อัลกออิดะฮ์ (อาหรับ: القاعدة, ออกเสียง: [ælqɑːʕɪdɐ]; แปลว่า ฐาน, รากฐาน) เป็นองค์กรข้ามชาติของกลุ่มนักรบอิสลามนิกายซุนนี ซึ่งเป็นที่ยอมรับกันอย่างกว้างขวางว่า เป็นองค์กรผู้ก่อการร้าย ถูกก่อตั้งในปี ค.ศ. 1988 โดยอุซามะฮ์ บิน ลาดิน, อับดุลลาห์ อัซซัม (Abdullah Azzam) และทหารอาสาสมัครชาวอาหรับอีกหลายคนในช่วงสงครามโซเวียต–อัฟกานิสถาน
อัลกออิดะฮ์ได้ดำเนินในฐานะเครือข่ายของกลุ่มอิสลามหัวรุนแรงและกลุ่มนักรบญิฮาดิสต์ซาลาฟิสต์ องค์กรนี้ถูกกำหนดให้เป็นกลุ่มก่อการร้ายโดยคณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติ องค์การสนธิสัญญาแอตแลนติกเหนือ (เนโท) สหภาพยุโรป (อียู) สหรัฐอเมริกา จีน สหราชอาณาจักร รัสเซีย อินเดียและประเทศอื่น ๆ อีกหลายประเทศ อัลกออิดะฮ์ได้เข้าโจมตีเป้าหมายที่ไม่ใช่ทางทหารและเป้าหมายทางทหารในหลายประเทศ รวมทั้งเหตุระเบิดสถานเอกอัครราชทูตสหรัฐ ค.ศ. 1998 วินาศกรรม 11 กันยายน และเหตุระเบิดที่บาหลี ค.ศ. 2002
รัฐบาลสหรัฐได้ตอบสนองต่อเหตุการณ์วินาศกรรม 11 กันยายนด้วยการเปิดฉาก "สงครามต่อต้านการก่อการร้าย" ซึ่งได้พยายามที่จะบ่อนทำลายอัลกออิดะฮ์และพันธมิตร การเสียชีวิตของผู้นำคนสำคัญ รวมทั้งอุซามะฮ์ บิน ลาดิน ซึ่งได้นำปฏิบัติการของอัลกออิดะฮ์เพื่อเปลี่ยนจากการจัดระเบียบจากบน-ล่างและวางแผนการโจมตี เพื่อนำไปสู่การวางแผนโจมตีที่ดำเนินดารโดยเครือข่ายที่ดูหละหลวมของกลุ่มที่มีความเกี่ยวข้องและผู้ดำเนินปฏิบัติการอย่างหมาป่าเดียวดาย อัลกออิดะฮ์นั้นมีลักษณะโดยเฉพาะคือการจัดการการโจมตี ซึ่งรวมถึงการโจมตีแบบพลีชีพ และการวางระเบิดหลายเป้าหมายพร้อมกัน อุดมการณ์ของอัลกออิดะฮ์นั้นได้คาดหวังถึงการกำจัดอิทธิพลจากต่างชาติทั้งหมดในประเทศมุสลิม
อัลกออิดะฮ์ได้มีความเชื่อว่า ความเป็นพันธมิตรของชาวคริสเตียน-ชาวยิวกำลังสมคบคิดที่จะทำลายล้างอิสลาม ในฐานะนักรบญิฮาดิสต์ซาลาฟิสต์ สมาชิกของอัลกออิดะฮ์ได้มีความเชื่อว่า การสังหารผู้ที่ไม่ใช่นักรบจะได้รับบทลงโทษทางศาสนา อัลกออิดะฮ์ยังได้คัดค้านสิ่งที่ถือว่าเป็นกฏหมายที่มนุษย์สร้างขึ้น และต้องการแทนที่ด้วยรูปแบบของกฏหมายชะรีอะฮ์ที่เข้มงวด
อัลกออิดะฮ์ได้ดำเนินการโจมตีผู้คนจำนวนมากมายที่ถือว่าเป็นพวกกาฟิร (ผู้ปฏิเสธ) นอกจากนี้ยังเป็นผู้รับผิดชอบในการยุยงปลุกปั่นก่อให้เกิดความรุนแรงการแบ่งแยกท่ามกลางหมู่ชาวมุสลิม อัลกออิดะฮ์ได้ถือว่าชาวมุสลิมที่มีแนวคิดเสรีนิยม นิกายชีอะฮ์ นิกายศูฟี และนิกายอื่น ๆ เป็นพวกนอกรีต และสมาชิกและพวกเห็นพ้องต้องกันได้เข้าโจมตีมัสยิดและการชุมนุมของพวกเขา ตัวอย่างการโจมตีต่อนิกายอื่น ๆ ได้แก่ การสังหารหมู่อาชูรออ์ ค.ศ. 2004 การวางระเบิดในเมืองซาร์ดซิตี้ ค.ศ. 2006 การวางระเบิดที่กรุงแบกแดก เมื่อเดือนเมษายน ค.ศ. 2007 และการวางระเบิดที่ชุมชนชาวยาซีดิ ค.ศ. 2007
ภายหลังการเสียชีวิตของอุซามะฮ์ บิน ลาดินในปี ค.ศ. 2011 กลุ่มนี้อยู่ภายใต้การนำโดยชาวอียิปต์นามว่า อัยมัน อัซเซาะวาฮิรีจนกระทั่งเขาเสียชีวิตในปี ค.ศ. 2022 และในปี ค.ศ. 2021 ได้มีรายงานว่า ได้ประสบปัญหาจากความเสื่อมโทรมของกองบัญชาการส่วนกลางในการปฏิบัติการระดับภูมิภาค
คำว่าอัลกออิดะฮ์เป็นภาษาอาหรับหมายถึงมูลนิธิ ที่มั่น บิน ลาดินให้สัมภาษณ์แก่วารสาร al Jazeera ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2544 ว่าคำว่าอัลกออิดะฮ์นี้ใช้ตั้งแต่สมัยที่กลุ่มมุญาฮิดีนต่อสู้กับสหภาพโซเวียตโดยเรียกค่ายฝึกว่าอัลกออิดะฮ์ คำว่าอัลกออิดะฮ์นำมาใช้เป็นครั้งแรกโดยกระทรวงยุติธรรมของสหรัฐอเมริกา เมื่อเดือนมกราคม พ.ศ. 2544 ในการสอบสวนผู้ต้องหาสี่คนที่นิวยอร์กจากคดีการวางระเบิดสถานทูตสหรัฐในแอฟริกาตะวันออกเมื่อ พ.ศ. 2541 ต่อมาในเดือนเมษายน พ.ศ. 2545 กลุ่มนี้ปรากฏในชื่อกออิดะฮ์ อัล ญิฮาด (ที่มั่นแห่งญิฮาด)
จุดกำเนิดของกลุ่มเริ่มขึ้นภายในไม่กี่สัปดาห์หลังโซเวียตรุกรานอัฟกานิสถานใน พ.ศ. 2522 โดยบริหารของชาวอาหรับจากต่างประเทศในชื่อมุญาฮิดีน สนับสนุนทางการเงินโดยบิน ลาดินและการบริจาคของชาวมุสลิม สหรัฐมองว่าการรุกรานอัฟกานิสถานของโซเวียตเป็นส่วนหนึ่งของสงครามเย็น หน่วยสืบราชการลับได้ให้ความช่วยเหลือกลุ่มดังกล่าวผ่านทางปากีสถาน อัลกออิดะฮ์พัฒนาจากกลุ่ม Maktab al-Khadamat ที่เป็นส่วนหนึ่งของมุญาฮิดีน สมาชิกส่วนใหญ่เป็นทหารชาวปาเลสไตน์ และได้รับการสนับสนุนจากสหรัฐเช่นเดียวกับมุญาฮิดีนกลุ่มอื่น ๆ การสู้รบดำเนินไป 9 ปี จนสหภาพโซเวียตถอนตัวออกจากอัฟกานิสถานใน พ.ศ. 2532 รัฐบาลสังคมนิยมของ โมฮัมเหม็ด นาจิบุลลอห์ ถูกมุญาฮิดีนล้มล้าง แต่เนื่องจากผู้นำกลุ่มมุญาฮิดีนไม่สามารถตกลงกันได้ ความวุ่นวายจากการแย่งชิงอำนาจจึงตามมา
หลังจากสงครามต่อต้านโซเวียตในอัฟกานิสถานสิ้นสุดลงนักรบมุญาฮิดีนบางกลุ่มต้องการขยายการต่อสู้ออกไปทั่วโลกในนามนักรบอิสลามเช่นความขัดแย้งในอิสราเอลและแคชเมียร์ หนึ่งในความพยายามนี้คือการตั้งกลุ่มอัลกออิดะฮ์โดยบิน ลาดินใน พ.ศ. 2531
เมื่อสงครามในอัฟกานิสถานสิ้นสุดลง บิน ลาดินเดินทางกลับสู่ซาอุดีอาระเบีย เมื่อเกิดการรุกรานคูเวตของอิรักใน พ.ศ. 2533 บิน ลาดินได้เสนอให้ใช้นักรบมุญาฮิดีนของเขาร่วมมือกับกษัตริย์ฟาฮัด เพื่อปกป้องซาอุดีอาระเบียจากการรุกรานของอิรักที่อาจจะเกิดขึ้น แต่ราชวงศ์ซาอุดีอาระเบียปฏิเสธและหันไปอนุญาตให้สหรัฐเข้ามาตั้งฐานทัพในซาอุดีอาระเบีย ทำให่บิน ลาดินไม่พอใจ เพราะเขาไม่ต้องการให้มีกองทหารต่างชาติในดินแดนศักดิ์สิทธิ์ของศาสนาอิสลาม (คือเมกกะและเมดีนา) การที่เขาออกมาต่อต้านทำให้เขาถูกบีบให้ไปซูดานและถูกถอนสัญชาติซาอุดีอาระเบีย
ใน พ.ศ. 2534 แนวร่วมอิสลามแห่งชาติซูดานขึ้นมามีอำนาจและเชื้อเชิญกลุ่มอัลกออิดะฮ์ให้ย้ายเข้ามาภายในประเทศ อัลกออิดะฮ์เข้าไปประกอบธุรกิจในซูดานเป็นเวลาหลายปี และสนับสนุนเงินในการสร้างทางหลวงจากเมืองหลวงไปยังท่าเรือซูดาน พ.ศ. 2539 บิน ลาดินถูกบีบให้ออกจากซูดานเนื่องจากแรงกดดันของสหรัฐ เขาจึงย้ายกลุ่มอัลกออิดะฮ์ไปตั้งมั่นในเมืองจะลาลาบาด อัฟกานิสถาน
การประกาศเอกราชของบอสเนีย-เฮอร์เซโกวีนาออกจากยูโกสลาเวียในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2534 ทำให้เกิดความขัดแย้งทางเชื้อชาติและศาสนาแห่งใหม่ในยุโรปในบอสเนีย ชนส่วนใหญ่เป็นมุสลิมแต่ก็มีชาวเซิร์บที่นับถือศาสนาคริสต์นิกายกรีกออร์ทอดอกซ์และชาวโครแอตนับถือศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิก ทำให้เกิดความขัดแย้งที่เป็นสามเส้าขึ้น โดยเซอร์เบียและโครเอเชียหนุนหลังชาวเซิร์บและชาวโครแอตที่มีเชื้อชาติเดียวกันตามลำดับ เหล่านักรบอาหรับในอัฟกานิสถานเห็นว่าสงครามในบอสเนียเป็นโอกาสอันดีที่จะปกป้องศาสนาอิสลาม ทำให้กลุ่มต่าง ๆ เหล่านี้ รวมทั้งอัลกออิดะฮ์เข้าร่วมในสงคราม ตั้งเป็นกลุ่มมุญาฮิดีนบอสเนีย โดยนักรบส่วนใหญ่เป็นชาวอาหรับไม่ใช่ชาวบอสเนีย
การลงนามในข้อตกลงวอชิงตันในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2537 ทำให้สงครามระหว่างบอสเนีย-โครแอตสิ้นสุดลง กลุ่มมุญาฮิดีนยังสู้รบกับชาวเซิร์บต่อไป จนกระทั่งบันทึกสันติภาพเดย์ตันในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2538 ทำให้สงครามสิ้นสุดลง และเหล่านักรบต่างชาติถูกบีบให้ออกนอกประเทศ ส่วนผู้ที่แต่งงานกับชาวบอสเนียหรือไม่มีที่กลับได้รับสัญชาติบอสเนียและอนุญาตให้อยู่ต่อไปได้
หลังจากการถอนตัวของสหภาพโซเวียต อัฟกานิสถานอยู่ในสภาพวุ่นวายถึง 7 ปี จากการสู้รบของกลุ่มที่เคยเป็นพันธมิตรกัน ในช่วง พ.ศ. 2533 มีกลุ่มใหม่เกิดขึ้นคือกลุ่มตาลีบันหรือตอลิบาน (แปลตามตัว = นักเรียน) เป็นกลุ่มเยาวชนที่เกิดในอัฟกานิสถานยุคสงครามได้รับการศึกษาในโรงเรียนสอนศาสนาอิสลาม (มัดรอซะ; madrassas) ในเมืองกันดะฮาร์ หรือค่ายผู้อพยพตามแนวชายแดนปากีสถาน-อัฟกานิสถาน
ผู้นำของตอลิบาน 5 คนจบการศึกษาจากโรงเรียนสอนศาสนาอิสลาม Darul Uloom Haqqania ใกล้กับเมืองเปศวาร์ในปากีสถาน แต่ผู้เข้าเรียนส่วนใหญ่เป็นผู้อพยพจากปากีสถาน โรงเรียนนี้สอนศาสนาตามลัทธิซาลาฟีย์ และได้รับการสนับสนุนจากชาวอาหรับโดยเฉพาะบิน ลาดิน ชาวอาหรับในอัฟกานิสถานและตอลิบานมีความเกี่ยวพันกันมาก หลังจากโซเวียตถอนตัวออกไป ตอลิบานมีอิทธิพลมากขึ้นจนสามารถก่อตั้งรัฐอิสลามอัฟกานิสถาน ใน พ.ศ. 2537 ตอลิบานเข้ายึดครองพื้นที่ในเมืองกันดะฮาร์และเข้ายึดกรุงคาบูลได้เมื่อเดือนกันยายน พ.ศ. 2539
หลังจากซูดานได้บีบให้บิน ลาดินและกลุ่มของเขาออกนอกประเทศ เป็นเวลาเดียวกับที่ตอลิบานมีอำนาจในอัฟกานิสถาน บิน ลาดินจึงเข้าไปตั้งมั่นในเขตจะลาลาบาด ในเวลานั้นมีเพียงปากีสถาน ซาอุดีอาระเบีย และสหรัฐอาหรับเอมิเรตส์เท่านั้นที่ยอมรับว่าตอลิบานเป็นรัฐบาลของอัฟกานิสถาน บิน ลาดินพำนักในอัฟกานิสถาน จัดตั้งค่ายฝึกนักรบมุสลิมจากทั่วโลก จนกระทั่งรัฐบาลตอลิบานถูกขับไล่โดยกองกำลังผสมภายในประเทศร่วมกับกองทหารสหรัฐใน พ.ศ. 2544 หลังจากนั้นเชื่อกันว่า บิน ลาดินยังคงพำนักกับกลุ่มตอลิบานในบริเวณชายแดนปากีสถาน
พ.ศ. 2536 Ramzi Yousef ผู้นำคนหนึ่งของอัลกออิดะฮ์ ใช้การวางระเบิดในรถยนต์ โจมตีตึกเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์ในนิวยอร์ก แต่ไม่สำเร็จ และ Yousef ถูกจับในปากีสถาน แต่ก็เป็นแรงดลใจให้กลุ่มของบิน ลาดิน ทำสำเร็จเมื่อ 11 กันยายน พ.ศ. 2544
อัลกออิดะฮ์เริ่มสงครามครูเสดใน พ.ศ. 2539 เพื่อขับไล่กองทหารต่างชาติออกไปจากดินแดนอิสลามโดยต่อต้านสหรัฐและพันธมิตร 23 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2541 บิน ลาดินและ Ayman al-Zawahiri ผู้นำของกลุ่มญิฮาดอียิปต์และผู้นำศาสนาอิสลามอีกสามคน ร่วมลงนามใน “ฟัตวาห์”, หรือคำตัดสินภายใต้ชื่อแนวร่วมอิสลามโลกเพื่อญิฮาดต่อต้านยิวและครูเสด (World Islamic Front for Jihad Against the Jews and Crusaders; ภาษาอาหรับ: al-Jabhah al-Islamiyya al-'Alamiyya li-Qital al-Yahud wal-Salibiyyin)โดยประกาศว่าเป็นหน้าที่ของชาวมุสลิมทุกประเทศในการสังหารชาวสหรัฐและพันธมิตรทั้งทหารและพลเรือนเพื่อปลดปล่อยมัสยิดอัลอักซาในเยรูซาเลมและมัสยิดศักดิ์สิทธิ์ในเมกกะ หลังจากนั้นได้เกิดการวางระเบิดสถานทูตสหรัฐในแอฟริกาตะวันออกภายในปีเดียวกัน มีผู้เสียชีวิต 300 คน ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2543 เกิดระเบิดพลีชีพในกองทัพเรือสหรัฐในเยเมน
การก่อวินาศกรรม 11 กันยายน ทำให้สหรัฐและเนโทออกมาต่อต้านอัลกออิดะฮ์ และฟัตวาห์ พ.ศ. 2541 การโจมตีครั้งนี้ถือเป็นวินาศภัยครั้งใหญ่ในประวัติศาสตร์สหรัฐอเมริกา มีผู้เสียชีวิตเกือบ 3,000 คน รวมทั้งความเสียหายจากการพังทลายของตึกเวิลด์เทรดเซ็นเตอร์และตึกเพนตากอนถูกทำลายลงไปบางส่วน หลังจากนั้น สหรัฐได้มีปฏิบัติการทางทหารโต้ตอบเรียกร้องให้ มุลลาห์ โอมาร์ ผู้นำตอลิบานส่งตัวบิน ลาดินมาให้ แต่ตอลิบานเลือกที่จะส่งตัวบิน ลาดินให้ประเทศที่เป็นกลาง สหรัฐจึงส่งกองทัพอากาศทิ้งระเบิดทำลายที่มั่นที่เชื่อว่าเป็นแหล่งกบดานของอัลกออิดะฮ์ และส่งปฏิบัติการทางทหารภาคพื้นดินร่วมกับพันธมิตรฝ่ายเหนือเพื่อล้มล้างรัฐบาลตอลิบาน
หลังจากถูกกวาดล้าง กลุ่มอัลกออิดะฮ์พยายามรวมตัวอีกครั้งในเขต Gardez แต่ยังคงถูกโจมตีจากฝ่ายสหรัฐ ในช่วงต้นปี พ.ศ. 2545 กองทัพอัลกออิดะฮ์ถูกทำลายจนลดประสิทธิภาพลงมาก ซึ่งเป็นความสำเร็จในขั้นต้นของการรุกรานอัฟกานิสถาน อย่างไรก็ตาม ตอลิบานยังมีอิทธิพลอยู่ในอัฟกานิสถาน และผู้นำคนสำคัญของอัลกออิดะฮ์ยังไม่ถูกจับ ใน พ.ศ. 2547 สหรัฐกล่าวอ้างว่าจับตัวผู้นำของอัลกออิดะฮ์ได้ 2 – 3 คน แต่อัลกออิดะฮ์ก็ยังดำเนินกิจกรรมต่อไปได้
บิน ลาดิน เริ่มให้ความสนใจอิรักตั้งแต่สงครามอ่าวเปอร์เซียครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2533 อัลกออิดะฮ์ติดต่อกับกลุ่มมุสลิมชาวเคิร์ด Ansar al-islam ใน พ.ศ. 2542 ระหว่างการรุกรานอิรักใน พ.ศ. 2546 อัลกออิดะฮ์ให้ความสนใจเป็นพิเศษ หน่วยทหารของอัลกออิดะฮ์เริ่มวางระเบิดกองบัญชาการของสหประชาชาติและกาชาดสากล พ.ศ. 2547 ฐานที่มั่นของอัลกออิดะฮ์ในเมืองฟาลูยะห์ ถูกโจมตีและปิดล้อมด้วยกองทหารสหรัฐ แต่อัลกออิดะฮ์ยังคงโจมตีทั่วอิรัก แม้จะสูญเสียกำลังคนไปมาก ในระหว่างการเลือกตั้งในอิรัก พ.ศ. 2548 กลุ่มอัลกออิดะฮ์ออกมาประกาศความรับผิดชอบระเบิดพลีชีพ 9 ครั้งในแบกแดด
Abu Musab al-Zarqawi ทหารชาวจอร์แดนเป็นผู้จัดตั้งองค์กร "Jama'at al-Tawhid wal-Jihad" เมื่อ 17 ตุลาคม พ.ศ. 2547 และประกาศเป็นตัวแทนของอัลกออิดะฮ์ในอิรัก หลังจากเขาถูกฆ่าจากการโจมตีทางอากาศโดยสหรัฐเมื่อ 7 มิถุนายน พ.ศ. 2549 ที่ Baqubah เชื่อกันว่า Abu Ayyub al-Masri ขึ้นเป็นผู้นำอัลกออิดะฮ์ในอิรักแทน แม้ว่าการต่อสู้ของอัลกออิดะฮ์ในอิรักยังไม่ประสบผลในการขับไล่กองทหารอังกฤษและสหรัฐ รวมทั้งล้มล้างรัฐบาลของผู้นับถือนิกายชีอะฮ์ แต่ก็ได้สร้างความรุนแรงกระจายไปทั่วประเทศ
เมื่อ 13 กรกฎาคม พ.ศ. 2549 ชายลึกลับอ้างตัวเป็นสมาชิกอัลกออิดะฮ์โทรศัพท์ไปที่นักข่าวท้องถิ่นในศรีนคร ประกาศว่าขณะนี้อัลกออิดะฮ์เข้ามาในแคชเมียร์แล้ว เพื่อปกป้องชนกลุ่มน้อยชาวมุสลิมที่ถูกรัฐบาลอินเดียกดขี่ อย่างไรก็ตาม มีรายงานว่า กลุ่มอัลกออิดะฮ์แทรกซึมเข้ามาในบริเวณนี้ตั้งแต่ก่อนการรุกรานอัฟกานิสถานของสหรัฐ และน่าจะมีความสัมพันธ์กับกลุ่มก่อการร้ายในปากีสถาน
การโอนเงินจากบัญชีของบิน ลาดินจากธนาคารแห่งชาติบาห์เรน จะถูกส่งต่อยังบัญชีผิดกฎหมายที่ไม่แสดงข้อมูลใน Clearstream ซึ่งเป็นแหล่งฟอกเงิน
อัลกออิดะฮ์ไม่ค่อยมีบทบาทในการต่อต้านอิสราเอล ทฤษฎีหนึ่งคือ อัลกออิดะฮ์ไม่ยอมร่วมมือกับกลุ่มนิกายชีอะฮ์ เช่น ฮิซบุลลอฮ์ ซึ่งสนับสนุนการต่อต้านอิสราเอลของปาเลสไตน์ หรือมิฉะนั้น ชาวปาเลสไตน์ไม่ต้องการต่อสู้ภายใต้หลักการของอัลกออิดะฮ์ แต่ต้องการต่อสู้ด้วยหลักการของตนเอง อัลกออิดะฮ์เคยถูกตั้งข้อสงสัยว่าน่าจะมีส่วนในการโจมตีพลเรือนอิสราเอลเมื่อ 28 พฤศจิกายน พ.ศ. 2545 ที่เคนยา เช่น การวางระเบิดโรงแรมที่มีชาวอิสราเอลเข้าพัก หรือพยายามโจมตีเครื่องบิน