ยาต้านไวรัส (อังกฤษ: Antiviral drugs) เป็นกลุ่มยาที่ใช้รักษาเฉพาะการติดเชื้อจากไวรัส เช่นเดียวกับยาปฏิชีวนะ ยาต้านไวรัสก็ใช้ได้กับไวรัสบางชนิดเท่านั้น
การแพทย์ดั้งเดิมจะไม่มียาฆ่าหรือต้านเชื้อไวรัสโดยตรง ถ้ามีการติดเชื้อไวรัสวิธีปฏิบัติคือ ถ้าเป็นโรคที่ไม่ร้ายแรงเช่น หวัดหรือไข้หวัดใหญ่ก็จะให้พักผ่อนและดื่มน้ำมากๆ ก็จะหายเอง แต่ถ้าติดเชื้อร้ายแรงอย่างโรคพิษสุนัขบ้านั้นไม่มียารักษา แต่ถึงแม้ไม่มียารักษาแต่ก็มีวัคซีนป้องกัน
จนกระทั่งตั้งแต่กลางปี ค.ศ. 1980 ก็ได้เกิดยาต้านไวรัสขึ้นมาเป็นสิบๆ ตัว จากความเจริญ ก้าวหน้าทางการแพทย์สาขาพันธุศาสตร์ระดับโมเลกุลที่ทำให้เราเข้าใจโครงสร้างและการทำงานของเชื้อไวรัส ประกอบกับความกดดันทางการแพทย์ ที่จะต้องหาทางรักษาโรคภูมิคุ้มกันบกพร่องจากเชื้อไวรัสเอชไอวี (human immunodeficiency virus - HIV) ที่ทำให้เกิดโรคภูมิคุ้มกันบกพร่องหรือโรคเอดส์ (acquired immunodeficiency syndrome - AIDS) มีคนกล่าวว่าเราควรขอบคุณโรคเอดส์ เพราะมันกดดันเราอย่างมากให้ต้องพัฒนาเทคโนโลยีการต่อต้านไวรัส
การทดลองเกี่ยวกับยาต้านไวรัสเกิดขึ้นครั้งแรกในปี ค.ศ. 1960 เป็นการทดลองเกี่ยวกับ ไวรัสเริม (herpesvirus) แบบลองผิดลองถูก (trial-and-error) ไวรัสอาจจะกล่าวได้ว่าเป็นกึ่งสารเคมีกึ่งสิ่งมีชีวิตเพราะมันประกอบด้วยจีโนม (genome) และบางครั้งมี เอนไซม์ (enzyme-iocatalysts) สองสามตัวบรรจุอยู่ในแคปซูลที่ทำด้วยโปรตีน และบางครั้งห่อหุ้มด้วยชั้นของ ลิพิด (lipid) ไวรัสไม่สามารถสืบพันธุ์ได้ด้วยตัวของมันเอง แต่สามารถแพร่ข้อมูลของมันโดยเข้าไปครอบครองเซลล์ (hijacking cells) แล้วบังคับให้เซลล์แพร่พันธุ์โดยมีข้อมูลของมันติดไปด้วย
การพัฒนายาต้านไวรัสยุคแรก นักวิจัยจะเพาะเลี้ยงเซลล์ที่ติดเชื้อไวรัสเป้าหมาย แล้วใส่สารเคมีเข้าไปในเซลล์ที่เพาะเลี้ยงนั้น แล้วสังเกตผลการเปลี่ยนแปลงของเซลล์ที่ติดเชื้อไวรัส ว่าสารเคมีที่ใช้มีผลยับยั้งไวรัสได้หรือไม่. การทำเช่นนี้ใช้เวลามาก กว่าจะค้นพบยาต้านไวรัสซักตัว จนกระทั่งถึงปี ค.ศ. 1980 เมื่อนักวิทยาศาสตร์สามารถค้นพบข้อมูลทางพันธุกรรมของไวรัสทั้งหมด และทราบกลไกการทำงานของมันอย่างละเอียด ซึ่งเปิดช่องทางให้สามารถหาชนิดโมเลกุลของสารเคมี ที่จะไปหยุด หรือรบกวนการการแพร่พันธุ์ของไวรัสได้ง่ายขึ้น. ความฝันของนักวิจัย ในขั้นตอนต่อไปของการค้นคว้าหายาต้านไวรัสคือ การดัดแปลงสารเคมีในร่างมนุษย์เพื่อใช้เป็นยาต้านไวรัส เพราะจะมีผลข้างเคียงน้อยกว่าการใช้สารเคมีจากภายนอกร่างกาย
