ในปลายศตวรรษที่ 8 มีการย้ายเมืองหลวงไปที่ เฮอังเกียว (??? Heian-kyou) หรือเมืองเคียวโตะในปัจจุบัน นับเป็นยุคทองของประเทศญี่ปุ่น ที่ทั้งศิลปะและวัฒนธรรมรุ่งเรืองถึงขีดสุด มีการพัฒนาปรับปรุงวัฒนธรรมต่างๆ ที่หยิบยืมมาจากประเทศจีนในสมัยราชวงศ์ถัง และลัทธิขงจื้อ จนกลายเป็นวัฒนธรรมแบบเฉพาะตัวของญี่ปุ่น เฮอัง (??,Heian) แปลว่า ความสงบสันติ
ในช่วงปลายสมัยนะระ เกิดโรคระบาดภาวะข้าวยากหมากแพง ตามความเชื่อของชาวญี่ปุ่นในสมัยคลาสสิกว่าการย้ายที่อยู่เพื่อหลีบหนีวิญญาณชั่วร้ายจะช่วยให้รอดพ้นจากภัยพิบัติต่างๆ ในค.ศ. 784 พระจักรพรรดิคัมมุ (??, Kammu) ทรงย้ายราชสำนักจากเฮโจวเกียวไปยังนะงะโอะกะ-เคียว (???, Nagaoka-ky?) แต่ก็เกิดเหตุการณ์นองเลือดในราชสำนักอีกพระจักรพรรดิคัมมุทรงเกรงกลัววิญญาณอาฆาตของพระอนุชาของพระองค์ จึงทรงย้ายราชสำนักมายังเฮอัง-เกียว (???, Heian-ky?) ที่เมืองเคียวโตะในปัจจุบัน ในค.ศ. 794 การย้ายเมืองหลวงในครั้งนี้เป็นเพียงการย้ายสถานที่เท่านั้น ระบอบการปกครองที่มีต้นแบบมาจากราชวงศ์ถังตั้งแต่ปลายสมัยอะสุกะและอิทธิพลของตระกูลฟุจิวะระก็ยังติดตามมาเช่นเดิม ในสมัยเฮอังตระกูลฟุจิวะระมีอำนาจในฐานะเป็นตระกูลเดียวที่พระจักรพรรดิจะอภิเษกพระจักรพรรดินี และเป็นผู้สำเร็จราชการแทนสำหรับพระจักรพรรดิที่ทรงพระเยาว์ เรียกว่า เซ็สโช (??, Sessh?) หรือเป็นที่ปรึกษาคนสำคัญของพระจักรพรรดิ เรียกว่า คัมปะกุ (??, Kampaku) อำนาจในการปกครองตกอยู่แก่เซ็สโชโดยพระจักรพรรดิที่ทรงพระเยาว์นั้นเป็นเพียงหุ่นเชิด ในสมัยเฮอังสตรีสูญเสียบทบาทและอำนาจในการปกครอง เนื่องจากอิทธิพลแนวความคิดตามแบบลัทธิขงจื้อจากจีนที่เน้นความสำคัญของบุรุษ จะเห็นได้จากการที่ในสมัยเฮอังและในสมัยต่อมาไม่มีพระจักรพรรดินีที่เป็นสตรีปกครองประเทศอีกเลยเป็นเวลานาน สตรีถูกแบ่งแยกจากบุรุษและถูกกีดกัดเข้าสู่ฝ่ายใน แต่กระนั้นสตรีในราชสำนักเฮอังก็ได้กลับขึ้นมามีอำนาจในฐานะ โคไทโง (???, k?taig?) หรือพระพันปี
ในค.ศ. 833 พระจักรพรรดิจุนนะ (??, Junna) ทรงสละราชสมบัติให้แก่พระโอรสบุญธรรมขึ้นครองราชสมบัติเป็นพระจักรพรรดินินเมียว (??, Ninmy?) โดยแต่งตั้งให้พระโอรสของพระจักรพรรดิจุนนะคือองค์ชายซึเนะซะดะ (??, Tsunesada) เป็นองค์ชายรัชทายาทรอคอยการสืบราชสมบัติ แต่อุไดจินฟุจิวะระ โยะชิฟุสะ (?? ??, Fujiwara no Yoshifusa) เข้าทำการยึดอำนาจปลดองค์ชายซึเนะซะดะจากตำแหน่งองค์ชายรัชทายาท และตั้งองค์ชายมิฉิยะสุ (??, Michiyasu) ซึ่งเป็นพระโอรสของพระจักรพรรดินินเมียวและพระจักรพรรดินีฟุจิวะระที่เป็นน้องสาวของโยะชิฟุสะ หรือก็คือหลานของโยะชิฟุสะนั่นเอง เป็นองค์ชายรัชทายาทแทน เรียกว่า"เหตุการณ์ปีโจวะ" เป็นเหตุการณ์ที่นำฟุจิวะระโยะชิฟุสะสู่อำนาจและเป็นจุดเริ่มต้นของการเข้าครอบงำราชสำนักของตระกูลฟุจิวะระ องค์ชายมิฉิยะสุขึ้นครองราชย์เป็นพระจักรพรรดิมงโตกุ (??, Montoku) และในค.ศ. 858 พระจักรพรรดิมงโตกุสวรรคตในราชสมบัติ พระโอรสพระจักรพรรดิเซวะ (??, Seiwa) ขึ้นครองราชสมบัติด้วยพระชนมายุเพียงเก้าชันษา ฟุจิวะระ โยะชิฟุสะจึงขึ้นเป็นเซ็สโชคนแรกในประวัติศาสตร์ญี่ปุ่น
พระจักรพรรดิอุดะ (??, Uda) ทรงเป็นจักรพรรดิพระองค์เดียวที่พระมารดาไม่ได้มาจากตระกูลฟุจิวะระ พระจักรพรรดิอุดะทรงสละราชสมบัติในค.ศ. 897 มอบราชสมบัติแก่พระโอรสคือพระจักรพรรดิไดโงะ (??, Daigo) โดยให้ฟุจิวะระ โทะกิฮิระ (?? ??, Fujiwara Tokihira) และสุงะวะระ มิฉิซะเนะ (?? ??, Sugawara Michizane) คอยช่วยเหลือพระจักรพรรดิที่ทรงพระเยาว์ แต่ฟุจิวะระ โทะกิฮิระ เมื่อได้เป็นเซ็สโชแล้วก็ได้ใส่ร้ายป้ายสีซุงะวะระ มิฉิซะเนะคู่แข่งทางการเมืองของตน จนซุงะวะระถูกเนรเทศและเสียชีวิตในค.ศ. 903 ทันใดนั้นที่เมืองเฮอังก็เกิดภัยภิบัติต่างๆ พระโอรสของพระจักรพรรดิไดโงะรวมทั้งโทะกิฮิระต่างเสียชีวิตจากโรตระบาด จนพระจักรพรรดิไดโงะทรงต้องขอขมาต่อวิญญาณของสุงะวะระ ทำลายเอกสารบันทึกเกี่ยวกับความผิดของสุงะวะระ และยกย่องให้สุงะวะระเป็นเทพแห่งนักปราชญ์ตามศาสนาชินโต
วัฒนธรรมที่เป็นรูปแบบของญี่ปุ่นโดดเด่นมากในสมัยเฮอัง ในศตวรรษที่ 9 ญี่ปุ่นยังคงรับวัฒนธรรมของราชวงศ์ถังอยู่ พุทธศาสนานิกายมิเคียว (?? Mikkyou) กับการเขียนรูปประโยคแบบจีนแพร่หลายมาก พอเข้าสู่ศตวรรษที่ 10 หลังจากที่ญี่ปุ่นไม่ได้ติดต่อโดยตรงกับภาคพื้นทวีปแล้ว ได้เกิดวัฒนธรรมชนชั้นสูงที่มีลักษณะพิเศษเฉพาะของญี่ปุ่นเอง วรรณกรรมที่เด่นในเวลานี้ อาทิ “โคะคินวะกะชู” (????? Kokinwakashuu) เป็นหนังสือรวมกวีนิพนธ์ญี่ปุ่นเล่มแรกตามพระราชโองการของจักรพรรดิ (ในต้นศตวรรษที่ 10) “ตำนานเก็นจิ” (???? Genji Monogatari) นวนิยายเรื่องยาวที่นับว่าเก่าแก่ที่สุดเรื่องหนึ่งโลก (ประมาณต้นศตวรรษที่ 11) และ “มะคุระโนะโซชิ” (??? Makura-no-s?shi) หนังสือข้างหมอน (ประมาณ ค.ศ. 1000) วรรณกรรมเหล่านี้เขียนด้วยตัวอักษร คะนะ อีกด้วย ตั้งแต่ช่วงหลังศตวรรษที่ 10 เป็นต้นมา พุทธศาสนานิกายโจโดะ (??? Joudo-kyo) ซึ่งมุ่งหวังความสุขในชาติหน้าเป็นที่นับถืออย่างแพร่หลายเช่นเดียวกับนิกายมิคเคียว ที่หวังผลประโยชน์เฉพาะในชาตินี้ และเราจะเห็นถึงความมีเอกลักษณ์แบบญี่ปุ่นปรากฏอยู่ในวรรณกรรมกับงานศิลปะ เช่น สถาปัตยกรรม การเขียนภาพ การแกะสลัก เป็นต้น
แม้ชาวญี่ปุ่นจะนับถือลิทธิชินโตมาแต่ดั้งเดิม แต่ก็รับศาสนาพุทธเข้ามาด้วยจากการรับวัฒนธรรมจากประเทศจีน และแพร่หลายไปทั่วญี่ปุ่นในยุคเฮอัง โดยแบ่งเป็น 2 ลิทธิใหญ่ๆคือ นิกายเท็นได และ ชินงน
นิกายเท็นได เป็นพุทธนิกายแบบมหายานที่รับมาโดยตรงจากประเทศจีน นับถือสัทธรรมปุณฑรีกสูตร (Lotus Sutra) เป็นพระสูตรสำคัญ ส่วนนิกายชินงน เป็นพุทธนิกายที่มีรากฐานจากพุทธศาสนาแบบตันตระในประเทศอินเดียและทิเบต ก่อตั้งโดยพระคูไก
รูปแบบสถาปัตยกรรมที่โดดเด่นในยุคนี้คือ สถาปัตยกรรมแบบชินเด็ง (??? Shinden-zukuri) หลักๆจะประกอบด้วยเรือนหลัก ( Shinden ) และเรือนต่อขยายด้านตะวันตกและตะวันออก เชื่อมกับเรือนหลักด้วยทางเดินที่มีหลังคาคลุม เรือนหลักจะหันหน้าไปทางทิใต้ซึ่งเป็นทิศมงคลตามคติแบบจีน เรือนทางทิศเหนือนั้นจะจัดให้เป็นที่พำนักของภรรยาหลวงเสมอ ดังนั้นในสมัยนั้นเรียกภรรยาหลวงว่า คิตะโนะคะตะ (??? Kita-no-kata - ผู้ที่อยู่ทางทิศเหนือ ) ด้านหน้าเป็นสวนที่ประกอบด้วยสระน้ำ เกาะ เนินเขาจำลอง และสะพาน มีกำแพงดินล้อมรอบหมู่คฤหาสน์ทั้งหมด หลังคานิยมมุงด้วยเปลือกสนที่ซ้อนกันเป็นชั้นหนามากกว่ากระเบื้อง เพราะกระเบื้องแบบจีนนั้นไม่เหมาะกันอากาศของญี่ปุ่น พื้นจะเป็นพื้นไม้กระดาน ไม่มีเสื่อวาง เรือนด้านตะวันออกส่วนใหญ่จะมีทางเดินยาวเชื่อมสู่เรือนตกปลา (?? Tsuri-dono) ที่สร้างเหนือลำธารหรือสระน้ำ
เรือนแบบชินเด็งแต่ละหลัง สามารถแบ่งห้องได้ตั้งแต่ 4 ห้องถึง 9 ห้อง โดยใช้ฉาก หรือ ราวผ้าม่านเป็นเครื่องกั้นหองตามขนาดความต้องการใช้งาน ห้องที่มีข้างฝาและประตูมิดชิดมี 1 ห้องเรียกว่า โมะยะ สถาปัตยกรรมแบบชินเด็งนี้จะเย็นสบายในฤดูร้อน แต่ในฤดูหนาวจะหนาวเย็นมาก
