อนุกรมวิธาน (อังกฤษ: taxonomy) เป็นการจัดจำแนกสิ่งมีชีวิตออกเป็นหมวดหมู่ตามสายวิวัฒนาการ อนุกรมวิธานเป็นวิชาที่ว่าด้วยกฎเกณฑ์เกี่ยวกับ
ในการศึกษาอนุกรมวิธานจะมีศัพท์ที่ใช้เรียกแตกต่างกันออกไป ถ้าหากการศึกษาเป็นไปในทางรวบรวมตัวอย่าง (specimen) บิดาแห่งTaxonomy คือ Lineus
การจัดหมวดหมู่นี้ จะแบ่งออกเป็น 7 ลำดับชั้น เริ่มตั้งแต่การแบ่งแบบคร่าวๆ ในระดับ Kingdom ซึ่งการแบ่งในระดับนี้ จะแบ่งสิ่งมีชีวิตในโลกได้เพียง 5 ประเภท คือ
ในความเป็นจริงแล้ว การแบ่งสิ่งมีชีวิตในโลกนั้น หนังสือบางเล่มบอกว่ามีมากกว่า 5 อาณาจักร เช่น มีอาณาจักรไวรอยส์ (ไวรัส ไวรอยด์ และสิ่งมีชีวิตที่ไม่เป็นเซลล์) (Kingdom Viroid) แต่อาณาจักรอื่นๆ หรือการแบ่งอาณาจักรแบบอื่นๆ ยังไม่ได้รับการยอมรับจากวงการชีววิทยาเท่าที่ควร ในตำราเรียนของกระทรวงศึกษาธิการ จึงยังใช้การแบ่งแบบ 5 อาณาจักรอยู่
การแบ่งในระดับ Kingdom จะแบ่งสิ่งมีชีวิตได้เพียง 5 ประเภท แต่เมื่อแบ่งในระดับที่ละเอียดขึ้น ก็จะแบ่งได้หลายประเภทมากขึ้น ซึ่งเมื่อแบ่งละเอียดถึงระดับ Species แล้ว สิ่งมีชีวิตในโลกจะแบ่งได้เป็นล้านๆ ประเภท
การเรียกสิ่งมีชีวิตโดยใช้หลักอนุกรมวิธาน จะเรียกโดยเริ่มจาก Kingdom ไป Phylum ไป Class ไป Order ไป Family ไป Genus ไป Species เช่น การจะเรียกมนุษย์สายพันธุ์ปัจจุบันโดยใช้หลักอนุกรมวิธาน จะเรียกได้ดังนี้
ความแตกต่างระหว่างสายพันธุ์ต่างๆ นั้น จะมากหรือน้อยขึ้นอยู่กับว่า การเรียกแบบอนุกรมวิธานนั้นจะแตกต่างในระดับใด เพราะถ้าหากสิ่งมีชีวิตสองชนิด มีความแตกต่างกันที่ระดับหนึ่งๆ แล้ว ระดับที่อยู่ต่ำลงไปก็จะแตกต่างไปด้วยเสมอ เช่น นำสิ่งมีชีวิตสองชนิดเปรียบเทียบกัน พบว่า ตั้งแต่ Kingdom ถึง Family เหมือนกัน แต่ Genus ไม่เหมือนกัน ก็จะพลอยทำให้ Species ไม่เหมือนกันไปด้วย เช่นนี้เป็นต้น
นอกจากนี้ สิ่งมีชีวิตส่วนใหญ่ จะผสมพันธุ์กับสิ่งมีชีวิตที่มีชื่ออนุกรมวิธานเหมือนกันทั้ง 7 ระดับเท่านั้น การผสมข้ามสายพันธุ์จะถูกขัดขวางโดยกระบวนการธรรมชาติ เช่น ฤดูพสมพันธุ์ที่ไม่ตรงกัน, ลักษณะอวัยวะสืบพันธุ์ที่ไม่เหมือนกัน, การอาศัยอยู่ในพื้นที่ๆลักษณะทางภูมิศาสตร์ต่างกัน ฯลฯ แต่ถึงกระนั้น ก็ยังมีบางกรณีที่สิ่งมีชีวิตเกิดการผสมข้ามสายพันธุ์ ซึ่งธรรมชาติก็จะหาทางให้ไม่เกิดการปฏิสนธิ เช่น ให้อวัยวะสืบพันธุ์ของเพศเมีย หากได้รับเชื้อจากเพศผู้ที่ต่าง Species กัน จะหลังสารยับยั้งและฆ่าเชื้อจากตัวผู้ตัวนั้น หรือถ้าสิ่งมีชีวิตบางชนิดไม่มีสารเหล่านี้ จนเชื้อของเพศผู้สามารถเข้าไปได้ ก็จะไม่เกิดการถ่ายทอดยีน เพราะยีนของสิ่งมีชีวิตข้ามสายพันธุ์ไม่เหมือนกัน
แต่ในบางกรณีที่เกิดการปฏิสนธิและออกลูกมาได้จริงๆ จะเรียกว่า ลูกผสม ซึ่งลูกผสมจะมีชะตากรรมอย่างในอย่างหนึ่งใน 3 กรณีต่อไปนี้
จริงๆ แล้ว ยังมีการแบ่งสิ่งมีชีวิตออกเป็น Subspecies ได้อีก แต่ส่วนใหญ่จะพูดถึงกันแค่ระดับ Species เพราะ Subspecies คือการแบ่งประเภทของ Species ต่ออีกรอบ แต่ก็ยังอยู่ใน Species เดียวกัน สิ่งมีชีวิตสามารถผสมข้าม Subspecies ได้ตามปกติโดยไม่ก่อให้เกิดปัญหาใดๆ ความแตกต่างระหว่าง Subspecies น้อยมาก ดังนั้น ส่วนใหญ่จึงพูดถึงกันละเอียดที่สุดที่ระดับ Species
เป็นสิ่งมีชีวิตที่ยังไม่จัดเป็นมนุษย์ แต่ว่าได้เริ่มแยกเผ่าพันธุ์ออกมาจากลิงแล้ว สามารถเดินสองขาได้ ใช้ชีวิตทั้งบนพื้นดินและบนต้นไม้ นับเป็นจุดเริ่มต้นของเผ่าพันธุ์มนุษย์ มีชีวิตในช่วง 3,900,000-2,900,000 ปีก่อน มีชื่อเรียกแบบอนุกรมวิธานดังนี้
จะสังเกตว่า ตั้งแต่ระดับ Kingdom จนถึงระดับ Family รวม 5 ระดับ เหมือนมนุษย์ปัจจุบัน แต่ Genus ต่าง ดังนั้น Species จึงต่างไปด้วย
อาจจะถือได้ว่าในการศึกษาอนุกรมวิธานในประเทศไทย ปรากฏอย่างเป็นทางการครั้งแรกในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 5) ในชื่อ สัตวาภิธาน แต่งโดย พระยาศรีสุนทรโวหาร (น้อย อาจารยางกูร) ซึ่งเป็นคำโคลง เกี่ยวกับการจำแนกสัตว์ที่มีขาหลากหลาย (พหุบาท) ได้แก่ แมลง, แมง และครัสเตเชียน
