หมู่เกาะซิลลี (อังกฤษ: Isles of Scilly; คอร์นวอลล์: Ynysek Syllan; ฝรั่งเศส: Les Sorlingues) เป็น "กลุ่มเกาะ" (Archipelago) ที่ตั้งอยู่ที่ปลายคาบสมุทรคอร์นวอลล์ของสหราชอาณาจักร ตามธรรมเนียมแล้วเป็นส่วนการบริหารของมณฑลคอร์นวอลล์ แต่หมู่เกาะซิลลีมีเทศบาลท้องถิ่น (Unitary authority) ของตนเองมาตั้งแต่ปี ค.ศ. 1889 และเป็นบริเวณที่ได้รับการระบุว่าเป็น "บริเวณธรรมชาติงดงามที่ดีเด่น"
ชื่อที่ถูกต้องของหมู่เกาะคือ "Isles of Scilly" หรือเพียง "Scilly" ผู้ที่พำนักอยู่บนหมู่เกาะถือว่าคำว่า "Scillies" หรือ "Scilly Isles" เป็นชื่อที่ไม่ถูกต้อง บางครั้งคำว่า "Scillonian" ก็ใช้เป็นคุณศัพท์สำหรับสิ่งที่เกี่ยวกับกลุ่มเกาะนี้
หมู่เกาะซิลลีเป็นที่ตั้งถิ่นฐานมาตั้งแต่สมัยหินและผู้คนมีความเป็นอยู่ที่ลำบากมาตั้งแต่ดั้งเดิมมาจนถึงคริสต์ศตวรรษที่ 20 ความเป็นอยู่ที่ว่าคือการหากินจากสิ่งที่หาได้บนดินหรือในทะเล ในปัจจุบันก็ยังมีการทำเกษตรกรรมและการประมง แต่รายได้หลักมาจากการท่องเที่ยว
