สงครามโคโลญเป็นสงครามในยุคการปฏิรูปโปรเตสแตนต์และปฏิรูปคาทอลิกระหว่างปี ค.ศ. 1583 - 1588 (พ.ศ. 2126 - 2131) ณ อาณาจักรเลือกตั้งแห่งโคโลญ ซึ่งเป็นราชรัฐอัครมุขนายกในอาณัติของจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ในเวลานั้น (ปัจจุบันเป็นที่ตั้งของรัฐนอร์ดไรน์-เวสท์ฟาเลินในเยอรมนี) ต้นเหตุของสงครามสืบเนื่องมาจากเหตุการณ์ปฏิรูปศาสนาฝ่ายโปรเตสแตนท์ในเยอรมนี และการปฏิรูปคาทอลิกที่ตามมา โดยเกิดขึ้นพร้อมกับการลุกฮือของชาวดัทช์และสงครามศาสนาในฝรั่งเศส
ความขัดแย้งครั้งนี้เป็นบททดสอบของหลักเขตสงวนศาสนา (ละติน: reservatum ecclesiasticum) ที่มีอยู่ในข้อตกลงสันติภาพเอาก์สบูร์กแห่งปี 1555 ที่ยกเว้นหรือ "สงวน" อาณาจักรในอาณัติของจักรวรรดิ์โรมันอันศักดิ์สิทธิ์ที่มีผู้ปกครองเป็นพระราชาคณะมิให้ยึดตามหลัก "เจ้านับถือศาสนาใด ประเทศนับถือศาสนานั้น" (cuius regio, eius religio) อันเป็นหลักทั่วไปที่ใช้ในการกำหนดศาสนาของประเทศต่างๆ แต่ระบุไว้ว่าในกรณีที่อัครมุขนายกเปลี่ยนไปนับถือนิกายโปรแตสแตนต์ ให้อัครมุขนายกพระองค์นั้นสละราชสมบัติแทนการบังคับพสกนิกรให้เปลี่ยนศาสนาตาม
ในเดือนธันวาคม ค.ศ. 1582 เกบาร์ด ทรัชเชส ฟอน วาล์ดบูร์ก เจ้านครรัฐผู้คัดเลือกแห่งโคโลญ ทรงเปลี่ยนไปนับถือนิกายโปรแตสแตนต์ ซึ่งตามหลักเขตสงวนศาสนาแล้ว ส่งผลให้พระองค์ต้องสละราชสมบัติ แต่แทนที่พระองค์จะทำเช่นนั้น พระองค์กลับประกาศให้พสกนิการมีความเท่าเทียมในการนับถือศาสนา และใน ค.ศ. 1583 พระองค์ก็ทรงอภิเษกสมรสกับเคาน์เตสแอกเนส ฟอน มันสเฟลด์-ไอซ์เลเบน โดยมีพระประสงค์ที่จะเปลี่ยนราชรัฐอัครมุขนายกเป็นราชรัฐดัชชีที่ไม่เกี่ยวข้องกับศาสนจักร ในขณะที่คณะสงฆ์แห่งสังฆมณฑลเลือกเออร์เนสแห่งบาวาเรีย อัครมุขนายกอีกองค์หนึ่งขึ้นมาสืบราชสมบัติแทน
ในเบื้องต้น ทหารจากทั้งสองฝ่ายสู้รบกันเพื่อแย่งชิงพื้นที่ภายในอาณาจักร นอกจากนี้บารอนและเคานท์หลายคนที่เป็นบริวารของผู้คัดเลือกยังปกครองจังหวัดดัทช์ที่อยู่ใกล้เคียงได้แก่เวสต์ฟาเลิน, ลีแยฌและเนเธอร์แลนด์ใต้ (เนเธอร์แลนด์ของสเปน) ความซับซ้อนของการสัญญาว่าจะรับใช้ (enfeoffment) และการมอบสมบัติให้กับบุตรคนรอง (appanage) ในราชวงศ์ต่างๆ ทำให้การพิพาทภายในขยายใหญ่ขึ้นจนกลายเป็นเหตุพิพาทระดับรัฐที่แบ่งออกเป็นสองฝ่ายคือ ฝ่ายที่สนับสนุนโปรแตสแตนต์ได้แก่รัฐผู้คัดเลือกพาลาทิเนต และทหารรับจ้างชาวดัทช์, สก็อตและอังกฤษ กับฝ่ายที่สนับสนุนคาทอลิกได้แก่ดัชชีแห่งบาวาเรีย และทหารรับจ้างจากรัฐสันตะปาปา ใน ค.ศ. 1586 เหตุพิพาทขยายวงกว้างขึ้นไปอีก โดยในตอนนี้มีทหารสเปนมาเกี่ยวข้องโดยตรง รวมถึงทหารรับจ้างชาวอิตาลีที่อยู่ฝ่ายคาทอลิก ในขณะที่ฝ่ายโปรแตสแตนต์ได้รับการสนับสนุนทางการเงินและการทูตจากพระเจ้าอองรีที่ 3 แห่งฝรั่งเศสและสมเด็จพระราชินีนาถเอลิซาเบธที่ 1 แห่งอังกฤษ
ความขัดแย้งครั้งนี้เกิดขึ้นพร้อมกับการลุกฮือของชาวดัทช์ ที่เกิดขึ้นระหว่าง ค.ศ. 1583 - 1588 ทำให้มีจังหวัดดัทช์ที่กำลังลุกฮือและสเปนเข้ามาร่วมในสงครามนี้ด้วย สงครามโคโลญทำให้อำนาจการปกครองดินแดนเยอรมันทางตอนตะวันตกเฉียงเหนือเป็นของราชวงศ์วิตเตลส์บาค และนำมาสู่การปฏิรูปคาทอลิกในภูมิภาคไรน์ด้านท้ายน้ำ เหตุการณ์ครั้งนี้ยังเป็นบรรทัดฐานให้รัฐภายนอกทำการการแทรกแซงความขัดแย้งทางศาสนาและราชบัลลังก์ในเยอรมันอีกด้วย
