สงครามครูเสดตอนเหนือ (อังกฤษ: Northern Crusades) เป็นสงครามที่เกิดขึ้นโดย กษัตริย์เดนมาร์ก สวีเดน รวมถึงภาคีลิวอเนียน และคณะอัศวินทิวทัน ซึ่งร่วมกับเหล่าพันธมิตรต่อต้านชาวลัทธิเพกัน รอบ ๆ ดินแดนยุโรปภาคเหนือ ชายฝั่งตะวันออก และทางตอนใต้ของทะเลบอลติก สงครามครูเสดตอนเหนือนี้อาจรวมไปถึงการรบของสวิดิช และเยอรมันคาทอลิก ที่ต่อสู้กับชาวรัสเซีย ที่นับถือศาสนาคริสต์นิกายอีสเติร์นออร์โธด็อกซ์ หลายสงครามนี้ถูกเรียกว่าเป็นครูเสดในยุคกลาง
ส่วนสงครามนอกเหนือจากนั้นซึ่งรวมไปถึงส่วนใหญ่ของสวิดิชครูเสด จะถูกเรียกรวมให้เป็นครูเสด โดยนักประวัติศาสตร์หัวชาตินิยม ในคริสต์ศตวรรษที่ 19 โลกบอลติกตะวันออกนั้น ถูกแปลงให้เป็นพื้นที่ทางการทหารที่มุ่งพิชิตพวกแรก ๆ คือ พวกลิวอเนียน พวกเอสโทเนียน หลังจากนั้น ก็เป็น ชาวเซมิกัลป์เลียน คูโรเนียน และชาวปรัสเซียนที่ได้รับความพ่ายแพ้ ถูกเข้ายึด แม้กระทั่งทำลายล้าง โดยกลุ่มชาวเดนมาร์ก เยอรมัน และสวีเดน
สงครามครูเสดภาคเหนือนี้ มีจุดเริ่มต้นอย่างเป็นทางการ มาจากการออกคำสั่งของพระสันตะปาปาเซเลสทีนที่ 3 ในปี ค.ศ. 1193 ซึ่งในความเป็นจริงแล้วครูเสดภาคเหนือนี้ได้เริ่มมาตั้งแต่ก่อนหน้านี้ คือตั้งแต่ที่อาณาจักรสแกนดิเนเวีย และจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ ได้ดำเนินการปราบปรามชาวลัทธิเพกันในดินแดนใกล้เคียง
การสู้รบกันระหว่างชาวบอลติก ฟินน์ ชาวบัลท์ และชาวสลาฟ ซึ่งอาศัยอยู่รอบๆ ชายฝั่งบอลติก กับเพื่อนบ้านชาวแซกซอน และชาวเดน ที่อาศัยอยู่ทางเหนือ และใต้ ด้วยกันมาหลายศตวรรษตั้งแต่ก่อนเกิดสงครามครูเสด หลายสงครามที่เกิดขึ้นในแถบบอลติกก่อนหน้านี้ มีเหตุส่วนใหญ่มาจากความพยายามที่จะทำลายเมือง และเส้นทางการค้าขายทางทะเล รวมถึงความได้เปรียบทางด้านเศรษฐกิจ และสงครามครูเสดก็ได้ดำเนินการสู้รบไปตามแบบแผนนี้ แม้ว่าจะถูกริเริ่มโดยพระสันตะปาปา และกลุ่มพระติดอาวุธก็ตาม
