คอโมโรส (อังกฤษ: Comoros; อาหรับ: ??? ???????; ฝรั่งเศส: Comores) หรือชื่อทางการว่า สหภาพคอโมโรส (อังกฤษ: Union of the Comoros; คอโมโรส: Udzima wa Komori; อาหรับ: ??????? ???????; ฝรั่งเศส: Union des Comores) เป็นประเทศหมู่เกาะในมหาสมุทรอินเดีย ตั้งอยู่ทางชายฝั่งตะวันออกของทวีปแอฟริกา บริเวณจุดเหนือสุดของช่องแคบโมซัมบิก ระหว่างทางตะวันตกเฉียงเหนือของประเทศมาดากัสการ์และทางตะวันออกเฉียงเหนือของประเทศโมซัมบิก ประเทศอื่นที่ใกล้กับคอโมโรสคือประเทศแทนซาเนียที่ตั้งอยู่ทางตะวันตกเฉียงเหนือและประเทศเซเชลส์ทางตะวันออกเฉียงเหนือ มีเมืองหลวงคือ โมโรนี บนเกาะกร็องด์กอมอร์
ด้วยเนื้อที่เพียง 1,862 ตารางกิโลเมตร (719 ตารางไมล์) (ไม่รวมมายอต) ทำให้คอโมโรสเล็กที่สุดเป็นอันดับ 3 ในทวีปแอฟริกา โดยมีประชากรทั้งหมดประมาณ 798,000 คน (ไม่รวมมายอต) ชื่อของประเทศมาจากคำในภาษาอาหรับ ???, qamar (ดวงจันทร์) หมู่เกาะนี้มีเป็นที่รู้จักกันว่าประกอบไปด้วยวัฒนธรรมและประวัติศาสตร์ที่หลากหลาย ประเทศก่อตั้งขึ้นมาท่ามกลางหลากอารยธรรม เป็นประเทศในกลุ่มสันนิบาตอาหรับที่อยู่ทางใต้สุด ภาษาราชการมี 3 ภาษาคือ อาหรับ คอโมโรส และฝรั่งเศส (พูดกันส่วนใหญ่บนเกาะมายอต)
หมู่เกาะคอโมโรสประกอบไปด้วย 4 เกาะใหญ่บนหมู่เกาะภูเขาไฟคอโมโรส ทางตะวันตกเฉียงเหนือสุดคือเกาะกร็องด์กอมอร์หรืออึงกาซีจา มอเอลีหรืออึมวาลี อ็องฌูอ็องหรืออึนซวานี และทางตะวันตกเฉียงใต้สุดคือเกาะมายอตหรือมาโอเร ตลอดจนหมู่เกาะเล็ก ๆ อีกหลายเกาะ อย่างไรก็ตามรัฐบาลของคอโมโรส (หรือผู้สืบทอดตำแหน่งตั้งแต่ได้รับเอกราช) ไม่เคยได้ควบคุมเกาะมายอต เพราะเกาะมายอตถูกปกครองโดยฝรั่งเศสในฐานะจังหวัดโพ้นทะเล เกาะมายอตเป็นเพียงเกาะเดียวที่ประชาชนส่วนใหญ่ออกเสียงไม่ต้องการเป็นเอกราชจากฝรั่งเศสในปี พ.ศ. 2517 และต่อมาฝรั่งเศสก็ได้ยับยั้งข้อมติคณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติที่ยืนยันว่าคอโมโรสยังคงมีอำนาจเหนือเกาะมายอต นอกจากนี้ ผลการออกเสียงประชามติในเรื่องสถานะของดินแดนมายอตเมื่อวันที่ 29 มีนาคม พ.ศ. 2552 เสียงส่วนใหญ่ของประชาชนบนเกาะยังคงยืนยันว่าให้คงสถานะดินแดนโพ้นทะเลของฝรั่งเศสต่อไป
ประเทศคอโมโรสเป็นเพียงรัฐเดียวที่เป็นทั้งสมาชิกของสหภาพแอฟริกา องค์การผู้ใช้ภาษาฝรั่งเศสนานาชาติ (Francophonie) องค์การการประชุมอิสลาม สันนิบาตอาหรับ และ คณะกรรมาธิการร่วมมหาสมุทรอินเดีย ในประวัติศาสตร์ประเทศตั้งแต่ได้รับเอกราชมาเมื่อปี พ.ศ. 2518 นั้นมักจะเกิดรัฐประหารอยู่บ่อยครั้ง ในปี พ.ศ. 2551 ครึ่งหนึ่งของประชากรมีรายได้ต่อหัวต่ำกว่าเส้นความยากจนนานาชาติ โดยมีรายได้ต่อหัวเพียง 1.25 เหรียญดอลลาร์สหรัฐ/คน/วัน
การตั้งถิ่นฐานของมนุษย์บนหมู่เกาะคอโมโรสในยุคแรกคาดว่าน่าจะเป็นชาวแอฟริกาหรือไม่ก็ออสเตรเลียซึ่งเดินทางมาถึงเกาะโดยทางเรือโดยน่าจะมาถึงตั้งแต่ก่อนคริสต์ศตวรรษที่ 6 ช่วงเวลาที่เก่าแก่ที่สุดของแหล่งโบราณคดีที่พบบนเกาะอ็องฌูอ็องนั้นน่าจะมีอายุประมาณถึงศตวรรษที่ 1 หมู่เกาะคอโมโรสกลายเป็นที่อยู่ของมนุษย์หลากหลายเชื้อชาติไล่ไปตั้งแต่ชาวฝั่งบนทวีปแอฟริกา ชาวอ่าวเปอร์เซีย ชาวหมู่เกาะมาเลย์ และชาวเกาะมาดากัสการ์ ชาวสวาฮีลีก็มาถึงหมู่เกาะนี้ในช่วงที่มีการขยายตัวของเผ่าบันตูซึ่งเกิดขึ้นเมื่อช่วงต้นสหัสวรรษ
ตามตำนานของคนในยุคก่อนอิสลาม ยักษ์จินนีได้ทิ้งเพชรลงมาซึ่งก่อให้เกิดนรกขนาดใหญ่ ซึ่งก็คือภูเขาไฟการ์ตาลาที่ก่อกำเนิดหมู่เกาะคอโมโรสขึ้นมานั่นเอง ชาวเกาะในยุคแรกนั้นจะบูชาธรรมชาติโดยเฉพาะดวงจันทร์ซึ่งเขาเชื่อกันว่าคอยควบคุมกระแสน้ำ ความเชื่อนี้ทำให้เกาะต่าง ๆ ของหมู่เกาะคอโมโรสเป็นหนึ่งเดียวกัน
ความก้าวหน้าของหมู่เกาะคอโมโรสได้แบ่งออกเป็นช่วง ๆ เริ่มจากอิทธิพลของชาวสวาฮีลีในช่วงเดมเบนี (ศตวรรษที่ 9 - 10) ในช่วงนี้แต่ละเกาะยังแยกกันอยู่อย่างโดดเดี่ยวและมีเพียงหมู่บ้านเดียวทั้งเกาะ จากศตวรรษที่ 11-15 การค้าขายระหว่างเกาะมาดากัสการ์ได้เกิดขึ้นและพ่อค้าจากตะวันออกกลางก็มั่งคั่งขึ้นทำให้เกิดหมู่บ้านขนาดเล็กขึ้นมา จากหมู่บ้านก็กลายเป็นเมือง ชาวคอโมโรสมักกล่าวว่า จริง ๆ แล้ว ชาวอาหรับได้เข้ามาตั้งถิ่นฐานบนเกาะนานแล้ว ซึ่งนักประวัติศาสตร์ชาวสวาฮีลีก็ได้ตรวจสอบโดยสืบลำดับญาติไปก็พบว่า มีบางส่วนที่อพยพมาจากตะวันออกกลางจริง จากบริเวณที่เป็นประเทศเยเมน (โดยเฉพาะจังหวัดฮัฎเราะเมาต์) และโอมานในปัจจุบัน
ในปี 933 อัลมัสอูดี นักประวัติศาสตร์ชาวอาหรับได้กล่าวถึงเหล่ากะลาสีชาวโอมาน พวกเขาเรียกหมู่เกาะคอโมโรสนี้ว่า "เกาะน้ำหอม" และได้ร้องเพลงถึงคลื่นที่กระทบอย่างเป็นจังหวะ หาดทรายไข่มุกที่สวยงาม สายลมที่อบอวลไปด้วยกลิ่นกระดังงาซึ่งเป็นส่วนประกอบในน้ำหอมหลายชนิด
ในปี 1154 อัลอีดรีซี นักภูมิศาสตร์ชาวอาหรับได้วาดภาพแผนที่คอโมโรส และได้กล่าวถึงกะลาสีของหมู่เกาะซึ่งขายเครื่องมือโลหะเพื่อแลกทองและงาช้างในแอฟริกาตะวันออก เขาเห็นว่าหมู่เกาะแห่งนี้มีความมั่นคงและรุ่งเรืองกว่าเมืองท่าชายฝั่งอย่างมอมบาซา แซนซิบาร์ กิลวา และกีเตาเสียอีก และในศตวรรษที่ 15 อะห์มัด อิบน์ มาญิด กะลาสีเรือชาวอาหรับก็ได้วาดเส้นทางเดินเรือระหว่างเกาะเหล่านี้
ตามตำนาน ในปี 632 เมื่อได้ยินข่าวการปรากฏของศาสนาอิสลาม ชาวหมู่เกาะได้ส่งทูตนามว่า กุมราลู ไปเมกกะ แต่เมื่อเขาเดินทางไปถึง ศาสนทูตมุฮัมมัดได้สิ้นไปแล้ว ถึงกระนั้นเขาก็ยังพำนักอยู่ในเมกกะ ก่อนจะกลับสู่กานบาลูและค่อย ๆ เปลี่ยนชาวเกาะให้หันมานับถือศาสนาอิสลามในที่สุด
บันทึกที่เก่าแก่ที่สุดเกี่ยวกับคอโมโรสนั้นได้มาจากงานเขียนของอัลมัสอูดี ที่กล่าวถึงความสำคัญของหมู่เกาะคอโมโรสเช่นเดียวกับดินแดนชายฝั่งอื่น ๆ ซึ่งเป็นหนึ่งในเส้นทางการค้าที่สำคัญของพ่อค้าชาวอาหรับและเปอร์เซียรวมทั้งกะลาสีจากบัสรา เพื่อหาปะการัง วานิลลา กระดังงา งาช้าง ลูกปัด เครื่องเทศ และทองคำไปขาย และยังได้นำศาสนาอิสลามไปเผยแพร่แก่ชาวซานจ์ (อยู่ในแอฟริกาตะวันออก) และชาวเกาะอีกด้วย หมู่เกาะคอโมโรสมีความสำคัญขึ้นเรื่อย ๆ และเติบโตไปพร้อมเกือบเมืองชายฝั่งของแอฟริกาตะวันออกทำให้เกิดสุเหร่าน้อยใหญ่ตามมา แม้จะมีระยะที่ห่างจากชายฝั่งพอสมควร แต่หมู่เกาะคอโมโรสก็เป็นแหล่งทางการค้าที่สำคัญของชาวสวาฮีลี เป็นเส้นทางทางทะเลที่สำคัญระหว่างเมืองกิลวา (ที่ส่งออกทองของชาวซิมบับเว) กับเมืองมอมบาซาในเคนยา
หลังจากการมาถึงของชาวโปรตุเกสและการล่มสลายของสุลต่านแห่งแอฟริกาตะวันออก สุลต่านซัยฟ์ บิน สุลต่าน ผู้มีอำนาจแห่งโอมานได้เริ่มกำจัดอิทธิพลของชาวดัตช์และโปรตุเกส นอกจากนั้นผู้สืบทอดอำนาจต่อจากเขา คือ สุลต่านซะอีด บิน สุลต่าน ยังได้ขยายอิทธิพลของรัฐอาหรับโอมานไปทั่วทั้งภูมิภาค และโดยเฉพาะเมื่อแซนซิบาร์ตกอยู่ใต้อำนาจ ก็ได้ส่งผลต่อวัฒนธรรมคอโมโรสทั้งด้านสถาปัตยกรรมและศาสนา และยังทำให้ภูมิภาคกลายเป็นหนึ่งเดียวกันด้วย สุลต่านบนหมู่เกาะคอโมโรสซึ่งปกครองส่วนใหญ่ของภูมิภาคมีอำนาจถึงในช่วงศตวรรษที่ 16-17 เลยทีเดียว
ในช่วงเวลาที่ชาวยุโรปเริ่มให้ความสนใจกับคอโมโรส ชาวมุสลิมดั้งเดิม ชาวสวาฮีลี และชาวอาหรับได้เริ่มที่จะปรับตัวเข้ากับอารยธรรมตะวันตกมากขึ้น นักวิชาการในสมัยหลังอย่างทอมัส สเปียร์ และแรนดัล พูเวลล์ ได้ให้ความสำคัญกับประวัติศาสตร์ของชาวแอฟริกาผิวดำว่าน่าจะมีอำนาจมากกว่าแนวคิดในเรื่องของความหลากหลายทางชาติพันธุ์
ในปี 1506 ชาวโปรตุเกสได้เดินทางมาถึงเกาะและเริ่มท้าทายอำนาจบาจัส (หัวหน้าชาวบันตูมุสลิม) และฟานิส (รองหัวหน้า) ปีต่อ ๆ มาในปี 1514 คอโมโรสก็ถูกรุกรานโดยอาฟงซู ดี อาลบูเกร์กี ในขณะนั้นผู้ปกครองชาวมุสลิมเพิ่งจะรอดพ้นจากการระเบิดของภูเขาไฟแม้ว่าที่กำบังของพวกเขาจะหาได้โดยไม่ยากแต่ชาวโปรตุเกสก็ไม่เคยหาพวกเขาพบ ในปี 1648 หมู่เกาะก็ถูกปล้นโดยโจรสลัดชาวมาลากาซี พวกเขาปล้นเมืองอีกอนี เมืองศูนย์กลางทางการค้าชายฝั่งใกล้เกาะกร็องด์กอมอร์หลังจากเพิ่งรบชนะสุลต่านที่อ่อนแอของเกาะมาได้
ในปี 1793 นักรบชาวมาลากาซีแห่งเกาะมาดากัสการ์ได้บุกหมู่เกาะคอโมโรสเพื่อนำชาวเกาะมาเป็นทาส จากนั้นจึงได้เข้ามาตั้งรกรากและครอบครองหลายส่วนของหมู่เกาะ บนคอโมโรสในปี 1865 คาดว่าประชากรบนเกาะเป็นทาสถึงกว่าร้อยละ 40 ขณะที่ฝรั่งเศสในเข้ามาตั้งอาณานิคมในปี 1841 ชาวอาณานิคมฝรั่งเศสคนแรกได้มาถึงเกาะมายอต อาเดรียน ซูลี กษัตริย์ชาวมาลากาซีแห่งเกาะมายอตได้ลงนามในสนธิสัญญาปี 1841 ได้ยอมยกดินแดนให้ตกอยู่ใต้อาณัติของฝรั่งเศส
ในปี 1886 เกาะมอเอลี ก็ตกอยู่ใต้อารักขาจากฝรั่งเศสโดยยินยอมจากราชินีซาลิมา มาชิมบ้า และในปีเดียวกัน หลังจากที่ได้รวบรวมเกาะกร็องด์ กอมอร์เข้าไว้ด้วยกัน สุลต่านซะอีด อะลีก็ได้ยินยอมให้ฝรั่งเศสเข้ามาปกครองต่อ แต่พระองค์ก็ยังมีอำนาจต่อไปจนถึงปี 1909 ซึ่งในปีนั้นพระองค์ก็ได้ทรงสละราชสมบัติเพื่อให้ฝรั่งเศสได้เข้ามาวางกฎอย่างเต็มที่ เกาะคอโมโรสตกอยู่ใต้การปกครองของฝรั่งเศสอย่างเป็นทางการในปี 1912 และตกอยู่ใต้การปกครองของผู้ว่าราชการอาณานิคมโพ้นทะเลของฝรั่งเศสแห่งมาดากัสการ์ในปี ค.ศ.1914
คอโมโรสเป็นสถานีทางการค้าที่สำคัญของบรรดาพ่อค้าที่จะเดินทางไปค้าขายยังตะวันออกไกลหรืออินเดียมาโดยตลอดจนกระทั่งได้มีการเปิดใช้คลองสุเอซ ซึ่งได้ช่วยลดการจราจรทางน้ำในเขตช่องแคบโมซัมบิกได้อย่างมาก สินค้าธรรมชาติที่ส่งออกส่วนใหญ่ก็คือ มะพร้าว วัว ควายและกระดองเต่า ผู้ตั้งรกรากชาวฝรั่งเศส บริษัทจากฝรั่งเศสหรือแม้แต่พ่อค้าชาวอาหรับผู้มั่งคั่งได้วางรากฐานเศรษฐกิจที่ขึ้นอยู่กับการเกษตรกรรมซึ่งกินพื้นที่ในการเพาะปลูกเพื่อส่งออกกว่า 1 ใน 3 หลังจากการผนวกดินแดนฝรั่งเศสก็ได้เปลี่ยนเกาะมายอต ให้กลายเป็นดินแดนอาณานิคมเพื่อการปลูกน้ำตาล และไม่นานทุกเกาะก็ได้ถูกเปลี่ยนให้เป็นดินแดนเพื่อการเพาะปลูกพืชส่งออกเช่นกัน พืชเหล่านั้น เช่น กระดังงา วานิลลา กาแฟ ต้นโกโก้ สับปะรด เป็นต้น
ข้อตกลงในการมอบเอกราชได้เกิดขึ้นในปี 1973 และในปี 1978 คอโมโรส ก็ได้รับเอกราช ยกเว้นในเกาะมายอต การลงประชามติจะต้องมีมติเป็นเอกฉันท์ในทั้ง 4 เกาะ แต่มีเพียง 3 เกาะเท่านั้นที่มีมติเป็นเอกฉันท์ ขณะที่มายอตต่อต้านและยังคงอยู่ใต้การปกครองของฝรั่งเศสต่อไป ในวันที่ 6 กรกฎาคม ปี 1975 รัฐบาลได้ประกาศกฎหมายร่างการเป็นเอกราช อาเหม็ด อับดัลลาห์ ได้ประกาศเอกราชของคอโมโรสและกลายเป็นประธานาธิบดีคนแรกของคอโมโรส
หลังการประกาศเอกราช 30 ปีต่อจากนั้นคือความวุ่นวายทางการเมืองของคอโมโรสอย่างมาก เริ่มจากในวันที่ 3 สิงหาคม ปี 1975 ทหารรับจ้างชื่อ บ็อบ ดีนาร์ด ซึ่งได้รับการสนับสนุนอย่างลับๆ จาก ฌาคส์ ฟอกการ์ และรัฐบาลฝรั่งเศส ได้ทำการรัฐประหารรัฐบาลของอาเหม็ด อับดัลลาห์และให้เจ้าชายซาอิด โมฮัมเหม็ด จัฟฟาร์ สมาชิกของแนวร่วมแห่งชาติคอโมโรส หรือ ยูเอ็นเอฟขึ้นเป็นประธานาธิบดีแทน ถัดมาแค่เดือนเดียว พระองค์ก็ถูกขับไล่โดยอาลี โซอิลีห์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม
ในเวลาเดียวกันที่เกาะมายอต ประชาชนก็ได้มีการลงประชามติถึง 2 ครั้งในการต่อต้านการประกาศเอกราชจากฝรั่งเศส ครั้งแรกเกิดขึ้นในเดือนธันวาคมปี 1974 เสียงส่วนใหญ่กว่าร้อยละ 63.8 ยังคงต้องการอยู่ในการปกครองของฝรั่งเศสต่อไป ครั้งต่อมาเมื่อเดือนกุมภาพันธ์ปี 1976 คราวนี้เสียงเกือบทุกเสียงกว่าร้อยละ 99.4 ก็ยังคงยืนยันเช่นเดิม ขณะที่บนเกาะที่เหลือทั้ง 3 เกาะที่ถูกปกครองโดยประธานาธิบดีโซอิลีห์ สมาชิกส่วนใหญ่ของรัฐบาลมักจะเป็นพวกสังคมนิยมหรือไม่ก็พวกนิยมการปกครองอย่างโดดเดี่ยวซึ่งยิ่งทำให้ความสัมพันธ์กับฝรั่งเศสตึงเครียดไปทุกขณะ จนเมื่อวันที่ 13 พฤษภาคม ปี 1978 บ็อบ ดีนาร์ด ได้กลับมาอีกครั้งพร้อมทั้งล้มล้างอำนาจของโซอิลีห์ และได้แต่งตั้ง อับดัลลาห์กลับมาดำรงตำแหน่งอีกครั้ง ภายใต้การหนุนหลังจากฝรั่งเศสซึ่งต้องการให้รัฐบาลเป็นของชาวโรดีเซียและแอฟริกาใต้ ในช่วงการครองอำนาจของโซอิลีห์ เขาต้องเผชิญหน้ากับการพยายามก่อรัฐประหารถึง 7 ครั้ง จนในที่สุดก็ถูกขับไล่และโดนสังหารในที่สุด
ในทางตรงข้ามกับโซอิลีห์ ประธานาธิบดีอับดัลลาห์ถูกมองว่าเป็นพวกเผด็จการ ได้เพิ่มการยึดมั่นในประเพณีแบบศาสนาอิสลาม และยังเปลี่ยนชื่อประเทศเป็นสหพันธ์สาธารณรัฐอิสลามคอโมโรส (R?publique F?d?rale Islamique des Comores; ??????? ????? ????????? ????????? ) อับดัลลาห์ยังคงเป็นประธานาธิบดีต่อไปจนกระทั่งปี 1989 เมื่อเขารู้สึกหวาดเกรงว่าจะมีการรัฐประหารเกิดขึ้น เขาจึงได้ลงนามในกฤษฎีกากองกำลังแห่งประธานาธิบดี นำโดย บ็อบ ดีนาร์ด เพื่อปลดอาวุธกองกำลังติดอาวุธ ไม่นานหลังจากได้มีการลงนาม อับดัลลาห์ก็ถูกกล่าวว่าโดนยิงโดยนายทหารนายหนึ่งที่ไม่พอใจในที่ทำการของเขาเอง แต่แหล่งที่มาในภายหลังอ้างว่า เขาถูกขีปนาวุธต่อต้านรถถังยิงเข้ามาในห้องนอนเขาต่างหาก และแม้ว่า บ็อบ ดีนาร์ด จะได้รับบาดเจ็บด้วย แต่ก็เป็นที่สงสัยว่า ผู้ที่สังหารอับดัลลาห์น่าจะเป็นทหารภายใต้สังกัดของเขานั่นเอง
ไม่กี่วันต่อมา บ็อบ ดีนาร์ด ได้อพยพไปยังแอฟริกาใต้โดยพลร่มของฝรั่งเศส ซาอิด โมฮัมเหม็ด โฌอาร์ พี่ชายต่างแม่ของอับดัลลาห์ได้กลายเป็นประธานาธิบดีคนต่อมา และอยู่ในตำแหน่งจนถึงกันยายนปี 1995 เมื่อบ็อบ ดีนาร์ด กลับมาอีกครั้งกับความพยายามทำรัฐประหารอีก แต่คราวนี้ฝรั่งเศสเข้ามาแทรกแซงและบังคับให้ดีนาร์ดยอมจำนน ฝรั่งเศสได้ถอดถอนโฌอาร์ออกจากตำแหน่งและให้ไปอยู่ที่รียูนิอองแทน ขณะที่โมฮัมเหม็ด ทากี อับดุลการิม ผู้ซึ่งได้รับการหนุนหลังจากปารีสขึ้นมาเป็นประธานาธิบดีแทนจากการเลือกตั้ง เขาเป็นผู้นำประเทศตั้งแต่ปี 1996 ผ่านช่วงเวลาของวิกฤตการณ์แรงงาน การปราบปรามของรัฐบาลต่อพวกพยายามแบ่งแบกดินแดนจนกระทั่งเขาสิ้นชีวิตในเดือนพฤศจิกายนปี 1998 ทาชีดีน เบน ซาอิด มาสซุนเด้ได้ขึ้นมาเป็นประธานาธิบดีแทนชั่วคราว
ในปี 1997 หมู่เกาะอ็องฌูอ็องและโมเอลี ได้ประกาศเอกราชจากคอโมโรส ในความพยายามที่จะนำการปกครองของฝรั่งเศสกลับมา แต่ฝรั่งเศสปฏิเสธคำขอจึงนำไปสู่การนองเลือดระหว่างกองกำลังฝ่ายรัฐบาลและฝ่ายกบฏ และในเดือนเมษายน ปี 1999 พันเอกอซาลี อัสซูมานี่ หัวหน้าฝ่ายกองทัพได้ยึดอำนาจในการรัฐประหารนองเลือด โค่นประธานาธิบดีมาสซุนเด้ลงจากตำแหน่ง โดยอ้างว่าเป็นผู้นำที่อ่อนแอในการเผชิญหน้ากับสถานการณ์ที่วิกฤต และทำให้นี่เป็นการรัฐประหารในคอโมโรสครั้งที่ 18 นับตั้งแต่ประกาศเอกราชในปี 1975 เป็นต้นมา อย่างไรก็ตาม อซาลีก็ล้มเหลวในการที่จะรวบรวมอำนาจและสถาปนาการควบคุมเหนือหมู่เกาะซึ่งเป็นหัวข้อหนึ่งในการวิพากษ์วิจารณ์จากนานาชาติ สหภาพแอฟริกัน ภายใต้การอุปถัมภ์ของประธานาธิบดี เธโบ เอ็มเบกี้ แห่งแอฟริกาใต้เรียกร้องให้มีการคว่ำบาตรเหนือเกาะอองฌูอ็องเพื่อช่วยให้การเจรจาเพื่อความสมานฉันท์สำเร็จผล ชื่ออย่างเป็นทางการของประเทศได้เปลี่ยนเป็นสหภาพคอโมโรสและระบบการเมืองที่เป็นอิสระได้ถูกสถาปนาขึ้นในแต่ละหมู่เกาะ พร้อมทั้งรัฐบาลแห่งสหภาพในการปกครองทั้งสามเกาะ
อซาลีก้าวลงจากตำแหน่งเมื่อปี 2002 เพื่อลงแข่งขันในการเลือกตั้งประธานาธิบดีแห่งคอโมโรส ซึ่งเขาก็ชนะการเลือกตั้ง ภายใต้การกดดันจากนานาชาติอย่างต่อเนื่อง ในฐานะผู้นำทางทหารที่ได้อำนาจมาโดยใช้กำลัง และไม่ได้มีประชาธิปไตยในระหว่างที่มีอำนาจ อซาลีก็ได้นำคอโมโรสผ่านการเปลี่ยนแปลงรัฐธรรมนูญซึ่งทำให้มีการเลือกตั้ง ร่างกฎหมาย Loi des competences ได้ผ่านการอนุมัติในปี 2005 ซึ่งได้กำหนดความรับผิดชอบในแต่ละรัฐบาล และกำลังอยู่ในขั้นตอนของการนำไปปฏิบัติให้เกิดผล การเลือกตั้งในปี 2006 อาเหม็ด อับดัลลาห์ โมฮัมเหม็ด แซมบี้ ก็ชนะการเลือกตั้ง เขาเป็นนักบวชมุสลิมนิกายซุนหนี่ มีชื่อเล่นว่า “อยาโตลเลาะห์” จากการที่เขาได้ใช้เวลาไปศึกษาศาสนาอิสลามในอิหร่าน อซาลียอมรับผลการเลือกตั้ง ซึ่งเป็นผลให้เกิดสันติสุขขึ้นและเป็นการเปลี่ยนผ่านอำนาจโดยประชาธิปไตยเป็นครั้งแรก สำหรับหมู่เกาะนี้
ในปี 2001 พันเอก โมฮัมเหม็ด บาซาร์ อดีตนายทหาร/ตำรวจฝรั่งเศส ได้ยึดอำนาจขึ้นเป็นประธานาธิบดีบนเกาะอ็องฌูอ็อง เขาจัดฉากการโหวตเมื่อเดือนมิถุนายน 2007 เพื่อยืนยันความเป็นผู้นำของเขา รัฐบาลกลางคอโมโรสไม่ยอมรับเพราะผิดกฎหมาย เช่นเดียวกับสหภาพแอฟริกัน เมื่อวันที่ 25 มีนาคม 2008 ทหารนับร้อยจากสหภาพแอฟริกันและคอโมโรส เข้ายึดอำนาจจากพวกกบฏบนเกาะอ็องฌูอ็อง ซึ่งได้รับการต้อนรับเป็นอย่างดีจากประชาชน มีรายงานว่าประชาชนนับร้อยถึงพันถูกทรมานระหว่างการดำรงตำแหน่งของบาซาร์ กบฏบางคนถูกฆ่าตายและได้รับบาดเจ็บ แต่ไม่มีตัวเลขอย่างเป็นทางการ พลเรือนอย่างน้อย 11 คนได้รับบาดเจ็บ เจ้าหน้าที่บางคนถูกคุมขัง บาซาร์ได้หลบหนีโดยเรือสปีดโบทไปยังดินแดนของฝรั่งเศสในมหาสมุทรอินเดียแห่งมายอตเพื่อหาที่ลี้ภัย
หลังการเลือกตั้งเมื่อปลายปี 2010 อดีตรองประธานาธิบดี อิกิลีลู โดไอนีน ก็เข้ารับตำแหน่งประธานาธิบดีอย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ 26 พฤษภาคม 2011 เขาเป็นสมาชิกในพรรครัฐบาลมาก่อน ได้รับการสนับสนุนการเลือกตั้งจากอดีตประธานาธิบดีอาเหม็ด อับดัลลาห์ โมฮัมเหม็ด แซมบี้ โดไอนีน ซึ่งเป็นเภสัชกร เป็นประธานาธิบดีของคอโมโรสคนแรกที่มาจากเกาะโมเอลี
คอโมโรสประกอบไปด้วยเกาะเอ็นกาซิดจา (กรองด์ กอมอร์), เกาะเอ็มวาลี (โมเอลี), เกาะเอ็นซวานี่ (อ็องฌูอ็อง) และเกาะมาออเร่ (มายอตต์) ทั้งหมดนี้เป็นเกาะสำคัญในหมู่เกาะคอโมโรส ในขณะที่มีหมู่เกาะเล็กน้อยอีกมากมาย เกาะเป็นที่รู้จักอย่างเป็นทางการในภาษาคอโมเรียนของพวกเขาเอง แม้จะมีชื่อในภาษาต่างประเทศด้วยก็ตามจะใช้ชื่อในภาษาฝรั่งเศส (ในวงเล็บ) เมืองหลวงและเมืองใหญ่ที่สุดคือ โมโรนี่ ตั้งอยู่บนเกาะเอ็นกาซิดจา หมู่เกาะตั้งอยู่ในมหาสมุทรอินเดีย ในช่องแคบโมซัมบิก ระหว่างชายฝั่งแอฟริกัน (ใกล้โมซัมบิกและแทนซาเนีย) กับมาดากัสดาร์ ไม่มีพรมแดนที่อยู่บนแผ่นดิน
ด้วยขนาดเพียง 2,235 ตารางกิโลเมตร (863 ตารางไมล์) ทำให้เป็นหนึ่งในประเทศที่เล็กที่สุดในโลก คอโมโรสยังมีการอ้างสิทธิพื้นที่ทางทะเลอีกประมาณ 320 ตารางกิโลเมตร (120 ตารางไมล์) สภาพภายในหมู่เกาะมีความหลากหลายตั้งแต่ภูเขาสูงชันไปจนถึงเนินเขาเตี้ยๆ
เอ็นกาซิดจาเป็นเกาะที่ใหญ่ที่สุดในหมู่เกาะคอโมโรส มีขนาดโดยประมาณเท่ากับขนาดของเกาะที่เหลือรวมกัน มันเป็นเกาะที่เกิดใหม่ดังนั้นดินจึงมีลักษณะเป็นหินดิน ลักษณะภูมิประเทศที่โดดเด่นของเกาะนี้คือมีภูเขาไฟสองลูก คาร์ธาล่า (ยังปะทุอยู่) และ ลา กริลล์ (ดับสนิทแล้ว) และลักษณะของชายฝั่งที่ไม่สามารถทำเป็นท่าเรือได้ เอ็มวาลี มีเมืองหลวงชื่อ ฟอมโบนี่ เป็นเกาะที่เล็กที่สุดในบรรดา 4 เกาะสำคัญ เอ็นซวานี่ มีเมืองหลวงชื่อ มัทซามูดู มีลักษณะที่โดดเด่นโดยเป็นรูปสามเหลี่ยมซึ่งเกิดจากภูเขาสามลูก ซีมา นีอูมาเคเล่ และจีมีลีเม่ กระจายตัวจากจุดสูงสุด เอ็นตริงกี้ (1,575 เมตร or 5,170 ฟุต)
เกาะที่มีอายุเก่าแก่ที่สุดในหมู่เกาะแห่งนี้ คือ มายอตต์ ซึ่งอุดมไปด้วยดินที่อุดมสมบูรณ์ ขณะเดียวกันก็มีสภาพชายฝั่งที่ดีเหมาะแก่การทำเป็นท่าเรือ พร้อมด้วยประชากรปลาที่มีมากเนื่องจากแนววงแหวนปะการัง ซาอุดซี่ เคยเป็นเมืองหลวงเก่าของอาณานิคมคอโมโรส ตั้งอยู่บนเกาะปามานซี (ฝรั่งเศส : Petite-Terre) เกาะเล็กที่ใหญ่ที่สุดของเกาะมาออเร่ ขณะที่เมืองหลวงในปัจจุบันคือ มามูดซู คำว่า มายอตต์ (หรือมาออเร่) อาจจะหมายถึงกลุ่มของหมู่เกาะ เกาะที่ใหญ่ที่สุดเรียกว่า มาออเร่ (ฝรั่งเศส: Grande-Terre) และรอบเกาะมาออเร่มีเกาะปามานซีที่สะดุดตาที่สุด (Petite-Terre)
หมู่เกาะคอโมโรสก่อตัวขึ้นโดยระเบิดของภูเขาไฟ ภูเขาไฟคาร์ธาล่าที่ตั้งอยู่บนเกาะเอ็นซาชิดจา เป็นจุดที่สูงที่สุดของประเทศ มีความสูง 2,361 เมตรหรือ 7,748 ฟุต มันยังเป็นส่วนที่ใหญ่ที่สุดของคอโมโรสที่ไม่มีป่าฝนเขตร้อน คาร์ธาล่า เป็นหนึ่งในภูเขาไฟที่ยังมีการปะทุอยู่ในโลก มีการระเบิดเล็กน้อยเมื่อปี 2006 และก่อนหน้านี้ในเดือนเมษายน 2005 และ 1991 ในการระเบิดเมื่อปี 2005 ซึ่งกินเวลาตั้งแต่ 17-19 เมษายน ประชาชนกว่า 40,000 คนต้องอพยพ บริเวณรอบปากปล่องภูเขาไฟรัศมีกว่า 3-4 กิโลเมตรถูกทำลายทั้งหมด
คอโมโรสยังได้อ้างสิทธิเหนือหมู่เกาะกลอริโอโซ่ ซึ่งประกอบไปด้วย เกาะกร็องด์ เกลอยูส (Grande Glorieuse) เกาะอีล ดู ลีส์ (?le du Lys) เกาะขนาดเล็กอีก 3 เกาะ อย่าง เกาะเร็ก ร็อก(Wreck Rock) เกาะเซาท์ ร็อก(South Rock) เกาะเวิร์ท ร็อก(Verte Rocks) และอีก 3 เกาะเล็กๆ ที่ไม่มีชื่อ ซึ่งหนึ่งในนั้นอยู่ในการปกครองของหมู่เกาะที่กระจัดกระจายในมหาสมุทรอินเดียของฝรั่งเศส ?les ?parses or ?les ?parses de l'oc?an indien (Scattered Islands in the Indian Ocean) หมู่เกาะกลอริโอโซ่ถูกปกครองโดยชาวอาณานิคมคอโมโรสตั้งแต่ก่อนปี 1975 ซึ่งบางครั้งก็ถือเป็นส่วนหนึ่งของหมู่เกาะคอโมโรส อดีตเกาะในหมู่เกาะคอโมโรสอย่าง บัง ดู เกย์เซอร์ ซึ่งตอนนี้ได้จมลงแล้ว และอยู่ใกล้กับหมู่เกาะที่กระจัดกระจายฯ ของฝรั่งเศส ถูกมาดากัสการ์เข้ายึดครองในปี 1976 ในฐานะดินแดนที่ยังไม่มีการอ้างสิทธิ ปัจจุบัน คอโมโรสได้เรียกร้องให้เขตดังกล่าวเป็นส่วนหนึ่งของเขตเศรษฐกิจพิเศษ
สภาพภูมิอากาศโดยทั่วไปร้อนและอบอุ่น มีสองฤดูกาลที่สำคัญซึ่งขึ้นกับปริมาณน้ำฝน อุณหภูมิโดยทั่วไปอยู่ที่ประมาณ 29-30 องศาเซลเซียส (84-86 องศาฟาเรนไฮต์) ในเดือนมีนาคม ซึ่งเป็นเดือนที่ร้อนที่สุดในฤดูฝน (เรียกว่าคาชคาซี่ ช่วงเดือนธันวาคม-เมษายน) และอุณหภูมิโดยเฉลี่ยต่ำสุดอยู่ที่ประมาณ 19 องศาเซลเซียส (66 องศาฟาเรนไฮต์) ในฤดูหนาว ซึ่งมีอากาศเย็นและแห้ง (เรียกว่า คูซี่ เดือนพฤษภาคม-พฤศจิกายน) หมู่เกาะนี้ไม่ค่อยได้รับอิทธิพลของพายุไซโคลนมากนัก
ระบบการเมืองของหมู่เกาะคอโมโรสเกิดขึ้นในรูปของสหพันธ์สาธารณรัฐประธานาธิบดี ซึ่งประธานาธิบดีของคอโมโรสจะเป็นผู้นำทั้งของรัฐและรัฐบาล มีระบบพรรคการเมืองแบบหลายพรรค รัฐธรรมนูญของสหภาพคอโมโรสเป็นที่ยอมรับโดยทั่วไปจากการลงประชามติเมื่อวันที่ 23 ธันวาคม 2001 และมีการเลือกตั้งในเดือนถัดมา ก่อนหน้านี้การปกครองของคอโมโรสเป็นแบบเผด็จการทหาร การถ่ายโอนอำนาจจากอซาลี อัสซูมานี่ไปสู่อาห์เหม็ด อับดัลเลาะห์ โมฮาเหม็ด แซมบี ในปี 2006 เป็นการถ่ายโอนอำนาจที่สงบสุขเป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์คอโมโรส
อำนาจบริหารถูกใช้โดยรัฐบาล อำนาจนิติบัญญัติแห่งชาติก็ตกเป็นของทั้งรัฐบาลและรัฐสภา คำปรารภในรัฐธรรมนูญช่วยยืนยันว่าศาสนาอิสลามจะเป็นแรงบันดาลใจในการปกครอง ความมุ่งมั่นในสิทธิมนุษยชน และสิทธิอื่นๆ อีกหลายข้อตามที่ได้ระบุไว้ ประชาธิปไตยคือชะตากรรมร่วมกันของชาวคอโมโรสทุกคน ในแต่ละเกาะ (ตามบทที่สองแห่งรัฐธรรมนูญ) จะมีอิสระในการปกครองตนเองรวมไปถึง มีรัฐธรรมนูญเป็นของตนเอง(หรือกฎหมายพื้นฐานบางอย่าง) มีประธานาธิบดีและรัฐสภา ประธานาธิบดีและสภาของสหภาพจะมีความแตกต่างไปจากรัฐบาลของแต่ละเกาะ ประธานาธิบดีของสหภาพจะหมุนเวียนกันไปในแต่ละเกาะ ปัจจุบัน โมเอลีเป็นเกาะที่มีสิทธิในตำแหน่งหมุนเวียน และดังนั้น อิกิลีลู โดไอนีน จึงเป็นประธานาธิบดีของสหภาพ เกาะถัดไปได้แก่ กร็องด์ กอมอร์ และ อันฌูอัน ตามลำดับในวาระ 4 ปี