ช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 สินค้าอุปโภคบริโภคมีแนวโน้มที่ราคาจะสูงขึ้นมาก กระทรวงพาณิชย์จึงได้จัดตั้ง "หอคลังสินค้ากลาง" ในสังกัดกรมการค้าภายใน เมื่อปี พ.ศ. 2485 เพื่อเป็นหน่วยงานหลักในการรักษาระดับราคาสินค้าอุปโภคบริโภค ต่อมาในปี พ.ศ. 2487 ได้เปลี่ยนชื่อเป็น "คลังสินค้ากลาง" และยกฐานะขึ้นเป็น "กองคลังสินค้า" ในปีเดียวกัน แต่ภายหลังสงครามโลกครั้งที่ 2 สงบลง ภารกิจของกองคลังสินค้า จึงเป็นเพียงหน่วยงานที่รับซื้อและจำหน่ายสินค้าทั่วไป กระทั่งในปี พ.ศ. 2497 กระทรวงเศรษฐการ (ชื่อในขณะนั้น) ได้มีนโยบายจัดตั้งฉางข้าวและคลังสินค้า เพื่อรับฝากข้าวและสินค้าเกษตร โดยออกพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งองค์การคลังสินค้า พ.ศ. 2498 ขึ้น
องค์การคลังสินค้า มีวัตถุประสงค์ในการจัดตั้งเพื่อทำกิจการทั้งปวงเกี่ยวกับข้าว พืชผลและสินค้าต่างๆ เพื่อให้จำนวนผลิต คุณภาพ ราคา เหมาะสมและเพียงพอกับความต้องการของรัฐและประชาชนทั่วไป และต่อมาในปี พ.ศ. 2540 ได้มีการแก้ไขพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งองค์การคลังสินค้ากำหนดวัตถุประสงค์ ในการจัดตั้งใหม่คือ “ทำกิจการทั้งปวงเกี่ยวกับสินค้าเกษตรและสินค้าอุปโภคบริโภค รวมทั้งธุรกิจบริการที่เกี่ยวข้องกับสินค้าเกษตรและสินค้าอุปโภคบริโภค”
ในระยะเริ่มต้น องค์การคลังสินค้า ได้รับโอนกิจการมาจากกองคลังสินค้า กระทรวงเศรษฐการ และในปี พ.ศ. 2524 ได้รับโอนทรัพย์สินของโรงงานกระสอบ กรมโรงงานอุตสาหกรรม เข้าด้วยกัน ซึ่งใช้เป็นที่ตั้งของสำนักงานองค์การคลังสินค้า ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2546 เป็นต้นมา
