มหาวิทยาลัยฟาฏอนี เป็นสถาบันอุดมศึกษาเอกชนอิสลามแห่งแรกในประเทศไทย จัดตั้งขึ้นโดยนักวิชาการอิสลามและผู้ทรงคุณวุฒิด้านอิสลามศึกษาในภูมิภาค ซึ่งมีเจตนารมณ์ในการส่งเสริมและพัฒนาด้านอิสลามศึกษาและศาสตร์อื่นๆ สอนตามแนวทางกิตาบุ้ลลอฮฺและซุนนะห์
มหาวิทยาลัยฟาฏอนี จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 3 เมษายน พ.ศ. 2541 มีชื่อว่า "วิทยาลัยอิสลามยะลา" ภายหลังเป็น "มหาวิทยาลัยอิสลามยะลา" โดยมูลนิธิเพื่อการอุดมศึกษาอิสลามภาคใต้ เปิดรับนักศึกษารุ่นแรก ระดับปริญญาตรี จำนวน 200 คน ใน 2 สาขาวิชา คือ สาขาวิชาชะรีอะฮุ (กฎหมายอิสลาม) และสาขาวิชาอุศูลุดดีน (หลักการศาสนาอิสลาม) ซึ่งมหาวิทยาลัยฟาฏอนี ได้รับการสนับสนุนงบประมาณด้านอาคาร และสิ่งก่อสร้างจากธนาคารอิสลามเพื่อการพัฒนา (LDB)
ต่อมาได้เปลี่ยนสถานะเป็นมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 14 มิถุนายน พ.ศ. 2550 และเปลี่ยนชื่อเป็น "มหาวิทยาลัยฟาฏอนี" ในวันที่ 3 ตุลาคม พ.ศ. 2556
มหาวิทยาลัยอิสลามยะลา ตั้งอยู่ที่บ้านปารามีแต ตำบลบุดี อำเภอเมือง จังหวัดยะลา บนเนื้อที่ 43 ไร่ ห่างจากตัวเมืองยะลาบนเส้นทางสายยะลาเบตง และสายยะลารามันประมาณ 7 กิโลเมตร ประกอบด้วยอาคารต่างๆ ซึ่งได้รับเงินสนับสนุนการก่อสร้างจากธนาคารอิสลามเพื่อการพัฒนา ประเทศซาอุดิอาระเบีย (IDB) ทั้งหมด 6 อาคาร ได้แก่ อาคารมัสยิด อาคารเรียน อาคารหอพัก 3 หลัง นับเป็นวิทยาเขตแรกที่วิทยาลัยได้ดำเนินการเปิดสอนระดับอุดมศึกษา ปัจจุบันวิทยาเขตยะลา เป็นที่ตั้งของสถาบันภาษานานาชาติ
มหาวิทยาลัยอิสลามยะลาเป็นสถาบันอุดมศึกษาเอกชนที่มีจุดมุ่งหมาย เพื่อเป็นแหล่งความรู้ด้านอิสลามและสาขาวิชาอื่นๆ ผลิตบัณฑิตในสาขาวิชาที่ตรงกับความต้องการของสังคม โดยมุ่งเน้นบัณฑิตที่จบจากวิทยาลัยจะต้องมีคุณธรรมและจริยธรรมที่เป็นแบบอย่างที่ดีต่อสังคม สร้างความเข้าใจอันดี ความกลมเกลียว ความร่วมมือระหว่างคนในชาติ และแก้ปัญหาต่างๆโดยสันติวิธี
ความคิดที่จะดำเนินการจัดตั้งสถาบันการศึกษาระดับอุดมศึกษามีขึ้นโดยกลุ่มนักศึกษาที่กำลังศึกษาระดับปริญญาโท และปริญญาเอกในประเทศ ซาอุดิอาราเบีย นำโดย นายอิสมาอีลลุตฟี จะปะกียา นาย อิสมาแอ อาลี นายอับดุลฮาลิม ไซซิง นาย ญิฮาด บูงอตาหยง นาย มูฮำหมัด หะยีสาอิ นายอาหมัดอุมาร์ จะปะเกีย โดยเห็นว่าสังคมมุสลิมในประเทศไทยมีความจำเป็นที่จะต้องมีสถาบันอุดมศึกษาอิสลามเพื่อทำหน้าที่ผลิตบัณฑิตให้มีความรู้คู่คุณธรรม อันเป็นรากฐานสำคัญสู่ความก้าวหน้าและมีความสงบสันติดังเจตนารมณ์ของอิสลามสืบต่อไป
ด้วยแนวคิดของกลุ่มนักศึกษาเหล่านี้ ได้รับการสนับสนุนจากบุคคลบางคนในประเทศซาอุดิอาระเบีย เช่น นาย อับดุลลอฮฺ อัลบูซีย์ ช่างแกะสลักแหวนตามบาทวิถีในนครริยาด และได้บริจาคเงินรายได้จากการทำงานผ่าน นายอิสมาอีลลุตฟี จะปะกียา จำนวน 30,000 เรียล (ประมาณ 210,000 บาท) และเงินจำนวนนี้ได้ดำเนินการจัดซื้อที่ดินโดยคณะกรรมการก่อตั้งโครงการวิทยาลัยอิสลามเอกชนภาคใต้ จำนวน 70 ไร่ 32 ตารางวา ณ บ้านโสร่ง ตำบลเขาตูม อำเภอยะรัง จังหวัดปัตตานี เพื่อเป็นสถานที่ก่อตั้งวิทยาลัย
มหาวิทยาลัยอิสลามยะลา ได้ดำเนินการจัดการเรียนการสอนในระดับปริญญาตรี โดยรับนักศึกษารุ่นแรก จำนวน 200 คน เมื่อปี พ.ศ. 2541 ใน 2 สาขาวิชา คือ สาขาวิชาชะรีอะฮฺ(กฎหมายอิสลาม) และ สาขาวิชาอุศูลุดดีน(หลักการศาสนาอิสลาม) 8-9 พฤศจิกายน พ.ศ. 2541 มหาวิทยาลัยได้จัดวันสถาปนาวิทยาลัยขึ้นเพื่อประกาศถึงการก่อตั้งสถาบันอุดมศึกษาอิสลามเอกชนแห่งแรกในประเทศไทยอย่างเป็นทางการ โดยมีเจ้าชายอมีรตุรกี บินฟัฮด บินญัลวี อาลิซูอูด ประธานองค์การสงเคราะห์มุสลิมนานาชาติ ให้เกียรติเสด็จเป็นประธานในพิธี ฯพณฯ วันมูหะมัดนอร์ มะทา นายกสภามหาวิทยาลัยอิสลามยะลา และประธานรัฐสภา (ตำแหน่งในขณะนั้น) เป็นประธานจัดงาน
ปี พ.ศ. 2544 มหาวิทยาลัยอิสลามยะลาได้รับการอนุมัติให้เปิดหลักสูตรประกาศนียบัตรบัณฑิต สาขาวิชาการสอนอิสลามศึกษา จากทบวงมหาวิทยาลัย โดยมีนักศึกษารุ่นแรก จำนวน 49 คน
ปี พ.ศ. 2546 มหาวิทยาลัยได้รับการอนุมัติให้เปิดหลักสูตรรัฐประศาสนศาสตรบัณฑิต สาขาวิชารัฐประศาสนศาสตร์
วันที่ 4 พฤษภาคม พ.ศ. 2546 มหาวิทยาลัยอิสลามยะลา วิทยาเขตปัตตานี ได้วางศิลารากฐาน 2 อาคาร คือ อาคารวิทยบริการและอาคารเศรษฐศาสตร์และการจัดการ โดยมีอุปทูตคูเวตประจำประเทศไทยเป็นประธานในพิธี และ ฯพณฯ วันมูหะมัดนอร์ มะทา รองนายกรัฐมนตรี ในฐานะนายกสภามหาวิทยาลัยให้การต้อนรับพร้อมด้วยแขกผู้มีเกียรติอย่างคับคั่ง
วันที่ 28 กันยายน พ.ศ. 2546 จัดพิธีประสาทปริญญาบัตรแก่ผู้สำเร็จการศึกษาประจำปีการศึกษา 2002 จำนวน 249 คน โดยมีท่านจุฬาราชมนตรี นายสวาสดิ์ สุมาลยศักดิ์ เป็นประธานในพิธี
วันที่ 10 มีนาคม พ.ศ. 2547 สมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร เสด็จพระราชดำเนินพร้อมด้วยหม่อมศรีรัศมิ์ มหิดล ณ อยุธยา ทรงเปิดมหาวิทยาลัยอิสลามยะลาวิทยาเขตปัตตานีอย่างเป็นทางการ โดยมีคณะผู้บริหาร คณาจารย์ บุคลากรมหาวิทยาลัยอิสลามยะลา ข้าราชการ หน่วยงานภาครัฐ เอกชน และประชาชนทั่วไป พร้อมใจร่วมให้การรับเสด็จฯ และได้รับเกียรติจากท่านจุฬาราชมนตรีได้เดินทางมาร่วมพิธีเปิดในครั้งนี้ด้วย
ในภาคการศึกษาที่ 1 ปี พ.ศ. 2547 มหาวิทยาลัยได้รับการอนุมัติให้เปิดหลักสูตรเศรษฐศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาเศรษฐศาสตร์การเงินและการธนาคาร และหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาเทคโนโลยีสารสนเทศ (หลักสูตรนานาชาติ) จากทบวงมหาวิทยาลัย
ในปี พ.ศ. 2548 มหาวิทยาลัยได้อนุมัติให้เปิดหลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาชะรีอะฮฺ และสาขาวิชาประวัติศาตร์และอารยธรรมอิสลาม และได้รับความเห็นชอบจากสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา
ในภาคการศึกษาที่ 1 ปี พ.ศ. 2549 มหาวิทยาลัยได้รับการอนุมัติให้เปิดหลักสูตร วิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาวิทยาศาสตร์ และหลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาภาษาอังกฤษ (หลักสูตรนานาชาติ) จากสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา
ปัจจุบันมหาวิทยาลัยอิสลามยะลาได้ย้ายหน่วยงาน ส่วนใหญ่ไปตั้งที่วิทยาเขตปัตตานี ซึ่งตั้งอยู่ ณ หมู่ที่ 3 บ้านโสร่ง ตำบลเขาตูม อำเภอยะรัง จังหวัดปัตตานี บนที่ดินจำนวน 283 ไร่ ประกอบด้วย สำนักงานอธิการบดี คณะอิสลามศึกษา คณะศิลปศาสตร์และสังคมศาสตร์ คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มัสยิดฮารอมัยน์ สำนักวิทยบริการ สำนักบริการการศึกษา สำนักกิจการนักศึกษา และอาคารหอประชุมวันมูหะมัดนอร์ มะทา
วันที่ 3 พฤษภาคม พ.ศ. 2550 มหาวิทยาลัยได้รับการอนุมัติจากสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษาให้ เปลี่ยนประเภทจากวิทยาลัยอิสลามยะลาเป็น มหาวิทยาลัย อิสลามยะลาอย่างเป็นทางการ และ ได้รับการอนุมัติให้เปิดหลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาอิสลามศึกษา และศิลปศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาภาษามลายู (หลักสูตรนานาชาติ)ปี พ.ศ. 2551 สภามหาวิทยาลัยได้อนุมัติให้เปิดหลักสูตรบริหารธุรกิจ สาขาวิชาการจัดการ
ในปี พ.ศ. 2551 สภามหาวิทยาลัยอนุมัติให้เปิด หลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิตสาขาวิชาภาษาอาหรับและวรรณคดี และหลักสูตรรัฐศาสตรมหาบัณฑิตสา ขาวิชาการปกครองในภาคการศึกษาที่ 1 ปี พ.ศ. 2552 สภามหาวิทยาลัยได้อนุมัติให้เปิดหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาเคมีประยุกต์
ต้นพิกุล เป็นต้นไม้ที่เจริญเติบโตได้ทุกภาคของไทย นิยมปลูกกันมากในภาคใต้ จนกลายเป็นสัญลักษณ์ของมุสลิมในสี่จังหวัดชายแดนภาคใต้
เมื่อวันที่ 10 มีนาคม พ.ศ. 2547 สมเด็จพระบรมโอรสาธิราช สยามมกุฎราชกุมาร เสด็จพระราชดำเนินพร้อมด้วยท่านผู้หญิง ศรีรัศมิ์ สุวะดี ทรงเปิดวิทยาลัยอิสลามยะลา วิทยาเขตปัตตานี ที่ตำบลเขาตูม อำเภอยะรัง จังหวัดปัตตานี