องค์การแพทย์ไร้พรมแดน หรือ เอ็มเอสเอฟ (ฝรั่งเศส: M?decins Sans Fronti?res ออกเสียง (วิธีใช้?ข้อมูล) , เมเดอแซ็งส์ซองส์ฟรงตีแยร์; MSF) เป็นองค์การสาธารณประโยชน์ที่ก่อตั้งเพื่อให้ความช่วยเหลือด้านมนุษยธรรม โดยมุ่งช่วยเหลือประเทศที่ตกอยู่ในภาวะสงคราม หรือประเทศกำลังพัฒนาที่ประสบปัญหาโรคระบาด
องค์การแพทย์ไร้พรมแดน ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2514 โดยพัฒนามาจากกลุ่มความช่วยเหลือทางการแพทย์และผ่าตัดโดยรีบด่วน (ฝรั่งเศส: Groupe d'Intervention M?dicale et Chirurgicale en Urgence, กรูปแด็งแตร์ว็องชียงเมดีกาลเอชีรูร์ชีกาลอ็องอูร์ช็องซ์) ซึ่งเป็นกลุ่มแพทย์อาสาสมัครชาวฝรั่งเศส ที่ให้ความช่วยเหลือด้านมนุษยธรรมภายหลังการเกิดสงครามกลางเมืองในประเทศไนจีเรีย (พ.ศ. 2510 - พ.ศ. 2513)
ปัจจุบันบริหารงานโดยคณะกรรมการซึ่งมีสำนักงานอยู่ที่กรุงเจนีวา สวิตเซอร์แลนด์ ดำเนินงานโดยแพทย์ พยาบาลและเจ้าหน้าที่ ประมาณ 3,000 คน ปฏิบัติงานในโครงการต่างๆ สำหรับในสหรัฐอเมริกา องค์การนี้ใช้ชื่อเป็นภาษาอังกฤษว่า Doctors Without Borders
องค์การแพทย์ไร้พรมแดน ได้รับรางวัลโนเบลสาขาสันติภาพประจำปี ค.ศ. 1999 จากการเป็นผู้นำ ให้ความช่วยเหลือด้านการแพทย์ในทวีปต่างๆ
องค์การแพทย์ไร้พรมแดน เข้ามามีบทบาทในประเทศไทยตั้งแต่ปี พ.ศ. 2526 โดยให้ความช่วยเหลือด้านการแพทย์แก่ผู้อพยพแถบชายแดนพม่า และให้ความช่วยเหลือด้านการรักษาวัณโรค ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2542 โรคเอดส์ ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2539
