อวัยวะ (อังกฤษ: Organ) เป็นกลุ่มของเนื้อเยื่อที่อยู่รวมกันและทำหน้าที่เฉพาะร่วมกัน เนื้อเยื่อดังกล่าวแบ่งออกเป็นเนื้อเยื่อหลัก (main tissues) และเนื้อเยื่อที่กระจัดกระจาย (sporadic tissues) เนื้อเยื่อหลักคือเนื้อเยื่อที่พบเฉพาะในอวัยวะหนึ่งๆ เช่น เนื้อเยื่อหลักในหัวใจคือ กล้ามเนื้อหัวใจ ในขณะที่เนื้อเยื่อกระจัดกระจายคือเนื้อเยื่อประสาท, เลือด, เนื้อเยื่อเกี่ยวพัน เป็นต้น
อวัยวะของสัตว์ทั่วๆ ไป รวมทั้งมนุษย์ ได้แก่ หัวใจ (heart), ปอด (lung), สมอง (brain), ตา (eye), คอ (neck), กระเพาะอาหาร (stomach), ม้าม (spleen), กระดูก (bones), ตับอ่อน (pancreas), ไต (kidney), ตับ (liver), ลำไส้ (intestine), ผิวหนัง (skin) (ซึ่งเป็นอวัยวะที่ใหญ่ที่สุดในมนุษย์), มดลูก (uterus), และกระเพาะปัสสาวะ (urinary bladder) อวัยวะของสัตว์ที่อยู่ภายในร่างกายเรียกว่า อวัยวะภายใน (internal organ หรือ viscera)
อวัยวะของพืชแบ่งออกเป็นอวัยวะที่ไม่เกี่ยวกับเพศ (vegetative organs) และอวัยวะสืบพันธุ์ (reproductive organ) อวัยวะที่ไม่เกี่ยวกับเพศได้แก่ ราก (root), ลำต้น (stem) และใบ (leaf) ส่วนอวัยวะสืบพันธุ์ ได้แก่ ดอก (flower), เมล็ด (seed), และ ผล (fruit)
อวัยวะที่ไม่เกี่ยวกับเพศมีความสำคัญในการดำรงชีวิตของพืช โดยทำหน้าที่ที่สำคัญต่อชีวิต เช่น การสังเคราะห์ด้วยแสง ในขณะที่อวัยวะสืบพันธุ์เกี่ยวข้องกับการสืบพันธุ์ของพืช แต่ในการสืบพันธุ์แบบไม่อาศัยเพศ อวัยวะที่ไม่เกี่ยวกับเพศก็สามารถที่จะงอกเป็นพืชต้นใหม่ได้
กลุ่มของอวัยวะที่เกี่ยวข้องกันเรียกว่า ระบบอวัยวะ (organ system) อวัยวะในระบบเดียวกันอาจมีความสัมพันธ์ร่วมกันได้หลายทาง แต่มักจะมีลักษณะหน้าที่การทำงานเกี่ยวข้องกัน เช่น ระบบขับถ่ายประกอบด้วยอวัยวะหลายอย่างที่ทำหน้าที่ร่วมกันในการผลิต เก็บ และขับปัสสาวะออก
หน้าที่ของระบบอวัยวะมักจะมีหน้าที่ทับซ้อนกัน เช่น ไฮโปทาลามัส (hypothalamus) เป็นอวัยวะที่ทำหน้าที่ทั้งในระบบประสาท (nervous system) และระบบต่อมไร้ท่อ (endocrine system) ทำให้การศึกษาทั้งสองระบบมักจะทำร่วมกันเรียกว่า ระบบประสาทและต่อมไร้ท่อ (neuroendocrine system) เช่นเดียวกันกับ ระบบกล้ามเนื้อและกระดูก (musculoskeletal system) ซึ่งเป็นความเกี่ยวข้องกันระหว่างระบบกล้ามเนื้อ (muscular system) และ ระบบโครงกระดูก (skeletal system)
