ศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี (อังกฤษ: Merchant Marine Training Centre) เป็นสถาบันผลิตนักเดินเรือสินค้า ก่อตั้งเมื่อ 12 เมษายน พ.ศ. 2515 เป็นหน่วยงานในสังกัดกรมเจ้าท่า กระทรวงคมนาคม ตั้งอยู่ที่ 120 ซอย 6 บางนางเกรง ตำบลบางด้วน อำเภอเมืองสมุทรปราการ จังหวัดสมุทรปราการ ประกอบด้วยสิ่งก่อสร้างและสิ่งที่อำนวยความสะดวกที่ใช้ในการเรียนการสอนอย่างครบครัน มีการเปิดการศึกษาและฝึกอบรมตั้งแต่ระดับนายประจำเรือ ถึงระดับลูกเรือสามารถตอบสนองนโยบายของทางราชการ
ศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี มีหน้าที่และความรับผิดชอบในการผลิตคนประจำเรือทุกระดับชั้นให้เพียงพอกับความต้องการของตลาดแรงงาน เพื่อสนับสนุนกิจการพาณิชย์นาวีของประเทศ ตลอดจนพัฒนา ฝึกอบรม เพื่อเพิ่มวิทยฐานะคนประจำเรือทุกระดับชั้นให้ได้มาตรฐานสากลสอดคล้องกับข้อกำหนดในอนุสัญญาว่าด้วยมาตรฐานการฝึกอบรม การออกประกาศนียบัตรและการปฏิบัติหน้าที่ยามในเรือของคนประจำเรือ ค.ศ. 1978 และแก้ไขเพิ่มเติม ค.ศ. 1995 (International Convention on Standards of Training, Certification and Watchkeeping for Seafarers 1978, as amended in 1995 : STCW 95) ขององค์การทะเลโลก (International Maritime Organization : IMO) และข้อบังคับกรมเจ้าท่าว่าด้วยการฝึกอบรมการสอบความรู้ และการออกประกาศนียบัตรผู้ทำการในเรือ พ.ศ. 2541 และข้อบังคับกรมเจ้าท่าว่าด้วยการฝึกอบรมการสอบความรู้ และการออกประกาศนียบัตรผู้ทำการในเรือ (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2542
ศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี เป็นหน่วยงานหนึ่งในกรมเจ้าท่า กระทรวงคมนาคม มีหน้าที่ผลิตคนประจำเรือทุกระดับชั้นให้มีคุณภาพและเพียงพอต่อความต้องการของตลาดแรงงาน เพื่อสนับสนุนกิจการพาณิชยนาวีรวมทั้งพัฒนาและฝึกอบรมเพื่อเพิ่มวิทยาฐานะของคนประจำเรือทุกระดับชั้นให้ได้มาตรฐานสากลตามอนุสัญญา STCW 1978 และฉบับแก้ไข STCW 1995
ศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี ได้เริ่มก่อตั้งขึ้นในครั้งแรกในปี พ.ศ. 2515 ในขณะนั้นใช้ชื่อเรียกว่า “โรงเรียนเดินเรือพาณิชย์” เป็นโครงการสร้างชาวเรือชั่วคราวผลิตนักเรียนเดินเรือระดับนายประจำเรือโดยตรงให้แก่หน่วยงานรัฐวิสาหกิจแห่งแรก คือบริษัท ไทยเดินเรือทะเล จำกัด ใช้หลักสูตรเร่งรัดให้จบภายใน 3 ปี เปิดทำการศึกษาและฝึกอบรมโดยใช้ชั้น 5 อาคาร 4 จำนวน 2 ห้องเรียน ของกรมเจ้าท่า มีนักเรียนในรุ่นแรกจำนวน 18 คน ทำการศึกษาและฝึกอบรมภาคทฤษฎีโดยใช้อาจารย์ทั้งภายในและภายนอกกรมเจ้าท่า และใช้เรือของกรมเจ้าท่าทำการฝึกภาคปฏิบัติทางทะเล
นักเรียนเดินเรือพาณิชย์รุ่นแรกที่จบออกไป ได้สร้างผลงานและชื่อเสียงจนเป็นที่ยอมรับกันอย่างแพร่หลายรัฐบาลจึงเกิดความมั่นใจพร้อมให้การสนับสนุนต่อไป ต่อมาในปี พ.ศ. 2518 จึงได้เปลี่ยนหลักสูตรจาก 3 ปี เป็นหลักสูตร 5 ปี โดยได้รับความร่วมมือจากรัฐบาลนอร์เวย์ ส่งผู้เชี่ยวชาญด้านการสอนมาวางแนวทางให้และทำการรับนักเรียนจำนวนเพิ่มมากขึ้น ในที่สุดเมื่อปี พ.ศ. 2521 ได้มีมติคณะรัฐมนตรี ให้ก่อตั้ง “ศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี“ ขึ้นเป็นการถาวร หลังจากนั้นกรมเจ้าท่าได้ขอความช่วยเหลือจากรัฐบาลอังกฤษเพื่อมาสำรวจจัดทำแผนแม่บทโครงการก่อสร้างศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี โดยกำหนดสถานที่ตั้งที่จังหวัดสมุทรปราการ ซึ่งกรมเจ้าท่าได้ขอที่ดินจากกรมธนารักษ์ได้ 17 ไร่ ซึ่งเป็นที่ตั้งของ “ป้อมตรีเพชร” (สร้างในรัฐสมัยของพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว) เมื่อแผนแม่บทเสร็จประกฎว่าต้องใช้เนื้อที่ทั้งหมด 25 ไร่ ใน พ.ศ. 2523 กรมเจ้าท่าจึงขออนุมัติซื้อที่ดินจากเอกชนเพิ่มขึ้นอีก 8 ไร่ เป็นเงินจำนวน 2,340,000 บาท ซึ่งได้รับอนุมัติตามที่ขอ แผนแม่บทที่กล่าวนี้ กรมเจ้าท่าได้ยึดถือในการก่อสร้างศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี ในระยะเวลาต่อมา
กิจการพาณิชยนาวีของประเทศไทยในปัจจุบันได้เจริญรุดหน้าเป็นอย่างมาก และมีอัตราขยายตัวเพิ่มอย่างรวดเร็ว ความต้องการของบุคลากรด้านการเดินเรือได้เพิ่มสูงขึ้น เจ้าของกิจการส่วนใหญ่ประสบปัญหาการขาดแคลนคนประจำเรือ บางครั้งจำเป็นต้องจ้างชาวต่างชาติเข้ามาทำงานบนเรือในอัตราค่าจ้างที่สูงทำให้รัฐต้องสูญเสียเงินตราออกไปนอกประเทศ ทั้งยังส่งผลกระทบต่อแผนการเพิ่มจำนวนเรือสินค้า ตามนโยบายพัฒนาและส่งเสริมการพาณิชย์นาวีของประเทศ และด้วยเหตุดังกล่าว รัฐบาลเริ่มเห็นความสำคัญของกิจการพาณิชยนาวี จึงมอบหมายให้กรมเจ้าท่า กระทรวงคมนาคมพิจารณาหาทางผลิตบุคลากรด้านการเดินเรือสนับสนุนให้เพียงพอต่อความต้องการ
ในปี พ.ศ. 2525 กรมเจ้าท่าได้รับความช่วยเหลือจากรัฐบาลเดนมาร์ก ทั้งในเรื่องของการปรับปรุงหลักสูตร โดยส่งผู้เชี่ยวชาญจำนวน 2 นาย มาช่วยวางแผนและปรับปรุงหลักสูตรให้ได้มามาตรฐานสูงขึ้น รวมทั้งยังให้ใช้เงินกู้ไม่มีดอกเบี้ยเพื่อจัดซื้อเรือฝึกนักเรียน “วิสูตรสาคร” ขนาดระวางขับน้ำ 1,089 ตันกรอส ในวงเงิน 38 ล้านเดนนิชโคนเนอร์ (ประมาณ 100 ล้านบาท) เรือฝึกลำนี้ได้รับการออกแบบและควบคุมก่อสร้างโดยบริษัทวิศวกรที่ปรึกษาจากประเทศเดนมาร์ก เริ่มต่อสร้างในปี พ.ศ. 2528 ระยะเวลาต่อสร้าง 1 ปี ซึ่งเรือฝึกนักเรียนลำนี้นับได้ว่าเป็นเรือฝึกที่มีความสมบูรณ์และทันสมัยมากลำหนึ่งในกลุ่มประเทศอาเซียน
ศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี ได้รับการยกระดับฐานะขึ้นเป็นหน่วยงานระดับกอง ตามพระราชกฤษฎีกา เมื่อปี พ.ศ. 2527 ยังเปิดทำการศึกษาและฝึกอบรมอยู่ภายในบริเวณกรมเจ้าท่าเช่นเดิม แต่ในขณะเดียวกันกรมเจ้าท่าก็ได้เริ่มดำเนินการก่อสร้าง ศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี ที่จังหวัดสมุทรปราการเป็นการถาวร โดยได้ว่าจ้างบริษัทวิศวกรที่ปรึกษาของไทยดำเนินการออกแบบและควบคุมงานก่อสร้างดังกล่าวใช้งบประมาณแผ่นดินจำนวน 88 ล้านบาท ประกอบด้วยอาคารเรียนและธุรการ อาคารเอนกประสงค์ โรงฝึกงาน อาคารหอพักนักเรียน อาคารบ้านพักข้าราชการ ท่าเทียบเรือ ถนนภายในและระบบสาธารณูปโภคที่จำเป็น งานก่อสร้างสถานที่แห่งใหม่แล้วเสร็จเมื่อปลายปี พ.ศ. 2530 ย้ายสถานที่ศึกษาและฝึกอบรมจากกรมเจ้าท่ามาอยู่ที่สถานที่แห่งใหม่ เมื่อเดือนพฤษภาคม 2531 และได้ทำพิธีเปิดเมื่อ วันพุธที่ 21 ธันวาคม พ.ศ. 2531 โดยนายมนตรี พงษ์พานิช รัฐมนตรีว่าการกระทรวงคมนาคม ได้รับเชิญมาเป็นประธานในพิธี
นอกจากความช่วยเหลือจากรัฐบาลเดนมาร์กแล้ว รัฐบาลญี่ปุ่นก็ให้ความช่วยเหลือเช่นกัน โดยในปี พ.ศ. 2532 ได้ส่งผู้เชี่ยวชาญจำนวน 3 นาย มาให้คำแนะนำเกี่ยวกับการกำหนดอุปกรณ์เครื่องช่วยการศึกษาต่าง ๆ ด้วยได้รับความช่วยเหลือจากต่างประเทศดังที่กล่าวมานี้ ทำให้เป็นที่มั่นใจว่าการผลิต นักเรียนเดินเรือของศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี กรมเจ้าท่า ต้องได้มาตรฐานสากลอย่างแน่นอน
ในปี พ.ศ. 2541 ทบวงมหาวิทยาลัย ได้มีประกาศให้ศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี เป็นสถาบันสมทบของมหาวิทยาลัยบูรพา ตั้งแต่ปีการศึกษา 2541 เป็นต้นไป
1 เรือพยุหรักษ์ เรือพยุหรักษ์ (HSUE) เป็นเรือฝึกลำแรกของ นักเรียนเดินเรือพาณิชย์ ศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี ต่อที่ NIIGATA SHIPYARD JAPAN เมื่อปีพ.ศ. 2505 ขนาด 131.26 ตันกรอส 32.64 ตันเนต เดิมชื่อ เรือกิตติขจร ต่อมาเปลี่ยนเป็นชื่อ สำรวจประมง 1 กรมการขนส่งทางน้ำและพาณิชยนาวีรับมอบเรือจากกรมประมงเมื่อวันที่ 9 เมษายน 2529 และรับโอนกรรมสิทธิ์ที่เขตสัมพันธวงค์ เมื่อวันที่ 30 กรกฎาคม 2529 ซึ่งในขณะนี้ (เรือพยุหรักษ์ได้ทำการปลดระวางแล้ว)
2 เรือวิสูตรสาคร (T.S.VISUD SAKHON)(HSUC) เรือฝึกลำที่ 2 ของศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวีออกแบบโดยบริษัท DWINGER MARINE CONSULT ต่อที่เมือง RINGKOBING ประเทศ DENMARK โดยบริษัท NORTHSEA SHIPYARD DENMARK ใช้งบประมาณ 37.8 ล้านโครเนอร์ (พ.ศ. 2527) ทำพิธีปล่อยลงน้ำเมื่อวันที่ 9 ธันวาคม 2528 ชื่อเรือ “วิสูตรสาคร” ได้ชื่อมาจากนามท่านอธิบดีกรมการขนส่งทางน้ำ และพาณิชยนาวี (กรมเจ้าท่า) คนแรกของไทย เรือลำนี้ได้รับการต่อสร้างภายใต้มาตรฐานของ LLOYD’S REGISTER OF SHIPPING มีอุปกรณ์ครบสมบูรณ์สำหรับฝึกนักเรียนเดินเรือตามมาตรฐานสากลกรมการขนส่งทางน้ำและพาณิชยนาวีรับไว้ใช้ราชการเมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม 2529
3 เรือสาครวิสัย (M.V.SAKHON WISAI) เรือฝึกลำที่ 3 ของศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี ใช้วงเงิน 1,112 ล้านบาท ใช้เวลาก่อสร้าง 700 วัน สิ้นสุดสัญญาเมื่อวันที่ 14 กุมภาพันธ์ 2551 ออกแบบโดย IHI Marine Engineering Singapore ต่อโดยบริษัท Italthai Marine (Thailand) ขนาด 4200 ตันกรอส 1500 เดทเวทตัน ระยะทำการ 6,000 ไมล์ทะเล มีความยาว 92 เมตร กว้าง 16.80 เมตร สูง 9.30 เมตร กินน้ำลึก 6 เมตร เครื่องยนต์ขับ สามารถรับนักเรียนฝึกได้ 250 คน ครูฝึก 20 คน นายประจำเรือ 32 คน ภายในเรือประกอบด้วย ห้องเรียน ห้องจำลองการเดินเรือ และอุปกรณ์ที่ใช้ทำการฝึก