ยุคแรกคือยุคราชวงศ์สะเทิม อาณาจักรสุธรรมวดี มีกษัตริย์ปกครอง 57 พระองค์ เริ่มจากสมัยพระเจ้าสีหราชา มาจนถึงสมัยพระเจ้ามนูหา เชื่อว่ายุคนี้ครอบครองพื้นที่ได้ ทั้งอาณาจักรทวารวดีและอาณาจักรสะเทิม ยุคแรกสิ้นสุดลงเมื่อพระเจ้าอโนรธาแห่งพุกาม ยกทัพมาตีเมืองสะเทิมในสมัยพระเจ้ามนูหา ซึ่งนักประวัติศาสตร์ไทยบางท่านเชื่อว่าพระเจ้าอโนรธาน่าจะยกมาตีถึงนครปฐม
ยุคที่สองคือยุคราชวงศ์เมาะตะมะ-พะโค(Hanthawaddy Kingdom) เริ่มจากสมัยที่พม่าซึ่งอ่อนแอจากการรุกรานของมองโกล พระเจ้าวารีรูหรือพระเจ้าฟ้ารั่ว (มะกะโท) ได้ทรงกอบกู้เอกราชมอญจากพม่าและสถาปนา"อาณาจักรมอญอิสระ"พระองค์มีมเหสีเป็นราชธิดาของพ่อขุนรามคำแหง กษัตริย์ของไทย มีศูนย์กลางการปกครองอยู่ที่เมืองเมาะตะมะ ต่อมาในสมัยพญาอู ได้ย้ายราชธานีมาอยู่ ณ เมืองพะโคหรือหงสาวดี ราชบุตรของพระองค์คือพญาน้อย ซึ่งต่อมาก็คือพระเจ้าราชาธิราช ผู้ทำสงครามยาวนานกับกษัตริย์พม่าในสมัยพระเจ้าซวาส่อแก กับสมัยพระเจ้ามีงคอง(คนไทยเรียกว่า พระเจ้าฝรั่งมังฆ้อง ในหนังสือเรื่อง ราชาธิราช) ขุนพลสำคัญของพระเจ้าราชาธิราช ก็คือ สมิงพระราม ละกูนเอง และแอมูน-ทยา ในสมัยของพระเจ้าราชาธิราชนั้นหงสาวดีกลายเป็นศูนย์กลางทางการค้าที่ใหญ่โต ทางแถบอ่าวเบงกอล มีเมืองท่าที่สำคัญหลายแห่ง อาณาจักรมอญยุคนี้เจริญสูงสุดในสมัยพระนางเชงสอบูและสมัยพระเจ้าธรรมเจดีย์ หลังจากนั้นในสมัยพระเจ้าทาคายุพินหงสาวดีก็เสียแก่พระเจ้าตะเบ็งชะเวตี้
ยุคที่สามยุคฟื้นฟู(Restored Hanthawaddy Kingdom) พ.ศ. 2283 สมิงทอพุทธิเกศ กู้เอกราชคืน มาจากพม่าได้สำเร็จ และได้ยกทัพไปตีเมืองอังวะ ใน ปีพ.ศ. 2290 พระยาทะละ ได้ครองอำนาจแทนสมิงทอพุทธิเกศ ขยายอาณาเขตอย่างกว้างขวาง ทำให้อาณาจักรพม่าสลายตัวลง จนในปี พ.ศ. 2300 พระเจ้าอลองพญา ก็กู้อิสรภาพของพม่ากลับคืนมาได้ ทั้งยังได้โจมตีมอญ กษัตริย์องค์สุดท้ายของมอญคือ พระเจ้าพญามองธิราช มอญตกอยู่ภายใต้อำนาจพม่า จนกระทั่งทุกวันนี้
