วัดมัชฌันติการาม หรือ วัดน้อย เป็นวัดราษฎร์ เจ้าจอมมารดาเที่ยง ในรัชกาลที่ 4 ผู้ที่ให้การอุปถัมภ์วัด เริ่มต้นนั้นไม่ทราบแน่ชัดว่าสร้างในสมัยใด มีผู้สันนิษฐานว่าสร้างในสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย เจ้าจอมมารดาเที่ยง พระสนมเอกในพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้เข้ามาอุปถัมภ์ในปี พ.ศ. 2417 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานนามว่า "วัดมัชฌันติการาม" เพื่อเป็นอนุสรณ์แด่เจ้าจอมมารดาเที่ยง ผู้อุปถัมภ์วัด
วัดมัชฌันติการาม (วัดน้อย) ได้สร้างขึ้นมาเมื่อใดไม่มีหลักฐานปรากฏชัดเจน จึงยากที่จะทราบประวัติความเป็นมาที่ถูกต้อง จากการเล่าสู่กันมาของคนเฒ่าคนแก่ในท้องถิ่นประกอบกับหลักฐานที่พอจะรวบรวมได้ในปัจจุบันคือ วัดนี้เริ่มสร้างในสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย เป็นวัดป่าที่ล้อมไปด้วยสวนทุเรียน สวนกล้วย สวนหมาก สวนส้ม ในสมัยนั้นวัดยังไม่มีชื่ออย่างเป็นทางการ แต่เป็นสถานที่วิปัสสนากรรมฐานของพระธุดงค์ที่ผ่านไปมา มีพระอยู่บ้างไม่มีบ้าง
จนในปี พ.ศ. 2417 เจ้าจอมมารดาเที่ยง ในรัชกาลที่ 4 ได้เป็นองค์อุปถัมภ์ในการก่อสร้างศาสนวัตถุต่างๆ เพื่อจะให้เป็นวัดที่ถูกต้องตามพระวินัยและกฎหมายบ้านเมือง การสร้างวัดได้มาสำเร็จเสร็จบริบูรณ์ สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส สมเด็จพระสังฆราชพระองค์ที่ 10 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ ทรงรับเป็นพระธุระในการผูกพัทธสีมา และพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ล้นเกล้ารัชกาลที่ 5 ทรงพระราชนามว่า "วัดมัชฌันติการาม"
เมื่อสิ้นบุญเจ้าจอมมารดาเที่ยงแล้ว เจ้าจอมมารดาแส ในรัชกาลที่ 5 และพระเจ้าบรมวงศ์เธอ พระองค์เจ้าอัพภันตรีปชา เป็นผู้ให้การอุปถัมภ์สืบต่อๆกันมาตามลำดับ จนมาถึงประชาชนทั่วไปให้การอุปถัมภ์ดังที่ปรากฏให้เห็นกันในปัจจุบัน เนื่องจากสมัยก่อนการคมนาคมยังไม่สะดวกเหมือนอย่างในปัจจุบัน เมื่อจะเดินทางมาที่วัดมัชฌันติการามจะต้องเดินทางมาทางน้ำ โดยนั่งเรือเข้าคลองบางเขนใหม่ซึ่งอยู่ทางทิศตะวันตกของวัด จึงเป็นที่มาของการสร้างพระอุโบสถหันหน้าไปทางทิศตะวันตก พระอุโบสถได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อปี พ.ศ. 2418 เขตวิสุงคามสีมากว้าง 40 เมตร ยาว 60 เมตร
ส่วนการตั้งชื่อวัดก็เนื่องมาจาก เจ้าจอมมารดาเที่ยงเป็นผู้อุปถัมภ์ ล้นเกล้ารัชกาลที่ 5 จึงโปรดเกล้าฯ พระราชทานนามวัดว่า "มัชฌันติการาม" ตามชื่อของผู้อุปถัมภ์วัดคือ "มัชฌันติก" และอารามซึ่งแปลว่า "เที่ยง" และ "วัด" เมื่อรวมกันจึงแปลได้ว่า "วัดของเจ้าจอมมารดาเที่ยง" คนส่วนมากมักจะเรียนว่า "วัดน้อย" เพราะง่ายออกเสียงมากกว่า สันนิษฐานการเรียกว่าวัดน้อยนี้ เพราะเป็นวัดของเจ้าจอมมารดาในรัชกาลที่ 4 ซึ่งให้การอุปถัมภ์ ชาวบ้านทั่วไปถือว่าเป็นนางสนม เพื่อให้เข้าใจง่ายคู่กับวัดหลวง ซึ่งเป็นวัดที่ภรรยาหลวงให้การอุปถัมภ์เช่นเดียวกัน (อยู่ในซอยวงศ์สว่าง19 ปัจจุบันวัดหลวงไม่มีแล้ว เหลือแต่ที่ดินของวัด ซึ่งสำนักงานศาสนสมบัติ สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ เป็นผู้ดูแลอยู่) เนื่องจากการคมนาคมไม่สะดวกในสมัยก่อน จึงทำให้มีพระจำพรรษาไม่กี่รูป ต้องไปนิมนต์พระจากวัดอื่นมาอยู่จำพรรษา เช่น วัดราชาธิวาส วัดปทุมวนาราม วัดราชบพิธ และวัดบวรนิเวศ จนต่อมามีการตัดถนนวงศ์สว่างผ่านด้านหลังวัด ทางวัดพร้อมด้วยอุบาสกอุบาสิกา ราษฎรผู้มีจิตศรัทธาช่วยกันบริจาคที่ดินตัดถนนเข้าวัดในสมัย พระครูวิจิตรธรรมสาร (ไขย จนฺทสาโร) เจ้าอาวาสรูปที่ 7
หลังจากนั้นทางวัดได้ขออนุญาตเปิดโรงเรียนพระปริยัติธรรม ทั้งแผนกนักธรรมและบาลีขึ้น โดยเป็นสาขาของวัดบวรนิเวศ จึงเป็นเหตุให้มีพระภิกษุสามเณรเข้ามาศึกษาเล่าเรียนเป็นจำนวนมาก ในแต่ละปีมีพระภิกษุสามเณรสอบได้นักธรรมและบาลีเป็นจำนวนมาก จนได้รับการยกย่องจากพระเถรานุเถระชั้นผู้ใหญ่ตลอดมา
ปัจจุบันที่ดินวัดโฉนดเลขที่ 75465 เดิมมีเนื้อที่ทั้งหมด 19 ไร่ 2 งาน 70 ตารางวา ต่อมาในปี พ.ศ. 2543 คุณอำพันธ์ - คุณพิไลลักษณ์ นาคเจริญ และคุณสมพงษ์ ทองทั่ว ถวายที่ดินเพิ่มอีก 1 งาน 19 ตารางวา รวมทั้งที่ดินที่ทางวัดมีโครงการจะซื้อต่อออกไปอีกเพื่อทำสวนปฏิบัติธรรม ขณะนี้อยู่ระหว่างรวบรวมปัจจัย ปัจจุบันวัดมีเนื้อที่โดยประมาณ 24 ไร่
เป็นพระอุโบสถเก่าแก่ สร้างมาตั้งแต่สมัยเริ่มสร้างวัด มาแล้วเสร็จและผูกพัทธสีมาให้ถูกต้องตามพระธรรมวินัยในปี พ.ศ. 2418 รูปแบบพระอุโบสถเดิมไม่มีช่อฟ้า ใบระกา หางหงส์ เป็นทรงปั้นหยา แต่เนื่องจากได้รับการบูรณะหลายครั้ง จึงมีรูปแบบอย่างที่เห็นในปัจจุบัน โดยมีความยาว 22.50 เมตร กว้าง 9.80 เมตร หันหน้าไปทางทิศตะวันตกอันมีคลองบางเขนใหม่เป็นทิศเบื้องหน้า หลังคามุงกระเบื้องโบราณ มีช่อฟ้า ใบระกา หางหงส์ หน้าบันถือปูน มีตรีมูรติอยู่บนพานอันเป็นสัญลักษณ์ของราชวงศ์จักรี ภายใต้มงกุฎคราบ มีฉัตร 5 ชั้น ประดับทั้ง 2 ข้าง มีรัศมีเปลางประกายโดยรอบ ซึ่งใช้เป็นตราของวัดในปัจจุบัน
เป็นเจดีย์ที่สร้างมาพร้อมพระอุโบสถ เป็นเจดีย์ทรงระฆังคว่ำสีทองอร่าม สูง 17 เมตร ทางวัดได้มีการอัญเชิญพระบรมสารีริกธาตุและพระอรหันตธาตุของพระสาวกขึ้นประดิษฐานที่เจดีย์องค์ใหญ่ วันที่ 2 สิงหาคม พ.ศ. 2555 เจดีย์นี้ได้รับการขึ้นทะเบียนเป็นมรดกของชาติจากกรมศิลปากร
เป็นศาลา 2 ชั้น ผูกเหล็กหล่อปูนใช้เป็นที่ทำบุญในวันพระและวันสำคัญทางพุทธศาสนา ซึ่งแต่เดิมเป็นศาลาการเปรียญไม้ 2 ชั้น โดยข้างบนใช้ประกิบพิธีส่วนชั้นล่างปล่อยโล่ง ได้รับการรื้อและสร้างใหม่ในสมัย พระครูวิจิตรธรรมสาร (ไขย จนฺทสาโร) เจ้าอาวาสรูปที่ 7 ประดับช่อฟ้า ใบระกา หางหงส์ หน้าบันเป็นรูปลายไทย มีรูปปั้นเป้นกงล้อ ทำการปฏิสังขรณ์โดยบริษัทอิตาเลี่ยนไทย ในวันที่ 16 มกราคม พ.ศ. 2553 ได้ทำการบูรณะศาลาการเปรียญให้สูงขึ้น แล้วทำการเทพื้นล่างใหม่ พร้อมทั้งประดับตกแต่งติดไฟ พัดลม ให้ดูสวยงาม สืบเนื่องมาจากอุบาสกอุบาสิกาส่วนใหญ่เป็นผู้มีอายุมาก เดินขึ้นลงบันไดลำบาก พิธีกรรมทางพุทธศาสนา ทำบุญในวันพระที่ชั้นล่างของศาลาการเปรียญจวบจนถึงในปัจจุบัน
โรงเรียนพระปริยัติธรรม เป็นอาคารเรียน 3 ชั้น ชั้นที่ 1 เป็นห้องประชุมและเป็นที่จัดงานการกุศลต่างๆ ปัจจุบันใช้เป็นสถานที่ประกิบพิธีกรรมทางพระพุทธศาสนา ทำบุญในวันพระ สืบเนื่องมาจากมีการบูรณปฏิสังขรณ์ศาลาการเปรียญหลังเก่า ชั้นที่ 2 เป็นห้องเรียนและสำนักงานโรงเรียนพระปริยัติธรรม ทั้งแผนกนักธรรมและบาลี ซึ่งจะจัดให้มีการเรียนการสอนในช่วงเข้าพรรษาของทุกปี ซึ่งมีนักเรียนเป็นพระภิกษุสามเณรภายในวัด และมีพระภิกษุใหม่บวชเข้าพรรษาก็จะได้รับการเรียนแผนกนักธรรม ตั้งแต่นักธรรมตรี นักธรรมโท และนักธรรมเอก โดยจะมีการสอบในช่วงใกล้ๆจะออกพรรษา ส่วนแผนกบาลี ก็จะเริ่มสอนตั้งแต่ บาลีไวยากรณ์ ประโยค 1-3 ส่วนประโยคสูงๆกว่านี้ ให้ศึกษาเอง หรือไปเรียนกับสำนักเรียนอื่นๆ และชั้นที่ 3 เป็นห้องสมุด พร้อมห้องอบรมวิบัสสนากรรมฐาน หน้าบันทั้ง 3 ด้าน เป็นภาพเกี่ยวกับพุทธประวัติ
เป็นวิหารที่ประดิษฐานรูปเหมือนปูนปั้นของพระครูธรรมสารวิจิตร (อ่อน ญาณเตโช) โดยคณะศิษย์สร้างถวายในปี พ.ศ. 2515 เป็นวิหารก่ออิฐถือปูน ตั้งอยู่ทางซ้ายของพระอุโบสถ ซึ่งปัจจุบันเป็นที่ประดิษฐานรูปเหมือนของ พระครูวิจิตรธรรมสาร (ไขย จนฺทสาโร) และพระครูใบฎีกาพันธ์ อาจาโร ในปัจจุบันนี้วิหารหลวงปู่อ่อนได้สร้างขึ้นใหม่เป็นวิหารจัตุรมุข มียอดฟ้าใบระกา ปูพื้นด้วยกระเบื้องแผ่นใหญ่ ประตูหน้าต่างเป็นไม้ มีโรงจอดเรือของหลวงปู่อ่อนอยู่ด้านหลังของวิหาร ติดโคมไฟทั้งข้างใน และรอบวิหาร ปัจจุบันวิหารหลวงปู่อ่อนตั้งอยู่ข้างท่าน้ำทางด้านซ้าย ติดกับต้นโพธิ์ใหญ่ และติดประตูทางเข้าวัด
เป็นซุ้มประตูแห่งเดียวในเขตบางซื่อ ที่นำตราคณะธรรมยุติกนิกายมาประดิษฐานบนซุ้ม ทำด้วยหินอ่อนขัดทั้งซุ้ม ต่อมาทรุดโทรมลงมาก ทางมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ ได้มีจิตศรัทธาบูรณปฏิสังขรณ์ให้ใหม่จนแล้วเสร็จ
หลังคาเป็นทรงไทย ก่ออิฐถือปูนทั้งหลัง ชั้น 1 ใช้เป็นที่แขวนกลอง ชั้น 2 ใช้เป็นที่แขวนระฆังเพื่อตีบอกสัญญาณในวันพระและวันสำคัญอื่นๆ ซึ่งหอระฆังดังกล่าวได้ทรุดโทรมไปตามกาลเวลา ต่อมาได้สร้างหอระฆัง 3 ชั้น หน้าศาลการเปรียญ แต่ก็ได้รื้อไป ปัจจุบันได้สร้างหอระฆัง 3 ชั้น ขึ้นใหม่แต่ตำแหน่งใกล้เคียงกันกับหอระฆัง 2 ชั้น ในอดีต
