สหภาพมาลายา เป็นสหพันธ์ของกลุ่มรัฐมลายูและอาณานิคมช่องแคบรวมทั้งสิงคโปร์ ซึ่งสืบทอดมาจากกลุ่มอาณานิคมบริติชมาลายา สหภาพแห่งนี้ถูกจัดตั้งขึ้นเพื่อรวมศูนย์การปกครองของรัฐต่างๆ ที่อยู่บนคาบสมุทรมลายูให้อยู่ภายใต้รัฐบาลเดียวกัน เพื่อให้เกิดความสะดวกในการบริหารจัดการ
สหภาพมลายาเป็นรูปแบบการปกครองที่อังกฤษเสนอขึ้นเพื่อใช้ปกครองดินแดนมลายูที่เป็นอาณานิคมภายหลังสงครามโลกครั้งที่ 2 โดยในแผนการสหภาพมลายานั้นมีส่วนสำคัญคือ
กลุ่มชนชั้นนำในมาเลย์เป็นกลุ่มที่ออกมาต่อต้านแผนการสหภาพมลายาอย่างจริงจัง เพราะเท่ากับเป็นการลดอำนาจของสุลต่านที่มีมานาน ส่วนชาวมาเลย์ทั่วไป รู้สึกว่าพวกตนเสียสิทธิ์พิเศษที่เคยมีเหนือชาวจีนและชาวอินเดีย
ดาโต๊ะ ออน บิน จาฟฟาร์ ประธานกลุ่ม Pan Malayan Congress เป็นผู้นำในการจัดประชุมเพื่อคว่ำบาตรสหภาพมลายา ผลที่ตามมาคือสุลต่านทุกพระองค์ไม่เข้าร่วมพิธีการก่อตั้งสหภาพมลายาของอังกฤษ ประชาชนชาวมาเลย์เดินขบวนต่อต้านโดยคาดผ้าขาวบนหมวกซงกกสีดำ ต่อมาใน พ.ศ. 2489 ดาโต๊ะ ออน บิน จาฟฟาร์ ร่วมกับกลุ่มชนชั้นนำมาเลย์ก่อตั้งพรรคอัมโนโดยดาโต๊ะ ออน บิน จาฟฟาร์ เป็นประธานพรรคคนแรก
เนื่องจากการเคลื่อนไหวทางการเมืองที่ซับซ้อนในขณะนั้น มีกลุ่มนิยมอิสลามที่ต้องการสร้างศาสนาอิสลามที่บริสุทธิ์ในมาเลเซีย และกลุ่มฝ่ายซ้ายนำโดยสหภาพมาเลย์หนุ่มที่ต้องการรวมมลายา สิงคโปร์และอินโดนีเซียเข้าด้วยกัน ฝ่ายอังกฤษไม่สนับสนุนสองกลุ่มที่กล่าวมาโดยเฉพาะกลุ่มฝ่ายซ้ายที่อังกฤษปราบปรามอย่างรุนแรงตั้งแต่ พ.ศ. 2491 ดังนั้น อังกฤษจึงหันไปเจรจากลับพรรคอัมโน ซึ่งเริ่มต้นเมื่อ 3 กรกฎาคม พ.ศ. 2489 นำไปสู่การจัดตั้งสหพันธรัฐมลายาขึ้นแทนที่เมื่อ 1 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2491 แผนการสหภาพมลายาจึงล้มเลิกไป
