กัมพูชาเป็นประเทศในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ อยู่ติดกับอ่าวไทย ติดกับลาว ไทยและเวียดนาม แนวชายแดนมีความยาวทั้งหมด 2,572 กิโลเมตร โดยติดกับเวียดนาม 1,228 กิโลเมตร ไทย 803 กิโลเมตร และลาว 541 กิโลเมตร เป็นแนวชายฝั่ง 443 กิโลเมตร มีพื้นที่ทั้งหมด 181,040 ตารางกิโลเมตรทางตะวันตกเฉียงใต้ของคาบสมุทรอินโดจีน อยู่ในเขตร้อนชื้น ลักษณะพื้นที่เป็นที่ราบ ใจกลางของประเทศเป็นทะเลสาบโตนเลสาบ และมีแม่น้ำโขงไหลผ่านจากเหนือไปใต้
ลักษณะภูมิอากาศอยู่ในเขตมรสุม แบ่งเป็น 2 ฤดูชัดเจนคือฤดูฝนและฤดูแล้ง อากาศค่อนข้างร้อนและมีความชื้นสูง พื้นที่ป่ามีประมาณสองในสามของประเทศแต่กำลังถูกทำลายทั้งโดยตัดไม้และการเผาเพื่อใช้เป็นพื้นที่ทางการเกษตร
พื้นที่ส่วนใหญ่ของประเทศประมาณร้อยละ 75 เป็นที่ราบรอบทะเลสาบเขมรและดินดอนสามเหลี่ยมปากแม่น้ำโขง ติดต่อกับเวียดนามและทะเลจีนใต้ ทางตะวันตกเฉียงใต้เป็นเทือกเขาบรรทัดและเทือกเขาดมเร็ย ทางเหนือคือเทือกเขาพนมดงรัก ทางตะวันออกเฉียงเหนือเป็นพื้นที่สูงเชื่อมต่อกับที่ราบสูงในภาคใต้ของเวียดนาม
เทือกเขาบรรทัดทางตะวันตกเฉียงใต้มีความสูงมากกว่า 1,500 เมตร ยอดเขาที่สูงที่สุดของกัมพูชาคือยอดเขาพนมเอารัล สูง 1,771 เมตร อยู่ทางตะวันออกของเทือกเขานี้ เทือกเขาดมเร็ยเป็นเทือกเขาที่ต่อมาจากเทือกเขาบรรทัดทางใต้และตะวันออกเฉียงใต้ สูงระหว่าง 500 - 1,000 เมตร เทือกเขาทั้งสองนี้เป็นแนวพรมแดนด้านตะวันตก ทำให้เกิดที่ราบแคบๆซึ่งประกอบด้วยอ่าวกำปงโสมที่ออกสู่อ่าวไทย บริเวณนี้ค่อนข้างโดดเดี่ยว จนกระทั่งมีการสร้างท่าเรือที่กำปงโสมและมีการสร้างถนนและทางรถไฟเพื่อเชื่อมต่อกำปงโสม กำปอต ตาแก้ว และพนมเปญเข้าด้วยกันเมื่อราว พ.ศ. 2503
เทือกเขาพนมดงรักเป็นเทือกเขาทางเหนือของกัมพูชามีความสูงโดยเฉลี่ย 500 เมตร โดยจุดที่สูงที่สุดสูงกว่า 700 เมตร อยู่ขอบด้านทิศใต้ของที่ราบสูงโคราชในไทย เทือกเขานี้เป็นเส้นแบ่งเขตแดนระหว่างไทยกับกัมพูชา จุดผ่านเทือกเขาที่สำคัญคือจุดโอเสม็ด ซึ่งเชื่อมต่อภาคเหนือของกัมพูชากับภาคอีสานของไทย
หุบเขาในเขตแม่น้ำโขงเป็นช่องทางสำคัญในการติดต่อระหว่างกัมพูชาและลาว และเป็นส่วนที่แบ่งระหว่างเทือกเขาพนมดงรักทางตะวันออกและที่สูงทางตะวันออกเฉียงเหนือ พื้นที่ที่ต่ำลงมาเชื่อมต่อกับที่ราบดินดอนสามเหลี่ยมปากแม่น้ำโขงที่แผ่ขยายไปสู่เวียดนาม ทำให้มีการติดต่อระหว่างดินแดนทั้งสองโดยสะดวก
ภูมิอากาศในกัมพูชาเป็นเช่นเดียวกับประเทศอื่นๆในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ที่เป็นเขตร้อนชื้น มีฤดูฝนและฤดูแล้ง ในฤดูฝนจะมีมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ พัดมาจากมหาสมุทรอินเดียพาฝนมาตก และในฤดูแล้งจะมีมรสุมพัดในทิศทางตรงกันข้าม ที่นำอากาศแห้งแล้งมาให้ ลักษณะอากาศในทะเลสาบเขมรอุณหภูมิสูงสุด-ต่ำสุดโดยเฉลี่ยอยู่ระหว่าง 25- 28?C ในฤดูร้อนอาจสูงถึง 38 ?C ได้ ค่าเฉลี่ยปริมาณน้ำฝนทั้งปีอยู่ระหว่าง 1,000 - 1,500 มิลลิเมตร ฝนตกหนักมากทางตะวันออกเฉียงใต้และตามแนวเทือกเขาทางตะวันตกเฉียงใต้ ค่าความชื้นเฉลี่ยทั้งปีค่อนข้างสูง
เมื่อไม่รวมแม่น้ำเล็กๆทางตะวันออกเฉียงใต้ แม่น้ำส่วนใหญ่ในกัมพูชาไหลลงสู่ทะเลสาบเขมรหรือแม่น้ำโขงเทือกเขาบรรทัดและเทือกเขาดมเร็ย ทำให้เกิดระบบแม่น้ำที่แยกออกไปต่างหากโดยทางตะวันตก น้ำไหลลงสู่อ่าวไทย ส่วนทางตะวันออกไหลลงสู่ทะเลสาบทางใต้ของเทือกเขาดมเร็ย มีแม่น้ำสายสั้นๆ ไหลไปทางใต้แล้วลงสู่ภาคตะวันออก
แม่น้ำโขงในกัมพูชาไหลลงไปทางใต้ โดยเริ่มจากชายแดนลาว-กัมพูชา ที่ตำแหน่งใต้เมืองกระแจะ แล้วไหลไปทางตะวันตก 50 กิโลเมตร แล้วจึงไหลต่อลงไปทางใต้จนถึงพนมเปญ ช่วงก่อนถึงเมืองกระแจะน้ำไหลแรงมาก แต่หลังจากกำปงจามไปน้ำจะไหลช้า และเกิดน้ำท่วมในเดือนมิถุนายนถึงพฤศจิกายน ในพนมเปญมีบริเวณที่เรียกจัตุรมุข ซึ่งแม่น้ำโขงไหลมาจากตะวันออกเฉียงเหนือลงไปทางใต้ มีน้ำจากทะเลสาบเขมรไหลมาจากตะวันตกเฉียงเหนือ มารวมกับแม่น้ำโขง และมีแม่น้ำบาสักไหลแยกจากแม่น้ำโขงเพื่อไปลงทะเลจีนใต้ การไหลของน้ำในทะเลสาบขึ้นกับฤดูกาล กันยายนถึงตุลาคม น้ำจากแม่น้ำโขงจะไหลเข้าทะเลสาบ ทะเลสาบจะขยายกว้างขึ้น เมื่อถึงฤดูแล้ง น้ำในแม่น้ำโขงลดระดับลง น้ำจะไหลออกจากทะเลสาบลงสู่แม่น้ำโขง แหล่งน้ำหลักของประเทศกัมพูชา มีดังนี้
การกำหนดเขตแดนของกัมพูชาเกิดขึ้นในสมัยที่เป็นอาณานิคมของฝรั่งเศสแนวชายแดน 800 กิโลเมตรระหว่างไทย-กัมพูชา ใช้สันปันน้ำของเทือกเขาพนมดงรักเป็นเส้นเขตแดนทางด้านเหนือ ส่วนการแบ่งเขตระหว่างกัมพูชา ลาวและเวียดนาม เป็นผลมาจากการตัดสินใจของฝรั่งเศสระหว่างการปกครองอินโดจีนฝรั่งเศสและไม่ได้ใช้เส้นเขตแดนตามธรรมชาติ ทำให้ยังมีข้อโต้แย้งในปัจจุบันเกี่ยวกับเส้นเขตแดนระหว่างกัมพูชา-เวียดนาม รวมทั้ง กัมพูชา-ไทย