หมู่เกาะกาลาปาโกส (สเปน: Islas Gal?pagos; อังกฤษ: Gal?pagos Islands) เป็นหมู่เกาะกลางมหาสมุทรแปซิฟิก มีความน่าสนใจทั้งด้านธรณีวิทยา สัตววิทยา และนิเวศวิทยาเป็นอย่างยิ่ง เป็นส่วนหนึ่งของประเทศเอกวาดอร์ โดยมีชื่อภาษาสเปนอย่างเป็นทางการว่า กลุ่มเกาะโกลอน (Archipi?lago de Col?n; Islas de Col?n) ตั้งอยู่ในแนวเส้นศูนย์สูตร ห่างจากทวีปออกไปทางตะวันตก 1,000 กิโลเมตร
หมู่เกาะกาลาปาโกสประกอบด้วย 18 เกาะหลัก เกาะเล็ก 3 เกาะ พร้อมเกาะเล็ก ๆ และโขดหินกลางทะเลอีกประมาณ 170 แห่ง โดยมีพื้นที่ทั้งหมด 7,994 ตารางกิโลเมตร ครอบคลุมพื้นที่ในทะเล 59,500 ตารางกิโลเมตร เกาะต่าง ๆ มีชื่อเรียกทั้งในภาษาสเปนและภาษาอังกฤษ
หมู่เกาะนี้เกิดจากการสะสมตัวของลาวาจากภูเขาไฟ เมื่อ 7-9 ล้านปีมาแล้ว และยังมีภูเขาไฟมีพลัง แม้ในคริสต์ศตวรรษที่ 20 ก็ยังเกิดภูเขาไฟอยู่ประปราย ภูมิประเทศที่โดดเด่น คือพื้นผิวที่ขรุขระอันเกิดจากภูเขาไฟ ปล่องภูเขาไฟ และหน้าผา เกาะที่ใหญ่ที่สุดคือ เกาะอัลเบมาร์ล (Albermarle) หรือ เกาะอิซาเบลา (Isabela) มีรูปร่างเป็นฉาก ความยาวทั้งหมด 132 กิโลเมตร ครอบครองเนื้อที่เกินครึ่งของหมู่เกาะนี้ จุดที่สูงที่สุดในหมู่เกาะนี้ คือ ภูเขาอาซุล (Azul) สูง 1,689 เมตร โดยหมู่เกาะนี้ยังมีภูเขาไฟชื่อภูเขาไฟวูล์ฟ (Wolf Volcano) อยู่ทางด้านเหนือของเกาะอิซาเบลาไปหลายไมล์ ส่วนเกาะที่มีขนาดใหญ่รองลงไป คือ เกาะอินดิฟาทิเกเบิล (Indefatigable) หรือ เกาะซานตากรุซ (Santa Cruz)
หมู่เกาะกาลาปาโกสเป็นหมู่เกาะที่อยู่ไกลจากชายฝั่งเอกวาดอร์ประมาณ 965 กิโลเมตร หรือ 600 ไมล์ เป็นหมู่เกาะที่อยู่บนเส้นศูนย์สูตรและในมหาสมุทรแปซิฟิก ทำให้มีกระแสน้ำไหลผ่าน 3 สาย คือ กระแสน้ำอุ่นจากทางด้านเหนือ กระแสน้ำเย็นจากทางด้านใต้ แล้วกระแสน้ำเย็นจากที่ลึกจากทางด้านตะวันตกของหมู่เกาะ
ตามประวัติกล่าวว่าผู้มาแวะที่หมู่เกาะนี้เป็นครั้งแรก คือกะลาสีเรือของชาววัฒนธรรมชิมู (Chimu) จากเปรูตอนเหนือ เมื่อปี พ.ศ. 2028 (ค.ศ. 1485) แต่จากบันทึกอย่างเป็นลายลักษณ์อักษร ถือว่าบุคคลแรกที่กล่าวถึงหมู่เกาะนี้ก็คือ บิชอปแห่งปานามา มาถึงเมื่อวันที่ 10 มีนาคม พ.ศ. 2078 (ค.ศ. 1535) อีกไม่นานต่อมา คือใน พ.ศ. 2113 (ค.ศ. 1570) หมู่เกาะกาลาปาโกสก็ปรากฏในแผนที่โลกเป็นครั้งแรก
วันที่ 15 กันยายน พ.ศ. 2378 ชาลส์ ดาร์วิน ได้เดินทางมาแวะที่หมู่เกาะกาลาปาโกส โดยพักอยู่ในหมู่เกาะนี้ 5 สัปดาห์ ดาร์วินได้เดินทางมากับเรือบีเกิล (Beagle) แวะที่เกาะใหญ่ 4 เกาะ คือเกาะแชแทม เกาะชาลส์ เกาะอัลเบอร์มาร์ล และเกาะเจมส์ โดยใช้เวลา 19 วันในการเก็บสะสมตัวอย่าง และสังเกตลักษณะทางพฤกษศาสตร์และสัตววิทยาของที่นี่ ดาร์วินเรียกหมู่เกาะแห่งนี้ว่า "ห้องปฏิบัติการวิวัฒนาการที่มีชีวิต" (living laboratory of evolution) ความหลากหลายและแตกต่างของสิ่งมีชีวิตในหมู่เกาะนี้ ทำให้ดาร์วินได้ความคิดเรื่องการคัดเลือกพันธุ์โดยธรรมชาติและทฤษฎีวิวัฒนาการ และเมื่อชาลส์ ดาร์วินได้ตีพิมพ์หนังสือ กำเนิดพงศ์พันธุ์ (The Origin of Species หรือชื่อเต็มว่า the Origin of Species by Means of Natural Selection) ในปี พ.ศ. 2402 (ค.ศ. 1859) ผู้คนก็รู้จักหมู่เกาะกาลาปาโกสกันมากขึ้น
ชื่อเสียงของหมู่เกาะนี้เริ่มต้นที่ลักษณะอันน่าแปลกของสัตว์บนเกาะต่าง ๆ นั่นเอง โดยเฉพาะเต่ายักษ์ ซึ่งภาษาสเปนโบราณเรียกว่า กาลาปาโก (gal?pago) อันเป็นที่มาของชื่อหมู่เกาะนี้ (gal?pagos เป็นรูปพหูพจน์) เต่าเหล่านี้คาดว่ามีอายุยืนที่สุดในบรรดาสัตว์โลกปัจจุบัน สัตว์ครึ่งบกครึ่งน้ำแทบจะไม่มีเลย สัตว์เลื้อยคลานมีน้อย ส่วนสัตว์บกท้องถิ่นมีสัตว์ฟันแทะเพียง 7 ชนิด และค้างคาวอีก 2 ชนิด ส่วนนกบนเกาะเหล่านี้มีเพียง 80 ชนิดและชนิดย่อย นกที่พบมากที่สุด (ไม่นับนกน้ำ) คือนกฟินช์กาลาปาโกส หรือนกฟินช์ดาร์วิน นั่นเอง
สาเหตุที่สัตว์บนหมู่เกาะกาลาปาโกสเป็นที่น่าสนใจของนักวิทยาศาสตร์ ก็เพราะ 1) มีเปอร์เซ็นต์สัตว์ท้องถิ่นสูงมาก 2) สัตว์ชนิดต่าง ๆ ได้พัฒนาเป็นชนิดย่อยของมันเองในแต่ละเกาะ 3) นกฟินช์กาลาปาโกสได้พัฒนาตนเองขึ้นหลายชนิดจากบรรพบุรุษเดียวกัน โดยมีความแตกต่างสำคัญที่จะงอยปาก 4) มีสัตว์อื่นๆ อีกมากที่พัฒนาตัวเองโดยปรับตัวให้เข้ากับสภาพแวดล้อม เช่น อีกัวน่าทะเลที่ว่ายน้ำได้ จะกินพืชทะเลเป็นอาหาร นอกจากนี้ยังมีนกกาน้ำที่บินไม่ได้ 5) เต่ายักษ์ที่เคยแพร่พันธุ์บนทวีป แต่ปัจจุบันสูญพันธุ์ไปแล้ว เหลืออยู่เพียงบนเกาะขนาดใหญ่ นอกจากนี้ยังมีสัตว์ในเขตแอนตาร์กติก เช่นเพนกวิน และแมวน้ำขนเฟอร์ ซึ่งอาศัยอยู่บนเกาะเหล่านี้เคียงข้างกับสัตว์เขตร้อนได้
ผู้คนที่ตั้งชุมชนบนหมู่เกาะนี้มักเป็นชาวเอกวาดอร์ โดยมากจะเป็นบนเกาะซันกริสโตบัล ซันตามาเรีย อีซาเบล และซันตากรูซ บางเกาะนั้นไม่มีมนุษย์อยู่เลย รายได้หลักของที่นี่มาจากการท่องเที่ยว ประมง และเกษตรกรรม เมื่อ พ.ศ. 2513 หมู่เกาะกาลาปาโกสมีประชากรทั้งหมดไม่เกิน 6,000 คน ซึ่งเป็นเจ้าหน้าที่ของรัฐที่มาอาศัยชั่วคราวพร้อมครอบครัว และเมื่อปี พ.ศ. 2532 มีประชากรทั้งหมดประมาณ 10,000 คน
สัตว์จำนวนมากในหมู่เกาะนี้เริ่มมีจำนวนลดลง รวมทั้งปลาวาฬและแมวน้ำขนเฟอร์ ซึ่งถูกจับจนเกือบสูญพันธุ์ เต่าก็ลดจำนวนลงอย่างมาก และบางชนิดถึงกับสูญพันธุ์ เพราะมีศัตรูจากถิ่นอื่นที่นักเดินเรือนำเข้ามา
หลังจากรัฐบาลเอกวาดอร์ยึดครองหมู่เกาะนี้เมื่อปี พ.ศ. 2375 (ค.ศ. 1832) ก็เริ่มมีการตั้งนิคมบนเกาะโฟลเรอานา เพื่อรักษาสิทธิ์ของตัวเองไว้ และในที่สุดก็กลายเป็นที่คุมขังนักโทษทางการเมือง ในพุทธทศวรรษ 2440 ประชากรของหมู่เกาะกาลาปาโกสมีประมาณ 600 คน โดยเริ่มตั้งนิคมบนเกาะซาน คริสโตบัล, อิซาเบลา และฟลอเรอานาค่อยๆ เพิ่ม ในช่วงนี้เองที่เริ่มมีการนำสัตว์เพื่อการพาณิชย์เข้ามา เช่น โค แพะ สุกร สุนัข ลา ม้า หนู และพืชต่าง ๆ
สมัยที่ดาร์วินมาแวะที่นี่ เพิ่งมีการตั้งนิคมได้เพียง 3 ปี แต่ก็มีสุกรและแพะจรจัดมากมายแล้ว และสัตว์เหล่านี้โดยมากจะเป็นศัตรูต่อสัตว์หรือพืชต่าง ๆ ส่วนการท่องเที่ยวนั้นแต่เดิมมีข้อจำกัดเนื่องจากสภาพจำกัดทางภูมิศาสตร์ แต่ปัจจุบันมีธุรกิจท่องเที่ยวนำเที่ยวหมู่เกาะกาลาปาโกสอย่างกว้างขวาง ศูนย์กลางการบริหารหมู่เกาะกาลาปาโกสอยู่ที่เมืองปวยร์โตบาเกรีโซโมเรโน (Puerto Baquerizo Moreno) บนเกาะซานกริสโตบัล
ด้วยเหตุผลทางนิเวศวิทยาข้างต้น ทำให้หลายหน่วยงานพยายามยื่นมือเข้ามาช่วยเหลือในการอนุรักษ์พันธุ์พืชและสัตว์ รวมทั้งสภาพนิเวศวิทยาและสิ่งแวดล้อมบนหมู่เกาะ นอกจากหน่วยงานจากรัฐบาลเอกวาดอร์แล้ว ยังมีกลุ่ม เพื่อนกาลาปาโกส (Friends of Galapagos) กองทุนสัตว์ป่าโลกเพื่อธรรมชาติ (World Wide Fund for Nature) โครงการพัฒนาของสหประชาชาติ ศูนย์ช่วยเหลือของสมาคมสัตววิทยาฟรังค์ฟูร์ทเพื่อสัตว์ป่าที่ถูกคุกคาม (Frankfurt Zoological Society Help for Threatened Wildlife) และสถาบันอื่น ๆ ทำให้ปัจจุบันมีการวิจัยมากมายเกี่ยวกับเต่ายักษ์พวกนี้ และได้รับความสำเร็จพอสมควร ทั้งยังมีคณะกรรมการที่เรียกว่า Galapagos Conservation Trust ในกรุงลอนดอน ที่พยายามอนุรักษ์สภาพทางนิเวศวิทยาของหมู่เกาะ และเสนอให้เป็นแหล่งมรดกโลก และจัดให้อยู่ในภาวะเสี่ยงอันตราย
บนหมู่เกาะกาลาปาโกสมีหน่วยงานสำคัญที่ศึกษาด้านนิเวศวิทยาของหมู่เกาะ ได้แก่ สถานีวิจัยชาลส์ ดาร์วิน (The Charles Darwin Research Station หรือ CDRS) ที่ได้จัดจั้งขึ้นโดย มูลนิธิชาลส์ ดาร์วิน (Charles Darwin Foundation) เมื่อต้นพุทธทศวรรษ 2503
ครั้นถึงปี พ.ศ. 2517 เริ่มมีการวางแผนแม่บทเป็นครั้งแรกเพื่อคุ้มครองและจัดการอุทยานแห่งชาติกาลาปาโกสขึ้น และอีก 4 ปีถัดมา องค์การยูเนสโก (UNESCO) ได้ประกาศให้หมู่เกาะกาลาปาโกสเป็นมรดกโลก
นอกจากนี้ กองทุนสัตว์ป่าโลก (WWF) ได้ส่งเสริมการอนุรักษ์พันธุ์สัตว์และพืชในหมู่เกาะกาลาปาโกสตั้งแต่ปี พ.ศ. 2505 อีกหน่วยงานหนึ่ง โดยมีผลลัพธ์ที่น่าพอใจ