ภิกษุณี (บาลี: ภิกฺขุณี; สันสกฤต: ภิกฺษุณี; จีน: ???) เป็นคำใช้เรียกนักบวชหญิง ในพระพุทธศาสนา คู่กับ ภิกษุ ที่หมายถึงนักบวชชายในพระพุทธศาสนา คำว่า ภิกษุณี เป็นศัพท์ที่มีเฉพาะในพระพุทธศาสนา โดยเป็นศัพท์บัญญัติที่ใช้เรียกนักบวชหญิงในพระพุทธศาสนาโดยเฉพาะ ไม่ใช้เรียกนักบวชในศาสนาอื่น
ภิกษุณี หรือ ภิกษุณีสงฆ์ จัดตั้งขึ้นโดยพระบรมพุทธานุญาต ภิกษุณีรูปแรกในพระพุทธศาสนาคือพระนางมหาปชาบดีโคตมีเถรี โดยวิธีรับคุรุธรรม 8 ประการ ในคัมภีร์เถรวาทระบุว่าต่อมาในภายหลังพระพุทธเจ้าได้ทรงอนุญาตวิธีการอุปสมบทภิกษุณีให้มีรายละเอียดเพิ่มมากขึ้น จนศีลของพระภิกษุณีมีมากกว่าพระภิกษุ โดยพระภิกษุณีมีศีล 311 ข้อ ในขณะที่พระภิกษุมีศีลเพียง 227 ข้อเท่านั้น เนื่องจากในสมัยพุทธกาลไม่เคยมีศาสนาใดอนุญาตให้ผู้หญิงเข้ามาเป็นนักบวชมาก่อน และการตั้งภิกษุณีสงฆ์ควบคู่กับภิกษุสงฆ์อาจเกิดข้อครหาที่จะเป็นอันตรายร้ายแรงประพฤติพรหมจรรย์และพระพุทธศาสนาได้ หากได้บุคคลที่ไม่มีความมั่นคงในพระพุทธศาสนาเข้ามาเป็นนักบวช
จากหลักฐานทางประวัติศาสตร์ ไม่ปรากฏว่ามีการตั้งวงศ์ภิกษุณีเถรวาทขึ้นในประเทศไทย อย่างไรก็ตามในประเทศพุทธเถรวาทที่เคยมี2หรือไม่เคยมีวงศ์ภิกษุณีสงฆ์ในปัจจุบัน3 ต่างก็นับถือกันโดยพฤตินัยว่าการที่อุบาสิกาที่มีศรัทธาโกนศีรษะนุ่งขาวห่มขาว ถือปฏิบัติศีล 8 (อุโบสถศีล) ซึ่งเรียกโดยทั่วไปว่า แม่ชี เป็นการผ่อนผันผู้หญิงที่ศรัทธาจะออกบวชเป็นภิกษุณีเถรวาท แต่ไม่สามารถอุปสมบทเป็นภิกษุณีเถรวาทได้ โดยส่วนใหญ่แม่ชีเหล่านี้จะอยู่ในสำนักวัดซึ่งแยกเป็นเอกเทศจากกุฎิสงฆ์
ภิกษุณีสายเถรวาทซึ่งสืบวงศ์มาแต่สมัยพุทธกาลด้วยการบวชถูกต้องตามพระวินัยปิฎกเถรวาท ที่ต้องบวชในสงฆ์สองฝ่ายคือทั้งภิกษุสงฆ์ และภิกษุณีสงฆ์ ได้ขาดสูญวงศ์ (ไม่มีผู้สืบต่อ) มานานแล้ว คงเหลือแต่ภิกษุณีฝ่ายมหายาน (อาจริยวาท) ที่ยังสืบทอดการบวชภิกษุณีแบบมหายาน (บวชในสงฆ์ฝ่ายเดียว) มาจนปัจจุบัน ซึ่งจะพบได้ในจีน, เกาหลีใต้, ญี่ปุ่น และศรีลังกา1
ปัจจุบันมีการพยายามรื้อฟื้นการบวชภิกษุณีในฝ่ายเถรวาท โดยทำการบวชมาจากภิกษุณีมหายาน และกล่าวว่าภิกษุณีฝ่ายมหายานนั้น สืบวงศ์ภิกษุณีสงฆ์มาแต่ฝ่ายเถรวาทเช่นกัน แต่มีผู้ตั้งข้อสังเกตว่าฝ่ายมหายานมีการบวชภิกษุณีสืบวงศ์มาโดยมิได้กระทำถูกตามพระวินัยปิฎกเถรวาท และมีศีลที่แตกต่างกันอย่างมากด้วย ทำให้มีการไม่ยอมรับภิกษุณี (เถรวาท) ใหม่ ที่บวชมาแต่มหายานว่า มิได้เป็นภิกษุณีที่ถูกต้องตามพระวินัยปิฎกเถรวาท และมีการยกประเด็นนี้ขึ้นเป็นข้ออ้างว่าพระพุทธศาสนาจำกัดสิทธิสตรีด้วย ซึ่งเป็นความเข้าใจที่คลาดเคลื่อน เพราะพระพุทธเจ้าได้อนุญาตให้มีภิกษุณีที่นับเป็นการเปิดโอกาสให้มีนักบวชหญิงเป็นศาสนาแรกในโลก เพียงแต่การสืบทอดวงศ์ภิกษุณีได้สูญไปนานแล้ว จึงทำให้ในปัจจุบันไม่สามารถบวชสตรีเป็นภิกษุณีตามพระวินัยเถรวาทได้
ในสมัยพุทธกาลนั้น แรกเริ่มเดิมที สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้าไม่ทรงอนุญาตให้มีภิกษุณีได้ เนื่องจากเห็นว่าจะทำให้อายุของพระพุทธศาสนาไม่ยั่งยืน
ต่อมา พระมหาปชาบดีโคตมีเถรี ผู้เป็นพระน้านางและพระมาตุจฉา หรือพระมารดาเลี้ยงของเจ้าชายสิทธัตถะ ท่านได้มีศรัทธาอยากออกบวชจึงทูลอ้อนวอนขอบวชต่อพระพุทธเจ้าถึงสามครั้งสามครา แต่ก็ไม่เป็นผล จนกระทั่งพระอานนท์ได้ทูลขอให้ พระพุทธเจ้าจึงทรงอนุญาต โดยมีเงื่อนไขว่า พระนางปชาบดีโคตมีจะต้องรับเอาครุธรรมแปดประการ (แปลว่าข้อปฏิบัติที่หนักและทำได้ยาก) ไปปฏิบัติ
ดังนั้นภิกษุณีที่ทรงอุปสมบทให้องค์แรกได้แก่ พระมหาปชาบดีโคตมีเถรี ซึ่งบวชเป็นภิกษุณีรูปแรกในโลกด้วยการรับ ครุธรรมแปดประการ (ท่านเป็นรูปเดียวที่บวชด้วยวิธีเช่นนี้)
ต่อมาพระพุทธองค์ได้ทรงวางหลักเกณฑ์ในการรับผู้ประสงค์จะบวชเป็นภิกษุณี และวางวินัยของภิกษุณีไว้มากมาย เพื่อกลั่นกรองผู้ที่ประสงค์จะบวชและมีศรัทธาจริง ๆ เช่น ภิกษุณี เมื่อบวชแล้วต้องถือศีลถึง 311 ข้อ มากกว่าพระภิกษุ ซึ่งถือศีลเพียง 227 ข้อ (วินัยของภิกษุณีที่มีมากกว่าพระภิกษุ เพราะผู้หญิงมีข้อปลีกย่อยในการดำรงชีวิตมากกว่าผู้ชาย เช่น ต้องมีผ้ารัดถัน (ผ้ารัดอก) ซึ่งผู้ชายไม่จำเป็นต้องมี เป็นต้น)
ก่อนที่ผู้หญิงจะบวชเป็นภิกษุณีได้นั้น ต้องบวชเป็น "สิกขมานา" เสียก่อน สิกขมานาเป็นสามเณรีที่ต้องถือศีล 6 ข้ออย่างเคร่งครัดเป็นเวลา 2 ปี หากศีลขาดแม้แต่ข้อเดียวจะต้องเริ่มนับเวลาใหม่
การบวชเป็นสิกขมานา จะบวชได้ต้องอายุครบ 18 ปี เพราะว่าคนที่จะบวชเป็นภิกษุณีได้นั้นต้องอายุครบ 20 แต่สำหรับหญิงที่แต่งงานแล้ว พระพุทธองค์อนุญาตให้บวชเป็นสิกขมานาได้ตั้งแต่อายุ 12 เพราะว่าคนที่แต่งงานจะได้เรียนรู้ความยากลำบากของชีวิต รู้จักสุข ทุกข์ เมื่อรู้จักทุกข์ก็จะรู้จักสมุทัย นิโรธ มรรค ได้ จนนำไปสู่การบรรลุในที่สุด
เมื่อผู้ที่ประสงค์จะบวชเป็นภิกษุณี ได้เป็นสิกขมานา ถือศีล 6 ข้อครบ 2 ปีแล้ว แล้วจึงมีสิทธิ์ที่จะเข้าพิธีอุปสมบท โดยต้องอุปสมบทในฝ่ายของ ภิกษุณีสงฆ์ ก่อน แล้วไปเข้าพิธีอุปสมบทในฝ่าย ภิกษุสงฆ์ อีกครั้งหนึ่งจึงจะเป็นภิกษุณีได้โดยสมบูรณ์ (บวชในสงฆ์สองฝ่าย)
ก่อนที่ภิกษุณีสงฆ์จะหมดไปจากอินเดียนั้น พระเจ้าอโศกมหาราชทรงส่งพระธรรมทูตออกไป 9 สาย 1 ในนั้นคือ พระมหินทรเถระ ผู้เป็นพระราชโอรสของพระองค์เอง ในสายพระมหินทรเถระนี้ไปศรีลังกา การเผยแพร่ศาสนาพุทธประสบความสำเร็จอย่างดียิ่ง พระนางอนุลา น้องสะใภ้ของกษัตริย์ศรีลังกา ทรงอยากผนวช จึงนิมนต์ พระนางสังฆมิตตาเถรี พระธิดาของพระเจ้าอโศก มาเป็นปวัตตินีให้ ("ปวัตตินี" คือพระอุปัชฌาย์ที่เป็นผู้หญิง)
จากศรีลังกา ภิกษุณีสงฆ์ได้ไปสืบสายไว้ในจีน ไต้หวัน และอื่น ๆ อีกมาก จนกระทั่งพุทธศาสนาที่อินเดียและศรีลังกาเสื่อมลงลงไปในช่วงหลัง ทำให้ภิกษุณีฝ่ายเถรวาทซึ่งมีศีลและข้อปฏิบัติที่ยุ่งยากไม่สามารถรักษาวงศ์ของภิกษุณีเถรวาทไว้ได้ จึงทำให้ไม่มีผู้สืบทอดการบวชเป็นภิกษุณีสายเถรวาทในปัจจุบัน
ในปัจจุบัน มีความเชื่อว่ายังมีภิกษุณีสายเถรวาทเหลืออยู่ และอ้างหลักฐานยืนยันว่าภิกษุณีทางสายมหายาน วัชรยานนั้นสืบสายไปจากภิกษุณีสายเถรวาท โดยถือกันว่าหากภิกษุณีสายเถรวาทสืบสายไปเป็นมหายานได้ (ภิกษุณีจากลังกาไปบวชให้คนจีน) ภิกษุณีมหายานก็สืบสายมาเป็นเถรวาทได้เช่นกัน
ในกรณีนี้เคยมีประเด็นถกเถียงอยู่ช่วงหนึ่งว่าปัจจุบันนี้สามารถบวชภิกษุณีได้หรือไม่ มีข้อสรุปจากทางพระสงฆ์ฝ่ายเถรวาทว่าพระพุทธองค์ทรงอนุญาตให้มีการบวชเป็นภิกษุณีได้ก็ต่อเมื่อบวชต่อสงฆ์ทั้ง 2 ฝ่าย คือต้องบวชทั้งฝ่ายพระภิกษุสงฆ์ และฝ่ายภิกษุณีสงฆ์เป็นการลงญัตติจตุตถกรรมวาจาทั้งสองฝ่าย จึงจะสามารถเป็นภิกษุณีได้ ดังนั้นในเมื่อภิกษุณีสงฆ์เถรวาทได้เสื่อมสิ้นลงไม่มีผู้สืบต่อ จึงทำให้ในปัจจุบันไม่สามารถทำการบวชผู้หญิงเป็นภิกษุณีฝ่ายเถรวาทได้ การที่มีข้ออ้างว่าสายมหายานสืบสายวงศ์ภิกษุณีสงฆ์ไปก็ไม่สามารถอ้างได้ เพราะการสืบสายทางมหายานมีข้อวินัยและการทำสังฆกรรมบวชภิกษุณีที่ไม่ถูกต้องกับพระไตรปิฎกฝ่ายเถรวาท
ปัจจุบันศรีลังกาพยายามฟื้นฟูภิกษุณีสงฆ์ จนมีหลายร้อยรูป ที่เมืองไทยเองก็มีคนบวชเป็นภิกษุณีหลายรูปแล้วเช่นกัน แต่คณะสงฆ์ไทยไม่ยอมรับเป็นภิกษุณีสงฆ์เพราะสาเหตุดังกล่าวมาแล้วข้างต้น