ยุคมืดของกัมพูชา เริ่มขึ้นหลังจากอาณาจักรเขมรเริ่มอ่อนแอลง ประเทศราชประกาศตัวเป็นอิสระ เกิดความวุ่นวายในราชอาณาจักร จนในที่สุดการล่มสลายของอาณาจักรเขมร
อาณาจักรเขมร ในสมัยพระเจ้าชัยวรมันที่ 8 (พ.ศ. 1786-1838) ความไม่มั่นคงภายในอาณาจักรเริ่มเกิดขึ้น ประเทศราชเกิดการแข็งข้อ พ่อขุนผาเมืองเจ้าเมืองราดร่วมมือกับพ่อขุนบางกลางหาว แข็งเมืองไม่ขึ้นกับพระนคร และต่อมาได้ก่อตั้งอาณาจักรสุโขทัยขึ้น ในช่วงนี้มีการเปลี่ยนศาสนาจากศาสนาพุทธนิกายมหายานมานับถือพระศิวะเหมือนเดิม และได้ทำลายภาพจำหลักหินที่เป็นรูปพระพุทธเจ้า ทำลายภาพสลักหินที่เกี่ยวกับพุทธประวัติออกไปจากปราสาทหลายแห่ง อาทิ ปราสาทตาพรหม หลังจากสิ้นรัชสมัยของพระเจ้าชัยวรมันที่ 8 อาณาจักรเขมรเสื่อมอำนาจลงอย่างมาก ราชวงศ์ต่างๆเริ่มเกิดการแย่งชิงราชสมบัติกัน ในช่วงนี้ไม่มีสิ่งปลูกสร้างใดๆเกิดขึ้น หัวเมืองต่างๆเริ่มกบฏแข็งข้อและแยกตัวออก รวมไปถึงการขึ้นเป็นใหญ่ของ"อาณาจักรสุโขทัย"
พ.ศ. 1896 ในสมัยพระเจ้าอู่ทองแห่งกรุงศรีอยุธยา อาณาจักรเขมรก็ถูกกองทัพกรุงศรีอยุธยานำโดยขุนหลวงพระงั่วซึ่งเป็นพี่เมียของพระเจ้าอู่ทองยกทัพโจมตียึดเป็นเมืองขึ้น กองทัพไทยจากพระนครศรีอยุธยาไปรวมกำลังที่นครโคราปุระหรือโคราชหรือนครราชสีมา แล้วแยกกองทัพลงไปโจมตีกัมพูชาเป็น 3 ทางมีทหารไทย มอญ ลาวรวมกันประมาณ 50,000 คนและสามารถทำให้อาณาจักรขอมแตกได้ อาณาจักรเขมรจึงกลายเป็นเมืองขึ้นของอยุธยา เป็นผลให้อาณาจักรเขมรล่มสลายอย่างสิ้นเชิง จนไม่สามารถฟื้นฟูอาณาจักรให้กลับมายิ่งใหญ่ตามเดิมได้
หลังจากนั้นมาเขมรก็กลายเป็นประเทศราชของสยาม ต่อมาในปี พ.ศ. 1936 อาณาจักรเขมรแข็งเมืองจนสมเด็จพระราเมศวร กษัตริย์แห่งกรุงศรีอยุธยาส่งกองทัพไปยึดเมืองพระนครเมืองหลวงของเขมรได้อีกครั้ง ประมาณว่ากองทัพไทยยกทัพไป 2 ทางมีทหารรวมกันระหว่าง 40,000 – 50,000 คน ในขณะที่กองทัพเขมรมีทหารระดมมาจากทั่วแคว้นประมาณ 100,000 คน ต่อมาในปีพ.ศ. 1974 อาณาจักรเขมรเกิดแข็งเมืองไม่ยอมส่งเครื่องบรรณาธิการมายังกรุงศรีอยุธยา สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ 2 โอรสของเจ้านครอินทร์หรือสมเด็จพระอินทราชายกทัพหลวงจากกรุงศรีอยุธยา คาดกันว่ามีกำลังพลประมาณ 60,000 คนไปตีเมืองพระนครของเขมร ยุทธวิธีรบของทหารไทยจากพระนครศรีอยุธยาจัดกำลังออกเป็น 2 กองทัพแรกคือกองทัพบกมีกำลัง 50,000 คนเข้าตีเขมรตรงด้านหน้ามีทั้งทหารช้าง ทหารม้า ทหารราบเครื่องทำลายกำแพงและทหารธนู กองทัพเรือมีกำลัง 10,000 คนล่องเรือไปทางแม่น้ำโขงเป็นเรือพายขนาดใหญ่จู่โจมทางด้านหลัง ฝ่ายอาณาจักรเขมรนั้นได้เกณฑ์ทหารตั้งรับจากทั่วอาณาจักรมีกำลังมากกว่าทหารไทย ประมาณกันว่ามีจำนวนระหว่าง 70,000 – 75,000 คน ประกอบด้วยพลเดินเท้าใช้ดาบยาว 2 มือและดาบยาวกับโล่หรือดั้งป้องกันตัว ทหารธนูมีกำลังพล 1 ใน 5 ของทหารทั้งหมด กองทหารม้ามีหอกยาว ทวนและโตมรพร้อมกับดาบยาวที่เอว เมืองพระนครของเขมรถูกทำลายจนต้องย้ายเมืองหลวงจากเมืองพระนครไปที่เมืองจตุรพักตร์ที่ตั้งของกรุงพนมเปญในปัจจุบัน และต่อมาย้ายไปเมืองละแวกใกล้ริมทะเลสาบเขมร และย้ายไปเมืองศรีสุนทร และเมืองอุดงมีชัย ตามลำดับ
การที่กองทัพไทยตีเมืองพระนครแตกทำให้ขอมหรือเขมรสิ้นอาณาจักร เขมรอยู่ในการปกครองของไทยเรื่อยมาตั้งแต่สมัย อยุธยา กรุงธนบุรี ถึงกรุงรัตนโกสินทร์ ต่อมาเกิดสงครามอานามสยามยุทธในสมัยรัชกาลที่3 ทำให้กัมพูชากลายเป็นรัฐอารักขาระหว่างสยามและญวณก่อนที่จะตกเป็นอาณานิคมของฝรั่งเศสในเวลาต่อมา
