สถานีรถไฟปากท่อ ตั้งอยู่บ้านปากท่อ หมู่ 5 ตำบลปากท่อ อำเภอปากท่อ จังหวัดราชบุรี เป็นสถานีรถไฟชั้น 3 ของทางรถไฟสายใต้
สำนักงานนโยบายและแผนการขนส่งและจราจร (สนข.)ได้มีการศึกษาการปรับปรุงและสร้างทางในแนวเส้นทางรถไฟสายแม่กลองโดยจะก่อสร้างผ่านจังหวัดสมุทรสาคร สมุทรสงคราม และราชบุรี โดยที่จังหวัด สมุทรสาครจะก่อสร้างข้ามแม่น้ำท่าจีนด้วย และคาดว่าจะใช้แนวทางเลือกที่ 4 คือเป็นเส้นทางเลี่ยงตัวเมือง จังหวัดสมุทรสาคร โดยเบี่ยงแนวออกจากแนวของรถไฟเดิมประมาณ กม.31 ระหว่างสถานีรถไฟบ้านขอมและสถานีรถไฟคลองจาก ยกระดับข้ามถนนเอกชัย และเบี่ยงแนวเข้าไปตามแนวเส้นทางของถนนพระราม 2 บริเวณ กม.26+800 ถึง กม.32+160 แล้วเบี่ยงแนวออกทางซ้ายเพื่อตรงไปเชื่อมกับแนวเส้นทางรถไฟเดิม
ขณะที่จังหวัดสมุทรสงครามจะก่อสร้างข้ามแม่น้ำแม่กลอง ซึ่งคาดว่าจะใช้ทางเลือกที่ 3 คือเป็นเส้นทางที่เลี่ยง ตัวเมืองสมุทรสงคราม โดยเบี่ยงแนวออกจากแนวของรถไฟเดิมประมาณ กม.66 หลังจากผ่านสถานีรถไฟบางกระบูน ซึ่งจะเป็นทางรถไฟยกระดับไปตามแนวทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 325 เพื่อข้ามคลองแม่กลอง และทางหลวง หมายเลข 325 บริเวณที่จะแยกไปอำเภอดำเนินสะดวกประมาณ กม.40+850 และข้ามแม่น้ำแม่กลอง
จากนั้นจะลงสู่ระดับพื้นดินเพื่อเชื่อมต่อกับเส้นทางรถไฟที่จะก่อสร้างใหม่ และเชื่อต่อกับสถานีรถไฟปากท่อ จังหวัดราชบุรี ซึ่งจะก่อสร้างรถไฟขนานไปกับแนวทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 3093 และจะมีการก่อสร้างสถานีรถไฟใหม่เพิ่มขึ้น อีก 3 สถานีในช่วงนี้ คาดว่าโครงการนี้จะมีมูลค่าทั้งหมดประมาณ 42,243 ล้านบาท
เมื่อดำเนินการแล้วเสร็จก็จะเป็นเส้นทางรถไฟสายใต้ใหม่ซึ่งจะช่วยร่นระยะทางรถไฟเดิมซึ่งต้องวิ่งผ่านจังหวัดนครปฐม และราชบุรี ก่อนที่จะไปสถานีปากท่อ เส้นทางรถไฟสายใต้ใหม่นี้จะลดระยะทางลงได้ประมาณ 43 กิโลเมตร และจุดมุ่งหมายของโครงการนี้ยังรวมถึงการพัฒนาศูนย์คมนาคมขนส่งด้านตะวันตกเฉียงใต้ด้วย
