สงครามยูโกสลาเวีย (อังกฤษ: Yugoslav Wars) หรืออาจเรียกว่า สงครามกลางเมืองยูโกสลาเวีย เป็นสงครามซึ่งสู้รบกันในดินแดนอดีตยูโกสลาเวียระหว่าง พ.ศ. 2534 และ 2538 สงครามมีความซับซ้อน โดยมีลักษณะของความขัดแย้งทางเชื้อชาติอันขมขื่นระหว่างเชื้อชาติในอดีตยูโกสลาเวีย ซึ่งส่วนใหญ่เกิดขึ้นระหว่างชาวเซิร์บ (และในขอบเขตที่เล็กกว่า คือ ชาวมอนเตเนกริน) ฝ่ายหนึ่ง กับชาวโครแอตและบอสเนีย (และในขอบเขตที่เล็กกว่า คือ ชาวสโลวีน) อีกฝ่ายหนึ่ง หากทว่าสงครามยังมีความขัดแย้งระหว่างชาวบอสนิคกับโครแอตในบอสเนีย นอกเหนือไปจากความขัดแย้งแยกต่างหากซึ่งสู้รบกันระหว่างกลุ่มบอสนิคด้วยกันเองในบอสเนียอีกด้วย สงครามยุติลงด้วยผลที่แตกต่างกัน แต่ส่วนใหญ่แล้วส่งผลให้นานาชาติรับรองรัฐอธิปไตยใหม่หลายรัฐอย่างสมบูรณ์ แต่ก็ด้วยการขัดขวางทางเศรษฐกิจขนานใหญ่ในประเทศเกิดใหม่เหล่านี้
สงครามครั้งนี้มักถูกเรียกว่าเป็นความขัดแย้งอันนองเลือดที่สุดในยุโรปนับตั้งแต่สงครามโลกครั้งที่สองยุติ ความขัดแย้งดังกล่าวกลายเป็นสิ่งเลวทรามเนื่องจากมีอาชญากรรมสงครามเข้ามาเกี่ยวข้อง รวมทั้งการกวาดล้างเชื้อชาติขนานใหญ่ สงครามยูโกสลาเวียเป็นความขัดแย้งครั้งแรงนับตั้งแต่สงครามโลกครั้งที่สองที่ถูกตัดสินว่ามีลักษณะของการฆ่าล้างเผ่าพันธุ์อย่างเป็นทางการ และบุคคลสำคัญจำนวนมากที่เกี่ยวข้องถูกตั้งข้อหาอาชญากรรมสงครามในเวลาต่อมาศาลอาญาระหว่างประเทศในอดีตยูโกสลาเวียถูกจัดตั้งขึ้นโดยสหประชาชาติเพื่อพิจารณาอาชญากรรมเหล่านี้
ความตึงเครียดในยูโกสลาเวียได้เพิ่มสูงขึ้นนับตั้งแต่ต้นคริสต์ทศวรรษ 1980 ก่อนจะลงเอยในปี พ.ศ. 2533 ท่ามกลางความยากลำบากทางเศรษฐกิจ ยูโกสลาเวียก็ต้องเผชิญกับชาตินิยมที่ก่อตัวขึ้นท่ามกลางกลุ่มเชื้อชาติอันหลากหลาย ที่สภาสันนิบาติคอมมิวนิสต์แห่งยูโกสลาเวียวิสามัญครั้งที่ 14 เมื่อเดือนมกราคม พ.ศ. 2533 สมัชชาซึ่งเซอร์เบียมีอำนาจมากที่สุดนั้น ตกลงที่จะยกเลิกระบบพรรคการเมืองเดียว อย่างไรก็ตาม สโลโบดัน มิโลเชวิช หัวหน้าสันนิบาติคอมมิวนิสต์แห่งเซอร์เบีย ได้ใช้อิทธิพลในการขัดวางและลงมติไม่ยอมรับข้อเสนออื่นจากผู้แทนพรรคโครเอเชียและสโลวีเนีย ซึ่งทำให้ผู้แทนโครเอเชียและสโลวีเนียเดินออกจากการประชุมและทำให้พรรคล่มสลาย
ศูนย์ระหว่างประเทศเพื่อความยุติธรรมในระยะเปลี่ยนผ่าน รายงานว่าสงครามยูโกสลาเวียคร่าชีวิตผู้คนไปกว่า 140,000 ศพ และศูนย์กฎหมายมนุษยธรรมรายงานว่ามีผู้เสียชีวิตอย่างน้อย 130,000 ศพ ในสงคราม
