วันที่ 1 กรกฎาคม พ.ศ. 2552 ได้ก่อตั้งขึ้น ซึ่งเป็นหนึ่งในโครงการของแผนปฏิบัติการไทยเข้มแข็ง 2555 โดยจุรินทร์ ลักษณวิศิษฏ์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการในสมัยรัฐบาลอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ มีวัตถุประสงค์เพื่อยกระดับคุณภาพทางการศึกษา การวิจัยของมหาวิทยาลัยไทยและเพิ่มขีดความสามารถในการวิจัยเมื่อเทียบกับระดับโลก โดยมหาวิทยาลัยที่ได้รับการคัดเลือกจะได้เงินสนับสนุนจากรัฐบาลเป็นเวลา 3 ปี จำนวนเงิน 9,450 ล้านบาทเพื่อเป็นทุนในการวิจัยและพัฒนาอาจารย์และบุคคลากรในมหาวิทยาลัยที่ได้รับการคัดเลือก
วันที่ 24 สิงหาคม พ.ศ. 2552 กระทรวงศึกษาธิการ ได้ประกาศรายชื่อ มหาวิทยาลัยวิจัยแห่งชาติ จำนวน 9 แห่ง จาก มหาวิทยาลัย 15 แห่ง ที่ได้รับการเสนอชื่อ ได้แก่ จุฬาลงกรณมหาวิทยาลัย มหาวิทยาลัยมหิดล มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ มหาวิทยาลัยขอนแก่น มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี และ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี
ซึ่งมีมหาวิทยาลัยผ่านเกณฑ์ 2 แห่ง ได้แก่ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี
อย่างไรก็ตามโครงการนี้ประสบกับปัญหาเรื่องงบประมาณสนับสนุนจากรัฐบาลที่ถูกปรับลดลงเป็นจำนวนมาก ซึ่งมีสาเหตุมาจากประเทศประสบกับปัญหาน้ำท่วมในปีพ.ศ. 2554 การเปลี่ยนแปลงรัฐบาลจากเหตุการณ์รัฐประหาร มีแนวโน้มว่ารัฐบาลทหารอาจจะยกเลิกโครงการดังกล่าว และเปลี่ยนมาเป็นโครงการพัฒนามหาวิทยาลัยไทยสู่มหาวิทยาลัยโลกแทน
อ่านบทความฉบับสมบูรณ์ได้ที่ http://th.wikipedia.org/wiki/มหาวิทยาลัยวิจัยแห่งชาติ