รถธง (อังกฤษ: Flagship Car) หมายถึง รถรุ่นที่ได้ชื่อว่า ดีที่สุด มีชื่อเสียงเกียรติยศมากที่สุด และเป็นความภาคภูมิใจของบริษัทรถแต่ละยี่ห้อ
คำว่า รถธง หรือ Flagship Car มาจากคำว่า เรือธง หรือ Flagship ซึ่งมาจากในสมัยคริสต์ศตวรรษที่ 19 และก่อนหน้านั้น การทำสงครามยังไม่มีเครื่องบิน จึงมีการรบเฉพาะทางบกและทางน้ำ ในการรบทางน้ำ จะต้องใช้เรือเป็นหลัก การรบนั้นคงจะมีประสิทธิภาพมากขึ้นหากส่งกองกำลังไปครั้งละหลายๆ ลำ หรือ กองเรือ (fleet of vessels) และเรือลำหนึ่งในฝูงเรือทั้งหมด จะได้รับเลือกให้เป็นที่ตั้งของหน่วยบัญชาการรบ ซึ่งถือเป็นหัวเรี่ยวหัวแรงหลัก เป็นเอกลักษณ์ เป็นจุดสำคัญ และเป็นความภาคภูมิใจของกองเรือนั้น เป็นศัพท์เฉพาะที่เรียกว่า เรือธง (Flagship)
เรือที่จะได้รับเลือกเป็นเรือธง จะต้องมีคุณสมบัติที่มีขนาดใหญ่ที่สุด หรือเร็วที่สุด หรือใหม่ที่สุด หรือติดอาวุธป้องกันตัวมากที่สุด และมีห้องประชุมขนาดใหญ่พอที่จะรับรองกัปตันของเรือทุกลำในกองเรือ เพื่อเป็นการสะดวกที่จะใช้เป็นหน่วยบัญชาการรบ และทหารในกองทัพ ต้องใส่ใจและปกป้องเรือธงของพวกเขาไว้อย่างสุดความสามารถ ต่อมาคำว่า Flagship กลายเป็นคำศัพท์แสลงในหลายวงการ ซึ่งจะมีความหมายถึงสิ่งที่เป็นหัวใจหลักขององค์กร
เช่นเดียวกับในวงการธุรกิจรถยนต์ ซึ่งเปรียบบริษัทรถยนต์ว่าเป็นกองเรือ รถรุ่นต่างๆที่ค่ายรถยนต์ผลิตคือเรือรบลำน้อยใหญ่ในกองเรือ และรถรุ่นที่เป็นรถธงคือเรือธง ซึ่งเป็นรุ่นที่ได้ชื่อว่าดีที่สุด มีเกียรติยศมากที่สุดในบรรดารถทุกรุ่น และเป็นความภาคภูมิใจของค่ายรถยนต์ต้นสังกัด
โดยทั่วไปแล้ว รถรุ่นที่ได้รับเลือกให้เป็นรถธง มักเป็นรถรุ่นที่ใหญ่ที่สุด หรูหราที่สุด แพงที่สุดของยี่ห้อนั้น แต่ก็มีบ้างบางยี่ห้อที่ตั้งให้รถขนาดกลางหรือขนาดอื่นๆ เป็นรถธงของพวกเขา ซึ่งแต่ละยี่ห้อได้มีการตั้งรถรุ่นที่เป็นรถธงดังนี้
จากการที่รถธงส่วนใหญ่ มักมีราคาแพง ทำให้รถธงเกือบทุกรุ่น ไม่ใช่รถที่มียอดขายสูงนักเมื่อเทียบกับรุ่นอื่นๆ ในยี่ห้อเดียวกัน แต่รถธงก็ถือเป็นความภาคภูมิใจของค่ายรถต้นสังกัด ค่ายรถส่วนใหญ่จะใส่ใจการผลิตรถธงของเขาอยู่มาก เพราะเป็นรุ่นที่แสดงเอกลักษณ์ของค่ายรถยนต์ที่ชัดเจน เป็นดั่งเรือธงในพาฝูงเรือของพวกเขาการต่อสู้ในสมรภูมิการค้า และเป็นเกียรติประวัติของค่ายรถยนต์ต่อไป
