นอกจากองค์การหลักทั้ง 6 องค์กรแล้ว (ยกเว้นคณะมนตรีภาวะทรัสตีแห่งสหประชาชาติที่ได้ยุติการปฏิบัติงานในปี พ.ศ. 2537) ยังมีการตั้งหน่วยงานพิเศษของสหประชาชาติขึ้นมาทำหน้าที่พิเศษซึ่งเป็นไปตามกฎบัตรสหประชาชาติว่า องค์กรหลักของสหประชาชาติทั้ง 5 สามารถตั้งหน่วยงานพิเศษขึ้นมาเพื่อการทำงานในรูปแบบต่างๆ ได้
หน่วยงานพิเศษที่ตั้งขึ้นมาจากองค์กรหลักของสหประชาชาติทั้ง 5 องค์กรนั้น หน่วยงานพิเศษบางหน่วยงานอาจจะไม่ได้ขึ้นกับองค์กรใดองค์กรหนึ่งของสหประชาชาติเพียงอย่างเดียว บางหน่วยงานพิเศษที่ก่อตั้งขึ้นมานั้นอาจจะขึ้นอยู่กับองค์กรที่มีมากกว่า 1 องค์กรก็ได้หรือก็ขึ้นอยู่กับทุกๆองค์กรในสหประชาชาติก็ได้
ปัจจุบันหน่วยงานพิเศษของสหประชาชาติมีทั้งสิ้น 15 หน่วยงานพิเศษในเครือสหประชาชาติ รายชื่อหน่วยงานพิเศษในเครือสหประชาชาติมีดังนี้
องค์การอาหารและการเกษตรแห่งสหประชาชาติ (FAO) เป็นองค์การระหว่างประเทศที่มีจุดประสงค์ที่จะนำไปสู่ความพยายามระหว่างประเทศร่วมกันเพื่อบรรเทาความหิวโหยทั้งในประเทศพัฒนาแล้วและประเทศกำลังพัฒนา โดยองค์การฯ นี้จะเป็นเวทีกลางที่ทุกประเทศรัฐสมาชิกสหประชาชาติมาร่วมกันทำนโยบายและข้อตกลงต่างๆ โดยอาณัติของ FAO คือการเพิ่มสารอาหารที่จำเป็นในร่างกายของมนุษย์และเพิ่มผลผลิตทางการเกษตรให้เพียงพอกับความต้องการ โดยให้ประชากรในชนบทมีคุณภาพชีวิตที่ดีขึ้นและนำไปสู่ความเจริญเติบโตทางเศรษฐกิจของโลก สำนักงานใหญ่ขององค์การอาหารและการเกษตรของสหประชาชาติตั้งอยู่ที่กรุงโรม ประเทศอิตาลี
องค์การการบินพลเรือนระหว่างประเทศก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2490 เป็นองค์การระหว่างประเทศที่ทำหน้าที่ร่วมกันพัฒนาหลักการและเทคนิคของการเดินทางทางอากาศระหว่างประเทศ และวางแผนส่งเสริมการพัฒนาของการขนส่งทางอากาศระหว่างประเทศ โดยสำนักงานใหญ่ตั้งอยู่ที่ เมืองมอนทรีออล รัฐควิเบก ประเทศแคนาดา
องค์การแรงงานระหว่างประเทศ (ILO) เป็นองค์การระหว่างประเทศที่เกี่ยวกับแรงงาน โดยมีสำนักงานใหญ่ตั้งอยู่ที่เมืองเจนีวา ประเทศสวิตเซอร์แลนด์ ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2462 เป็นองค์การระหว่างประเทศที่เกิดขึ้นในการเจรจาต่อรองของสนธิสัญญาแวร์ซายและสันนิบาตชาติ ซึ่งปัจจุบันถูกแทนที่ด้วยสหประชาชาติหลังจากความล้มเหลวในการป้องกันการเกิดเหตุการณ์สงครามโลกครั้งที่สองในเวลาต่อมา และเป็นสมาชิกของระบบสหประชาชาติ
กองทุนการเงินระหว่างประเทศเป็นองค์การระหว่างประเทศที่ทำหน้าที่ให้ความร่วมมือทางการเงินและรักษาความมั่นคงทางการเงิน ทำหน้าที่เป็นเวทีเจรจาต่อรอง และให้ความช่วยเหลือในเรื่องการเงิน สำนักงานใหญ่ตั้งอยู่ที่กรุงวอชิงตัน ดี.ซี. สหรัฐอเมริกา
อ่านบทความฉบับสมบูรณ์ได้ที่ http://th.wikipedia.org/wiki/หน่วยงานพิเศษของสหประชาชาติ