สถาบันอุดมศึกษาในกำกับของรัฐ หรือที่เรียกว่า "มหาวิทยาลัยนอกระบบ" คือ สถาบันอุดมศึกษาของรัฐ ที่มีการบริหารการจัดการอิสระแยกจากระบบราชการ (autonomous university) แต่ยังได้รับเงินอุดหนุนทั่วไป (block grant) ที่รัฐจัดสรรให้เป็นรายปีโดยตรง เพื่อใช้จ่ายตามความจำเป็นในการดำเนินการตามวัตถุประสงค์ของมหาวิทยาลัย และเพื่อประกันคุณภาพการศึกษา
แนวความคิดที่จะนำมหาวิทยาลัยออกนอกระบบนั้น มีมาตั้งแต่ พ.ศ. 2507 ซึ่งผู้บริหารและคณาจารย์ของมหาวิทยาลัยได้ยื่นหลักการต่อ จอมพลถนอม กิตติขจร นายกรัฐมนตรี ซึ่งก็ไม่ได้รับการเห็นชอบ เพียงแต่ได้มีการจัดตั้ง "ทบวงมหาวิทยาลัย" ขึ้น เพื่อดูแลมหาวิทยาลัยต่าง ๆ แทน "สำนักนายกรัฐมนตรี" ดังนั้น ในยุคนี้ มหาวิทยาลัยต่าง ๆ จึงได้ย้ายไปสังกัดทบวงมหาวิทยาลัย จากเดิมที่สังกัดสำนักนายกรัฐมนตรี แต่อย่างไรก็ตาม มหาวิทยาลัยก็ยังคงอยู่ภายใต้กฎหมายระเบียบของระบบราชการเช่นเดิม ซึ่งทำให้ขาดความคล่องตัวในการดำเนินงาน จึงได้มีความพยายามที่จะนำมหาวิทยาลัยออกนอกระบบราชการเรื่อยมา
และในช่วงวิกฤตเศรษฐกิจ เมื่อปี พ.ศ. 2541 นโยบายการออกนอกระบบก็ได้เป็นข้อตกลงหนึ่งที่ผูกพันกับสัญญาการกู้ยืมเงินกับ IMF โดยมุ่งหมายของรัฐบาลเพื่อลดงบประมาณในส่วนราชการที่สามารถเลี้ยงตนเองและบริหารงบ?ประมาณเองได้ ในช่วงปี พ.ศ. 2542 เริ่มมีการเสนอให้มหาวิทยาลัย หรือคณะฯ ที่ตั้งขึ้นใหม่ "ออกนอกระบบ" ราชการ และมีการหยุดรับข้าราชการพลเรือนเข้ามาในมหาวิทยาลัยรัฐเดิมทั้งหมด ตำแหน่งที่บรรจุเข้ามาใหม่ เรียกว่า "พนักงานมหาวิทยาลัย" ซึ่งมีกรอบเงินเดือนและสวัสดิการแตกต่างจากข้าราชการพลเรือนเดิม และหากผู้ที่เกษียณราชการไปให้ตำแหน่งและเงินเดือนนั้นเปลี่ยนเป็นตำแหน่งพนักงานมหาวิทยาลัยในตำแหน่งเริ่มบรรจุใหม่เท่านั้น
เริ่มมีความพยายามนำมหาวิทยาลัยออกนอกระบบอีกครั้งตั้งแต่รัฐบาลทักษิณ ชินวัตร แต่มีการคัดค้าน ดังนั้น จึงยังไม่มีการนำมหาวิทยาลัยออกนอกระบบในช่วงนี้ ต่อมาในสมัยรัฐบาล พล.อ.สุรยุทธ์ จุลานนท์ โดย ศ.ดร.วิจิตร ศรีสอ้าน รัฐมนตรีศึกษาธิการ ก็ได้เสนอ ครม.และ สนช. ให้ผ่านร่าง พ.ร.บ.มหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐของแต่ละมหาวิทยาลัยอีกครั้ง
ในประเทศไทยมีสถาบันอุดมศึกษา ในกำกับ 22 แห่ง ที่ไม่ได้ขึ้นอยู่กับระบบราชการหรือไม่อยู่ในสายการบังคับบัญชาของสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา โดยในจำนวนนี้มี 7 แห่งที่เป็นสถาบันในกำกับของรัฐตั้งแต่ก่อตั้ง ส่วนที่เหลือนั้นเป็นสถาบันในกำกับของรัฐโดยแปรสภาพด้วยผลของกฎหมาย ทั้งนี้มีเฉพาะมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราชแห่งเดียวที่อยู่ในกำกับของกรุงเทพมหานคร ซึ่งเป็นราชการส่วนท้องถิ่น ขณะที่สถาบันอุดมศึกษาอื่นจะอยู่ในกำกับของสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ ซึ่งเป็นราชการส่วนกลาง
การนำมหาวิทยาลัยออกนอกระบบนั้น เป็นประเด็นขัดแย้ง มีการล่ารายชื่อคัดค้าน , จนกระทั่งวาระสุดท้ายของการพิจารณาใน สนช. โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกรณีของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ที่กรรมการสภาคณาจารย์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ร่วมกับ ผศ.นพ.ตุลย์ สิทธิสมวงศ์ ในฐานะกรรมาธิการพิจารณาร่าง พ.ร.บ.มหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ ของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย คัดค้าน สนช. ในการผ่านร่าง พ.ร.บ. จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย พ.ศ....อย่างเร่งรีบโดยไม่ฟังเสียงประชาคมจุฬาฯ , , นอกจากนี้ยังเกิดการวิพากษ์วิจารณ์อย่างกว้างขวางทั้งนักวิชาการ นักการศึกษา รวมถึงนิสิต นักศึกษา ประชาชนโดยทั่วไป โดยประเด็นที่วิพากษ์วิจารณ์นั้นจะวิเคราะห์ถึงข้อดี ข้อเสียของการนำมหาวิทยาลัยออกนอกระบบ ดังนี้
อ่านบทความฉบับสมบูรณ์ได้ที่ http://th.wikipedia.org/wiki/สถาบันอุดมศึกษาในกำกับของรัฐบาล