นักบุญยอห์นแห่งไม้กางเขน (สเปน: San Juan de la Cruz; 24 มิถุนายน ค.ศ. 1542 – 14 ธันวาคม ค.ศ. 1591) เป็นบาทหลวงโรมันคาทอลิกชาวสเปน ผู้ปฏิรูปคณะคาร์เมไลท์ จนก่อให้เกิดคณะคาร์เมไลท์ไม่สวมรองเท้า เป็นนักเขียนที่มีผลงานวรรณกรรมสำคัญด้านรหัสยะ ได้รับยกย่องให้เป็นนักปราชญ์แห่งคริสตจักร และเป็นนักบุญองค์อุปถัมภ์เทววิทยาเชิงรหัสยะ รหัสยิก และกวีชาวสเปน เป็นต้น
นักบุญยอห์นแห่งไม้กางเขน มีนามเดิมว่า ฆวน เด เยเปส อี อัลบาเรซ (Juan de Yepes y Álvarez) เกิดที่เมืองฟอนติเบโรส ประเทศสเปน เดิมบิดาของท่านมีฐานะร่ำรวย แต่ได้ละทิ้งฐานะของตนเพื่อมาแต่งงานกับแม่ของท่านซึ่งเป็นเพียงบุตรสาวของช่างทอผ้า เมื่อบิดาถึงแก่กรรม มารดาก็ไร้ที่อยู่และต้องพาบุตรตามไปขณะหางานทำ แม้ว่าต่อมาจะได้งานแล้ว แต่ครอบครัวก็ยังอยู่ในฐานะที่ลำบาก
เมื่ออายุได้ 14 ปี ฆวนได้ทำงานในโรงพยาบาล เป็นคนดูแลคนวิกลจริตและคนที่ป่วยด้วยโรคที่รักษาไม่หาย เมื่ออายุได้ 20 ปี ก็เข้าเป็นสมาชิกในคณะคาร์เมไลท์ ซึ่งขณะนั้นเป็นช่วงที่คณะกำลังประสบปัญหานักบวชประพฤติหย่อนยาน ไม่เคร่งครัดในวินัย
ในปี ค.ศ. 1567 ท่านได้รับศีลอนุกรมเป็นบาทหลวงและตั้งใจจะเข้าสังกัดคณะคาร์ทูเซียน แต่เนื่องจากได้พบภคินีเตเรซาแห่งอาบีลาที่เมืองเมดีนาเดลกัมโปเสียก่อน จึงถูกชักชวนให้มาร่วมทำการปฏิรูปคณะคาร์เมไลท์ ท่านตอบรับเข้าร่วมการปฏิรูป และได้ช่วยก่อตั้งอารามหลายแห่งในสเปน อย่างไรก็ตาม ท่านกลับถูกต่อต้านจากเพื่อนภราดาในคณะ เพราะเห็นว่าแนวทางการปฏิรูปของพวกท่านเคร่งครัดเกินไป ท่านถูกอัคราธิการของคณะสั่งขังอยู่นานถึง 9 เดือน จึงหนีออกมาได้ ตลอดช่วงเวลาที่ถูกขังท่านได้เขียนวรรณกรรมเชิงรหัสยะหลายชิ้นซึ่งได้รับยกย่องมากในปัจจุบัน
ท่านยังดำเนินการปฏิรูปคณะต่อจนส่งผลให้ภราดาคณะคาร์เมไลท์ในกลุ่มของท่านได้แยกตัวออกมาจากคณะเดิมและได้รับอนุมัติจากพระสันตะปาปาให้มีสิทธิปกครองตนเองโดยไม่ขึ้นกับคณะเดิม คณะใหม่นี้มีชื่อเรียกโดยทั่วไปว่าคณะคาร์เมไลท์ไม่สวมรองเท้า
นักบุญยอห์นแห่งไม้กางเขนถึงแก่มรณกรรมที่เมืองอูเบดาเมื่อวันที่ 14 ธันวาคม ค.ศ. 1591 ขณะอายุได้เพียง 49 ปี
ในวันที่ 25 มกราคม ค.ศ. 1675 ท่านได้รับการประกาศเป็นบุญราศีโดยสมเด็จพระสันตะปาปาเคลเมนต์ที่ 10 ต่อมาในปี ค.ศ. 1726 ก็ได้รับการประกาศเป็นนักบุญโดยสมเด็จพระสันตะปาปาเบเนดิกต์ที่ 13 และในปี ค.ศ. 1926 สมเด็จพระสันตะปาปาปิอุสที่ 11 ประกาศให้ท่านเป็นนักปราชญ์แห่งคริสตจักร
