นครชัยศรี เป็นอำเภอหนึ่งในจังหวัดนครปฐม มีประวัติศาสตร์เก่าแก่ มีเรื่องราวบันทึกไว้ตั้งแต่สมัยสุโขทัยเป็นราชธานี ค้นพบโบราณวัตถุจำนวนหนึ่งในบริเวณอำเภอนครชัยศรี ปัจจุบันนครชัยศรีนับเป็นแหล่งท่องเที่ยวที่สำคัญแห่งหนึ่งของจังหวัดนครปฐม และอยู่ไม่ไกลจากกรุงเทพมหานคร
ในสมัยกรุงศรีอยุธยาเป็นราชธานี พื้นที่อำเภอนครชัยศรีเคยเป็นที่ตั้งเมืองนครชัยศรี ในรัชสมัยสมเด็จพระเจ้าจักรพรรดิ (พ.ศ. 2091-2111) โปรดให้สร้างเมืองใหม่ แขวงเมืองราชบุรีจึงถูกแบ่งพื้นที่บางส่วนรวมกับพื้นที่บางส่วนของแขวงเมืองสุพรรณบุรี ตั้งเป็นเมืองนครชัยศรี เพื่อรองรับพลเมืองไทยที่หนีสงครามระหว่างไทยกับพม่าที่เริ่มมาตั้งแต่รัชสมัยสมเด็จพระชัยราชาธิราช (พ.ศ. 2077-2089) ไปอยู่ตามป่าเขา ให้กลับเข้ามาเป็นกำลังของพระนครยามมีศึก โดยมีตัวเมืองอยู่ใต้ปากคลองบางแก้ว (ห่างจากตัวอำเภอปัจจุบันประมาณ 2 กิโลเมตร) เดิมนั้นสังกัดกรมมหาดไทย ภายหลังได้โอนไปสังกัดกรมท่า
ครั้นเมื่อมีการปรับปรุงการปกครองใหม่ เมื่อ พ.ศ. 2437 ในรัชกาลที่ 5 มีการจัดตั้งกระทรวงมหาดไทยขึ้น และจัดรูปการปกครองเป็นมณฑลเทศาภิบาล เมืองนครชัยศรีได้โอนไปสังกัดกระทรวงมหาดไทย และตั้งมณฑลขึ้นโดยรวมเมืองนครชัยศรี สมุทรสาคร และสุพรรณบุรีไว้ในมณฑลเดียวกัน เรียกว่า มณฑลนครชัยศรี มีที่ตั้งอยู่ ณ เมืองนครชัยศรี ครั้นในสมัยรัชกาลที่ 6 ได้ยุบมณฑลนครชัยศรีลง เมืองนครชัยศรีเดิมถูกเปลี่ยนเป็นอำเภอนครชัยศรี ขึ้นอยู่กับจังหวัดนครปฐม