ยุคเอะโดะ (ญี่ปุ่น: ???? Edo-jidai ?) หรือยุคที่เรียกว่า ยุคโทะกุงะวะ (???? Tokugawa-jidai) ค.ศ. 1603 - ค.ศ. 1868 คือยุคที่มีไดเมียวตระกูลโทะกุงะวะเป็นโชกุน เริ่มเมื่อโทะกุงะวะ อิเอะยะซุ ได้รวบอำนาจและตั้งรัฐบาลโชกุนขึ้นที่เอโดะ (ปัจจุบันคือโตเกียว) ใน ค.ศ. 1603 และหลังจากนั้นอีก 260 ปี การปกครองทั้งหลายก็ตกอยู่ในอำนาจของตระกูลโทะกุงะวะ รัฐบาลเอะโดะได้ลิดรอนอำนาจจากจักรพรรดิ เชื้อพระวงศ์ และพระสงฆ์จนหมดสิ้น และปกครองเกษตรกรไปทีละเล็กละน้อย เมื่อเกษตรกรอันเป็นฐานอำนาจของรัฐบาลเอะโดะยากจนลงจนเดือดร้อน การปกครองของตระกูลโทะกุงะวะก็เริ่มสั่นคลอนลงตั้งแต่เข้าศตวรรษที่ 19
ยุคนี้เป็นยุคที่วัฒนธรรมของราษฎรสามัญเจริญจนถึงที่สุด ตั้งแต่ปลายศตวรรษที่ 17 จนถึงต้นศตวรรษที่ 18 เป็นยุคของวัฒนธรรมเก็นโระขุ (???? Genroku-bunka) ซึ่งเป็นของนักรบผสมกับราษฎรสามัญ มีศูนย์กลางอยู่ที่เมืองใหญ่ ๆ อย่างเกียวโต โอซาก้า เอกลักษณ์คือละครหุ่น ละครคาบุขิและหัตถกรรมต่าง ๆ มีศิลปินกำเนิดจากราษฎรสามัญมากมาย เช่น นักเขียน อย่าง อิฮารา ไชคาขุ (???? Ihara Saikaku) นักกลอนไฮขุ อย่าง มัทสึโอะ บาโช (???? Matsuo Bashou) นักแต่งบทละครหุ่น ละครคาบิขุ อย่าง ชิคามัทสึ มงซาเอมง (?????? Chikamatsu Monzaemon) จนเมื่อศตวรรษที่ 19 ศูนย์กลางของวัฒนธรรมได้ย้ายไปอยู่เอะโดะ เป็นยุคของวัฒนธรรม คะเซ (???? Kasei-bunka) ซึ่งเป็นวัฒนธรรมของชนชาวเมือง อันได้แก่ นวนิยาย ละครคาบุขิ ภาพอุคิโยะ บุงจิง-งะ เป็นต้น
การศึกษาและวิชาการก็เจริญรุ่งเรือง ชนชั้นนักรบเล่าเรียนปรัชญาของขงจื๊อและหลักคำสอน จูจื่อ (??? Shushi-gaku) ซึ่งเป็นปรัชญาพื้นฐานที่ค้ำจุนการปกครองของรัฐบาลเอะโดะ การศึกษาเกี่ยวกับญี่ปุ่นและดัตช์ (ฮอลันดา)(?? Ran-gaku) เจริญรุ่งเรืองตั้งแต่ศตวรรษที่ 18 เป็นต้นมา มีการเปิดโรงเรียนตามหัวเมืองต่าง ๆ เพื่อลูกหลานของชนชั้นนักรบ ราษฎรสามัญเองก็นิยมส่งลูกหลานเรียนหนังสือเช่นกัน
ในค.ศ. 1600 ยุทธการเซะกิงะฮะระ (ญี่ปุ่น: ?????? Sekigahara-no-tatakai ?) ทำให้โทะกุงะวะ อิเอะยะซุ ไดเมียวผู้มีอำนาจหลังจากการอสัญกรรมของไทโคโทะโยะโตะมิ ฮิเดะโยะชิ (ญี่ปุ่น: ???? Toyotomi Hideyoshi ?) กลายเป็นผู้ปกครองญี่ปุ่นโดยเบ็ดเสร็จปราศจากไดเมียวที่จะท้าทายอำนาจ และอิเอะยะซุยังสามารถอ้างการสืบเชื้อสายจากตระกูลมินะโมะโตะโบราณได้ จึงได้รับการแต่งตั้งจากราชสำนักเกียวโตให้เป็นเซอิไทโชกุน (ญี่ปุ่น: ????? Seii Taish?gun ?) ในค.ศ. 1603 เป็นจุดเริ่มต้นของรัฐบาลเอะโดะ หรือ เอะโดะบะกุฟุ (ญี่ปุ่น: ???? Edo bakufu ?) ที่ปกครองโดยตระกูลโทะกุงะวะ เป็นระยะเวลาประมาณสองร้อยห้าสิบปี
ในช่วงต้นคริสต์ศตวรรษที่สิบเจ็ด ชาวฮอลันดาและชาวอังกฤษได้เข้ามาติดต่อค้าขายที่เมืองนางาซากิ ซึ่งโชกุนอิเอะยะซุก็ได้ให้การต้อนรับอย่างดี ด้วยเหตุที่ชาวฮอลันดาและชาวอังกฤษเข้ามาทำการค้าขายเพียงอย่างเดียวไม่เผยแผ่ศาสนา ในค.ศ. 1604 โชกุนอิเอะยะซุมีคำสั่งให้วิลเลียม อดัมส์ (William Adams) ต่อเรือแบบตะวันตกให้แก่ญี่ปุ่นครั้งแรก และอนุญาตให้ชนชั้นพ่อค้าล่องเรือออกไปค้าขายยังอาณาจักรต่างๆในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ได้ เรียกว่า เรือตราแดง หรือ ชูอินเซน (ญี่ปุ่น: ??? Shuinsen ?) ทำให้พ่อค้าชาวญี่ปุ่นเป็นคู่แข่งรายสำคัญของชาวฮอลันดาในภูมิภาค และในค.ศ. 1609 โอโงโชอิเอะยะซุได้ออกประกาศอนุญาตให้บริษัทอินเดียตะวันออกของดัตช์เข้ามาตั้งสถานีการค้าที่เมืองฮิระโดะ (ญี่ปุ่น: ?? Hirado ?) ใกล้กับเมืองนางาซากิ และในค.ศ. 1613 ไดเมียวดะเตะ มะซะมุเนะ (ญี่ปุ่น: ???? Date Masamune ?) ได้ส่งฮาเซคุระ สึเนนากะ (ญี่ปุ่น: ???? Hasekura Tsunenaga ?) ไปเจริญสัมพันธไมตรีกับชาติต่างๆในทวีปยุโรป เรียกว่า คณะทูตปีเคโจ (ญี่ปุ่น: ???? Keich? shisetsu ?)
ในค.ศ. 1605 โชกุนอิเอะยะซุได้สละตำแหน่งโชกุนให้แก่บุตรชาย คือ โทะกุงะวะ ฮิเดะตะดะ (ญี่ปุ่น: ???? Tokugawa Hidetada ?) แต่อำนาจการปกครองยังคงอยู่ที่อิเอะยะซุซึ่งดำรงตำแหน่งโอโงโช (ญี่ปุ่น: ??? ?) หรือโชกุนผู้สละตำแหน่ง โอโงโชอิเอะยะซุถึงแก่อสัญกรรมในค.ศ. 1616 เมื่อโชกุนฮิเดะตะดะขึ้นมามีอำนาจ ได้ดำเนินการปราบปรามชาวคริสเตียนอย่างรุนแรง ในค.ศ. 1622 ได้ทำการสังหารชาวคริสเตียนจำนวนห้าสิบคนที่เมืองนางาซากิ (Great Martyrdom of Nagasaki) เรียกว่า การปราบปรามชาวคริสเตียนปีเง็นนะ (ญี่ปุ่น: ?????? Genna-no-daijungy? ?) ในค.ศ. 1615 โชกุนฮิเดะตะดะได้ออกกฎหมายซะมุไรหรือบุเกะชุฮัตโตะ (ญี่ปุ่น: ????? ฺBuke shuhatto ?) ออกมาเป็นฉบับแรกของสมัยเอะโดะ ในค.ศ. 1623 โชกุนฮิเดะตะดะได้สละตำแหน่งให้แก่บุตรชายคือโชกุนโทะกุงะวะ อิเอะมิสึ (ญี่ปุ่น: ???? Tokugawa Iemitsu ?) ลงมาดำรงตำแหน่งเป็นโอโงโช การปราบปรามชาวคริสต์ระลอกใหญ่เกิดขึ้นอีกครั้งในค.ศ. 1629 ที่เมืองนางาซากิ โดยทางบะกุฟุได้บังคับให้ชาวเมืองกระทำการฟุมิเอะ (ญี่ปุ่น: ??? fumi-e ?) คือการเหยียบย่ำลงบนรูปของพระเยซูเพื่อพิสูจน์ว่าตนไม่ได้เป็นคริสเตียน
โอโงโชฮิเดะตะดะถึงแก่อสัญกรรมในค.ศ. 1632 ทำให้โชกุนอิเอะมิสึมีอำนาจเต็มในการปกครองญี่ปุ่น โชกุนอิเอะมิสึเป็นโชกุนคนแรกที่เติบโตมาอย่างนักปราชญ์และไม่เคยผ่านประสบการณ์สงครามมาก่อน ในค.ศ. 1635 โชกุนอิเอะมิสึได้ออกกฎหมายซันคิง-โคไต (ญี่ปุ่น: ???? ฺSankin-k?tai ?) บังคับให้ไดเมียวของทุกแคว้นต้องพำนักอยู่ในเมืองเอะโดะหนึ่งปีสลับกับอยู่ในแคว้นของตนอีกหนึ่งปี เป็นการลดทอนอำนาจของไดเมียวไม่ให้มีการซ่องสุมอำนาจหรือกำลังทหารในแคว้นของตนได้ การกดขี่ชาวคริสเตียนอย่างหนักและภาวะอดอยากทำให้ชาวคริสเตียนบนแหลมชิมะบะระและเกาะอะมะกุสะ อันเป็นส่วนหนึ่งของเกาะคิวชู ได้ก่อกบฏขึ้นในค.ศ. 1637 เรียกว่า กบฏชิมะบะระ (ญี่ปุ่น: ???? Shimabara-no-ran ?) ทัพของบะกุฟุใช้เวลาถึงหนึ่งปีจนกระทั่งเข้ายึดปราสาทฮะระอันเป็นฐานที่มั่นของกบฏได้ในค.ศ. 1638
โชกุนอิเอะมิสึ ได้รับอิทธิพลจากที่ปรึกษาที่เป็นปราชญ์ขงจื้อ โดยเฉพาะฮะยะชิ ระซัน (ญี่ปุ่น: ??? Hayashi Razan ?) ให้ดำเนินนโยบายการปิดประเทศ หรือ ไคคิง (ญี่ปุ่น: ?? Kaikin ?) ซึ่งต่อมาภายหลังเรียกว่า ซะโกะกุ (ญี่ปุ่น: ?? Sakoku ?) โดยเลิกการค้าขายของเรือตราแดง เลิกการค้ากับชาวโปรตุเกส อนุญาตให้มีการค้าขายกับชาวจีนและฮอลันดาที่เมืองนางาซากิเท่านั้น และย้ายสถานีการค้าของฮอลันดาออกไปยังเกาะเดะจิมะ (ญี่ปุ่น: ?? Dejima ?) รวมทั้งการห้ามชาวญี่ปุ่นออกนอกประเทศระวางโทษถึงประหาร นโยบายปิดประเทศของโชกุนอิเอะมิสึส่งผลต่างประเทศของญี่ปุ่นไปเป็นเวลาอีกสองร้อยปี โดยที่มีชาวฮอลันดาเป็นชาวตะวันตกเพียงชาติเดียวที่ทำการค้ากับญี่ปุ่น
ช่วงสมัยของโชกุนสามคนแรกนั้นเรียกว่า สมัยการปกครองของทหาร (ญี่ปุ่น: ???? Buten seishi ?) การติดต่อกับเกาหลีและจีนในช่วงต้นศตวรรษที่สิบเจ็ด ทำให้ลัทธิขงจื้อใหม่ (Neo-Confucianism) แพร่เข้ามาในชนชั้นซะมุไรอันเป็นชนชั้นปกครองของญี่ปุ่น ประกอบกับสภาพว่างเว้นสงครามเป็นเวลานานถึงสองร้อยปี ทำให้ชนชั้นซะมุไรผันตนเองจากชนชั้นนักรบมาเป็นชนชั้นนักปราชญ์ ในค.ศ. 1651 โชกุนอิเอะมิสึถึงแก่อสัญกรรม โชกุนโทะกุงะวะ อิเอะสึนะ (ญี่ปุ่น: ???? Tokugawa Ietsuna ?) อายุเพียงเก้าปีสืบทอดตำแหน่งโชกุนต่อมา ทำให้อำนาจการปกครองตกอยู่ที่ขุนนางไดเมียวฟุไดและปราชญ์ขงจื้อ ซึ่งเข้าครอบงำบะกุฟุทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงในด้านการปกครอง สังคมและวัฒนธรรมไปในทางของพลเรือนมากขึ้น เรียกว่า สมัยการปกครองของพลเรือน (ญี่ปุ่น: ???? Bunchi seishi ?) ปรัชญาของลัทธิขงจื้อทำให้สังคมญี่ปุ่นแบ่งออกเป็นสี่ชนชั้นอย่างชัดเจน และมีผลให้สังคมญี่ปุ่นมีความเคร่งครัดและพิธีรีตองมากอย่างที่ไม่เคยเป็นมาก่อน
ภาวะว่างเว้นสงครามทำให้เกิดปัญหาของโรนิน (ญี่ปุ่น: ?? R?nin ?) หรือซะมุไรตกงานจำนวนมาก ส่วนใหญ่เป็นซะมุไรที่เคยรับใช้ฝ่ายตระกูลโทะโยะโตะมิ ซึ่งทางบะกุฟุได้กีดกันและไม่ให้การสนับสนุนเนื่องจากเห็นว่าเป็นภัยสังคมและโรนินเหล่านี้ก็ไม่ได้รับโอกาสในสังคมขงจื้อแบบใหม่ ทำให้โรนินกลายเป็นตัวแทนหรือสัญลักษณ์ของการต่อต้านการปกครองของโชกุนตระกูลโทะกุงะวะ
ในช่วงศตวรรษที่สิบเจ็ดเป็นช่วงเวลาของปราชญ์ขงจื้อชาวญี่ปุ่นคนสำคัญหลายคนได้แก่ ฮะยะชิ ระซัน (ญี่ปุ่น: ??? Hayashi Razan ?), ยะมะซะกิ อันไซ (ญี่ปุ่น: ???? Yamazaki Ansai ?) เป็นปราชญ์ขงจื้อที่ส่งเสริมให้บะกุฟุยึดลัทธิขงจื้อสำนักของจูซื่อ (Zhu Xi ญี่ปุ่น: ??? Shushi gaku ?) ให้เป็นศาสนาประจำชาติ โดยเฉพาะตระกูลฮะยะชิ ซึ่งผูกขาดตำแหน่งที่ปรึกษาของโชกุน และยังมีปราชญ์ขงจื้อที่เป็นโรนิน ต่อต้านลัทธิขงจื้อสำนักของจูซื่อซึ่งเป็นสำนักที่บะกุฟุให้การยึดถือ ยกตัวอย่างเช่น คุมะซะวะ บันซัน (ญี่ปุ่น: ???? Kumazawa Banzan ?) ผู้ยึดมั่นในลัทธิขงจื้อสำนักของหวังหยางหมิง (Wang Yangming) อันเป็นสำนักคู่แข่งของจูซื่อ และยะมะงะ โซะโก (ญี่ปุ่น: ???? Yamaga Sok? ?) ผู้ซึ่งนำลัทธิขงจื้อมาประยุกต์เข้ากับหลักบูชิโดอันเป็นหลักการของชนชั้นซะมุไรในสมัยก่อน
ในสมัยของโชกุนโทะกุงะวะ สึนะโยะชิ (ญี่ปุ่น: ???? Tokugawa Tsunayoshi ?) ศิลปวัฒนธรรมญี่ปุ่นสมัยเอะโดะเจริญรุ่งเรืองถึงขีดสุด เรียกว่า สมัยเง็นโระกุ (ญี่ปุ่น: ???? Genroku jidai ?) และวัฒนธรรมเง็นโระกุ (ญี่ปุ่น: ???? Genroku bunka ?) ประกอบด้วยการศึกษาอักษรศาสตร์และหลักปรัชญาตามลัทธิขงจื้อ งานศิลปกรรมต่างๆ และการบันเทิงอย่างเช่นละครคะบุกิ และละครโนะ ทั้งสามเมืองได้แก่ เอะโดะ เกียวโต และโอซาก้า เจริญขึ้นเป็นศูนย์กลางทางวัฒนธรรมและเศรษฐกิจ
แต่ชาวญี่ปุ่นกลับมองว่าสมัยเง็นโระกุเป็นสมัยที่มีความเสื่อมโทรมในด้านสังคมและจริยธรรมมากที่สุดสมัยหนึ่ง ด้วยการเรืองอำนาจของขุนนางไดเมียวฟุไดในบะกุฟุทำให้มีการทุจริตฉ้อราชย์บังหลวงอย่างกว้างขวาง ดังจะเห็นได้จากเหตุการณ์โรนินสี่สิบเจ็ดคน (Forty-Seven Ronins; ญี่ปุ่น: ?????? Genroku Ak? jiken ?) โชกุนสึนะโยะชิได้ปราบปรามและลดอำนาจกลุ่มขุนนางฟุไดอย่างหนัก ทำให้โชกุนสึนะโยะชิได้ชื่อว่าเป็นโชกุนที่เข้มงวดและเหี้ยมโหดที่สุดคนหนึ่ง และดึงกลุ่มขุนนางคนสนิทหรือโซะบะโยะนิน (ญี่ปุ่น: ??? Sobay?nin ?) เข้ามามีอำนาจแทน และโชกุนสึนะโยะชิยังได้ส่งเสริมลัทธิขงจื้อด้วยการก่อตั้งสำนักยุชิมะ (ญี่ปุ่น: ???? Yushima Seid? ?) ในค.ศ. 1691 ให้เป็นสำนักขงจื้อประจำชาติของญี่ปุ่น