สโมสรฟุตบอลนครปฐม ยูไนเต็ด เป็นสโมสรฟุตบอลอาชีพในประเทศไทยโดยเป็นทีมจากจังหวัดนครปฐม ปัจจุบันเล่นอยู่ในระดับไทยลีก 2 สนามเหย้า คือ สนามกีฬา โรงเรียนกีฬาเทศบาลนครนครปฐม ในไทยพรีเมียร์ลีก 2551 สโมสรจบฤดูกาลในอันดับที่ 9 ซึ่งสูงสุดในประวัติศาสตร์สโมสร ใน พ.ศ. 2553 เกิดเหตุอื้อฉาวแฟนบอลทำร้ายผู้ตัดสิน
สโมสรฟุตบอลจังหวัดนครปฐมก่อตั้งขึ้นใน พ.ศ. 2542 โดยเริ่มเล่นในโปรวินเชียลลีก ใน พ.ศ. 2547 สโมสรจบฤดูกาลโดยอยู่กลางตารางของลีก ในปีต่อมา สโมสรจบฤดูกาลในสามอันดับแรก และได้รับสิทธิ์เข้าไปเล่นในไทยพรีเมียร์ลีก ติดต่อกันใน พ.ศ. 2548-49 โดยใน พ.ศ. 2549 สโมสรได้รับสิทธิ์เข้าไปเล่นในลีกสูงสุดของประเทศไทย โดยเป็นทีมสำรองลำดับที่สองของสโมสรฟุตบอลการท่าเรือแห่งประเทศไทย สโมสรนครปฐมไม่ได้นำมาซึ่งเฉพาะความเป็น "ทีมภูมิภาค" ในลีกเท่านั้น แต่ยังมีกระแสแฟนบอลที่เดินทางไปเชียร์ทั้งนัดเยือนและนัดเหย้า สโมสรนครปฐมเป็นอีกทีมหนึ่งเช่นเดียวกับสโมสรฟุตบอลจังหวัดชลบุรีและสโมสรฟุตบอลจังหวัดสุพรรณบุรีที่แข่งขันในระดับพรีเมียร์ลีก โดยไม่ใช่ทีมจากกรุงเทพมหานคร
ในฤดูกาลแรกในพรีเมียร์ลีก สโมสรจบฤดูกาลในลำดับที่ 11 และเพิ่มขึ้นเป็นลำดับที่ 9 ในปีต่อมา สำหรับฤดูกาล 2552 เป็นครั้งแรกที่ ไมเคิล แอสพิน และไมเคิล ทอมัส เบิร์น เป็นนักกีฬาจากสหราชอาณาจักรเข้ามาทำสัญญานักเตะ ซึ่งทั้งสองได้เคยเล่นด้วยกันแล้วที่นอร์ทวิช วิกตอเรีย ในอังกฤษ
ใน พ.ศ. 2553 เกิดเหตุอื้อฉาวแฟนบอลทำร้ายผู้ตัดสินระหว่างเล่นรอบเพลย์ออฟขึ้นไทยพรีเมียร์ลีก 2554 ทำให้ทีมได้รับโทษปรับ 160,000 บาท และห้ามแข่งขันในรายการของสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยเป็นเวลา 2 ปี เพราะความยั่วและโกงหรือการจ้างกรรมการให้ตัดสินเข้าข้าง อีสาน ยูไนเต็ด มีหลายจังหวะที่กังขาที่นครปฐมที่จะได้จุดโทษและทดเวลา 4 นาที ก่อนเป่านกหวีดจบเกมใน 2 นาที ด้านไชยา สะสมทรัพย์ ออกมายืนยันว่าผู้ตัดสินตัดสินไม่เหมาะสม และยืนยันไม่ขอโทษต่อเหตุการณ์ที่เกิดขึ้น ต่อมา ได้ประกาศว่าจะยุบทีม และจะพิจารณาทำทีมฟุตซอลลีกหรือลาวลีกแทน
หลังจากเกิดเหตุการณ์ดังกล่าว ทำให้นักเตะต้องไปทำสัญญากับสโมสรอื่นต่อไป โดยธนากร ขำโขมะ ที่ได้รับบทลงโทษไปด้วยนั้น ได้เซ็นสัญญากับสโมสรฟุตบอลชัยนาท ร่วมกับภูวดล สุวรรณชาติด้วยแล้ว ส่วนผู้เล่นคนอื่นในทีม หลายคนยังตกงานอยู่ ส่วน วิมล จันทร์คำ โค้ชของทีมนครปฐม กล่าวว่าตนจะหยุดงานโค้ชไปเรียนต่อบี และเอ ไลเซนส์ เพื่อกลับมาทำหน้าที่ให้มีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น
หลังจากที่โดนแบนไป 2 ปี ทีมนครปฐมได้เปลี่ยนชื่อใหม่ โดยใช้ซื่อทีมใหม่ว่า นครปฐม ยูไนเต็ด และเปลี่ยนโลโก้ใหม่ โดยมีความหมายดังนี้
หมายเหตุ: ธงชาติที่ปรากฏบ่งบอกให้ทราบว่าผู้เล่นคนนั้นสามารถเล่นให้กับชาติใดตามกฎของฟีฟ่าตามความเหมาะสม เพราะผู้เล่นบางคนอาจถือสองสัญชาติ
3 อดิศักดิ์ ?
4 ฐานุศร ?
5 สาวิน ?
6 วีระพงษ์ ?
7 ประสิทธิ์ ?
8 ปิยะธร ?
9 Camara ?
11 จนาวัฒน์ ?
12 สุรสิทธิ์ ?
13 Cho ?
14 วรวัฒน์ ?
18 Tchangou ?
19 วรายุทธ ?
20 ปรีชา ?
21 Richard ?
22 ประวิทย์ ?
23 เกียรติศักดิ์ ?
26 ศราวุธ ?
27 Lesley ?
28 จารุพงศ์ ? (c)
29 ณรงค์ ?
30 อเนก ?
32 ธนากร ?
33 พิริยะ ?
35 ธนสิทธิ์ ?
36 ธนวรรธน์ ?
40 Jae ?
