ปลาบู่มหิดล (ชื่อวิทยาศาสตร์: Mahidolia mystacina) เป็นปลาบู่ที่พบในประเทศไทยเป็นครั้งแรก ที่อำเภอแหลมสิงห์ จังหวัดจันทบุรี เมื่อ พ.ศ. 2475 โดย ดร. ฮิว แมคคอร์มิค สมิธ และได้ตั้งชื่อวิทยาศาสตร์ตามพระนามของสมเด็จพระมหิตลาธิเบศร อดุลยเดชวิกรม พระบรมราชชนก เพื่อเป็นการเทิดพระเกียรติ และสำนึกในพระมหากรุณาธิคุณของพระองค์ ในฐานะที่ได้ทรงอุปถัมภ์ และพระราชทานทุนสำหรับส่งนักเรียนไปศึกษาต่อด้านการประมงในต่างประเทศ และทรงได้รับถวายสมัญญานามว่า "พระประทีปแห่งการอนุรักษ์ทรัพยากรสัตว์น้ำของไทย"
ในราวปี พ.ศ. 2469 ซึ่งเป็นช่วงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 6) ได้มีการจัดตั้งกรมรักษาสัตว์น้ำขึ้นในกระทรวงเกษตราธิการ โดยมีชาวอเมริกัน ชื่อ ดร. ฮิว แมคคอร์มิค สมิธ เข้ามาปฏิบัติงานด้านการเพาะเลี้ยง และการอนุรักษ์พันธุ์สัตว์น้ำในประเทศไทย ในตำแหน่งเจ้ากรมรักษาสัตว์น้ำคนแรก
ผลงานในหน้าที่รับผิดชอบของฮิว แมคคอร์มิค สมิธ ที่เกี่ยวกับทรัพยากรสัตว์น้ำของไทย โดยเฉพาะพันธุ์ปลา มีรวมกว่า 60 เรื่อง อีกทั้งยังได้ตั้งชื่อวิทยาศาสตร์สำหรับปลาที่ค้นพบใหม่รวม 67 ชนิด เป็นสกุลใหม่รวม 21 สกุล ในจำนวนนี้ได้ตั้งชื่อวิทยาศาสตร์ปลาบู่ โดยให้ชื่อสกุลว่า Mahidolia เพื่อเป็นการเทิดพระเกียรติ และสำนึกในพระมหากรุณาธิคุณของ สมเด็จพระมหิตลาธิเบศร อดุลยเดชวิกรม พระบรมราชชนก ซึ่งขณะนั้นทรงดำรงพระยศเป็น สมเด็จพระเจ้าพี่ยาเธอ เจ้าฟ้ามหิดลอดุลยเดช กรมหลวงสงขลานครินทร์ ในการที่พระองค์ทรงสนพระทัย ทรงใคร่ติดตาม และเปี่ยมด้วยพระมหากรุณาธิคุณประมงของประเทศไทย พระองค์ได้พระราชทานทุนทรัพย์ส่วนพระองค์สำหรับคนไทย เพื่อได้มาทำงานด้านการประมงต่อจากฮิว แมคคอร์มิค สมิธ โดยเฉพาะการเพาะเลี้ยง และการอนุรักษ์พันธุ์ปลา
ปลาบู่มหิดล ค้นพบเป็นครั้งแรกในรั้วไซมาน ณ ปากแม่น้ำจันทบุรี ในเขตพื้นที่อำเภอแหลมสิงห์ จังหวัดจันทบุรี และปัจจุบันได้รับการคุ้มครองได้ในลำดับที่ 49 โดยระบุปลาบู่มหิดลทุกชนิดในสกุล Mahidolia ตามบัญชีท้ายประกาศกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม เรื่อง กำหนดเขตพื้นที่และมาตรการคุ้มครองสิ่งแวดล้อม ในบริเวณพื้นที่ที่ได้รับธรณีพิบัติ จังหวัดระนอง จังหวัดกระบี่ จังหวัดตรัง จังหวัดพังงา จังหวัดภูเก็ต และจังหวัดสตูล พ.ศ. 2549 ซึ่งประกาศ ณ วันที่ 10 เมษายน พ.ศ. 2549 โดย รัฐมนตรีว่าการกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมในขณะนั้น เพราะปลาบู่มหิดลนอกจากจะค้นพบที่จังหวัดจันทบุรีแล้ว ยังค้นพบที่จังหวัดระนอง และจังหวัดภูเก็ตอีกด้วย
ปลาบู่มหิดลเป็นปลาขนาดเล็กที่หาได้ยาก ไม่สามารถพบเห็นได้บ่อยครั้ง ในปัจจุบันป่าชายเลนเสื่อมโทรม อันเนื่องมาจากการพัฒนาเศรษฐกิจด้านต่างๆ เช่น การปล่อยน้ำทิ้ง และของเสียจากแหล่งชุมชน โรงงานอุตสาหกรรม และการเลี้ยงกุ้งทะเล เป็นต้น นอกจากนี้แหล่งน้ำต่างๆ เกือบตลอดแขนงชายฝั่งทะเลมีสภาพเปลี่ยนแปลงไปในลักษณะตื้นเขิน เนื่องจากมีการชะล้างหน้าดิน (soil erosion) บนพื้นที่ดินจากการประกอบกิจกรรมดังกล่าวแล้ว รวมทั้งการทำประมงที่ใช้เครื่องมือประจำที่ประเภทกางกั้นจำพวกโพงพางปีก เป็นต้น ซึ่งมีผลกระทบต่อสภาวะความเปลี่ยนแปลงของแหล่งที่อยู่อาศัย ซึ่งมีผลต่อความเสื่อมโทรมของพันธุ์สัตว์น้ำสำคัญๆ อย่างปลาบู่มหิดล ที่มีให้พบเห็นได้ไม่บ่อยนัก อาจเป็นผลให้ปลาชนิดนี้สูญพันธุ์ได้ในอนาคต
ปลาบู่มหิดลมีลักษณะเด่น คือ หัวค่อนข้างโต และแบนข้างมาก ปากกว้างจนมีกระดูขากรรไกรที่ยื่นไปทางข้างเลยขอบหลังตา ฟันมีขนาดเล็ก และมีแถวเดียวที่ขากรรไกรบน แต่มีหลายแถวที่ขากรรไกรล่าง ลำตัวสั้น ไม่มีเกล็ดบนหัว และบนฝาเหงือกมีเกล็ดค่อนข้างใหญ่
ปลาบู่มหิดลชอบอาศัยในบริเวณปากแม่น้ำ และป่าชายเลนที่สภาพเป็นอ่าว พื้นทะเลเป็นโคลนปนทราย มักพบเสมอว่า ปลาชนิดนี้มีพฤติกรรมมักอาศัยอยู่กับกุ้งดีดขัน (Alpheas spp.) โดยกุ้งเป็นผู้สร้างรูเป็นที่อาศัยร่วมกันกับปลา และปลาเป็นผู้ทำความสะอาดภายในรู
มีการพบปลาบู่มหิดลกระจายอยู่ในหลายประเทศในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ โดยเฉพาะประเทศไทย อินโดนีเซีย และไต้หวัน แหล่งที่พบปลาบู่มหิดลในประเทศไทย จากแหล่งข้อมูลเดียวกัน พบว่า แหล่งที่พบปลาบู่ คือ ชายฝั่งจังหวัดจันทบุรี จังหวัดระนอง และจังหวัดภูเก็ต
เทศบาลตำบลปากน้ำแหลมสิงห์ โดยความร่วมมือจาก "โครงการจัดตั้งศูนย์การศึกษานิเวศวิทยาแหล่งที่พบปลาบู่มหิดล" (นำโดย ดร.ศุภกฤต โสภิกุล, ดร.ทักษ์ ทองภูเบศร์ และคณะทำงาน) ภายใต้การดำเนินการของบุคลากรประกอบด้วย อาจารย์ เจ้าหน้าที่ และนักศึกษาในคณะสังคมศาสตร์และมนุษยศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล ได้จัดทำศูนย์การเรียนรู้เรื่อง "ปลาบู่มหิดล" ขึ้นในพื้นที่อำเภอแหลมสิงห์ จังหวัดจันทบุรี โครงการดังกล่าวมีรูปแบบเป็นศูนย์กลางการเรียนรู้เกี่ยวกับมิติทางด้านสังคมและสิ่งแวดล้อม รวมทั้งการฟื้นฟูระบบนิเวศวิทยาพื้นที่แหล่งกำเนิดปลาบู่มหิดล ฐานข้อมูลชนิดพันธุ์ที่ถูกคุกคามในประเทศไทย
