สถาบันอุดมศึกษาในกำกับของรัฐ (national university) หรือที่เรียกว่า มหาวิทยาลัยนอกระบบ คือสถาบันอุดมศึกษาของรัฐที่มีการบริหารการจัดการอิสระแยกจากระบบราชการ (autonomous university) แต่ยังได้รับเงินอุดหนุนทั่วไป (block grant) ที่รัฐจัดสรรให้เป็นรายปีโดยตรง เพื่อใช้จ่ายตามความจำเป็นในการดำเนินการตามวัตถุประสงค์ของมหาวิทยาลัย และเพื่อประกันคุณภาพการศึกษา
แนวความคิดที่จะนำมหาวิทยาลัยออกนอกระบบนั้นมีมาตั้งแต่ พ.ศ. 2507 ซึ่งผู้บริหารและคณาจารย์ของมหาวิทยาลัยได้ยื่นหลักการต่อจอมพล ถนอม กิตติขจร นายกรัฐมนตรี ซึ่งก็ไม่ได้รับการเห็นชอบ เพียงแต่ได้มีการจัดตั้ง "ทบวงมหาวิทยาลัย" (ปัจจุบันคือ สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา หรือ สกอ.) ขึ้น เพื่อดูแลมหาวิทยาลัยต่าง ๆ แทนสำนักนายกรัฐมนตรี ดังนั้นในยุคนี้ มหาวิทยาลัยต่าง ๆ จึงได้ย้ายไปสังกัดทบวงมหาวิทยาลัย จากเดิมที่สังกัดสำนักนายกรัฐมนตรี แต่อย่างไรก็ตาม มหาวิทยาลัยก็ยังคงอยู่ภายใต้กฎหมายระเบียบของระบบราชการเช่นเดิม ซึ่งทำให้ขาดความคล่องตัวในการดำเนินงาน จึงได้มีความพยายามที่จะนำมหาวิทยาลัยออกนอกระบบราชการเรื่อยมา
และในช่วงวิกฤตเศรษฐกิจเมื่อปี พ.ศ. 2541 นโยบายการออกนอกระบบก็ได้เป็นข้อตกลงหนึ่งที่ผูกพันกับสัญญาการกู้ยืมเงินกับธนาคารพัฒนาเอเชีย โดยรัฐบาลมุ่งหมายลดงบประมาณในส่วนราชการให้สามารถเลี้ยงตนเองและบริหารงบประมาณเองได้ ในช่วงปี พ.ศ. 2542 เริ่มมีการเสนอให้มหาวิทยาลัยหรือคณะวิชาที่ตั้งขึ้นใหม่ "ออกนอกระบบ" ราชการ และมีการหยุดรับข้าราชการเข้ามาในมหาวิทยาลัยรัฐเดิมทั้งหมด ตำแหน่งที่บรรจุเข้ามาใหม่ เรียกว่า "พนักงานในสถาบันอุดมศึกษา" ซึ่งมีกรอบเงินเดือนและสวัสดิการแตกต่างจากข้าราชการเดิม และหากผู้ที่เกษียณราชการไปให้ตำแหน่งและเงินเดือนนั้นเปลี่ยนเป็นตำแหน่งพนักงานในสถาบันอุดมศึกษาในตำแหน่งเริ่มบรรจุใหม่เท่านั้น
ในรัฐบาลทักษิณ ชินวัตร เริ่มมีความพยายามนำมหาวิทยาลัยออกนอกระบบอีกครั้งแต่มีการคัดค้าน ดังนั้นจึงยังไม่มีการนำมหาวิทยาลัยออกนอกระบบในช่วงนี้ ต่อมาในสมัยรัฐบาลพลเอกสุรยุทธ์ จุลานนท์ โดยศาสตราจารย์พิเศษ ดร.วิจิตร ศรีสอ้าน รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ก็ได้เสนอคณะรัฐมนตรีและสภานิติบัญญัติแห่งชาติ ให้ผ่านร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐของแต่ละมหาวิทยาลัยอีกครั้ง
ในประเทศไทยมีสถาบันอุดมศึกษาในกำกับของรัฐ 24 แห่งที่ไม่ได้ขึ้นอยู่กับระบบราชการหรือไม่อยู่ในสายการบังคับบัญชาของสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา โดยในจำนวนนี้มี 7 แห่งที่เป็นสถาบันอุดมศึกษาในกำกับของรัฐตั้งแต่ก่อตั้ง ส่วนที่เหลือนั้นเป็นสถาบันอุดมศึกษาในกำกับของรัฐโดยแปรสภาพด้วยผลของกฎหมาย ทั้งนี้มีเฉพาะมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราชแห่งเดียวที่อยู่ในกำกับของกรุงเทพมหานคร ซึ่งเป็นราชการส่วนท้องถิ่น ขณะที่สถาบันอุดมศึกษาอื่นจะอยู่ในกำกับของสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ ซึ่งเป็นราชการส่วนกลาง
การนำมหาวิทยาลัยออกนอกระบบนั้น เป็นประเด็นขัดแย้ง มีการล่ารายชื่อคัดค้าน จนกระทั่งวาระสุดท้ายของการพิจารณาในสภานิติบัญญัติแห่งชาติ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกรณีของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ที่กรรมการสภาคณาจารย์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ร่วมกับผู้ช่วยศาสตราจารย์ นายแพทย์ตุลย์ สิทธิสมวงศ์ ในฐานะกรรมาธิการพิจารณาร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ ของจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย คัดค้านสภานิติบัญญัติแห่งชาติในการผ่านร่างพระราชบัญญัติ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย พ.ศ. ... อย่างเร่งรีบโดยไม่ฟังเสียงประชาคมจุฬาฯ นอกจากนี้ยังเกิดการวิพากษ์วิจารณ์อย่างกว้างขวางทั้งนักวิชาการ นักการศึกษา รวมถึงนิสิต นักศึกษา ประชาชนโดยทั่วไป โดยประเด็นที่วิพากษ์วิจารณ์นั้นจะวิเคราะห์ถึงข้อดีและข้อเสียของการนำมหาวิทยาลัยออกนอกระบบ
อ่านบทความฉบับสมบูรณ์ได้ที่ http://th.wikipedia.org/wiki/มหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ