สงครามดอกกุหลาบ (อังกฤษ: Wars of the Roses) เป็นชุดสงครามราชวงศ์ที่ผู้สนับสนุนราชวงศ์แพลนแทเจเนตสองสายที่เป็นคู่แข่งชิงราชบัลลังก์อังกฤษกัน ได้แก่ ราชวงศ์แลงแคสเตอร์และราชวงศ์ยอร์ก (ซึ่งสัญลักษณ์ตราประจำตระกูล คือ ดอกกุหลาบสีแดงและสีขาวตามลำดับ) ทั้งสองฝ่ายรบกันเป็นช่วงห่าง ๆ กันระหว่างปี 1455 ถึง 1485 แม้จะมีการสู้รบที่เกี่ยวข้องอีกทั้งก่อนหน้าและหลังช่วงนี้ สงครามดังกล่าวเป็นผลจากปัญหาทางสังคมและการเงินหลังสงครามร้อยปี ชัยชนะบั้นปลายเป็นของผู้เรียกร้องเชื้อสายแลงแคสเตอร์ค่อนข้างห่าง เฮนรี ทิวดอร์ ผู้กำราบพระเจ้าริชาร์ดที่ 3 พระมหากษัตริย์พระองค์สุดท้ายแห่งราชวงศ์ยอร์ก และอภิเษกสมรสกับเอลิซาเบธแห่งยอร์ก พระราชธิดาในพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 เพื่อรวมสองราชวงศ์ หลังจากนั้น ราชวงศ์ทิวดอร์ปกครองอังกฤษและเวลส์เป็นเวลา 117 ปี
เฮนรีแห่งโบลิงโบรกทรงก่อตั้งราชวงศ์แลงแคสเตอร์ขณะทรงราชย์ในปี 1399 เมื่อทรงถอดพระเจ้าริชาร์ดที่ 2 พระภราดร (ลูกพี่ลูกน้อง) จากราชสมบัติ พระราชโอรส พระเจ้าเฮนรีที่ 5 ยังทรงรักษาการอยู่ในราชสมบัติของตระกูลไว้ได้ แต่เมื่อพระองค์เสด็จสวรรคตในปี 1422 พระเจ้าเฮนรีที่ 6 ทายาทของพระองค์ เป็นทารก การอ้างสิทธิในราชบัลลังก์ของราชวงศ์แลงแคสเตอร์สืบมาจากจอห์นแห่งกอนต์ ดยุกที่ 1 แห่งแลงแคสเตอร์ พระราชโอรสที่ยังมีพระชนมชีพพระองค์ที่สามในพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 3 สิทธิในราชบัลลังก์ของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 6 ถูกริชาร์ด ดยุคแห่งยอร์คคัดค้าน ผู้สามารถอ้างว่าสืบเชื้อสายจากไลโอเนลแห่งแอนต์เวิร์ป และเอ็ดมันด์แห่งแลงลีย์ ดยุกที่ 1 แห่งยอร์กพระราชโอรสที่ยังมียังมีพระชนมชีพพระองค์ที่สองและสี่ในพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 3 ริชาร์ดแห่งยอร์ค ผู้ดำรงตำแหน่งสำคัญของรัฐหลายตำแหน่ง ทะเลาะกับราชวงศ์แลงแคสเตอร์สำคัญ ๆ ในราชสำนักและกับมาร์กาเรตแห่งอ็องฌู พระมเหสีในพระเจ้าเฮนรีที่ 6
แม้เคยเกิดการปะทะกันด้วยอาวุธระหว่างผู้สนับสนุนราชวงศ์ยอร์กและแลงแคสเตอร์มาก่อนหน้านั้นแล้ว แต่การสู้รบเปิดเผยครั้งแรกเกิดขึ้นในปี 1455 ที่ยุทธการที่เซนต์ออลบันส์ครั้งที่ 1 ราชวงศ์แลงแคสเตอร์คนที่โดดเด่นหลายคนเสียชีวิต แต่ทายาทที่เหลือยังพยาบาทกับริชาร์ด แม้จะมีการฟื้นฟูสันติภาพชั่วคราว มาร์กาเรตแห่งอ็องฌู ดลให้ราชวงศ์แลงแคสเตอร์คัดค้านอิทธิพลของเอิร์ลแห่งยอร์ค การสู้รบดำเนินต่ออย่างรุนแรงขึ้นในปี 1459 เอิร์ลแห่งยอร์คและผู้สนับสนุนของพระองค์ถูกบีบให้หนีออกนอกประเทศ แต่ผู้สนับสนุนที่โดดเด่นที่สุดของพระองค์คนหนึ่ง เอิร์ลแห่งวอริก บุกครองอังกฤษจากกาเลและสามารถจับพระเจ้าเฮนรีเป็นเชลยได้ที่ยุทธการที่นอร์แธมป์ตัน เอิร์ลแห่งยอร์คเสด็จกลับประเทศและเป็นผู้พิทักษ์อังกฤษ (Protector of England) แต่ทรงถูกปรามมิให้อ้างสิทธิในราชบัลลังก์ มาร์กาเร็ตและอภิชนแลงแคสเตอร์ผู้ไม่ยอมปรองดองประชุมกำลังทางเหนือของอังกฤษ และเมื่อเอิร์ลแห่งยอร์คเคลื่อนทัพขึ้นเหนือไปปราบ พระองค์กับเอ็ดเวิร์ด พระราชโอรสพระองค์ที่สอง ถูกปลงพระชนม์ทั้งคู่ที่ยุทธการเวคฟีลด์ในเดือนธันวาคม 1460 กองทัพแลงแคสเตอร์รุกลงใต้และจับพระเจ้าเฮนรีเป็นเชลยได้อีกในยุทธการที่เซนต์ออลบันส์ครั้งที่ 2 แต่ไม่สามารถยึดครองกรุงลอนดอนไว้ได้ และถอยกลับไปทางเหนือในเวลาต่อมา พระราชโอรสองค์โตของเอิร์ลแห่งยอร์ค เอ็ดเวิร์ด เอิร์ลแห่งมาร์ช ได้รับการประกาศเป็นพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 พระองค์ระดมกองทัพราชวงศ์ยอร์คและได้ชัยเด็ดขาดที่ยุทธการที่โทว์ทันเมื่อเดือนมีนาคม 1461
หลังการลุกขึ้นต่อต้านของแลงแคสเตอร์ทางเหนือถูกกำราบในปี 1464 และพระเจ้าเฮนรีถูกจับเป็นเชลยอีกครั้ง พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดทะเลาะกับเอิร์ลแห่งวอริก สมญา "ผู้สร้างกษัตริย์" (Kingmaker) ผู้สนับสนุนและที่ปรึกษาหลักของพระองค์ และยังแตกแยกกับพระสหายหลายคน และกระทั่งพระบรมวงศานุวงศ์ โดยทรงสนับสนุนตระกูลของสมเด็จพระราชินีเอลิซาเบธ วูดวิลล์ซึ่งมีอำนาจขึ้นอย่างรวดเร็ว ซึ่งพระองค์ทรงอภิเษกสมรสด้วยอย่างลับ ๆ ทีแรก เอิร์ลแห่งวอริกพยายามยกน้องชาย จอร์จ ดยุกแห่งแคลเรนซ์ เป็นพระมหากษัตริย์ แล้วจึงฟื้นฟูพระเจ้าเฮนรีที่ 6 กลับสู่ราชสมบัติ จากนั้นสองปี พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 ทรงได้รับชัยชนะสมบูรณ์อีกครั้งที่บาร์เนต (เมษายน 1471) ที่ซึ่งเอิร์ลแห่งวอริกถูกสังหาร และทูกสบรี (พฤษภาคม 1471) ที่ซึ่งเอ็ดเวิร์ดแห่งเวสต์มินสเตอร์ ทายาทแลงแคสเตอร์ ถูกประหารชีวิตหลังยุทธการ พระเจ้าเฮนรีถูกปลงพระชนม์ในหอคอยลอนดอนหลายวันจากนั้น ยุติลำดับการสืบราชสันตติวงศ์โดยตรงของแลงแคสเตอร์
จากนั้น บ้านเมืองค่อนข้างสงบอยู่พักหนึ่ง จนพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดเสด็จสวรรคตกะทันหันในปี 1483 ริชาร์ด ดยุกแห่งกลอสเตอร์ พระอนุชาที่ยังมีพระชนมชีพของพระองค์ ทีแรกเคลื่อนไหวเพื่อกันมิให้ตระกูลวูดวิลล์ที่ไม่เป็นที่นิยมของพระมเหสีหม้ายของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดเข้าร่วมในรัฐบาลระหว่างที่พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 5 พระราชโอรสของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ด ยังทรงพระเยาว์ จึงยึดราชบัลลังก์เป็นของตน โดยอ้างว่า การสมรสของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 ไม่ชอบด้วยกฎหมาย เฮนรี ทิวดอร์ พระญาติห่าง ๆ ของพระมหากษัตริย์แลงแคสเตอร์ผู้รับสืบทอดการอ้างสิทธิ์มาด้วย ชนะพระเจ้าริชาร์ดที่บอสเวิร์ธฟิลด์ในปี 1485 พระองค์ราชาภิเษกเป็นพระเจ้าเฮนรีที่ 7 และอภิเษกสมรสกับเอลิซาเบธแห่งยอร์ก พระราชธิดาในพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 เพื่อรวมและประสานราชวงศ์ทั้งสอง
ชื่อ “สงครามดอกกุหลาบ” เชื่อกันว่ามิได้เป็นชื่อที่ใช้กันในระหว่างสงครามแต่ที่มาของชื่อมาจากตราประจำพระราชวงศ์ทั้งสอง กุหลาบแดงแห่งแลงแคสเตอร์ และ กุหลาบขาวแห่งยอร์ค สงครามดอกกุหลาบเป็นชื่อที่มานิยมเรียกกันในคริสต์ศตวรรษที่ 19 หลังจากการพิมพ์หนังสือชื่อ “แอนน์แห่งไกเออร์สไตน์” (Anne of Geierstein) โดยเซอร์วอลเตอร์ สกอตต์ สกอตต์ใช้ชื่อที่มาจากบทละครเรื่อง “พระเจ้าเฮนรีที่ 6 ตอนที่ 1” โดยวิลเลียม เชกสเปียร์ซึ่งสองฝ่ายที่เป็นปฏิปักษ์ต่อกันเลือกดอกกุหลาบสีต่างกันที่วัดเทมเพิล
แม้ว่าดอกกุหลาบจะใช้บ้างบางครั้งระหว่างสงคราม แต่ผู้เข้าร่วมสงครามส่วนใหญ่แล้วจะติดตราของเจ้าของที่ดินผู้ที่เกี่ยวข้อง ซึ่งเป็นระบบที่ไม่เป็นทางการที่เจ้าของที่ดินสัญญาว่าจะปกป้องคุ้มครองผู้ที่ทำมาหากินในที่ดินโดยให้ใช้ตราและสัญลักษณ์ การขยายตัวของระบบนึ้ทำให้อำนาจของพระมหากษัตริย์เสื่อมลงและเป็นสาเหตุหนึ่งที่ทำให้เกิดสงครามขึ้น ตัวอย่างของการใช้สัญลักษณ์ก็ได้แก่กองกำลังของพระเจ้าเฮนรีที่ 7 ที่บอสเวิร์ธที่ใช้ธงมังกรแดง และกองกำลังยอร์คที่ใช้สัญลักษณ์หมีขาว ความสำคัญของดอกกุหลาบมาเกิดขึ้นเมื่อพระเจ้าเฮนรีที่ 7 หลังจากยุติสงครามแล้วทรงรวมดอกกุหลาบแดงและขาวเป็นดอกกุหลาบแดงขาวดอกเดียวที่เรียกว่า “กุหลาบทิวดอร์”
นอกจากนั้นแล้วชื่อของทั้งสองราชวงศ์ก็ไม่มีความเกี่ยวข้องแต่อย่างใดกับเมืองยอร์กและเมืองแลงแคสเตอร์ หรือเทศมณฑลยอร์กเชอร์และแลงคาเชอร์แม้ว่าการแข่งขันคริกเกตหรือรักบีระหว่างสองเทศมณฑลนี้จะใช้คำว่า “สงครามดอกกุหลาบ” ก็ตาม อันที่จริงแล้วอาณาบริเวณที่เกี่ยวข้องกับดัชชีแลงแคสเตอร์ส่วนใหญ่อยู่ในกลอสเตอร์เชอร์ นอร์ธเวลส์ และเชสเชอร์ ขณะที่อสังหาริมทรัพย์และปราสาทของดัชชียอร์กตั้งอยู่ทั่วไปในอังกฤษแม้ว่ส่วนใหญ่จะอยู่ในภูมิภาคชายแดนเวลส์ระหว่างเวลส์และอังกฤษ
สงครามเป็นการต่อสู้ระหว่างขุนนางหรือชนชั้นเจ้านาย ทหารผู้อยู่ในอารักขา และทหารรับจ้างจากต่างประเทศ ผู้สนับสนุนของแต่ละฝ่ายก็ขึ้นอยู่กับความสัมพันธ์กับราชวงศ์เช่นอาจจะเป็นญาติพี่น้องสายเลือดเดียวกัน ความสัมพันธ์ที่เกิดจากการเสกสมรสระหว่างขุนนางกับราชวงศ์ใดราชวงศ์หนึ่งผู้ไต่เต้าขึ้นมามีอำนาจ และ การมอบหรือการยึดตำแหน่งขุนนางและที่ดิน
ระบบอำนาจขุนนางที่เรียกว่า “livery and maintenance” เป็นระบบอย่างไม่เป็นทางการ ที่หมายความว่าขุนนางเป็นผู้มีอำนาจผู้ต้องให้การอารักขาให้แก่ผู้ติดตามเป็นการแลกเปลี่ยนกับการเป็นฝ่ายเดียวกันและการมีสิทธิที่จะใช้ตราของขุนนางเอง (“livery”) และเป็นผู้มีอำนาจในการมีกองทัพที่ต้องจ่ายเงินบำรุงรักษา (“maintenance”) ระบบที่ว่านี้เป็นสิ่งที่ทำให้ลิดรอนอำนาจของพระมหากษัตริย์ลง อีกปัจจัยหนึ่งที่ทำให้อำนาจของพระมหากษัตริย์เสื่อมลงคือระบบที่เรียกว่าระบบศักดินาสวามิภักดิ์ (bastard feudalism) โดยนักประวัติศาสตร์รุ่นต่อมาซึ่งก็ยังไม่เป็นที่ตกลงกันว่าเป็นคำที่เหมาะสมหรือไม่ การมอบอำนาจให้แก้ผู้จงรักภักดีจากขุนนางเป็นเรื่องปกติแต่มิใช่เป็นการมอบที่เป็นไปตามระบบโครงสร้างเดียวกัน แต่เป็นการให้อำนาจต่อกันตามความพอใจของแต่ละบุคคลที่ทำให้เกิดการแบ่งแยกเป็นฝักเป็นฝ่าย
เมื่อพิจารณาถึงความจงรักภักดีทางสายเลือด การสมรส และความทะเยอทะยานในการแสวงหาอำนาจแล้วก็ไม่เป็นที่น่าแปลกใจว่าจะมีผู้เปลี่ยนข้างกันไปมากันอย่างเป็นเรื่องปกติ และการแพ้การชนะกันในยุทธการก็ขึ้นอยู่กับการทรยศ
กองทหารก็เป็นผู้ถืออาวุธของขุนนางที่ประกอบด้วยนายขมังธนูและทหารราบ บางครั้งก็จะมีทหารรับจ้างจากต่างประเทศเข้าร่วมพร้อมกับปืนใหญ่และปืนพก การใช้ทหารม้าเป็นไปอย่างจำกัดเช่นในการใช้ลาดตระเวน การต่อสู้ส่วนใหญ่ก็เป็นการต่อสู้ตัวต่อตัวของทหารราบ บางครั้งขุนนางก็อาจจะลงจากหลังม้าลงมาเข้าร่วมต่อสู้กับไพร่พล เพื่อเป็นแรงบันดาลใจ และเป็นการกำจัดข่าวลือที่ว่าผู้มีตำแหน่งสูงเมื่อเพลี่ยงพล้ำอาจจะถูกจับตัวไปเรียกค่าไถ่ขณะที่ทหารธรรมดาไม่มีค่าตัวแต่อย่างใดก็จะถูกสังหาร
ความขัดแย้งระหว่างราชวงศ์แลงแคสเตอร์และราชวงศ์ยอร์กเริ่มขึ้นเมื่อพระเจ้าริชาร์ดที่ 2 ถูกโค่นราชบัลลังก์โดยเฮนรี โบลลิงโบรก ดยุกแห่งแลงแคสเตอร์ผู้เป็นลูกพี่ลูกน้องกันในปี ค.ศ. 1399 ก่อนหน้านั้นรัฐบาลของพระเจ้าริชาร์ดก็ไม่เป็นที่นิยมของประชาชนและขุนนางอยู่แล้ว ความตั้งใจแรกของเฮนรี โบลลิงโบรกเมื่อเดินทางกลับมาจากการลี้ภัยก็เพื่อมาอ้างสิทธิในการเป็นดยุกแห่งแลงแคสเตอร์ของตนเอง แต่เมื่อมาถึงโบลลิงโบรคก็ได้รับการสนับสนุนจากขุนนางส่วนใหญ่ให้ทำการเปลี่ยนแปลงระบบการปกครอง โบลลิงโบรกจึงทำการโค่นราชบัลลังก์และราชาภิเษกเป็นพระเจ้าเฮนรีที่ 4
ถ้าว่ากันตามลำดับการสืบสันตติวงศ์กันแล้วในฐานะที่เป็นลูกของจอห์นแห่งกอนต์ ดยุกที่ 1 แห่งแลงแคสเตอร์ (พระราชโอรสพระองค์ที่สามในพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 3 แห่งอังกฤษ) โบลลิงโบรคก็แทบจะไม่มีสิทธิในการสืบราชบัลลังก์ ตามธรรมเนียมแล้วราชบัลลังก์ควรจะผ่านไปทางผู้สืบสายที่เป็นชายของไลโอเนลแห่งแอนต์เวิร์ป ดยุกที่ 1 แห่งแคลเรนซ์ พระราชโอรสพระองค์ที่สองในพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 3 และตามความเป็นจริงแล้วพระเจ้าริชาร์ดที่ 2 เองผู้ไม่มีพระราชโอรสธิดาก็ได้ทรงประกาศให้โรเจอร์ มอร์ติเมอร์ เอิร์ลที่ 4 แห่งมาร์ช หลานของไลโอเนลแห่งแอนต์เวิร์ปเป็น “รัชทายาท” แต่โรเจอร์ มอร์ติเมอร์มาเสียชีวิตเสียก่อนในปีก่อนหน้านั้น ฉะนั้นเอ็ดมันด์ มอร์ติเมอร์ เอิร์ลที่ 5 แห่งมาร์ช บุตรของโรเจอร์ก็ควรจะมีสิทธิต่อจากบิดา แต่ก็ไม่มีขุนนางผู้ใดที่สนับสนุนการอ้างสิทธิของเอ็ดมันด์ มอร์ติเมอร์
เมื่อยึดราชบัลลังก์ได้แล้ว เพียงสองสามปีหลังจากนั้นพระเจ้าเฮนรีที่ 4 ก็ต้องเผชิญกับการปฏิวัติต่อต้านหลายครั้งในเวลส์ เชสเตอร์ และนอร์ธัมเบอร์แลนด์ ที่ฝ่ายต่างๆ ที่ก่อการปฏิวัติต่างก็ใช้ข้ออ้างของสิทธิในการครองราชบัลลังก์ของเอ็ดมันด์ มอร์ติเมอร์เป็นเครื่องบังหน้า โบลลิงโบรคสามารถปราบปรามผู้แข็งข้อกลุ่มต่างๆ ได้แต่ก็เป็นไปด้วยความยากลำบาก
พระเจ้าเฮนรีที่ 4 เสด็จสวรรคตในปี ค.ศ. 1413 พระราชโอรสพระเจ้าเฮนรีที่ 5 ขึ้นครองราชบัลลังก์ต่อมา พระเจ้าเฮนรีที่ 5 ทรงเป็นนักการทหารผู้มีความสามารถและทรงได้รับความสำเร็จในยุทธการในสงครามร้อยปีในฝรั่งเศส ซึ่งเป็นผลทำให้เป็นกษัตริย์ที่เป็นที่นิยมและช่วยในการสร้างความมั่นคงของราชวงศ์แลงคาสเตอร์ในการครองราชบัลลังก์อังกฤษ
ระหว่างรัชสมัยอันสั้นพระเจ้าเฮนรีที่ 5 ก็ทรงประสบการคิดร้ายต่อพระองค์ครั้งหนึ่งในการคบคิดเซาท์แธมตัน (Southampton Plot) ที่นำโดยริชาร์ดแห่งโคนิสเบิร์ก เอิร์ลแห่งเคมบริดจ์ที่ 3 (Richard of Conisburgh, 3rd Earl of Cambridge) บุตรชายของเอ็ดมันด์แห่งแลงลีย์ ดยุกแห่งยอร์คที่ 1 พระราชโอรสองค์ที่ 5 ของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 3 แต่การคบคิดไม่ประสบความสำเร็จ เอิร์ลแห่งเคมบริดจ์ถูกประหารชีวิตในปี ค.ศ. 1415 ในข้อหากบฏต่อแผ่นดิน ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นของการรณรงค์ที่นำไปสู่ยุทธการอาแฌงคูร์ต (Battle of Agincourt) ภรรยาของเอิร์ลแห่งเคมบริดจ์แอนน์ เดอ มอร์ติเมอร์ ก็มีสิทธิในการอ้างสิทธิในราชบัลลังก์เพราะเป็นลูกสาวของโรเจอร์ มอร์ติเมอร์ เอิร์ลแห่งมาร์ชที่ 4 ซึ่งเท่ากับสืบเชื้อสายมาจากไลโอเนลแห่งอันท์เวิร์พ เอ็ดมันด์พี่ของแอนน์เป็นผู้มีความจงรักภักดีต่อเฮนรีเสียชีวิตโดยไม่มีบุตรฉะนั้นสิทธิของเอ็ดมันด์จึงผ่านต่อมายังแอนน์
ริชาร์ด ลูกของเอิร์ลแห่งเคมบริดจ์และแอนน์ เดอ มอร์ติเมอร์เพิ่งมีอายุได้ 4 ปีเมื่อบิดาถูกประหารชีวิต ตำแหน่งดยุกแห่งยอร์กจึงตกมาเป็นของริชาร์ดจากพี่ชายคนโตของเอิร์ลแห่งเคมบริดจ์เอ็ดเวิร์ดแห่งนอริช ดยุกแห่งยอร์กที่ 2 (Edward of Norwich, 2nd Duke of York) ผู้เสียชีวิตในการต่อสู้เคียงข้างกับพระเจ้าเฮนรีที่ 5 ในยุทธการที่อาแซ็งกูร์ แม้ว่าทรัพย์สินของเอิร์ลแห่งเคมบริดจ์จะถูกริบ แต่ต่อมาพระเจ้าเฮนรีพระราชทานพระราชานุญาตให้ริชาร์ดได้รับบรรดาศักดิ์และพระราชทานดินแดนที่เป็นของลุงที่เสียชีวิตไปโดยไม่มีบุตร พระเจ้าเฮนรีผู้มีพระอนุชาสามพระองค์และทรงเป็นผู้มีพระสุขภาพพลานามัยดีไม่มีเหตุผลใดใดที่จะต้องทรงวิตกถึงความมั่นคงของราชวงศ์แลงคาสเตอร์ในการครองราชบัลลังก์ แต่หลังจากการสิ้นพระชนม์ของพระองค์แล้วพระราชโอรสองค์เดียวที่มีก็เป็นผู้นำผู้ไม่มีประสิทธิภาพ และพระอนุชาก็ไม่มีบุตรธิดาที่มีสิทธิซึ่งทำให้เหลือแต่ลูกพี่ลูกน้องห่างๆ ของตระกูลโบฟอร์ทที่อาจจะเป็นรัชทายาทได้ ฉะนั้นการอ้างสิทธิของริชาร์ด ดยุกแห่งยอร์กจึงกลายเป็นสิ่งสำคัญ และในที่สุดราชบัลลังก์ก็เปลี่ยนมือไปเป็นของราชวงศ์ยอร์ก
เมื่อพระเจ้าเฮนรีที่ 5 เสด็จสวรรคตอย่างกะทันหันในปี ค.ศ. 1422 พระเจ้าเฮนรีที่ 6 แห่งอังกฤษพระราชโอรสผู้ขึ้นครองราชย์ต่อมายังคงมีพระชนมายุได้เพียง 9 เดือน หลังจากการเสียชีวิตของจอห์นแห่งแลงแคสเตอร์ ดยุกที่ 1 แห่งเบดฟอร์ด พระปิตุลา ในปี ค.ศ. 1435 แล้วพระองค์ก็ทรงมีแต่ผู้สำเร็จราชการและที่ปรึกษาประจำพระองค์ที่ไม่เป็นที่นิยม นอกจากพระปิตุลาทางพระราชบิดาฮัมฟรีย์ ดยุกแห่งกลอสเตอร์ (Humphrey, Duke of Gloucester) แล้วบุคคลอื่นที่มีชื่อเสียงก็ได้แก่เอ็ดมันด์ โบฟอร์ต ดยุกที่ 1 แห่งซัมเมอร์เซ็ท และวิลเลียม เดอ ลา โพล ดยุกที่ 1 แห่งซัฟโฟล์ก ผู้ที่ถูกกล่าวหาว่าไม่มีสมรรถภาพในการบริหารรัฐบาล และในการบริหารการทำสงครามร้อยปีกับฝรั่งเศส ภายใต้การปกครองของพระเจ้าเฮนรีที่ 6 ดินแดนเกือบทั้งหมดของอังกฤษในฝรั่งเศสรวมทั้งดินแดนที่ได้มาจากการได้รับชัยชนะในการสงครามของพระราชบิดาก็สูญเสียกลับไปให้กับฝรั่งเศส
ในที่สุดดยุกแห่งซัฟโฟล์กก็สามารถกำจัดฮัมฟรีย์ ดยุกแห่งกลอสเตอร์สำเร็จโดยจับในข้อหากบฏ ฮัมฟรีย์เสียชีวิตในปี ค.ศ. 1447 ขณะที่รอการพิจารณาคดีในศาล แต่เมื่อสถานะการณ์ในฝรั่งเศสผันผวนไปดยุกแห่งซัฟโฟล์คก็ถูกปลดจากตำแหน่งและถูกฆาตกรรมระหว่างที่พยายามหนีไปหลบภัย ดยุกแห่งซัมเมอร์เซตขึ้นมามีอำนาจแทนในฐานะผู้นำผู้พยายามหาความสันติกับฝรั่งเศส แต่ดยุกแห่งยอร์กผู้ได้รับหน้าที่เป็นผู้บังคับบัญชาทหารแห่งฝรั่งเศส (Lieutenant in France) ต่อจากดยุกแห่งเบดฟอร์ดผู้เป็นผู้นำฝ่ายที่ต้องการทำสงครามกับฝรั่งเศสต่อไปวิพากษ์วิจารณ์ราชสำนักและโดยเฉพาะดยุกแห่งซัมเมอร์เซ็ทว่าจำกัดเงินทุนและกำลังคนระหว่างที่พยายามต่อสู้อยู่ในฝรั่งเศส
พระเจ้าเฮนรีที่ 6 แทบจะไม่มีส่วนร่วมในความขัดแย้งต่างๆ ที่เกิดขึ้น โดยความคิดเห็นทั่วไปแล้วเป็นพระมหากษัตริย์ที่อ่อนแอไม่มีสมรรถภาพ นอกจากนั้นก็ยังมีพระอาการเสียพระสติเป็นระยะ ๆ ซึ่งอาจจะเป็นอาการที่เป็นกรรมพันธุ์มาจากพระเจ้าชาลส์ที่ 6 แห่งฝรั่งเศส พระอัยกาเมื่อมาถึงปี ค.ศ. 1450 ก็เป็นที่ตกลงกันว่าไม่ทรงมีความสามารถทำหน้าที่เป็นพระพระมหากษัตริย์ได้อีกต่อไป
ในปี ค.ศ. 1450 ก็เกิดการปฏิวัติในเค้นท์ที่เรียกว่าการปฏิวัติของแจ็ก เคด (Jack Cade) ข้อร้องทุกข์ของผู้ปฏิวัติคือการถูกขูดรีดจากข้าราชสำนักบางคนของรัฐบาลและความไม่มีประสิทธิภาพของราชสำนักในการปกป้องสิทธิของเจ้าของอสังหาริมทรัพย์ไม่ว่าในระดับใด ผู้ปฏิวัติเข้ามายึดบางส่วนของลอนดอนแต่ถูกประชาชนลอนดอนขับไล่ออกไปเพราะเที่ยวมาปล้นขโมย ฝ่ายก่อการสลายตัวไปหลังจากได้รับคำสัญญาว่าจะไม่ถูกลงโทษรวมทั้งเคด แต่เคดถูกประหารชีวิตต่อมา
สองปีต่อมาริชาร์ด ดยุกแห่งยอร์กกลับอังกฤษจากที่ไปเป็นผู้บังคับบัญชาทหารแห่งไอร์แลนด์ (Lieutenant of Ireland) และได้นำกำลังมายังลอนดอนเพื่อเรียกร้องให้ปลดดยุกแห่งซัมเมอร์เซ็ทและให้มีการปฏิรูปรัฐบาล ในช่วงนี้มีขุนนางเพียงไม่กี่คนที่สนับสนุนนโยบายที่รุนแรงเช่นว่า ดยุกแห่งยอร์คต้องยอมต่อกองทัพที่มีพลานุภาพเหนือกว่าที่แบล็คฮีธ หลังจากนั้นก็ถูกจับไปคุมขังระหว่างปี ค.ศ. 1452 ถึงปี ค.ศ. 1453 แต่ถูกปล่อยตัวหลังจากที่สาบานว่าจะไม่ยกอาวุธต่อต้านฝ่ายราชสำนักอีก
ความขัดแย้งในราชสำนักก็เช่นเดียวกันกับเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นโดยทั่วไปในประเทศที่ตระกูลขุนนางต่างก็เกิดความขัดแย้งกันเป็นการส่วนตัวและไม่ยอมรับอำนาจจากทางราชสำนักและอำนาจทางศาลมากขึ้นทุกขณะ กรณีที่มีชื่อเสียงคือความบาดหมางระหว่างเพอร์ซีย์และเนวิลล์ ในหลายกรณีเป็นการต่อสู้ระหว่างขุนนางเก่ากับขุนนางใหม่ที่เพิ่งได้รับอำนาจเพิ่มขึ้นและอิทธิพลขึ้นมาในสมัยพระเจ้าเฮนรีที่ 4 ความบาดหมางระหว่างเพอร์ซีย์และเนวิลล์ซึ่งเป็นความขัดแย้งระหว่างตระกูลเพอร์ซีย์หรือเอิร์ลแห่งนอร์ทธัมเบอร์แลนด์ซึ่งเป็นตระกูลเก่ากับตระกูลเนวิลล์ที่เพิ่งรุ่งเรืองขึ้นมาก็เป็นความขัดแย้งเช่นที่ว่านี้ อีกกรณีหนึ่งก็คือความขัดแย้งระหว่างตระกูลคอร์เทเนย์สและตระกูลบอนวิลล์สในคอร์นวอลล์และเดวอนเชอร์ ปัจจัยหนึ่งของปัญหานี้คือบรรดาทหารจำนวนมากที่กลับมาหลังจากการพ่ายแพ้ในฝรั่งเศส ขุนนางที่มีปัญหาความขัดแย้งก็ใช้ทหารเหล่านี้ในการโจมตี หรือใช้ในการข่มขู่ฝ่ายตรงข้ามหรือเข้าไปข่มขู่เจ้าหน้าที่หรือผู้พิพากษาในศาล
ความขัดแย้งระหว่างฝักฝ่ายขุนนางต่างๆ ที่มีกองกำลังส่วนตัว และความฉ้อโกงของราชสำนักของพระเจ้าเฮนรีที่ 6 เป็นผลให้เกิดความคุกรุ่นที่พร้อมที่จะนำไปสู่สงครามกลางเมือง เมื่อมีพระมหากษัตริย์ที่อ่อนแออำนาจจึงตกไปอยู่ในมือของผู้ที่อยู่ใกล้ชิดพระองค์ ในกรณีนี้คือในมือของดยุกแห่งซัมเมอร์เซตและฝ่ายแลงแคสเตอร์ ริชาร์ดและฝ่ายยอร์คที่อยู่ไกลจากอำนาจก็พบว่าอำนาจร่อยหรอลงไปทุกวัน เช่นเดียวกับอำนาจของพระมหากษัตริย์ แต่อำนาจฝ่ายแลงคาสเตอร์เพิ่มมากขึ้นเมื่อพระเจ้าเฮนรีพระราชทางดินแดนต่างๆ ให้แก่ฝ่ายแลงคาสเตอร์
ในปี ค.ศ. 1453 พระเจ้าเฮนรีทรงเสียพระสติอีก ครั้งนี้รุนแรงขนาดที่ไม่ทรงรู้จักเอ็ดเวิร์ดแห่งเวสต์มินสเตอร์พระราชโอรสของพระองค์เอง สภาผู้สำเร็จราชการที่ได้รับการก่อตั้งนำโดยดยุกแห่งยอร์คผู้เป็นที่นิยมในฐานะเจ้าผู้พิทักษ์ ดยุกแห่งยอร์คจึงเริ่มใช้อำนาจมากขึ้น โดยสั่งจับดยุกแห่งซัมเมอร์เซตและสนับสนุนตระกูลเนวิลล์ที่รวมทั้งน้องเขยริชาร์ด เนวิลล์ เอิร์ลที่ 5 แห่งซอลสบรีและลูกชายริชาร์ด เนวิลล์ เอิร์ลที่ 16 แห่งวอริก ในการดำเนินการเป็นปฏิปักษ์ต่อเฮนรี เพอร์ซีย์ เอิร์ลที่ 2 แห่งนอร์ธัมเบอร์แลนด์ ผู้สนับสนุนพระเจ้าเฮนรีต่อไป
พระเจ้าเฮนรีทรงหายจากการเสียพระสติในปี ค.ศ. 1455 และกลับไปตกอยู่ภายใต้อิทธิพลของผู้ใกล้ชิดกับพระองค์ในราชสำนัก โดยนำของพระนางมาร์กาเร็ตแห่งอองชู ผู้กลายเป็นผู้นำฝ่ายแลงแคสเตอร์โดยปริยาย ริชาร์ด ดยุกแห่งยอร์กก็ถูกบังคับให้ออกจากราชสำนัก พระนางมาร์กาเร็ตทรงสร้างพันธมิตรขึ้นเพื่อต่อต้านและลดอำนาจของริชาร์ด ความขัดแย้งในที่สุดก็นำไปสู่สงครามในปี ค.ศ. 1455
ดยุกแห่งยอร์กทรงนำกองกำลังย่อยไปยังลอนดอนและไปประจันหน้ากับกองทัพของพระเจ้าเฮนรีที่หมู่บ้านเซนต์อัลบันทางตอนเหนือของลอนดอนเมื่อวันที่ 22 พฤษภาคม ค.ศ. 1455 ยุทธการที่เซนต์ออลบันส์ครั้งที่ 1 ซึ่งเป็นการต่อสู้ที่ไม่ใหญ่นักเป็นการเปิดฉากสงครามกลางเมือง จุดประสงค์ของริชาร์ด ดยุกแห่งยอร์คก็เพื่อกำจัด “ที่ปรึกษาผู้ไร้สมรรถภาพ” ของพระเจ้าเฮนรี ผลของยุทธการฝ่ายแลงคาสเตอร์ของพระเจ้าเฮนรีได้รับความพ่ายแพ้ ผู้นำฝ่ายแลงคาสเตอร์คนสำคัญหลายคนที่รวมทั้งดยุกแห่งซัมเมอร์เซตและเอิร์ลแห่งนอร์ธัมเบอร์แลนด์เสียชีวิตในสนามรบ เมื่อการต่อสู้สิ้นสุดลงแล้วฝ่ายยอร์กก็พบพระเจ้าเฮนรีประทับซึมอยู่พระองค์เดียวในเตนต์ขณะที่ข้าราชสำนักและมหาดเล็กต่างก็ละทิ้งพระองค์ เพราะมีพระอาการเสียพระสติอีกครั้ง (และทรงได้รับความบาดเจ็บจากธนูเล็กน้อยที่พระศอ) ฝ่ายยอร์กและพันธมิตรจึงเป็นฝ่ายที่มีอำนาจขึ้นมาอีกครั้งหนึ่ง เมื่อโค่นอำนาจของพระเจ้าเฮนรีได้แล้วยอร์กก็ตั้งตนเป็น “ผู้อารักขา” (Protector) พระนางมาร์กาเรตแห่งอ็องฌูทรงถูกกีดกันให้เป็นดูแลพระเจ้าเฮนรี
ในระยะแรกทั้งสองฝ่ายต่างก็ตกตะลึงมีการต่อสู้ที่เกิดขึ้นจริงๆ และต่างฝ่ายต่างก็พยายามหาทางปรองดองกัน แต่ในที่สุดสาเหตุที่แท้จริงที่ทำให้เกิดปัญหาก็หวนกลับมาอีกครั้งหนึ่ง โดยเฉพาะในกรณีที่เกี่ยวกับผู้ใดเป็นผู้มีสิทธิในราชบัลลังก์ระหว่างดยุกแห่งยอร์คและพระเจ้าเฮนรีและเอ็ดเวิร์ดพระราชโอรสของพระเจ้าเฮนรี มาร์กาเร็ตไม่ทรงยอมรับข้อตกลงใดๆ ที่จะเป็นการยกเลิกสิทธิของเอ็ดเวิร์ดจากราชบัลลังก์ และเป็นที่เห็นชัดได้ว่าจะไม่ทรงยอมตราบใดที่ดยุกแห่งยอร์กและฝักฝ่ายของพระองค์ยังคงมีอำนาจทางทหารอยู่
ในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 1456 พระเจ้าเฮนรีก็มีพระอาการดีขึ้นและทรงสามารถกลับมาทำหน้าที่เป็นพระมหากษัตริย์ได้ ซึ่งทำให้ดยุกแห่งยอร์กไม่ต้องมีหน้าที่เป็น “ผู้อารักขา” อีกต่อไป ในฤดูใบไม้ร่วงในปีเดียวกันพระเจ้าเฮนรีก็เสด็จประพาสบริเวณมิดแลนด์ซึ่งเป็นบริเวณที่พระองค์ทรงเป็นที่นิยม มาร์กาเร็ตไม่ทรงยอมให้พระเจ้าเฮนรีเสด็จกลับลอนดอนที่พ่อค้าในเมืองต่างก็มีความไม่พึงพอใจต่อความเสื่อมโทรมทางการค้าและบ้านเมืองที่ขาดระบบ พระองค์จึงทรงตั้งราชสำนักขึ้นที่โคเวนทรี ขณะนั้นดยุกแห่งซัมเมอร์เซ็ทก็กลายมาเป็นคนโปรด ขณะเดียวกันมาร์กาเร็ตก็ทรงหว่านล้อมให้เฮนรีปลดข้าราชสำนักต่างๆ ที่ได้รับการแต่งตั้งขึ้นเมื่อดยุกแห่งยอร์กเป็น “ผู้อารักขา” ออก ขณะที่ดยุกถูกเรียกตัวให้กลับไปเป็นข้าหลวงแห่งไอร์แลนด์
ความระส่ำระสายต่างๆ ที่เกิดขึ้นก็รวมทั้งความวุ่นวายในเมืองหลวง การต่อสู้ทางตอนเหนือของอังกฤษระหว่างตระกูลเนวิลล์และตระกูลเพอร์ซีย์ที่เริ่มขึ้นอีกครั้งหนึ่ง) นอกจากนั้นทางด้านใต้ของประเทศการถูกโจมตีโดยโจรสลัดก็เพิ่มมากขึ้น แต่พระเจ้าเฮนรีและพระนางมาร์กาเร็ตก็มัวแต่ทรงพะวงกับการรักษาตำแหน่งของพระองค์ โดยมาร์กาเร็ตทรงเริ่มใช้การเกณฑ์ทหารขึ้นเป็นครั้งแรกในอังกฤษ ขณะที่พันธมิตรของฝ่ายยอร์คเอิร์ลแห่งวอริก หรือที่ต่อมารู้จักกันในนามว่า “ผู้สร้างกษัตริย์” ก็เริ่มเป็นที่นิยมกันมากขึ้นในกรุงลอนดอนในฐานะผู้สนับสนุนผลประโยชน์ของพ่อค้า
ในฤดูใบไม้ผลิ ค.ศ. 1458 ทอมัส บูเชียร์อาร์ชบิชอปแห่งแคนเทอร์เบอรีพยายามหาทางให้ทั้งสองฝ่ายหันกลับมาปรองดองกัน ขุนนางต่างๆ ก็เดินทางมายังลอนดอนเพื่อเข้าร่วมการประชุมสภาครั้งใหญ่ อาร์ชบิชอปเจรจาข้อตกลงอันซับซ้อนเพื่อพยายามเลี่ยงการนองเลือดเช่นที่เกิดขึ้นในยุทธการที่เซนต์ออลบันส์ครั้งที่ 1 หลังจากที่การประชุมจบลง เมื่อวันที่ 25 มีนาคม ค.ศ. 1458 พระเจ้าเฮนรีก็เสด็จนำขบวนไปยังมหาวิหารเซนต์พอลตามด้วยขุนนางทั้งฝ่ายแลงแคสเตอร์และยอร์กประสานมือกัน แต่ทันทีที่จบการเดินทั้งสองฝ่ายก็แยกกันวางแผนหาทางกำจัดอำนาจของกันและกันอีก
หลังจากดยุกแห่งยอร์กกลับมาจากไอร์แลนด์โดยไม่ได้รับการอนุญาตแล้วการต่อสู้ก็ดำเนินต่อไป ดยุกแห่งยอร์คเรียกตระกูลเนวิลล์ให้มาสมทบที่ที่มั่นที่ปราสาทลัดโลว์ ในยุทธการที่บลอร์ฮีธในสตัฟฟอร์ดเชอร์ที่เกิดขึ้นเมื่อวันที่ 23 กันยายน ค.ศ. 1459 ฝ่ายแลงแคสเตอร์ก็ไม่สามารถหยุดยั้ง ริชาร์ด เนวิลล์ เอิร์ลที่ 5 แห่งซอลสบรี จากการเดินทัพไปยังปราสาทมิดเดิลแลมในยอร์กเชอร์เพื่อไปยังสมทบกันที่ลัดโลว์ได้ หลังจากนั้นกองกำลังของฝ่ายยอร์กที่ได้รับกำลังหนุนก็เผชิญหน้ากับกองทัพฝ่ายแลงแคสเตอร์ที่ใหญ่ขึ้นในยุทธการที่ลัดฟอร์ดบริดจ์ กองกำลังของวอริกจากกาเลภายใต้การนำของแอนดรูว์ ทรอลล็อปเปลี่ยนข้างไปเข้ากับฝ่ายแลงแคสเตอร์ ฝ่ายผู้นำของยอร์กจึงจำต้องหนีร่น ดยุกแห่งยอร์กกลับไปไอร์แลนด์ และเอ็ดเวิร์ด เอิร์ลแห่งมาร์ช (ลูกชายคนโตของดยุกแห่งยอร์ค) เอิร์ลแห่งซอลสบรี และเอิร์ลแห่งวอริคหนีไปคาเลส์
หลังจากนั้นฝ่ายฝ่ายแลงแคสเตอร์ก็กลับมามีอำนาจ ฝ่ายยอร์คและผู้สนับสนุนถูกประกาศว่าเป็นกบฏต่อแผ่นดิน การที่จะได้ตำแหน่ง ที่ดิน และอสังหาริมทรัพย์คืนมาก็ด้วยการรุกรานเท่านั้น ดยุกแห่งซัมเมอร์เซ็ทถูกส่งไปเป็นข้าหลวงแห่งคาเลส์ ซัมเมอร์เซ็ทพยายามขับไล่เอิร์ลแห่งวอริคออกจากคาเลส์แต่ก็ไม่สำเร็จ ฝ่ายยอร์คกล้าถึงกับเริ่มส่งเรือมารุกรานอังกฤษจากคาเลส์ ที่ทำให้บ้านเมืองยิ่งระส่ำระสายมากขึ้น วอริคเดินทางไปไอร์แลนด์เพื่อไปร่วมวางแผนกับดยุกแห่งยอร์คโดยเลี่ยงเรือหลวงที่พยายามกีดกันที่นำโดยเฮนรี ฮอลแลนด์ ดยุกแห่งเอ็กซิเตอร์ที่ 3 (Henry Holland, 3rd Duke of Exeter) ได้อย่างง่ายดาย
ในปลายเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1460 วอริก ซอลสบรี และ เอ็ดเวิร์ด เอิร์ลแห่งมาร์ชก็ข้ามช่องแคบอย่างรวดเร็วมาตั้งที่มั่นอยู่ที่เค้นท์และลอนดอนและได้รับการสนับสนุนจากประชาชนโดยทั่วไปอย่างกว้างขวาง รวมทั้งการสนับสนุนจากผู้แทนของสันตะปาปา จากนั้นฝ่ายวอริคก็เดินทัพขึ้นเหนือ พระเจ้าเฮนรีก็ทรงนำทัพลงมาทางใต้เพื่อมาต่อต้านฝ่ายยอร์ก ขณะที่มาร์กาเรตยังคงประทับอยู่ทางเหนือกับพระราชโอรส ในยุทธการที่นอร์แธมป์ตันเมื่อวันที่ 10 กรกฎาคม ฝ่ายยอร์กที่นำโดยวอริคก็มีชัยต่อฝ่ายแลงคาสเตอร์ โดยได้รับความช่วยเหลือจากผู้ที่ทรยศต่อพระเจ้าเฮนรี พระองค์ทรงถูกทิ้งไว้ให้ฝ่ายยอร์คจับตัวไปได้อีกครั้งหนึ่งและนำตัวเดินทางกลับไปยังลอนดอน
เมื่อได้รับชัยชนะแล้วริชาร์ด ดยุกแห่งยอร์ค ก็เพิ่มความกดดันในการอ้างสิทธิในการเป็นพระมหากษัตริย์แห่งราชบัลลังก์อังกฤษโดยอ้างว่าฝ่ายแลงคาสเตอร์ครองบัลลังก์โดยไม่ชอบธรรม หลังจากการขึ้นฝั่งทางตอนเหนือของเวลส์ริชาร์ดและภรรยาซิซิลี เนวิลล์ก็เข้ากรุงลอนดอนในพิธีที่ใช้กับพระมหากษัตริย์เท่านั้น รัฐสภาถูกเรียกประชุม เมื่อเข้ามาในที่ประชุมดยุกแห่งยอร์กก็เดินรี่ไปยังที่ตั้งบัลลังก์ซึ่งคงหวังว่าขุนนางในที่ประชุมจะสนับสนุนให้นั่งดังเช่นที่เคยเกิดขึ้นมาก่อนกับสมเด็จพระเจ้าเฮนรีที่ 4 ในปี ค.ศ. 1399 แต่แทนที่จะทำเช่นนั้นขุนนางต่างก็เงียบงันไปทั้งสภา ริชาร์ดจึงประกาศอ้างสิทธิ ซึ่งทำให้ขุนนางแม้แต่วอริกและซอลสบรีต่างตกตลึงกับการอนุมานสิทธิของริชาร์ด ขณะนั้นจุดประสงค์ของกลุ่มผู้ปฏิวัติก็เพียงเพื่อที่กำจัดที่ปรึกษาราชการแผ่นดินของพระเจ้าเฮนรีเท่านั้นมิใช่เพื่อเป็นการโค่นราชบัลลังก์
วันต่อมาริชาร์ดก็นำผังการสืบสายเลือดของตนเองมาเสนอต่อรัฐสภาเพื่อสนับสนุนข้ออ้างที่กล่าวว่าตนเองเป็นผู้สืบเชื้อสายมาจากไลโอเนลแห่งอันท์เวิร์พซึ่งก็ทำให้สมาชิกบางคนก็อ่อนใจลงบ้าง รัฐสภาจึงตกลงออกเสียงตัดสินว่าสิทธิของริชาร์ดเหนือกว่าพระเจ้าเฮนรีหรือไม่ เสียงสนันสนุนส่วนใหญ่ที่มากกว่าเพียงห้าเสียงก็อนุมัติให้พระเจ้าเฮนรียังคงครองราชบัลลังก์ต่อไป ในเดือนตุลาคมปี ค.ศ. 1460 รัฐสภาก็ออกพระราชบัญญัติสอดคล้อง (Act of Accord) ซึ่งพระราชบัญญัติในการประนีประนอมที่แต่งตั้งให้ดยุกแห่งยอร์คเป็นทายาทในการสืบราชบัลลังก์ต่อจากพระเจ้าเฮนรี และยกเลิกสิทธิในการเป็นรัชทายาทของเอ็ดเวิร์ดพระราชโอรสของพระเจ้าเฮนรีผู้ขณะนั้นมีพระชนมายุหกพรรษา ริชาร์ดยอมรับข้อตกลง ซึ่งเป็นการได้รับเกือบทุกอย่างที่ตั้งใจไว้ โดยเฉพาะเมื่อได้รับแต่งตั้งให้เป็น “ผู้พิทักษ์อาณาจักร” และมีอำนาจการปกครองในนามของพระเจ้าเฮนรี
พระนางมาร์กาเรตเสด็จหนีขึ้นไปทางตอนเหนือของเวลส์ซึ่งขณะนั้นยังอยู่ในมือของฝ่ายแลงแคสเตอร์ขณะที่ขุนนางฝ่ายแลงแคสเตอร์ไปรวมกองกำลังกันทางเหนือของอังกฤษ ทางดยุกแห่งยอร์กก็ออกจากลอนดอนในปลายปีนั้นพร้อมกับเอิร์ลแห่งซอลสบรีเพื่อไปปราบปรามฝ่ายแลงคาสเตอร์ที่ไปรวมกำลังกันและตั้งที่มั่นกันอยู่ที่ยอร์ก ดยุกแห่งยอร์กตั้งหลักรับอยู่ที่ปราสาทแซนดัลไม่ไกลจากเวคฟิลด์ระหว่างคริสต์มัสปี ค.ศ. 1460 เมื่อมาถึงวันที่ 30 ธันวาคมกองทหารฝ่ายยอร์คก็ออกจากเวคฟิลด์ไปโจมตีฝ่ายแลงคาสเตอร์ ฝ่ายยอร์คมีกองกำลังที่น้อยกว่ามากซึ่งเป็นผลให้ได้รับความพ่ายแพ้ในยุทธการที่เวกฟิลด์ ดยุกแห่งยอร์คเสียชีวิตในสนามรบ เอ็ดมันด์ เอิร์ลแห่งรัแลนด์ลูกชายของยอร์กอายุ 17 ปีและเอิร์ลแห่งซอลสบรีถูกจับตัวได้และถูกสังหาร พระนางมาร์กาเรตมีพระราชเสาวณีย์ให้นำหัวของทั้งสามคนไปเสียบประจานไว้หน้าประตูเมืองยอร์ก
ขณะเดียวกันพระนางมาร์กาเรตก็เสด็จขึ้นไปยังสกอตแลนด์เพื่อไปเจรจาขอความช่วยเหลือจากสกอตแลนด์ แมรีแห่งเกลเดรอส์ พระมเหสีในพระเจ้าเจมส์ที่ 2 แห่งสกอตแลนด์ทรงตกลงมอบกองกำลังให้แต่มีข้อแม้ว่าฝ่ายอังกฤษต้องคืนเบริก-อะพอน-ทวีดให้กับสกอตแลนด์ และต้องจัดการหมั้นหมายเจ้าชายเอ็ดเวิร์ดกับพระธิดาของพระองค์ พระนางมาร์กาเรตทรงยอมตกลงตามข้อเสนอแม้ว่าจะไม่ทรงมีทุนทรัพย์ในการเลี้ยงกองทัพที่ได้มา แต่ทรงสัญญาทรัพย์สินที่จะได้จากการโจมตีผู้มีฐานะมั่งคั่งในดินแดนอังกฤษ ตราบใดที่ทหารสัญญาว่าจะไม่ทำการปล้นจากแม้น้ำเทร้นท์ลงไป
พระราชบัญญัติสอดคล้องและเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นที่ยุทธการที่เวกฟิลด์ทิ้งให้เอ็ดเวิร์ดเอิร์ลแห่งมาร์ชบุตรคนโตอายุ 18 ปีของยอร์กกลายเป็นดยุกแห่งยอร์กคนต่อมา และเป็นทายาทในการอ้างสิทธิในราชบัลลังก์ต่อ เอ็ดเวิร์ดรวบรวมกองกำลังของผู้สนับสนุนในบริเวณชายแดนระหว่างอังกฤษและเวลส์ เมื่อปะทะกันในยุทธการมอร์ติเมอร์ครอสในแฮรฟอร์ดเชอร์ เอ็ดเวิร์ดก็ได้รับชัยชนะต่อกองทัพของฝ่ายแลงคาสเตอร์ที่นำโดยแจสเปอร์ ทิวดอร์ที่มาจากเวลส์ เอ็ดเวิร์ดทรงปลุกขวัญทหารด้วย “นิมิต” ของพระอาทิตย์สามดวงยามรุ่งอรุณที่ทรงเห็น (ปรากฏการณ์ที่เรียกว่าพระอาทิตย์ทรงกลด (parhelion)) โดยทรงกล่าวว่าการเห็นพระอาทิตย์สามดวงเป็นสัญลักษณ์ของลูกของยอร์กสามคนที่ยังมีชีวิตอยู่ พระองค์เองและพระอนุชาอีกสององค์จอร์จ และริชาร์ด ชัยชนะครั้งนี้ทำให้ทรงใช้ “sunne in splendour” (พระอาทิตย์อันรุ่งโรจน์) เป็นสัญลักษณ์ประจำพระองค์เมื่อขึ้นครองราชย์เป็นพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 ต่อมา
ขณะเดียวกันกองทัพของพระนางมาร์กาเรตก็นำกองทัพเดินลงมาทางใต้ โดยหากินด้วยการเที่ยวปล้นตามเมืองหรือหมู่บ้านที่ผ่านระลงมาเรื่อยๆ ในลอนดอนวอริคก็เริ่มใช้การโฆษณาชวนเชื่อให้ผู้คนหันมาสนับสนุนฝ่ายยอร์ค เมืองโคเวนทรีเปลี่ยนข้างมาสนับสนุนฝ่ายยอร์ก จากนั้นวอริกก็นำทัพไปตั้งรับอยู่ที่เซนต์ออลบันทางเหนือกรุงลอนดอนเพื่อจะกันไม่ให้ฝ่ายแลงแคสเตอร์ลงมายังลอนดอนได้ แต่กองทัพของพระราชีนีมาร์กาเร็ตที่มีจำนวนมากกว่าเลี่ยงไปทางตะวันตกและอ้อมกลับมาตีหลังวอริกในยุทธการที่เซนต์ออลบันส์ครั้งที่ 2 ฝ่ายแลงคาสเตอร์จึงได้รับชัยชนะอีกครั้งหนึ่ง ขณะที่กองทหารฝ่ายยอร์กต้องหนีร่นทิ้งพระเจ้าเฮนรีให้ประทับอยู่ใต้ต้นไม้อยู่เพียงลำพังกับทหารรักษาพระองค์
ทันทีที่ยุทธการเสร็จสิ้นลงพระเจ้าเฮนรีก็พระราชทานบรรดาศักดิ์ขุนนางให้แก่ทหารฝ่ายแลงแคสเตอร์สามสิบคน ความเคียดแค้นระหว่างสองฝ่ายเห็นได้จากการที่พระนางมาร์กาเรตมีพระราชเสาวณีย์ให้เอ็ดเวิร์ดแห่งเวสต์มินสเตอร์พระราชโอรสผู้มีพระชันษาเพียงเจ็ดปีเป็นผู้ตัดสินวิธีลงโทษทหารฝ่ายยอร์กที่ถูกทิ้งไว้รักษาความปลอดภัยแก่พระราชบิดา
เมื่อฝ่ายแลงแคสเตอร์เริ่มเดินทางเข้าไกล้ลอนดอนมากขึ้น ความประหวั่นพรั่นพรึงก็เกิดขึ้นทั่วไปในลอนดอน ถึงกับมีข่าวร่ำลือถึงความทารุณโหดร้ายของทหารจากทางเหนือที่จะเข้ามาปล้นและทำลายเมือง ประชาชนลอนดอนจึงปิดประตูเมือง และไม่ยอมให้อาหารและเสบียงแก่กองทหารของพระนาง ผู้ที่ทำการปล้นมาตลอดทางจนแม้เมื่อมาถึงปริมณฑลของลอนดอนในฮาร์ตเฟิร์ดเชอร์และมิดเดิลเซ็กซ์
ขณะเดียวกันเอ็ดเวิร์ด เอิร์ลแห่งมาร์ชก็นำทัพที่ไปรวมกับกองทัพของวอริคที่ยังเหลืออยู่ตามลงมายังลอนดอนจากทางตะวันตก ซึ่งประจวบการถอยกลับขึ้นไปทางเหนือของพระนางมาร์กาเรตไปยังดันสเตเบิล เอ็ดเวิร์ดและวอริคจึงสามารถนำกองทัพเข้าลอนดอนได้ ซึ่งก็ได้รับการต้อนรับจากชาวเมืองอย่างกระตือรือร้น เมื่อมาถึงช่วงนี้เอ็ดเวิร์ดก็ไม่สามารถจะอ้างได้ว่าเพียงต้องการที่จะกำจัดที่ปรึกษาราชการแผ่นดินของพระเจ้าเฮนรีได้อีก การต่อสู้กลายเป็นการต่อสู้เพื่อการชิงราชบัลลังก์ เอ็ดเวิร์ดต้องการที่จะวางรากฐานทางอำนาจซึ่งก็ทรงได้รับเมื่อทอมัส เคมป์ บิชอปแห่งลอนดอนประกาศถามความเห็นชาวเมืองลอนดอนว่าต้องการผู้ใดชาวเมืองก็พร้อมใจกันตะโกนว่า “พระเจ้าเอ็ดเวิร์ด” ความเห็นนี้ก็ได้รับการสนับสนุนจากรัฐสภา หลังจากนั้นเอ็ดเวิร์ดก็ได้รับราชาภิเษกอย่างรีบเร่งอย่างไม่เป็นทางการที่เวสต์มินสเตอร์แอบบีย์ท่ามกลางความยินดีของบรรดาประชาชนโดยทั่วไป เอ็ดเวิร์ดทรงตั้งคำปฏิญาณว่าจะไม่รับราชาภิเษกอย่างเป็นทางการจนกว่าพระเจ้าเฮนรีและพระนางมาร์กาเรตจะถูกสำเร็จโทษหรือเนรเทศ และทรงประกาศว่าพระเจ้าเฮนรีทรงสละสิทธิในราชบัลลังก์เมื่อทรงอนุญาตให้พระนางมาร์กาเรตถืออาวุธต่อต้านผู้มีสิทธิในราชบัลลังก์ที่ถูกต้องตามกฎหมาย ซึ่งเท่ากับเป็นการละเมิดพระราชบัญญัติสอดคล้องตามที่ได้ตกลงกันไว้ก่อนหน้านั้น
หลังจากนั้นเอ็ดเวิร์ดและวอริกก็นำกองทัพใหญ่ขึ้นไปทางเหนือไปปะทะกับกองทัพของฝ่ายแลงแคสเตอร์ที่มีกำลังพอ ๆ กันที่โทว์ทัน ยุทธการที่โทว์ทันไม่ไกลจากยอร์กที่เกิดขึ้นเป็นยุทธการที่ใหญ่ที่สุดในสงครามดอกกุหลาบ ทั้งสองฝ่ายตกลงกันว่าปัญหาทั้งหมดต้องตกลงกันให้เป็นที่สิ้นสุดกันในวันนั้นโดยไม่มีฝ่ายใดที่จะยอมประนีประนอมแม้แต่เพียงก้าวเดียว ทหารที่เข้าร่วมต่อสู้มีทั้งหมดด้วยกันประมาณ 40,000 ถึง 80,000 คนโดยมีผู้เสียชีวิตราว 20,000 คนระหว่างการต่อสู้ หรือหลังจากการต่อสู้ ซึ่งเป็นผู้เสียชีวิตที่เป็นจำนวนอันมหาศาลที่เกิดขึ้นภายในวันเดียวบนแผ่นดินอังกฤษ ในยุทธการครั้งนี้เอ็ดเวิร์ดและผู้สนับสนุนได้รับชัยชนะอย่างเด็ดขาด ผู้นำของฝ่ายแลงแคสเตอร์เสียชีวิตไปเกือบทั้งหมด เมื่อได้ข่าวการพ่ายแพ้พระเจ้าเฮนรีและพระนางมาร์กาเรตผู้ประทับรออยู่ที่ยอร์กพร้อมกับพระราชโอรสก็เสด็จหนีขึ้นเหนือ ผู้ที่รอดมาได้จากยุทธการก็สลับข้างไปสนับสนุนพระเจ้าเอ็ดเวิร์ด ผู้ที่ไม่ยอมสนับสนุนก็ถูกไล่ขึ้นไปทางพรมแดนทางตอนเหนือและเวลส์ พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดทรงเปลี่ยนหัวของพระราชบิดา พระอนุชาเอ็ดมันด์ เอิร์ลแห่งรัทแลนด์ และเอิร์ลแห่งซอลสบรีที่เสียบประจานไว้หน้าเมืองยอร์ก ด้วยหัวของขุนนางแลงแคสเตอร์ผู้พ่ายแพ้เช่นหัวของจอห์น คลิฟฟอร์ด บารอนที่ 9 แห่งคลิฟฟอร์ด ผู้ถูกกล่าวหาว่าเป็นผู้มีบทบาทในการสังหารเอิร์ลแห่งรัทแลนด์หลังจากยุทธการที่เวกฟิลด์
พระราชพิธีราชาภิเษกอย่างเป็นทางการของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 เกิดขึ้นในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1461 ในกรุงลอนดอนโดยความยินดีของฝ่ายที่เกี่ยวข้อง พระองค์ทรงสามารถปกครองราชอาณาจักรอย่างร่มเย็นเป็นเวลาราวสิบปี แต่ก็ไม่ทรงสามารถมีอำนาจอย่างเด็ดขาดทางตอนเหนือจนกระทั่งปี ค.ศ. 1465 หลังจากยุทธการที่โทว์ทันแล้วพระเจ้าเฮนรีและพระนางมาร์กาเรตก็หนีภัยไปพึ่งราชสำนักสกอตแลนด์ภายใต้พระมหากรุณาธิคุณของพระเจ้าเจมส์ที่ 3 แห่งสกอตแลนด์ ในปลายปีทั้งสองพระองค์ก็เข้าโจมตีคาร์ไลล์แต่เพราะความที่ขาดงบประมาณก็ทำให้เพลี่ยงพล้ำต่อฝ่ายยอร์กที่พยายามยึดที่ตั้งมั่นสุดท้ายของฝ่ายแลงคาสเตอร์ทางตอนเหนือ ปราสาทหลายแห่งที่ยังอยู่ในมือของฝ่ายแลงแคสเตอร์ก็สามารถยืนหยัดต่อต้านฝ่ายยอร์กอยู่ได้เป็นเวลาหลายปีก่อนที่จะตกไปเป็นของฝ่ายยอร์ค
ในปี ค.ศ. 1464 ก็เกิดการปฏิวัติโดยฝ่ายแลงแคสเตอร์ทางตอนเหนือของอังกฤษโดยมีขุนนางแลงแคสเตอร์ที่รวมทั้งเฮนรี โบฟอร์ต ดยุกที่ 3 แห่งซัมเมอร์เซต เป็นผู้นำ ฝ่ายก่อการถูกปราบปรามโดยน้องชายของวอริคจอห์น เนวิลล์ มาร์ควิสที่ 1 แห่งมอนทากิว กองกำลังแลงคาสเตอร์บางส่วนถูกทำลายในยุทธการที่เฮ็ดจ์ลีย์มัวร์เมื่อวันที่ 25 เมษายนแต่จอห์น เนวิลล์ไม่สามารถปราบฝ่ายแลงแคสเตอร์ให้เสร็จสิ้นในทันทีได้เพราะอยู่ในระหว่างการรักษาความปลอดภัยให้แก่ผู้แทนจากสกอตแลนด์มายังยอร์ค แต่หลังจากนั้นเมื่อวันที่ 15 พฤษภาคมจอห์น เนวิลล์ก็สามารถเอาชนะกองทัพของซัมเมอร์เซ็ทได้ในยุทธการที่เฮ็กซัม ดยุกแห่งซัมเมอร์เซตถูกจับและถูกประหารชีวิต
พระเจ้าเฮนรีผู้ถูกปลดจากราชบัลลังก์ถูกจับได้เป็นครั้งที่สามในแลงคาเชอร์ในปี ค.ศ. 1465 และทรงถูกนำตัวกลับไปลอนดอนไปจำขังไว้ที่หอคอยแห่งลอนดอน ขณะเดียวกันอังกฤษก็อยู่ภายใต้การปกครองของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 ผู้สามารถเจรจาตกลงกับฝ่ายสกอตแลนด์สำเร็จ พระนางมาร์กาเรตและพระราชโอรสจึงทรงถูกบังคับให้ออกจากสกอตแลนด์ไปยังฝรั่งเศส ไปทรงดำรงราชสำนักอย่างสมถะอยู่หลายปี
ที่มั่นสุดท้ายของฝ่ายแลงแคสเตอร์ที่ปราสาทฮาร์เลกในเวลส์ก็ยอมแพ้ในปี ค.ศ. 1468 หลังจากที่ถูกล้อมอยู่เจ็ดปี
ในรัชสมัยของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ด เอิร์ลแห่งวอริกกลายเป็นขุนนางผู้มีอำนาจและเจ้าของที่ดินมากมายในอังกฤษ ก่อนหน้านั้นวอริกก็เป็นขุนนางผู้มีอำนาจและทรัพย์สินมากอยู่แล้วจากการสมรสและจากทรัพย์สมบัติที่ได้รับจากบิดาที่ได้มาจากทรัพย์ที่ยึดจากฝ่ายแลงแคสเตอร์ นอกจากนั้นก็ยังรับหน้าที่สำคัญต่าง ๆ หลายหน้าที่ ความที่เชื่อว่าอังกฤษควรจะมีความสัมพันธ์อันดีกับฝรั่งเศสวอริคก็ไปพยายามเจรจาต่อรองหาคู่อภิเษกสมรสชาวฝรั่งเศสให้กับสมเด็จพระเจ้าเอ็ดเวิร์ด แต่สมเด็จพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดทรงไปเสกสมรสอย่างลับ ๆ มาตั้งแต่ ค.ศ. 1464 แล้วกับเอลิซาเบธ วูดวิลล์แม่หม้ายของจอห์นแห่งเบดฟอร์ด ต่อมาพระองค์ก็ทรงประกาศการสมรสอย่างเป็นทางการซึ่งทำให้วอริกได้รับความอับอายขายหน้าเป็นอันมาก
ความอับอายที่ได้รับทำให้วอริกเคียดแค้นโดยเฉพาะเมื่อตระกูลวูดวิลล์เรืองอำนาจกลายเป็นคนโปรดของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดเหนือกว่าตระกูลเนวิลล์ของวอริค พระญาติของเอลิซาเบธต่างก็ได้สมรสกับครอบครัวขุนนางต่างๆ หรือไม่ก็ได้รับพระราชทานบรรดาศักดิ์เป็นขุนนางหรือตำแหน่งหน้าที่ทางราชการ ปัจจัยต่างๆ หลายอย่างเหล่านี้ทำให้วอริคยิ่งเพิ่มความไม่พอใจหนักขึ้นที่รวมทั้ง การที่พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดมีพระราชประสงค์ที่จะมีความสัมพันธ์กับเบอร์กันดีแทนที่จะเป็นฝรั่งเศส และความไม่ทรงเต็มพระทัยที่จะให้พระอนุชาสองพระองค์ คือ ดยุกแห่งแคลเรนซ์และดยุกแห่งกลอสเตอร์--ไปสมรสกับลูกสาวสองคนของวอริก คือ อิสซาเบล และ แอนน์ นอกจากนั้นความเป็นที่นิยมโดยประชาชนของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดก็เริ่มลดลงเมื่อมีการเรียกเก็บภาษีเพิ่มขึ้นและการขาดกฎและระเบียบที่เกิดขึ้นบ่อยครั้งขึ้น
เมื่อมาถึงปี ค.ศ. 1469 วอริคก็หันไปเป็นพันธมิตรกับดยุกแห่งแคลเรนซ์พระอนุชาของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดผู้ไปแต่งงานกับอิซาเบล เนวิลล์ ดัชเชสแห่งแคลเรนซ์แม้ว่าจะไม่เป็นที่ต้องพระทัยของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดก็ตาม วอริกและดยุกแห่งแคลเรนซ์รวบรวมพลเข้าต่อสู้กับฝ่ายแลงแคสเตอร์และได้รับชัยชนะในยุทธการที่เอ็ดจ์โคตมัวร์ พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดถูกจับตัวได้ที่โอลนีย์ในบักกิงแฮมเชอร์และถูกนำไปขังไว้ที่ปราสาทมิดเดิลแลม (Middleham Castle) ในยอร์กเชอร์ (ซึ่งทำให้วอริกมีพระเจ้าแผ่นดินอยู่ในมือสององค์) หลังจากนั้นวอริกก็จับและสังหารพระราชบิดาของพระราชินีริชาร์ด วูดวิลล์ เอิร์ลริเวอร์สที่ 1และพระอนุชาจอห์น แต่วอริกก็มิได้ทำการประกาศว่าพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดเป็นพระมหากษัตริย์ที่ไม่ถูกต้องตามกฎหมายหรือประกาศให้ดยุกแห่งแคลเรนซ์เป็นพระมหากษัตริย์ บ้านเมืองในขณะนั้นก็เต็มไปด้วยความระส่ำระสาย ขุนนางต่างก็ลุกขึ้นมาก่อตั้งกองทัพส่วนตัวเข่นฆ่าแก้แค้นกันจากสาเหตุต่าง ๆ ที่บาดหมางกันมาก่อนหน้านั้น ฝ่ายแลงแคสเตอร์ที่หมดอำนาจไปก่อนหน้านั้นก็ลุกขึ้นมาก่อความไม่สงบอีก แต่จะอย่างไรก็ตามก็มีขุนนางเพียงไม่กี่คนเท่านั้นที่สนับสนุนการยึดอำนาจของวอริค พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดถูกนำตัวกลับมาลอนดอนโดยน้องของวอริคจอร์จอาร์ชบิชอปแห่งยอร์กเพื่อมาทำความปรองดองกันกับวอริกอย่างน้อยก็เท่าที่เห็นกันภายนอก
เมื่อการก่อความไม่สงบเกิดขึ้นในลิงคอล์นเชอร์พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดก็ทรงสามารถปราบปรามได้อย่างง่ายดายในยุทธการที่ลูสโคตฟิล์ด จากคำให้การของผู้นำการปฏิวัติกล่าวหาว่าผู้ยุยงให้เกิดการก่อการคือวอริกและดยุกแห่งแคลเรนซ์ ทั้งสองคนจึงถูกประกาศว่าเป็นผู้ทรยศต่อแผ่นดินจนจำเป็นต้องหนีไปฝรั่งเศสที่พระนางมาร์กาเรตประทับลี้ภัยอยู่ พระเจ้าหลุยส์ที่ 11 แห่งฝรั่งเศสผู้ทรงต้องการที่จะหยุดยั้งความเป็นพันธมิตรระหว่างพระอนุชาเขยชาร์ลผู้อาจหาญ ดยุกแห่งเบอร์กันดีกับพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดจึงทรงแนะนำให้วอริกกับพระนางมาร์กาเรตหันมาร่วมมือกัน ซึ่งทั้งสองฝ่ายผู้เป็นศัตรูกันมาก่อนก็แสดงความไม่เต็มใจในระยะแรก แต่เมื่อมาพิจารณาแล้วก็เริ่มมองเห็นผลประโยชน์ที่อาจจะได้จากการเป็นพันธมิตรกัน แต่ผลประโยชน์ที่ต่างฝ่ายต่างคาดนั้นก็แตกต่างกันมาก วอริกต้องการพระเจ้าแผ่นดินที่ใช้เป็นหุ่นเช่นพระเจ้าเฮนรีหรือพระราชโอรส ส่วนพระนางมาร์กาเรตมีพระราชประสงค์ในการกู้ราชบัลลังก์ของพระองค์คืน แต่จะอย่างไรก็ตามผลของการตกลงคือการจัดการแต่งงานระหว่างแอนน์ลูกสาวของวอริกกับพระราชโอรสของพระองค์เจ้าชายเอ็ดเวิร์ด หลังจากนั้นวอริกก็ยกทัพไปรุกรานอังกฤษในฤดูใบไม้ร่วงของปี ค.ศ. 1470
ขณะนั้นที่วอริกยกทัพมาตีอังกฤษ พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดทรงนำทัพขึ้นไปทางเหนือเพื่อไปปราบการก่อความไม่สงบในยอร์กเชอร์ วอริกด้วยความช่วยเหลือของกองเรือภายใต้การนำของหลานทอมัส เนวิลล์ขึ้นฝั่งที่ดาร์ทมัธและรวบรวมกำลังผู้สนับสนุนจากมณฑลทางใต้และเมืองท่าต่างๆ ได้อย่างรวดเร็ว หลังจากนั้นวอริคก็นำทัพเข้ายึดกรุงลอนดอนในเดือนตุลาคมและนำพระเจ้าเฮนรีที่ 6 แห่ตามถนนรอบเมืองลอนดอนในฐานะกษัตริย์ผู้ได้รับการฟื้นฟู จอห์น เนวิลล์น้องของวอริคผู้ได้รับตำแหน่งลอยให้เป็นมาร์ควิสแห่งมองตากิวก็หันมาสนับสนุนพี่ชาย กองกำลังของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดผู้มิได้ทรงเตรียมตัวต่อเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นก็แตกกระจาย พระองค์และดยุกแห่งกลอสเตอร์หนีจากดอนคาสเตอร์ไปยังชายฝั่งทะเลข้ามไปยังฮอลแลนด์ไปลี้ภัยอยู่ในเบอร์กันดี พระองค์และพระอนุชาก็ถูกประกาศว่าเป็นผู้ทรยศต่อแผ่นดิน หลังจากนั้นฝ่ายแลงคาสเตอร์ที่ไปหนีภัยก็กลับมาอ้างสิทธิในอสังหาริมทรัพย์ที่ถูกยึดไปในระหว่างสมัยของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ด
แต่ความสำเร็จของวอริคก็เป็นไปเพียงชั่วระยะเวลาอันสั้น เมื่อวอริคเลยเถิดไปพยายามที่จะรุกรานเบอร์กันดีโดยเป็นพันธมิตรกับฝรั่งเศสเมื่อฝรั่งเศสสัญญาว่าจะให้ดินแดนในเนเธอร์แลนด์เป็นการตอบแทน ซึ่งเป็นผลให้ชาร์ลส์แห่งเบอร์กันดีมอบทุนทรัพย์และกองทหารที่ทำให้พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดสามารถนำกลับไปรุกรานอังกฤษได้ในปี ค.ศ. 1471 พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดเสด็จขึ้นฝั่งพร้อมกับทหารกลุ่มหนึ่งที่เรเวนสเปอร์ทางฝั่งทะเลตอนเหนือของอังกฤษในยอร์กเชอร์ เมื่อเริ่มแรกก็ทรงอ้างว่าเสด็จมาสนับสนุนพระเจ้าเฮนรีและขอบรรดาศักดิ์ดยุกแห่งยอร์กคืน แต่ไม่นานพระองค์ก็ทรงได้รับการสนับสนุนจากเมืองยอร์ค พระอนุชาดยุกแห่งแคลเรนซ์ผู้ไปสนับสนุนวอริคอยู่ชั่วระยะหนึ่งก็ทิ้งวอริคและหันกลับมาสนับสนุนพระองค์อีกครั้ง จากนั้นพระองค์ก็ทรงเดินทัพลงมาเพื่อยึดกรุงลอนดอน และมาปะทะกับกองทัพของวอริกในยุทธการที่บาร์เน็ต การต่อสู้เกิดขึ้นท่ามกลางหมอกที่ลงจัด กองกำลังของวอริคก็โจมตีกันเองด้วยความเข้าใจผิด และกองทัพของวอริกก็เชื่อกันโดยทั่วไปว่าโดนทรยศจึงหนีกันกระเจิดกระเจิง วอริกถูกสังหารขณะที่พยายามจะขึ้นม้า
พระนางมาร์กาเรตและเจ้าชายเอ็ดเวิร์ดพระราชโอรสขึ้นฝั่งที่เวสต์คันทรีเพียงสองสามก่อนหน้ายุทธการที่บาร์เน็ต แต่แทนที่จะเดินทางกลับฝรั่งเศสพระราชินีมาร์กาเร็ตก็เสด็จไปสมทบกับผู้สนับสนุนฝ่ายแลงคาสเตอร์ในเวลส์ แต่เมื่อทรงพยายามนำทัพข้ามแม่น้ำเซเวิร์นพระองค์ก็ทรงถูกยับยั้งโดยเมืองกลอสเตอร์ที่ไม่ยอมให้ข้าม กองทัพของพระองค์นำโดยเอ็ดมันด์ โบฟอร์ต ดยุกที่ 4 แห่งซัมเมอร์เซต เข้าต่อสู้และพ่ายแพ้อย่างย่อยยับในยุทธการที่ทูกสบรี เจ้าชายเอ็ดเวิร์ดรัชทายาทแห่งราชบัลลังก์อังกฤษของฝ่ายแลงคาสเตอร์ถูกสังหารในที่รบ พระเจ้าเฮนรีที่ 6 พระราชบิดาของพระองค์ก็ทรงถูกปลงพระชนม์เพียงสิบวันหลังจากนั้นเมื่อวันที่ 14 พฤษภาคม ค.ศ. 1471 เพื่อเป็นการสร้างความมั่นคงในการครองราชบัลลังก์แก่ฝ่ายยอร์ก
การฟื้นฟูพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 ในปี ค.ศ. 1471 บางก็กันเห็นว่าเป็นการสิ้นสุดของสงครามดอกกุหลาบหลัก บ้านเมืองกลับมามีความสงบสุขขึ้นอีกครั้งจนตลอดรัชสมัยของพระองค์ ริชาร์ด ดยุกแห่งกลอสเตอร์พระอนุชาองค์สุดท้องผู้ใกล้ชิดและสนับสนุนพระองค์มาตลอดพระชนม์ชีพ และวิลเลียม เฮสติงส ต่างก็ได้รับพระราชทานรางวัลในความจงรักภักดี และได้รับตำแหน่งเป็นข้าหลวงแห่งภาคเหนือ และ ข้าหลวงแห่งมิดแลนด์ตามลำดับ ดยุกแห่งแคลเรนซ์พระอนุชา ผู้ทรงเป็นปฏิปักษ์ต่อพระองค์เพิ่มขึ้นทุกขณะก็ถูกประหารชีวิตในที่สุดในปี ค.ศ. 1478 ในการมีส่วนพัวพันกับผู้ทรยศต่อแผ่นดินผู้ถูกลงโทษไปแล้ว
แต่เมื่อพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดมาเสด็จสวรรคตอย่างกะทันหันในปี ค.ศ. 1483 ความระส่ำระสายทางการเมืองก็อุบัติขึ้นอีกครั้งหนึ่ง ขุนนางต่างก็ชิงชังกับอิทธิพลของพระญาติพระวงศ์ตระกูลวูดวิลล์ของพระนางเอลิซาเบธ (แอนโทนี วูดวิลล์ เอิร์ลแห่งริเวอร์สที่ 2 พระเชษฐาและพระโอรสจากการสมรสครั้งแรกทอมัส เกรย์ มาร์ควิสที่ 1 แห่งดอร์เซต) และมองเห็นว่าเป็นขุนนางใหม๋ผู้ทะเยอทะยานและกระหายอำนาจ เมื่อสมเด็จพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดเสด็จสวรรคตพระราชโอรสผู้สืบราชบัลลังก์ต่อมาพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 5 ก็เพิ่งมีพระชนมายุเพียง 12 พรรษาผู้ที่ทรงได้รับการเลี้ยงดูภายใต้การนำของเอิร์ลแห่งริเวอร์สอยู่ที่ลัดโลว์
บนพระแท่นที่ประชวรพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดทรงแต่งตั้งให้พระอนุชาริชาร์ด ดยุกแห่งกลอสเตอร์เป็น “ผู้อารักขาอังกฤษ” (Protector of England) ขณะนั้นริชาร์ดยังอยู่ทางตอนเหนือของอังกฤษเมื่อพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดเสด็จสวรรคต วิลเลียม เฮสติงส์ บารอนเฮสติงส์ที่ 1 ก็รีบส่งข่าวไปให้ริชาร์ดลงมายังลอนดอนพร้อมกับกองทัพเพื่อมาปราบปรามฝ่ายวูดวิลล์ที่อาจจะลุกขึ้นมาต่อต้านเฮนรี สแตฟฟอร์ด ดยุกที่ 2 แห่งบักกิงแฮม ก็หันไปสนับสนุนริชาร์ด
ริชาร์ดและดยุกแห่งบักกิงแฮมเดินทางไปทันกับเอิร์ลแห่งริเวอร์สผู้กำลังนำพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 5 จากลัดโลว์ลงมายังกรุงลอนดอนที่สโตนีสแตรทฟอร์ดในมณฑลบักกิงแฮมเชอร์เมื่อวันที่ 28 เมษายน แม้ว่าทั้งสองฝ่ายจะกินอาหารเย็นด้วยกันอย่างฉันท์มิตรแต่ในวันรุ่งขึ้นริชาร์ดและดยุกแห่งบักกิงแฮมก็จับเอิร์ลแห่งริเวอร์สเป็นนักโทษ และให้เหตุผลกับพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดว่าเป็นการกระทำเพื่อป้องกันการสมรู้ร่วมคิดของตระกูลวูดวิลล์ในการพยายามที่จะปลงพระชนม์ เอิร์ลแห่งริเวอร์สและหลานริชาร์ด เกรย์ถูกส่งไปจำขังไว้ที่ปราสาทพอนทีแฟร็คในยอร์กเชอร์ก่อนที่จะถูกประหารชีวิตในปลายเดือนมิถุนายน
พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดเสด็จเข้ากรุงลอนดอนภายใต้การอารักขาของริชาร์ดพระปิตุลาเมื่อวันที่ 4 พฤษภาคมและถูกนำไปประทับอยู่ที่หอคอยแห่งลอนดอน ขณะที่พระนางเอลิซาเบธพระมารดาและพระราชโอรสธิดาองค์อื่น ๆ หนีไปหนีภัยอยู่ในเวสต์มินสเตอร์แอบบีย์ก่อนหน้านั้นแล้ว แม้ว่าทางมหาวิหารจะอยู่ในระหว่างการเตรียมตัวที่จะทำพิธีราชาภิเษกขึ้นในวันที่ 22 มิถุนายน ซึ่งถ้าเกิดขึ้นริชาร์ดก็หมดอำนาจและหน้าที่ เมื่อวันที่ 13 มิถุนายนริชาร์ดก็เรียกประชุมสภาองคมนตรี ในที่ประชุมริชาร์ดกล่าวหาว่าวิลเลียม เฮสติงส บารอนเฮสติงสที่ 1 และผู้อื่นว่าคบคิดกันเป็นปฏิปักษ์ต่อตนเอง เฮสติงสถูกประหารชีวิตอย่างเร่งด่วนภายในวันเดียวกัน
จากนั้นทอมัส บูเชียร์ อาร์ชบิชอปแห่งแคนเทอร์เบอรีก็หว่านล้อมให้พระนางเอลิซาเบธส่งริชาร์ดแห่งชรูว์สบรี ดยุกที่ 1 แห่งยอร์ก พระอนุชาองค์รองของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ด ผู้มีพระชนมายุ 9 พรรษาไปประทับกับพระเชษฐาในหอคอยแห่งลอนดอน เมื่อได้พระโอรสมาสองพระองค์แล้วริชาร์ดก็กล่าวหาว่าการเสกสมรสระหว่างพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 และพระนางเอลิซาเบธเป็นการเสกสมรสที่ไม่ถูกต้องตามกฎหมาย ฉะนั้นพระราชโอรสทั้งสองพระองค์จึงเป็นลูกนอกคอกและไม่มีสิทธิในราชบัลลังก์ รัฐสภามีความเห็นพ้องและออก “พระราชบัญญัติว่าด้วยตำแหน่งอันถูกต้อง” (Titulus Regius) ที่ระบุให้ริชาร์ด ดยุกแห่งกลอสเตอร์เป็นพระเจ้าริชาร์ดที่ 3 พระโอรสสองพระองค์ของพระเชษฐาที่ถูกจำขังในหอคอยที่มารู้จักกันว่า “เจ้าชายในหอคอย” หายสาบสูญไป ซึ่งอาจจะทรงถูกฆาตกรรม แต่จะโดยผู้ใดหรือด้วยคำสั่งของผู้ใดก็ไม่เป็นที่ทราบ ซึ่งทำให้เกิดการสันนิษฐานกันไปต่าง ๆ มาจนกระทั่งทุกวันนี้
หลังจากที่ทรงได้รับการราชาภิเษกในพิธีอันใหญ่โตเมื่อวันที่ 6 กรกฎาคมแล้ว พระเจ้าริชาร์ดก็เสด็จประพาสมิดแลนด์สและทางตอนเหนือของอังกฤษ พระราชทานสิ่งของต่าง ๆ ให้แก่ผู้คนโดยทั่วไป และใบพระราชานุญาตต่างๆ รวมทั้งการแต่งตั้งพระราชโอรสขึ้นเป็นเจ้าชายแห่งเวลส์ด้วย
ผู้เป็นปฏิปักษ์ขึ้นครองราชย์ของพระเจ้าริชาร์ดที่ 3 เริ่มก่อตัวกันขึ้นทางตอนใต้ เมื่อวันที่ 18 ตุลาคมเฮนรี สแตฟฟอร์ด ดยุกที่ 2 แห่งบักกิงแฮม (ผู้ก่อนหน้านั้นมีบทบาทสำคัญทำให้พระเจ้าริชาร์ดได้ขึ้นครองราชบัลลังก์และตนเองก็พอจะมีสิทธิในราชบัลลังก์อยู่บ้าง) ก็นำการปฏิวัติเพื่อยกเฮนรี ทิวดอร์ผู้เป็นฝ่ายแลงแคสเตอร์ขึ้นครองราชย์ ประเด็นการถกเถียงถึงสาเหตุที่ดยุกแห่งบักกิงแฮมเปลี่ยนข้างไปสนับสนุนฝ่ายแลงแคสเตอร์แทนที่จะสนับสนุนพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 5 ริชาร์ดแห่งชรูว์สบรี หรือพระอนุชาก็คงเป็นเพราะดยุกแห่งบักกิงแฮมทราบแล้วว่าทั้งสองพระองค์สิ้นพระชนม์ไปแล้ว ขุนนางที่เคยสนับสนุนพระเจ้าริชาร์ดในการต่อต้านตระกูลวูดวิลล์หันมาเป็นปฏิปักษ์ต่อพระองค์เมื่อทรงยึดอำนาจมาเป็นของพระองค์เอง และเมื่อมีข่าวลือว่าทรงเป็นผู้มีบทบาทในการฆาตกรรมพระราชนัดดาสองพระองค์
สิทธิในราชบัลลังก์ของฝ่ายแลงแคสเตอร์ตกมาถึงเฮนรี ทิวดอร์หลังจากการเสด็จสวรรคตของพระเจ้าเฮนรีที่ 6 และพระราชโอรสในปี ค.ศ. 1471 บิดาของเฮนรี ทิวดอร์คือเอ็ดมันด์ ทิวดอร์ เอิร์ลที่ 1 แห่งริชมอนด์ เป็นลูกพี่ลูกน้องของพระเจ้าเฮนรีที่ 6 แต่การอ้างของเฮนรี ทิวดอร์เป็นการอ้างจากทางสายมารดามาร์กาเรต โบฟอร์ต เคาน์เตสแห่งริชมอนด์และดาร์บีมารดา ผู้ที่สืบเชื้อสายมาจากจอห์น โบฟอร์ต เอิร์ลที่ 1 แห่งซัมเมอร์เซต บุตรจอห์นแห่งกอนต์ พระราชโอรสของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 3 ซึ่งทำให้เฮนรีเป็นพระราชนัดดาของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 3 จอห์น โบฟอร์ตเป็นลูกนอกสมรสจนกระทั่งเมื่อจอห์นแห่งกอนท์มาสมรสอย่างถูกต้องตามกฎหมายต่อมากับแคเธอริน สวินฟอร์ด (Katherine Swynford) แม่ของเฮนรี การสมรสกล่าวกันว่าตามเงื่อนไขที่ว่าลูกหลานของตระกูลโบฟอร์ทจะสละการอ้างสิทธิในราชบัลลังก์ เฮนรีใช้เวลาส่วนใหญ่ถูกกักอยู่ที่ปราสาทฮาร์เล็ค หรือไม่ก็ไปลี้ภัยอยู่ที่บริตตานี หลังจากปี ค.ศ. 1471 . After 1471 พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 มักจะทำเรื่องการอ้างสิทธิของเฮนรีเป็นเรื่องย่อย และทรงพยายามที่จะนำตัวเฮนรีกลับมาแต่ก็ไม่ได้เป็นไปอย่างจริงจังเท่าใดนัก แต่ทางฝ่ายแม่มาร์กาเร็ต โบฟอร์ทผู้แต่งงานสองครั้งๆ แรกกับลุงของดยุกแห่งบัคคิงแฮม และต่อมากับทอมัส สแตนลีย์ เอิร์ลที่ 1 แห่งดาร์บี ผู้เป็นข้าราชสำนักคนสำคัญคนหนึ่งของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดสนับสนุนสิทธิของลูกมาโดยตลอด
การปฏิวัติของดยุกแห่งบักกิงแฮมล้มเหลว เพราะฝ่ายที่สนับสนุนทางตอนใต้ลุกขึ้นต่อต้านก่อนเวลาอันควร ซึ่งเป็นผลทำให้ นายทัพของพระเจ้าริชาร์ดทางตอนใต้จอห์น เฮาเวิร์ด ดยุกที่ 1 แห่งนอร์โฟล์ก มีโอกาสป้องกันมิให้ฝ่ายปฏิวัติเข้ามารวมตัวกันได้ ดยุกแห่งบักกิงแฮมเองก็ไปรวบรวมกำลังอยู่ที่เบรกอนทางตอนกลางของเวลส์ แต่ถูกหยุดยั้งไม่ให้ข้ามแม่น้ำเซเวิร์นมาสมทบกับกองปฏิวัติที่มาจากทางใต้ ซึ่งก็เป็นการหยุดยั้งเฮนรีจากการขึ้นฝั่งในเวสต์คันทรี กองทหารของบัคคิงแฮมจึงหนี และบัคคิงแฮมเองก็ถูกทรยศและจับประหารชีวิต
ความล้มเหลวของการปฏิวัติของดยุกแห่งบักกิงแฮมมิได้เป็นการยุติการวางแผนต่อต้านพระเจ้าริชาร์ดผู้ไม่อาจจะทรงมีความรู้สึกปลอดภัยได้อีก ผู้ทรงสูญเสียพระอัครมเหสีและะพระราชโอรสผู้มีพระชนม์ได้สิบเอ็ดพรรษา ซึ่งทำให้อนาคตของการครองราชบัลลังก์ของฝ่ายยอร์คไม่อยู่ในสภาพที่มั่นคงเท่าใดนัก
หลังจากการพ่ายแพ้ในการปฏิวัติของดยุกแห่งบักกิงแฮมแล้วผู้สนับสนุนหลายคนและขุนนางอื่นที่ละทิ้งสมเด็จพระเจ้าริชาร์ดก็หนีไปรวมตัวกับเฮนรี ทิวดอร์ที่ลี้ภัยอยู่ในบริตตานี พระเจ้าริชาร์ดทรงพยายามติดสินบนมนตรีของดยุกแห่งบริตตานีให้ทรยศต่อเฮนรีแต่เฮนรีก็ได้รับการเตือนและสามารถหนีไปยังฝรั่งเศสและไปทรงได้รับที่พำนักลี้ภัยและการสนับสนุนที่นั่น
เมื่อเริ่มมีความเชื่อมั่นว่าขุนนางเป็นจำนวนมากและแม้แต่ข้าราชสำนักของพระเจ้าริชาร์ดเองจะหันมาสนับสนุนพระองค์ เฮนรี ทิวดอร์ก็ออกเดินทางจากฮาร์เฟลอร์ (Harfleur) ทางตอนเหนือของฝรั่งเศส เมื่อวันที่ 1 สิงหาคม ค.ศ. 1485 พร้อมกับกองที่ไปลี้ภัยและทหารรับจ้างชาวฝรั่งเศส และมาขึ้นฝั่งที่เพมโบรคเชอร์หกวันต่อมา ผู้ที่สมเด็จพระเจ้าริชาร์ดแต่งตั้งในเวลส์ถ้าไม่หันไปสมทบกับกองทัพของเฮนรี ก็ยอมให้ผ่านโดยมิได้ต่อต้าน เฮนรีรวบรวมผู้สนับสนุนตลอดทางที่เดินผ่านมาในเวลส์และภูมิภาคชายแดนเวลส์ (Welsh Marches) เและเมื่อปะทะกับกองทัพของพระเจ้าริชาร์ดในยุทธการที่บอสเวิร์ธฟิลด์ เมื่อวันที่ 22 สิงหาคม ค.ศ. 1485 เฮนรีก็ได้รับชัยชนะ พระเจ้าริชาร์ดถูกสังหารในสนามรบกล่าวกันว่าโดยทหารเวลส์ชื่อ Rhys ap Thomas จากแรงเหวี่ยงของขวานที่พระเศียร Rhys ได้รับบรรดาศักดิ์เป็นขุนนางสามวันหลังจากนั้น
เฮนรีผู้ขึ้นครองราชย์เป็นพระเจ้าเฮนรีที่ 7 สร้างความมั่นคงให้แก่ราชบัลลังก์โดยเสกสมรสกับเอลิซาเบธแห่งยอร์ก พระราชธิดาในพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 4 ฉะนั้นสมเด็จพระเจ้าเฮนรีจึงทรงเป็นผู้รวมสองราชวงศ์เข้าเป็นราชวงศ์เดียว และทรงรวมสัญลักษณ์ของสองราชวงศ์กุหลาบแดงแห่งแลงแคสเตอร์และกุหลาบขาวแห่งยอร์กเป็นสัญลักษณ์ใหม่ที่เรียกว่ากุหลาบทิวดอร์ที่มีทั้งสีแดงและขาวในดอกเดียวกัน นอกจากนั้นพระองค์ก็ยังทรงสร้างเสริมความมั่นคงโดยสังหารผู้อ้างสิทธิในราชบัลลังก์คนอื่นๆ ที่ยังหลงเหลืออยู่จนหมดสิ้น ซึ่งเป็นนโยบายที่ดำเนินต่อมาโดยพระราชโอรสพระเจ้าเฮนรีที่ 8
นักประวัติศาสตร์หลายคนถือว่าการขึ้นครองราชบัลลังก์ของสมเด็จพระเจ้าเฮนรีที่ 7 เป็นการสิ้นสุดของสงครามดอกกุหลาบ แต่นักประวัติศาสตร์บางคนกล่าวว่าสิ้นสุดหลังจากยุทธการสโตคฟิลด์ในปี ค.ศ. 1487 เมื่อเด็กหนุ่มชื่อแลมเบิร์ต ซิมเนลผู้มีหน้าตาคล้ายเอ็ดเวิร์ด แพลนทาเจเน็ท เอิร์ลแห่งวอริคที่ 17 บุตรของดยุกแห่งแคลเรนซ์ มาอ้างตัวว่ามีสิทธิในราชบัลลังก์ แต่ก็เป็นแผนการณ์ที่มีข้อบกพร่องตรงที่ตัวเอ็ดเวิร์ด แพลนทาเจเน็ทจริงยังคงมีชีวิตอยู่และอยู่ในการอารักขาของพระเจ้าเฮนรีเอง พระเจ้าเฮนรีจึงทรงนำเอ็ดเวิร์ด แพลนแทเจเนตไปแสดงตัวรอบลอนดอนเพื่อให้เห็นว่าซิมเนลเป็นตัวปลอม ในยุทธการที่สโตกฟิลด์พระเจ้าเฮนรีก็ทรงสามารถเอาชัยชนะต่อกองกำลังของจอห์น เดอ ลา โพล เอิร์ลที่ 1 แห่งลิงคอล์น ผู้ที่พระเจ้าริชาร์ดทรงแต่งตั้งให้เป็นรัชทายาทซึ่งเป็นการกำจัดผู้เป็นปฏิปักษ์ฝ่ายยอร์กคนสุดท้าย ซิมเนลได้รับพระราชทานอภัยโทษ
แต่ในปี ค.ศ. 1491 ราชบัลลังก์ของพระเจ้าเฮนรีก็สั่นคลอนอีกครั้งหนึ่งเมื่อเพอร์คิน วอร์เบ็คอ้างตัวว่าเป็นริชาร์ดแห่งชรูว์สบรี ดยุกที่ 1 แห่งยอร์ก พระอนุชาของพระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 5 แต่ในที่สุดก็ทรงแก้ปัญหาได้ในปี ค.ศ. 1499 เมื่อทรงจับตัววอร์เบ็คและประหารชีวิตได้
แม้ว่านักประวัติศาสตร์จะยังคงโต้แย้งกันถึงความกระทบกระเทือนของความขัดแย้งของสงครามดอกกุหลาบต่อชีวิตในยุคกลางของอังกฤษ แต่ที่แน่คือสงครามครั้งนี้เป็นสงครามที่สร้างความระส่ำระสายทางการเมืองและความเปลี่ยนแปลงทางดุลยภาพของอำนาจทางการเมือง สิ่งที่ได้รับผลกระทบกระเทือนมากที่สุดคือการสลายตัวของราชวงศ์แพลนทาเจเน็ทที่มาแทนที่ด้วยผู้นำของราชวงศ์ทิวดอร์ผู้สร้างความเปลี่ยนแปลงในอังกฤษเป็นอันมากในปีต่อๆ มา หลังจากสมัยของสมเด็จพระเจ้าเฮนรีแล้วราชวงศ์แพลนทาเจเน็ทที่ยังพอมีเหลืออยู่บ้างแต่ก็ไม่มีผู้ใดที่จะอ้างได้ว่ามีสิทธิในราชบัลลังก์โดยตรงได้ โดยเฉพาะเมื่อพระมหากษัตริย์ทรงหนุนหลังให้ฝักฝ่ายย่อยขัดแย้งกันเอง
การสงครามทำให้ขุนนางเสียชีวิตกันไปเป็นจำนวนมากที่เป็นผลให้เกิดความเปลี่ยนแปลงในสังคมระบบศักดินาของอังกฤษ ที่ทำให้อำนาจของขุนนางอ่อนแอลงขณะเดียวกันอำนาจของชนชั้นพ่อค้าก็เพิ่มขึ้น การปกครองโดยมีพระมหากษัตริย์เป็นศูนย์กลางของอำนาจของราชวงศ์ทิวดอร์เป็นการสร้างเสริมให้ระบบพระมหากษัตริย์ของอังกฤษแข็งแกร่งขึ้น ซึ่งเป็นการสิ้นสุดของยุคกลางของอังกฤษและก้าวเข้าสู่ยุคฟื้นฟูศิลปวิทยา
แต่ในอีกแง่มุมหนึ่งการชี้ให้เห็นถึงความเสียหายอันใหญ่หลวงของสงครามดอกกุหลาบก็อาจจะเป็นเครื่องมือที่พระเจ้าเฮนรีที่ 7 ทรงใช้ในการช่วยแสดงให้เห็นถึงพระปรีชาสามารถของพระองค์ในการนำมาซึ่งความสันติในบั้นปลายก็เป็นได้ แต่จะอย่างไรก็ตามผลกระทบกระเทือนต่อชนชั้นพ่อค้าและแรงงานในการเป็นสงครามอันยืดเยื้อในการล้อมเมืองหรือปล้นเมืองก็ยังน้อยกว่ามากเมื่อเทียบกับเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นในฝรั่งเศสหรือประเทศอื่นๆ ในยุโรปที่ประสบกับสงครามอันยาวนาน แม้ว่าจะมีการล้อมที่เนิ่นนานอยู่บ้างเช่นการล้อมปราสาทฮาร์เล็ค แต่ก็เป็นการล้อมสถานที่ที่ไกลผู้ไกลคน ในบริเวณที่มีประชากรหนาแน่นถ้ามีการสู้รบกันขึ้นก็จะสร้างความเสียหายอันไม่ควรค่าให้แก่ทั้งสองฝ่าย ฉะนั้นการต่อสู้ส่วนใหญ่จึงเป็นการต่อสู้ที่มีการนัดกันล่วงหน้าในการเลือกจุดที่จะทำการต่อสู้ (pitched battle)
สงครามดอกกุหลาบไม่ได้ช่วยอิทธิพลของอังกฤษในฝรั่งเศสที่เริ่มลดลงอยู่แล้ว เมื่อเสร็จสิ้นสงครามดินแดนที่เคยได้มาระหว่างสงครามร้อยปีก็ไม่มีเหลืออยู่อีกเลยนอกไปจากคาเลส์ซึ่งก็มาเสียให้แก่ฝรั่งเศสระหว่างรัชสมัยของพระนางแมรี แม้ว่าพระมหากษัตริย์อังกฤษจะพยายามรณรงค์ในยุโรป แต่อังกฤษก็ไม่สามารถยึดดินแดนใดใดที่เสียไปคืนมาได้ ดัชชี และราชอาณาจักรต่างๆ ในยุโรปมีบทบาทโดยตรงต่อผลของความพยายามของอังกฤษ โดยเฉพาะเมื่อพระมหากษัตริย์ฝรั่งเศสและดยุกแห่งเบอร์กันดียุยงฝักฝ่ายในอังกฤษให้มีความขัดแย้งกันเองโดยสัญญาว่าจะให้ความช่วยเหลือทางการเงินหรือทางการทหาร หรือให้ที่พำนักแก่พระราชวงศ์ ขุนนาง หรือผู้อ้างสิทธิในราชบัลลังก์ผู้มาลี้ภัย ซึ่งเป็นสร้างสถานการณ์ที่ช่วยเพิ่มความแตกแยกขึ้นในอังกฤษซึ่งเป็นผลทำให้อ่อนแอลง
เมื่อสงครามยุติลงก็เท่ากับเป็นการสิ้นสุดของกองทัพส่วนตัวของขุนนางผู้มีอำนาจ ระเจ้าเฮนรีผู้ทรงต้องการที่จะยุติความขัดแย้งระหว่างขุนนางก็ทรงพยายามโดยควบคุมขุนนางอย่างไม่ให้ห่างพระหัตถ์ และไม่ทรงอนุญาตให้ขุนนางมีสิทธิในการรวบรวมกองกำลัง อาวุธ และ เลี้ยงกองทัพเพื่อไม่ให้สามารถก่อความขัดแย้งระหว่างกัน หรือลุกขึ้นมาต่อต้านสถาบันพระมหากษัตริย์ได้ ฉะนั้นอำนาจทางทหารของบารอนจึงลดถอยลงไปเป็นอันมาก และราชสำนักทิวดอร์อันมีอำนาจกลายเป็นสถานที่สำหรับการตัดสินข้อขัดแย้งระหว่างขุนนางด้วยอิทธิพลของพระเจ้าแผ่นดิน
ระหว่างสงครามก็แทบจะไม่มีการยุบเลิกตำแหน่งขุนนางใดใด เช่นในระหว่าง ค.ศ. 1425 ถึง ค.ศ. 1449 ก่อนที่สงครามจะเริ่มขึ้นก็มีการยุบตำแหน่งขุนนางไป 25 ตำแหน่ง พอพอกับ 24 ตำแหน่งที่ยุบไประหว่างการต่อสู้ระหว่าง ค.ศ. 1450 ถึง ค.ศ. 1474 แต่ขุนนางที่มีความทะเยอทะยานสูงเสียชีวิตไปเป็นจำนวนมาก มาถึงสมัยต่อมาก็แทบจะไม่มีขุนนางที่เต็มใจที่จะสละชีพในการต่อสู้ที่ไม่มีผลที่จะทราบได้แน่นอน
