สงครามอัฟกานิสถาน เริ่มขึ้นเมื่อวันที่ 7 ตุลาคม พ.ศ. 2544 เมื่อกองทัพสหรัฐอเมริกา สหราชอาณาจักร ออสเตรเลียเครือจักรภพ และพันธมิตรฝ่ายเหนือเริ่มปฏิบัติการเสรีภาพยั่งยืน (Operation Enduring Freedom) แรงขับสำคัญของการรุกรานมาจากวินาศกรรม 11 กันยายน พ.ศ. 2544 ต่อสหรัฐอเมริกา โดยมีเป้าหมายแถลงไว้ว่า เพื่อทำลายองค์การก่อการร้ายอัลกออิดะฮ์และยุติการใช้อัฟกานิสถานเป็นฐานปฏิบัติการ สหรัฐอเมริกายังแถลงว่า จะโค่นระบอบฏอลิบานลงจากอำนาจ และสร้างรัฐประชาธิปไตยซึ่งอยู่รอดได้ อีกหนึ่งทศวรรษให้หลัง สหรัฐอเมริกายังสู้รบกับการก่อความไม่สงบที่ขยายวงกว้างของฏอลิบาน และสงครามได้ขยายเข้าไปในพื้นที่ชนเผ่าของประเทศปากีสถานเพื่อนบ้าน
ในขั้นแรกของปฏิบัติการเสรีภาพยั่งยืน กำลังภาคพื้นของพันธมิตรฝ่ายเหนือ ซึ่งทำงานร่วมกับกำลังพิเศษสหรัฐอเมริกาและสหราชอาณาจักร และด้วยการสนับสนุนทางอากาศขนานใหญ่ของสหรัฐอเมริกา ได้โค่นระบอบฏอลิบานลงจากอำนาจในกรุงคาบูลและพื้นที่อัฟกานิสถานส่วนใหญ่ภายในเวลาไม่กี่สัปดาห์ ระดับผู้นำอาวุโสของฏอลิบานหลบหนีไปยังประเทศปากีสถานเพื่อนบ้านเป็นจำนวนมาก สาธารณรัฐอิสลามปากีสถานถูกจัดตั้งขึ้น และมีการจัดตั้งรัฐบาลชั่วคราวภายใต้ฮาร์มิด คาร์ไซ ซึ่งได้รับเลือกตั้งอย่างเป็นประชาธิปไตยจากชาวอัฟกานิสถานในการเลือกตั้งทั่วไปเมื่อ พ.ศ. 2547 กองกำลังสนับสนุนด้านความมั่นคงนานาชาติ (International Security Assistance Force, ISAF) ถูกจัดตั้งขึ้นโดย คณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติ เมื่อปลายเดือนธันวาคม พ.ศ. 2544 เพื่อรักษากรุงคาบูลและพื้นที่โดยรอบ นาโต้รับช่วงบัญชาการ ISAF ใน พ.ศ. 2546 ISAF ประกอบด้วยทหารจาก 42 ประเทศ โดยมีสมาชิกนาโต้เป็นแกนหลักของกำลัง
เป้าหมายของการรุกรานที่แถลงไว้ คือ เพื่อหาและนำตัวโอซามา บิน ลาเดนและสมาชิกอัลกออิดะฮ์ระดับสูงคนอื่นๆ มารับการพิจารณา เพื่อทำงานองค์การอัลกออิดะฮ์ และเพื่อล้มระบอบฏอลิบานซึ่งให้การสนับสนุนและที่พักพิงแก่อัลกออิดะฮ์ รัฐบาลจอร์จ ดับเบิลยู. บุช แถลงว่า เป็นนโยบาย ที่จะไม่แบ่งแยกระหว่างองค์การก่อการร้าย และชาติหรือรัฐบาลที่ให้ที่พักพิงแก่องค์การเหล่านี้
พ.ศ. 2546 กำลังฏอลิบาน รวมทั้งเครือข่ายฮักกานี (Haqqani network) และฮิซบ์-ไอ อิสลามี (Hezb-i Islami) เริ่มการทัพก่อความไม่สงบแก่สาธารณรัฐอิสลามที่เป็นประชาธิปไตยและการคงอยู่ของกำลังพล ISAF ในอัฟกานิสถาน สำนักงานใหญ่ของพวกเขาอ้างว่าอยู่ในหรือใกล้กับเกวตตา ประเทศปากีสถาน นับแต่ พ.ศ. 2549 อัฟกานิสถานมีกิจกรรมก่อความไม่สงบนำโดยฏอลิบานเพิ่มขึ้นเป็นอันมาก ตามรายงานของสหประชาชาติ ฏอลิบานรับผิดชอบสูญเสียชีวิตพลเรือนในอัฟกานิสถาน พ.ศ. 2552 ถึง 76% คณะกรรมาธิการสิทธิมนุษยชนอิสระอัฟกานิสถาน (Afghanistan Independent Human Rights Commission) เรียกร้องให้การก่อการร้ายของฏอลิบานต่อประชากรพลเรือนอัฟกานิสถานเป็นอาชญากรรมสงคราม ผู้นำทางศาสนาประณามการโจมตีก่อการร้ายของฏอลิบาน และว่า การโจมตีประเภทเหล่านี้ขัดต่อจริยธรรมอิสลาม
ในวันที่ 28 ธันวาคม 2557 นาโต้ได้มีการจัดพิธีสิ้นสุดภารกิจสู้รบในอัฟกานิสถานอย่างเป็นทางการ และได้ส่งมอบหน้าที่ความรับผิดชอบไปให้กับกองกำลังความมั่นคงอัฟกันแทน
