตรบังคับให้คืนดินแดนที่ได้มาหลังกรณีพิพาทอินโดจีนให้แก่ฝรั่งเศส ไทยหันไปสนับสนุนกลุ่มของดาบ ฌวนและพระนโรดม จันทรังสีในการต่อต้านฝรั่งเศส แต่การรัฐประหารในประเทศไทยเมื่อ พ.ศ. 2490 ทำให้การสนับสนุนของไทยอ่อนแอลง ในขณะที่เวียดมิญได้แทกรแซงมาจากทางเหนือและตะวันออกของกัมพูชาเพื่อต่อต้านฝรั่งเศส
ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2491 เขมรอิสระได้จัดตั้งคณะกรรมการปลดปล่อยประชาชนเขมรโดยดาบ ฌวนเป็นประธาน ผู้นำของขบวนการนี้ 11 คน เป็นฝ่ายนิยมเวียดมิญถึง 5 คน แม้ว่าดาบ ฌวนจะเป็นกลุ่มที่ต่อต้านคอมมิวนิสต์ แต่ก็มีผู้ที่นิยมเวียดมิญและมีบทบาทสำคัญอยู่ 2 คนคือ เซียว เฮงและหลานของเขาคือฬง บุนเรต (ต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็น นวน เจีย) ซึ่งต่อมาได้เป็นผู้นำอันดับสองของพรรคคอมมิวนิสต์กัมพูชา
ในช่วงนี้ เวียดมิญเข้ามามีบทบาทเหนือขบวนการเขมรอิสระมากขึ้น ทำให้คอมมิวนิสต์แบบเวียดนามแพร่หลายทางตะวันออกของประเทศ มีการฝึกการสู้รบแบบกองโจรจากเวียดนาม และชาวกัมพูชาจำนวนมากถูกส่งเข้าอบรมทางการเมือง เพื่อเรียนรู้เกี่ยวกับลัทธิมาร์ก-เลนิน และความร่วมมือกับเวียดนาม ในอีกด้านหนึ่งของประเทศ เซิง งอกมิญได้กลับจากประเทศไทยพร้อมนำอาวุธเข้ามาในกัมพูชา ใน พ.ศ. 2490 เขาได้ตั้งคณะกรรมการปลดปล่อยกัมพูชาตะวันตกเฉียงใต้ อย่างไรก็ตาม ในสงครามกลางเมืองกัมพูชา พ.ศ. 2513 – 2518 บริเวณดังกล่าวนี้เป็นฐานกำลังที่สำคัญของพรรคคอมมิวนิสต์กัมพูชา และเป็นฐานที่สำคัญของพล พตด้วย ทั้งนี้ ใน พ.ศ. 2491กัมพูชาตะวันตกเฉียงใต้เป็นเขตอิทธิพลของเขมรอิสระ
ใน พ.ศ. 2492 มีผู้นำของเขมรอิสระบางคนยอมรับข้อเสนอของฝรั่งเศสและยอมวางอาวุธ จึงแยกตัวออกไป ส่วนที่เหลือได้จัดตั้งขบวนการที่เน้นความรุนแรง กลุ่มของดาบ ฌวนได้ขับไล่กลุ่มของเซียว เฮง และกลุ่มฝ่ายซ้ายออกไป ปรับองค์กรเป็นคณะกรรมการปลดปล่อยแห่งชาติเขมรที่มีพระนโรดม จันทรังสีเป็นผู้นำกองทัพ ตู สามุตและฝ่ายซ้ายอื่นๆแยกไปจัดตั้งสมาคมเขมรอิสระ ที่มีความเกี่ยวข้องกับเวียดมิญมาก ต่อมา ดาบ ฌวนมอบตัวต่อฝ่ายฝรั่งเศส ส่วนพระนโรดม จันทรังสีแยกตัวไปเข้าร่วมกับฝ่ายขวาที่ต่อต้านราชวงศ์ของเซิง งอกทัญ คือกลุ่มเขมรเสรี
การต่อสู้ในฐานะองค์กรหนึ่งเดียวของเขมรอิสระมีความสำคัญในฐานะขบวนการชาตินิยมและขบวนการคอมมิวนิสต์ นอกจากจะเป็นเพราะสมาชิกในขบวนการนี้ ต่อมาได้เข้าร่วมกับระบอบสังคมของพระนโรดม สีหนุ และพรรคคอมมิวนิสต์กัมพูชาในยุคต่อมาแล้ว ยังเป็นกลุ่มที่เน้นการสู้รบแบบกองโจร
ผู้นำเขมรอิสระที่นิยมฝ่ายขวาส่วนใหญ่จะเข้าร่วมกับกลุ่มของพระนโรดม สีหนุหลังจากได้รับเอกราช ดาบ ฌวนที่เคยมีอิทธิพลในเสียมราฐ ได้เข้าร่วมกับพระนโรดม สีหนุ และต่อมาถูกประหารชีวิตใน พ.ศ. 2502 หลังจากถูกกล่าวหาว่ามีส่วนร่วมในการวางแผนก่อรัฐประหาร กลุ่มฝ่ายขวาที่ไม่เข้าร่วมกับพระนโรดม สีหนุคือกลุ่มเขมรเสรีของเซิง งอกทัญที่ต่อต้านราชวงศ์ ผู้นำฝ่ายทหารส่วนใหญ่ของเขมรอิสระเข้าร่วมกับพรรคคอมมิวนิสต์กัมพูชาระหว่างสงครามกลางเมืองกัมพูชา และรวมเข้ากับกัมพูชาประชาธิปไตยของเขมรแดงใน พ.ศ. 2519
