อาณาจักรปัตตานี (มาเลย์: ?????? ?????; Kerajaan Patani) ตั้งอยู่ทางตอนใต้ของประเทศไทย ในพื้นที่จังหวัดปัตตานี ยะลา และนราธิวาสในปัจจุบัน ไม่มีข้อสรุปแน่ชัดว่าอาณาจักรปัตตานีถือกำเนิดขึ้นเมื่อใด และใครเป็นผู้ก่อตั้ง แต่น่าจะมีความสืบเนื่องไปถึงสมัยลังกาสุกะ ซึ่งมีอายุราวพุทธศตวรรษที่ 11 เดิมอาณาจักรปัตตานีนับถือศาสนาพุทธนิกายมหายาน แต่ในราวพุทธศตวรรษที่ 21 ได้เริ่มเปลี่ยนไปนับถือศาสนาอิสลาม และมีความเจริญรุ่งเรืองมาก โดยบางช่วงอาณาจักรแผ่ขยายครอบคลุมถึงกลันตันและตรังกานู ตอนกลางของมาเลเซีย แต่หลังการสิ้นสุดราชวงศ์ศรีวังสา อาณาจักรปัตตานีก็เริ่มเสื่อมลง จนตกอยู่ในอำนาจของสยามในปี พ.ศ. 2329 และกลายเป็นเมืองขึ้นเรื่อยมาจนถึงปี พ.ศ. 2445 ก็ถูกรวมเข้าเป็นส่วนหนึ่งของสยามประเทศ
เมืองปัตตานีพัฒนาขึ้นมาจากหมู่บ้านเล็กๆ ริมฝั่งทะเล เมื่อมีเรือสินค้ามาจอดแวะอยู่บ่อยๆ เมืองก็ขยายตัวออกไป มีผู้คนมาอาศัยหนาแน่น รายาศรีวังสาจึงย้ายเมืองหลวงจาก "โกตามะห์ลิฆัย" เมืองหลวงเก่ามายังปัตตานี สมัยนั้นการติดต่อกับต่างชาติ โดยเฉพาะอินเดียและอาหรับได้ส่งผลสำคัญคือการยอมรับนับถือศาสนาอิสลามโดยตามตำนานกล่าวว่าชาวปาไซทำการรักษาอาการป่วยของรายาอินทิราที่ไม่มีใครสามารถรักษาให้หายได้ พระองค์จึงยินยอมรับนับถือศาสนาอิสลาม และการดัดแปลงอักษรอาหรับเป็นอักษรยาวี นอกจากนี้ยังติดต่อกับอาณาจักรอยุธยาอย่างใกล้ชิด พ.ศ. 2106 พม่ายกทัพมาล้อมกรุงศรีอยุธยา รายามุซซอฟาร์ได้ส่งทัพไปช่วย แต่เมื่อมาถึงปรากฏว่ากองทัพปัตตานีกลับบุกเข้าไปในเมือง แม้จะยึดพระราชวังไว้ได้ แต่สุดท้ายก็ถูกตีตอบโต้กลับมา รายามุซซอฟาร์สิ้นพระชนม์ขณะยกทัพกลับ พระศพถูกฝังไว้ที่ปากอ่าวริมแม่น้ำเจ้าพระยา โอรสของพระองค์จึงได้ชื่อว่า รายาปาเตะสิแย จากเหตุการณ์นี้ทำให้ความสัมพันธ์กับอยุธยาตกต่ำลง ขณะที่เหตุการณ์ภายในก็เต็มไปด้วยการแย่งชิงอำนาจในหมู่เครือญาติเรื่อยมา จนกระทั่งไม่มีผู้สืบทอดอำนาจหลงเหลือ บัลลังก์รายาจึงตกเป็นของสตรีในที่สุด
อาณาจักรปัตตานีในช่วงสมัยรายาฮีเยา(พ.ศ. 2127-2159) ถึงรายากูนิง (พ.ศ. 2178-2231) ซึ่งล้วนเป็นกษัตรีย์ ถือเป็นอาณาจักรของชาวมลายูที่มี ความรุ่งเรืองมากที่สุด หลังจากมะละกาตกเป็นเมืองขึ้นของโปรตุเกส ทำให้ปัตตานีกลายเป็นศูนย์กลางการค้าขายและมีความรุ่งเรืองมาก ดังบันทึกของชาวต่างชาติว่า
“พลเมืองปัตตานีมีชายอายุ 16-60 ปี อยู่ถึง 150,000 คน เมืองปัตตานีมีผู้คนหนาแน่น เต็มไปด้วยบ้านเรือน บ้านเรือนราษฎรนับตั้งแต่ประตูราชวังถึงตัวเมืองปลูกสร้างเรียงรายไม่ขาดระยะ หากว่ามีแมวเดินบนหลังคาบ้านหลังแรกไปยังหลังสุดท้าย ก็เดินได้โดยไม่ต้องกระโดดลงบนพื้นดินเลย”
ในสมัยรายาฮิเยา การติดต่อค้าขายกับต่างชาติเจริญรุ่งเรืองมาก มีเรือสินค้าเข้ามาเทียบท่าอย่างไม่ขาดสาย และเริ่มการค้ากับฮอลันดา สเปน และอังกฤษเป็นครั้งแรก พระองค์ยังพระราชทานพระขนิษฐาอูงูแก่สุลต่านแคว้นปาหัง เพื่อคานอำนาจกับแคว้นยะโฮร์ ต่อมาในสมัยรายาบีรู ปัตตานีและกลันตันรวมตัวกันเป็นสหพันธรัฐปตานี และทรงพระราชทานพระธิดากูนิง ธิดาของพระขนิษฐาอูงูกับสุลต่านแคว้นปาหัง แก่ออกญาเดโช บุตรเจ้าเมืองนครศรีธรรมราช
แต่หลังจากรายาบีรูสวรรคตในปี 2167 รายาอูงูซึ่งเสด็จกลับมาจากปาหังก็ตัดสัมพันธ์กับอยุธยา ทรงยุติการส่งบรรณาการแด่อยุธยา ยกทัพตีเมืองพัทลุงและนครศรีธรรมราช พระนางยังให้พระธิดากูนิง ภรรยาของออกญาเดโช อภิเษกกับสุลต่านแคว้นยะโฮร์ ด้วยเหตุเหล่านี้ทำให้พระเจ้าปราสาททองทรงส่งกองทัพเข้าโจมตีเมืองปัตตานีในปี พ.ศ. 2177 แต่ไม่อาจเอาชนะได้ เมื่อถึงปี พ.ศ. 2178 รายาอูงูเสด็จสวรรคต นำไปสู่การเจริญสัมพันธไมตรีที่แน่นแฟ้นของ 2 อาณาจักรขึ้นใหม่ในช่วงสั้นๆ ปัตตานีส่งดอกไม้เงินดอกไม้ทองแก่อยุธยาตามเดิม และรายากูนิงเสด็จเยือนกรุงศรีอยุธยา ในปี พ.ศ. 2184 แต่ความสัมพันธ์กับกลันตันกลับตกต่ำลง ราชวงศ์ศรีวังสาสิ้นสุดลง เมื่อกองทัพกลันตันยกทัพตีเมืองปัตตานีแตกในปี พ.ศ. 2231 รายากูนิงเสด็จหนีไปแคว้นยะโฮร์ และสิ้นพระชนม์ลงระหว่างทางที่แคว้นกลันตัน หลังจากนั้นมาอาณาจักรปัตตานีก็ไม่สามารถกลับมารุ่งเรืองได้อย่างเก่าอีก และอยู่ภายใต้การปกครองของกลันตัน เศรษฐกิจที่ซบเซาทำให้อาณาจักรอ่อนแอลง
ในปี พ.ศ. 2329 รัชกาลที่ 1 ทรงยกทัพตีเมืองปัตตานีไว้ได้ ปัตตานีจีงเป็นประเทศราชของสยามตั้งแต่บัดนั้น กองทัพสยามยึดเอาทรัพย์สมบัติและปืนใหญ่ที่หล่อในสมัยรายาบีรูไป 3 กระบอก แต่เหลือมาถึงกรุงเทพเพียง 1 กระบอก คือปืนใหญ่พญาตานี ปัจจุบันอยู่หน้ากระทรวงกลาโหม แต่ความไม่พอใจปกครองของชาวสยาม ก่อให้เกิดกบฏครั้งใหญ่ 4 ครั้ง ในปี พ.ศ. 2334 และ พ.ศ. 2351 ในสมัยรัชกาลที่ 2 ทรงแยกอาณาจักรปัตตานีเป็น 7 หัวเมือง และในปี พ.ศ. 2374 และ พ.ศ. 2381 ในสมัยรัชกาลที่ 3 ทรงตัดสินพระทัยให้ราชวงศ์กลันตันปกครองปัตตานีต่อมา กระทั่งปีพ.ศ. 2445 รัชกาลที่ 5 ทรงเตรียมการปกครองแบบมณฑลเทศาภิบาล การปกครองโดยราชวงศ์กลันตันจึงยุติลง และถือเป็นปีสิ้นสุดของอาณาจักรปัตตานี ซึ่งกลายเป็นส่วนหนึ่งของสยามโดยสมบูรณ์ มณฑลปัตตานีก่อตั้งขึ้นในปีพ.ศ. 2449 แต่ถึงปีพ.ศ. 2466 ชาวบ้านจำนวนมากก็ออกมาชุมนุมประท้วงข้าราชการและเจ้าหน้าที่ในท้องถิ่น รัชกาลที่ 6 จึงทรงออกพระบรมราโชบายสำหรับมณฑลปัตตานี เมื่อ 2 กรกฎาคม พ.ศ. 2466 ไว้ 6 ข้อเพื่อแก้ไขความไม่เป็นธรรมของเจ้าหน้าที่และข้าราชการ และนำไปสู่การยุบมณฑลปัตตานีเป็น 3 จังหวัด คือ ปัตตานี ยะลา และนราธิวาส จนถึงทุกวันนี้
แต่ถึงกระนั้นยังคงมีการชุมนุมประท้วงการปกครองจากรัฐบาลอยู่เสมอ เช่น พ.ศ. 2482 จอมพล ป. พิบูลสงครามได้จัดตั้งสภาวัฒนธรรม บังคับให้ประชาชนสวมหมวก แต่งกายแบบไทย ทำตามวัฒนธรรมไทย ห้ามพูดภาษามลายู ฯลฯ รวมกับการกดขี่จากเจ้าหน้าที่รัฐจนลุกลามไปเป็นกบฏดุซงญอในพ.ศ. 2491 มีผู้เสียชีวิตกว่า 400 คน และการประท้วงของชาวบ้านกว่า 3 หมื่นคน ในพ.ศ. 2528 เมื่อกระทรวงศึกษาธิการออกคำสั่งให้ประดิษฐานพระพุทธรูปในโรงเรียน และอีก 3 ปีต่อมา ก็ออกคำสั่งห้ามคลุมศีรษะ(ฮิญาบ) เข้าสถานศึกษา หรือ กรณีมัสยิดกรือเซะ ที่มีผู้เสียชีวิต 107 คน และเหตุการณ์ตากใบ ซึ่งมีผู้เสียชีวิตอีกกว่า 84 คน ซึ่งก่อนหน้านั้นได้มีการยักหยอกปืนของหลวงเพื่อใช้ก่อความไม่สงบ
"ปัตตานี ดารุสสลาม" (????? ? ????????) มีความหมายว่า "ปัตตานี นครรัฐแห่งสันติภาพ" ได้เป็นนามเรียกขานภายหลังการเข้ารับอิสลามของสุลต่าน อิสมาอีล ชาห์ ซิลลุลลอฮฺ ฟิลอาลัม (ชื่อเดิมคือ พญาตูนักปาอินทิรามหาวังสา) ในราวปี ค.ศ.1457
