มหาวิทยาลัยโตเกียว (ญี่ปุ่น: ???? T?ky? Daigaku โทเกียวไดงะกุ ?) หรือย่อว่า โทได (??( T?dai )?) เป็นมหาวิทยาลัยในประเทศญี่ปุ่นในลักษณะของมหาวิทยาลัยวิจัย ตั้งอยู่ที่เมืองโตเกียว มีพื้นที่แยกออกเป็น 5 วิทยาเขต ใน ฮงโง โคมะบะ คะชิวะ ชิโระงะเนะ และ นะกะโนะ และได้ชื่อว่าเป็นมหาวิทยาลัยชั้นนำที่มีเกียรติมากที่สุดในญี่ปุ่น และยังจัดเป็นมหาวิทยาลัยชั้นนำของโลก
มหาวิทยาลัยโตเกียวประกอบด้วย 10 คณะซึ่งมีนักศึกษารวมทั้งสิ้นประมาณ 30,000 คน ในจำนวนนี้มีนักศึกษาต่างชาติประมาณ 2,100 คนเป็นนักศึกษาไทยประมาณ 150 คน (ซึ่งเป็นสัดส่วนสูงทีสุดในบรรดามหาวิทยาลัยในญี่ปุ่น) ปัจจุบันมีหลักสูตรครอบคลุมสาขาวิทยาการเกือบทั้งหมด แต่ที่มีชื่อเสียงมากเป็นพิเศษคือ กฎหมาย รัฐศาสตร์ วรรณกรรม เศรษฐศาสตร์ แพทยศาสตร์และ วิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยแห่งนี้ผลิตนักการเมืองและข้าราชการระดับสูงของญี่ปุ่นจำนวนมาก นับแต่อดีตจนปัจจุบันแม้ว่าสัดส่วนจะลดลงก็ตาม อัตราส่วนของรัฐมนตรีที่เป็นศิษย์เก่ามหาวิทยาลัยโตเกียวยังคงสูงที่สุดในประเทศญี่ปุ่น โดยแต่ละช่วงคริสต์ศตวรรษจะอยู่ที่ประมาณ 2/3 1/2 1/4 1/5 และ1/6 ในช่วงคริสศตวรรษที่ 1950 60 70 80 และ 90 ตามลำดับ
มหาวิทยาลัยโตเกียวมีการเรียนการสอนที่เป็นที่ยอมรับว่า เป็นหนึ่งในสถาบันการศึกษาชั้นสูงในหลากหลายสาขาวิชา และมีอัตราการแข่งขันในการเข้าศึกษาสูงที่สุดในประเทศญี่ปุ่น มหาวิทยาลัยโตเกียวมีมหาวิทยาลัยคู่แข่งอยู่หกมหาวิทยาลัย เช่น มหาวิทยาลัยเคโอซึ่งก่อตั้งก่อนช่วงสงครามโลกครั้งที่สอง มหาวิทยาลัยฮิโตะสึบาชิซึ่งเป็นมหาวิทยาลัยที่มีชื่อเสียงมากในหมู่คนญี่ปุ่นและเปิดสอนเฉพาะวิชาด้านสังคมศาสตร์ หรือมหาวิทยาลัยเกียวโตซึ่งผลิตนักวิทยาศาสตร์รางวัลโนเบลเป็นจำนวนมาก หนึ่งในศิษย์เก่าเจ้าของรางวัลโนเบลของมหาวิทยาลัยโตเกียวคืออธิการบดีมหาวิทยาลัยโตเกียวอิมพิเรียลชื่อ ศาสตราจารย์ คิคุจิ ไดโรกุ ในด้านกีฬา ทีมเบสบอลมหาวิทยาลัยโตเกียว ประสบความสำเร็จมากที่สุดทีมหนึ่งในระดับมหาวิทยาลัยของกรุงโตเกียว
ศูนย์ฮงโหงะเป็นศูนย์หลักของมหาวิทยาลัยซึ่งเดิมเป็นที่พำนักของตระกูล "มาเอดะ" ช่วงสมัยเอโดะผู้เป็นเจ้าเมืองเคหงะ สัญลักษณ์หนึ่งที่เป็นที่รู้จักและอยู่จนปัจจุบันของมหาวิทยาลัยคือ "อะกามง" (ประตูแดง) ส่วนตราสัญลักษณ์ของมหาวิทยาลัยเป็นรูปใบแปะก๊วย ซึ่งปลูกอยู่เรียงรายทั่วทั้งบริเวณของมหาวิทยาลัย
มหาวิทยาลัยโตเกียวก่อตั้งช่วงยุคสมัยเมจิในปี ค.ศ. 1877 ภายใต้ชื่อปัจจุบันโดยรวมโรงเรียนแพทย์ของรัฐบาลเดิมเข้ากับการเรียนการสอนแบบตะวันตกเข้าด้วยกัน หลังจากนั้นได้ถูกเปลี่ยนชื่อเป็น มหาวิทยาลัยหลวง (???? เทโคะขุ ไดงะคึ) ในปีค.ศ. 1886 แล้วเปลี่ยนอีกเป็น "มหาวิทยาลัยจักรพรรดิโตเกียว" (?????? โทเคียว เทโคะขุ ไดงะคึ) ในปีค.ศ. 1887 เมื่อระบบเครือมหาวิทยาลัยจักรพรรดิเริ่มก่อสร้างตัวขึ้น พอในปี ค.ศ. 1947 หลังจากญี่ปุ่นพ่ายสงครามโลกครั้งที่สอง มหาวิทยาลัยได้กลับมาใช้ชื่อดั้งเดิมอีกครั้ง และเริ่มต้นระบบมหาวิทยาลัยใหม่ในปี ค.ศ. 1949 โทได หรือ โตไดได้ยุบรวมสถาบันการศึกษาขั้นสูงแห่งแรก (ปัจจุบันคือศูนย์โคมะบะ) และสถาบันการศึกษาขั้นสูงแห่งโตเกียวเดิม เข้าเป็นศูนย์ของมหาวิทยาลัย โดยแบ่งแยกการเรียนการสอนปีแรกและปีที่สองของระดับปริญญาบัณฑิตไว้ที่ศูนย์นี้ หลังจากนั้นพอนักศึกษาขึ้นชั้นปีที่สามจึงย้ายเข้าเรียนที่ศูนย์หลักฮองโหงะ
มหาวิทยาลัยโตเกียวเข้าร่วมกับกับสมาพันธ์ความร่วมมือมหาวิทยาลัยรัฐบาลแห่งประเทศญี่ปุ่นภายใต้กฎหมายใหม่ซึ่งใช้กับมหาวิทยาลัยของรัฐทุกมหาวิทยาลัยตั้งแต่ปี ค.ศ. 2004 (ออกนอกระบบ)
แม้ว่าจะสมาพันธ์จะมีความมุ่งหมายเพื่อเป็นอิสระทางการเงินและการบริหาร มหาวิทยาลัยโตเกียวยังคงถูกควบคุมบางส่วนโดยกระทรวงการศึกษา วัฒนธรรม กีฬา วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี (มนบุคะงะกุโช หรือ มงกะโช)
สระน้ำซันชิโหระ ตั้งอยู่ใจกลางมหาวิทยาลัยศูนย์ฮองโหงะ ก่อสร้างเมื่อปี ค.ศ. 1615 หลังจากการพังทลายของปราสาทโอซาก้า ท่านโชกุนในสมัยนั้นจึงพระราชทานสระน้ำและสวนรอบ ๆ ให้กับ"มาเอดะ โทชิทซิเหนะ" โดย"มาเอดะ ทซินะโนหริ"เป็นคนพัฒนาสวนเพิ่มเติมจนกลายเป็นสวนที่สวยงามที่สุดใน เอโดะ (ปัจจุบันคือโตเกียว) ด้วยภูมิสถาปัตย์แบบดั้งเดิมแปดแบบแบ่งเป็นแปดบริเวณ ส่วนที่มีชื่อเสียงคือสระน้ำเทียม เนินเขา และคุ้มต่างๆ แต่เดิมรู้จักกันในชื่อว่า "อิคึโตะกุ เอ็น" ซึ่งหมายถึง"สวนแห่งการเผยแผ่พระธรรม" เส้นรอบขอบของสระน้ำจะเป็นรูปหัวใจหรือ "โคะโคะโหระ" หรือ "ชิน" ดังนั้นชื่ออย่างเป็นทางการจะเรียกว่า "อิคึโตะกุ เอ็น ชินจิอิเคะ" อย่างไรก็ตามผู้คนมักเรียกว่า สระน้ำซันชิโหระ หลังจากมีการตีพิมพ์นิยายเรื่องซันชิโหระ ของ"นัทซึเหมะ โซเซกิ"
ใน ค.ศ. 2005 มหาวิทยาลัยโตเกียวได้รับการจัดให้เป็นอันดับ 1 ในเอเชีย จากการจัดอันดับสถาบันในระดับอุดมศึกษา โดย มหาวิทยาลัยเซียงไฮ้เจียงตง ประเทศจีน
ใน ค.ศ. 2011 มหาวิทยาลัยโตเกียวได้รับการจัดให้เป็นอันดับ 8 ของโลกที่มีชื่อเสียงโด่งดัง จากการจัดอันดับสถาบันในระดับอุดมศึกษา โดย TIMES HIGHER EDUCATION ประเทศอังกฤษ
ใน ค.ศ. 2011-2012 มหาวิทยาลัยโตเกียวได้รับการจัดให้เป็นอันดับ 1 ในเอเชีย จากการจัดอันดับสถาบันในระดับอุดมศึกษา โดย TIMES HIGHER EDUCATION ประเทศอังกฤษ