สถานีรถไฟบ้านแหลม เป็นสถานีรถไฟระดับ 3 ของทางรถไฟสายแม่กลอง เป็นสถานีต้นของเส้นทางช่วงบ้านแหลม-แม่กลอง ตั้งอยู่ถนนถวาย ตำบลท่าฉลอม อำเภอเมืองสมุทรสาคร จังหวัดสมุทรสาคร
ผู้โดยสารที่เดินทางไปกรุงเทพ จะต้องลงจากขบวนรถที่สถานีรถไฟบ้านแหลม และต่อเรือข้ามฟากที่ท่าฉลอม ไปขึ้นรถไฟช่วงต่อที่สถานีรถไฟมหาชัย มีปลายทางที่สถานีรถไฟวงเวียนใหญ่ ระยะทาง 31 กิโลเมตร
ในปี พ.ศ. 2558 การรถไฟแห่งประเทศไทย ได้สั่งปิดเส้นทางในช่วงระหว่างสถานีรถไฟบ้านแหลม - สถานีรถไฟแม่กลอง (ทางรถไฟสายตลาดร่มหุบ) ระหว่างวันที่ 13 พฤษภาคม - 8 พฤศจิกายน รวมระยะเวลา 180 วัน เพื่อปรับปรุงเส้นทางตามโครงการปรับปรุงทางรถไฟ ในระหว่างนี้จะใช้รถยนต์รับส่งผู้โดยสารแทนไปก่อน
