หมู่เกาะโมลุกกะ (อังกฤษ: Moluccas) หรือ หมู่เกาะมาลูกู (Maluku Islands) เป็นหมู่เกาะในประเทศอินโดนีเซีย และเป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มเกาะมลายู ตั้งอยู่บนแผ่นเปลือกโลกออสเตรเลีย ทางด้านตะวันออกของเกาะซูลาเวซี (เซเลบีส) ทางด้านตะวันตกของเกาะนิวกินี และทางเหนือของติมอร์ ในอดีตนั้น ชาวจีนและชาวยุโรปเรียกหมู่เกาะนี้ว่า หมู่เกาะเครื่องเทศ
พื้นที่ส่วนใหญ่ของเกาะเป็นภูเขา บางส่วนยังเป็นภูเขาไฟที่ยังคุกรุ่นอยู่ และมีสภาพภูมิอากาศที่ชื้น พืชพรรณอุดมสมบูรณ์ แม้จะอยู่บนเกาะที่เล็ก แคบ และล้อมรอบด้วยทะเล อาทิ ป่าฝน สาคู ข้าว และเครื่องเทศต่าง ๆ (เช่น ลูกจันทน์เทศ กานพลู และดอกจันทน์เทศ) ถึงแม้ว่าชาวเมลานีเซียนจะเป็นประชากรส่วนใหญ่แต่เดิมโดยเฉพาะบนเกาะบันดา แต่ก็ถูกสังหารในช่วงศตวรรษที่ 17 การอพยพเข้ามาของชาวมาเลย์ในช่วงต้นของศตวรรษที่ 20 ในช่วงที่ชาวดัตช์ปกครองอยู่ และต่อเนื่องมาจนถึงยุคที่เป็นประเทศอินโดนีเซียแล้ว
ในทางการเมือง หมู่เกาะโมลุกกะเป็นจังหวัดหนึ่งในอินโดนีเซียตั้งแต่ปี พ.ศ. 2493 ถึงปี พ.ศ. 2542 มาลูกูเหนือและฮัลมาเฮรากลางถูกแยกออกเป็นอีกจังหวัดหนึ่ง ดังนั้น หมู่เกาะนี้จึงถูกแบ่งออกเป็น 2 จังหวัด คือ มาลูกู (Maluku) และมาลูกูเหนือ (North Maluku) ระหว่างปี 2542 ถึง 2545 เป็นช่วงที่เกิดความขัดแย้งระหว่างชาวมุสลิมและชาวคริสต์ แต่ก็เพิ่งกลับมาสงบสุขเมื่อไม่กี่ปีที่ผ่านมา
ชื่อ โมลุกกะ นั้น เชื่อว่ามีที่มาจากคำของพ่อค้าชาวอาหรับว่า Jazirat al-Muluk อันมีความหมายว่า "ดินแดนหลายกษัตริย์"[ต้องการอ้างอิง]
หลักฐานทางโบราณคดียุคแรกของเกี่ยวกับการครอบครองดินแดนของมนุษย์เก่าแก่ราว 32,000 ปี แต่หลักฐานเกี่ยวกับการตั้งรกรากที่เก่าแก่กว่าในออสเตรเลีย บ่งชี้ว่ามาลูกูมีผู้มาเยือนก่อนหน้านั้น หลักฐานของความสัมพันธ์ทางการค้าระยะไกลที่เพิ่มขึ้น และการครอบครองเกาะต่างๆ ที่มากครั้งขึ้นนั้นเริ่มต้นขึ้นเมื่อประมาณหมื่นถึงหมื่นห้าพันปีหลังจากนั้น ลูกปัดหินออนิกซ์ (Onyx) และข้อปล้องที่ทำด้วยเงินซึ่งใช้แทนเงินตราในแถบอินเดียราว 200 ปีก่อนคริสตกาลถูกขุดพบในบางเกาะ นอกจากนี้ ภาษาท้องถิ่นมีรากของคำมาจากภาษามาเลย์ในคำที่แปลว่า "แร่เงิน" ขัดแย้งกับคำที่ใช้ในสังคมชาวเมลานีเซียนซึ่งมีที่มาจากภาษาจีน การค้าท้องถิ่นกับจีนจึงน่าจะเกิดขึ้นในช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 5 ถึง 6
โมลุกกะเป็นสังคมที่เกิดจากหลากเชื้อชาติและภาษา ที่ซึ่งพ่อค้าเครื่องเทศจากหลายภูมิภาคเข้ามาอาศัยตั้งรกราก รวมทั้งพ่อค้าชาวอาหรับและจีนที่มาเยือนและใช้ชีวิตในดินแดนแถบนี้
หลังจากการได้รับชัยชนะของชาวโปรตุเกสเหนือมะละกาในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2054 อาฟงซู ดี อัลบูเกร์กี (Afonso de Albuquerque) ได้รู้จักเส้นทางสู่เกาะบันดาและเกาะเครื่องเทศอื่น ๆ และส่ง 3 คณะสำรวจภายใต้การนำของอังตอนีอู ดี อาเบรว (Antonio de Abreu) ซีเมา อาฟงซู บีซีกูดู (Sim?o Affonso Bisigudo) และฟรังซิสกู เซร์เรา (Francisco Serr?o) ในระหว่างเดินทางกลับ เซร์เราประสบเหตุเรือแตกที่เกาะฮีตู ในปี พ.ศ. 2055 ที่นั่น เขาได้ตั้งตนเป็นประมุขปกครองท้องถิ่น และอวดอ้างความสามารถทางการสงครามของตนเอง ประมุขของเกาะข้างเคียงอย่างเตอร์นาตี (Ternate) และตีโดเร (Tidore) ต่างก็ให้ความช่วยเหลือ และยอมให้เข้ามาในอาณาเขตในฐานะผู้ซื้ออาหารและเครื่องเทศ ในระหว่างที่การค้าเครื่องเทศสงบลงชั่วคราว เพราะการกระจัดกระจายของนักเดินเรือชาวชวาและมาเลย์หลังการต่อสู้ในแถบมะละกาเมื่อปี พ.ศ. 2054 การค้าในเอเชียก็กลับฟื้นตัวขึ้นมาใหม่ และชาวโปรตุเกสก็ไม่เคยมีอำนาจเหนือการค้าได้เลย
ในการเป็นพันธมิตรกับเตอร์นาตี (Ternate) นั้น เซร์เราได้สร้างป้อมปราการบนเกาะขึ้น และเป็นหัวหน้าของทหารโปรตุเกสภายใต้อำนาจของหนึ่งในสองสุลต่านผู้ขัดแย้งกันเกี่ยวกับการค้าเครื่องเทศ หมู่เกาะแห่งนี้กลายเป็นเมืองหน้าด่านที่ห่างไกลจากยุโรปที่เต็มไปด้วยอันตรายและความโลภ ที่ซึ่งพฤติกรรมน่าสังเวชของโปรตุเกส ประกอบกับความพยายามอันอ่อนแรงของคริสเตียน ส่งผลเป็นความสัมพันธ์ที่ตึงเครียดกับประมุขชาวมุสลิมแห่งเกาะเตอร์นาตี เซร์เราสนับสนุนมาเจลลันให้ร่วมมือกับเขาในมาลูกู และให้ข้อมูลการสำรวจเกี่ยวกับเกาะเครื่องเทศ อย่างไรก็ตาม ทั้งเซร์เราและมาเจลลันต่างก็เสียชีวิตก่อนที่จะได้พบกัน ในปี พ.ศ. 2078 กษัตริย์ตาบารีจี (Tabariji) ถูกขับไล่จากราชสมบัติและถูกส่งไปยังกัว (Goa) ที่อินเดียโดยโปรตุเกส เขาเป็นผู้เปลี่ยนแปลงศาสนาคริสต์และเปลี่ยนชื่อตัวเองเป็น ดอม มานูเอล หลังประกาศความบริสุทธิ์จากข้อกล่าวหา เขาถูกส่งกลับไปครองบัลลังก์อีกครั้ง อย่างไรก็ตาม เขาเสียชีวิตในระหว่างเดินทางไปมะละกาในปี พ.ศ. 2088 เขายกเกาะอัมบน (Ambon) ให้กับชอร์เดา ดี ไฟรตัช (Jordao de Freitas) ชาวโปรตุเกส หลังชาวโปรตุเกสก่อเหตุฆาตกรรมสุลต่านไฮรัน ชาวเตอร์นาตีก็ขับไล่ชาวโปรตุเกสได้สำเร็จในปี พ.ศ. 2118 หลังรุกเร้าขับไล่อยู่นาน 5 ปี
โปรตุเกสขึ้นเกาะเกาะอัมบน (Ambon) ครั้งแรกในปี พ.ศ. 2056 แต่เกาะนี้ได้กลายเป็นศูนย์กลางทางกิจกรรมของชาวโปรตุเกสแห่งใหม่ในมาลูกู หลังจากถูกขับไล่ออกจากเตอร์นาตี กองกำลังยุโรปอ่อนแอลงในพื้นที่แถบนี้ ขณะที่เตอร์นาตีกำลังขยายตัว ชาวมุสลิมและรัฐที่ต่อต้านโปรตุเกสภายใต้การปกครองของสุลต่านบาบอัลลาห์และบุตรชาย สุลานซาอิด อย่างไรก็ดี โปรตุเกสในอัมบนยังคงถูกจู่โจมโดยชาวมุสลิมพื้นเมืองบนชายฝั่งทิศเหนือของเกาะ โดยเฉพาะเกาะฮีตู ซึ่งมีการเชื่อมโยงกันทางการค้าและศาสนากับเมืองท่าใหญ่ ๆ บนชายฝั่งด้านเหนือของชวา ที่จริง ชาวโปรตุเกสไม่เคยจัดการใด ๆ ที่จะควบคุมการค้าเครื่องเทศท้องถิ่น และล้มเหลวในการสร้างอำนาจเหนือเกาะบันดาที่ใกล้จะเป็นศูนย์กลางการผลิตลูกจันทน์เทศ
สเปนบุกเข้าครอบครองเกาะเตอร์นาตีและเกาะตีโดเร มิชชันนารีและนักบวชโรมันคาทอลิก ฟรันซิส เซเวียร์ (Francis Xavier) ทำงานในมาลูกูในช่วงปี พ.ศ. 2089-2090 ในหมู่ประชาชนของเกาะอัมบน เตอร์นาตี และโมโรไต (หรือเกาะโมโร) และตั้งกองทุนสำหรับผู้สอนศาสนาที่นั่น หลังการจากมาลูกูของเขา มีชาวคาทอลิก 10,000 คนในช่วงทศวรรษที่ พ.ศ. 2103 ส่วนใหญ่อยู่ในเกาะอัมบน จนเมื่อถึงช่วงทศวรรษที่ พ.ศ. 2133 ชาวคาทอลิกก็เพิ่มขึ้นเป็น 50,000-60,000 คน แม้ว่าชนส่วนใหญ่ยังคงเป็นมุสลิมอยู่ แต่ก็เกิดสังคมชาวคริสเตียนขึ้นแล้วในอินโดนีเชียตะวันออก
ชาวดัตช์เข้ามาในปี พ.ศ. 2142 และแสดงความไม่พอใจที่โปรตุเกสพยายามจะถือเอกสิทธิ์ทางด้านการค้า หลังจากชาวอัมบนช่วยเหลือชาวดัตช์ในการสร้างป้อมถาวรที่ฮีตูลาร์นา (Hitu Larna) โปรตุเกสก็เริ่มแผนแก้แค้นชาวเกาะอัมบน หลังปี พ.ศ. 2148 Frederik Houtman กลายเป็นชาวดัตช์คนแรกที่เป็นข้าหลวงของอัมบน
บริษัทอินเดียตะวันออกของดัตช์ต้องพบกับอุปสรรคถึง 3 ทางด้วยกัน ไม่ว่าจะเป็นโปรตุเกส การควบคุมประชากรพื้นเมือง และสหราชอาณาจักร การนำเข้าโดยไม่เสียภาษีเป็นทางเลือกเดียวสำหรับการผูกขาดทางการค้าของยุโรป ในบรรดาเหตุการณ์ของช่วงศตวรรษที่ 17 ชาวเกาะบันดาพยายามจะค้าขายอย่างเสรีกับสหราชอาณาจักร การตอบสนองของบริษัทอีสต์อินเดีย ก็คือการสังหารประชากรพื้นเมืองของเกาะบันดา โดยส่งผู้รอดชีวิตให้หนีไปเกาะอื่นและจัดตั้งแรงงานทาสขึ้น
แม้ว่าชนชาติอื่น ๆ จะเข้ามาตั้งรกรากบนเกาะบันดา แต่เกาะที่เหลือของมาลูกูก็ยังคงไม่วางใจการควบคุมของต่างชาติ และแม้ว่าหลังจากโปรตุเกสได้ตั้งสถานีการค้าแห่งใหม่ที่มาดากัสการ์แล้วก็ตาม ก็ยังคงมีการจลาจลภายในในปี พ.ศ. 2179 และ พ.ศ. 2189 มาลูกูเหนือถูกปกครองโดยผู้สำเร็จราชการชาวดัตช์แห่งเตอร์นาตี และมากูลูใต้โดย "อัมบอยนา (Amboyna)" (อัมบน)
ในระหว่างที่ญี่ปุ่นวุ่นวายอยู่กับสงครามโลกครั้งที่ 2 นั้น ชาวโมลุกกะหลบหนีขึ้นไปบนภูเขาและริเริ่มแผนการต่อต้านที่เป็นรู้จักในนาม South Moluccan Brigade เมื่อสงครามสิ้นสุดลง ผู้นำทางการเมืองของเกาะตกลงเจรจากับเนเธอร์แลนด์เป็นผลสำเร็จ เมื่อมีการถูกแทรกแซงโดยกองกำลังของอินโดนีเซีย ข้อตกลงการประชุมโต๊ะกลม (Round Table Conference Agreements) ก็ได้รับการเซ็นสัญญาขึ้นในปี พ.ศ. 2492 เพื่อถ่ายโอนมาลูกูไปให้กับอินโดนีเซีย ข้อตกลงอนุญาตให้สิทธิโมลุกกะที่จะมีอำนาจอธิปไตยของตนเองได้
หลังการประกาศเอกราชของสาธารณรัฐอินโดนีเซียในปี พ.ศ. 2493 จากเดิมที่เป็นสหพันธรัฐโมลุกกะใต้ (Maluku Selatan) พยายามที่จะแยกตัวออก ความเคลื่อนไหวดังกล่าวอยู่ภายใต้การนำของ Ch. Soumokil (อดีตอัยการสูงสุดของรัฐอินโดนีเซียตะวันออก) และได้รับการสนับสนุนโดยสมาชิกชาวโมลุกกะของกองกำลังพิเศษของเนเธอร์แลนด์ การขาดแคลนการสนับสนุนจากท้องถิ่น การเคลื่อนไหวดังกล่าวจึงถูกทำลายโดยกองทหารอินโดนีเซียและโดยข้อตกลงพิเศษกับกองกำลังของเนเธอร์แลนด์ที่ถูกย้ายกลับประเทศ การเริ่มต้นใหม่ของการย้ายถิ่นฐานในอินโดนีเซียของประชากรชาวชวาไปยังเกาะรอบนอก (รวมถึงมาลูกู) ที่เกิดขึ้นในช่วงทศวรรษที่ พ.ศ. 2503 ถูกเชื่อว่าทำให้เอกราชและประเด็นทางศาสนา-การเมืองถูกสั่นคลอน เกิดมีความรุนแรงทางชนชาติบนเกาะต่าง ๆ และการก่อกบฏโดยกลุ่มรัฐบาลที่ถูกเนรเทศของโมลุกกะใต้ตั้งแต่นั้นมา
มาลูกูเป็นหนึ่งในจังหวัดแรก ๆ ของอินโดนีเซีย ได้รับการประกาศในปี พ.ศ. 2488 จนกระทั่งปี พ.ศ. 2542 เมื่อมาลูกูเหนือ (Maluku Utara) และฮัลมาเฮราเตงกะห์ (Halmahera Tengah) ถูกแยกเป็นจังหวัดมาลูกูเหนือ เมืองหลวงคือเตอร์นาตี (Ternate) บนเกาะเล็กทางตะวันตกของเกาะใหญ่อย่างเกาะฮัลมาเฮรา (Halmahera) เมืองหลวงของจังหวัดมาลูกูส่วนที่เหลือ คือ อัมบนซิตี (Ambon City)
สถานการณ์ของมาลูกูยากที่จะคาดการณ์ได้ เมื่อความขัดแย้งทางศาสนาเกิดระเบิดขึ้นในจังหวัดเมื่อเดือนมกราคมของปี พ.ศ. 2542 ช่วงเวลา 18 เดือนถัดมากลายเป็นเดือนแห่งการต่อสู้ระหว่างกลุ่มมุสลิมพื้นเมืองกลุ่มใหญ่กับกลุ่มคริสเตียน บ้านเรือนหลายพันหลังถูกทำลาย การขับไล่ประชาชนราว 500,000 คน ผู้คนล้มตายไปเป็นหลักพัน และการแยกจากกันอย่างสิ้นเชิงของมุสลิมและคริสเตียน 12 เดือนถัดมา ยังคงมีความรุนแรงเกิดขึ้นเป็นระยะ ๆ ซึ่งพบว่ามีการวางเป้าหมายและวางแผนการล่วงหน้าเอาไว้ก่อน โดยสร้างให้เกิดความระแวงสงสัยในระดับสูงและสร้างให้ผู้คนเกิดความแตกแยกทางศาสนา ทั้งที่มีการเจรจาตกลงและเซ็นสัญญาสงบศึกหลายครั้งในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2545 ความตึงเครียดในอัมบนก็ยังคงมีอยู่จนถึงปลายปี 2002 เมื่อการผสมผสานระหว่างกลุ่มที่เคยเป็นศัตรูกันนำไปสู่สันติภาพที่มีมากขึ้นเรื่อย ๆ
