ประวัติศาสตร์เยอรมนี เริ่มต้นด้วยการต้านทานการยึดครองโดยชาวโรมันของชนเจอร์มานิค ซึ่งเมื่อจักรวรรดิโรมันล่มสลายชนชาติเยอรมันก็กลายเป็นกลุ่มชนผู้มีอำนาจในยุโรปเข้าแทนที่ชาวโรมัน จนนำไปสู่กำเนิดจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ หรือ จักรวรรดิที่ 1 ในสมัยกลาง จักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ธำรงอยู่กว่าพันปีแต่ก็เป็นเพียงจักรวรรดิที่มองไม่เห็น เพราะรัฐต่าง ๆ ในเยอรมันร้อยกว่ารัฐต่างแยกตัวเป็นอิสระจากพระจักรพรรดิ จนนโปเลียนยกเลิกจักรวรรดินี้ไปกลายเป็นสมาพันธรัฐเยอรมัน เป็นกลุ่มของรัฐต่าง ๆ จนราชอาณาจักรปรัสเซียสามารถรวมประเทศเยอรมนีได้โดยนำของบิสมาร์ก ก็กลายเป็นจักรวรรดิเยอรมัน หรือ จักรวรรดิที่ 2
แต่ด้วยการปฏิวัติล้มระบอบกษัตริย์หลังสงครามโลกครั้งที่หนึ่ง ทำให้เยอรมนีกลายเป็นสาธารณรัฐไวมาร์ แต่ถูก อดอล์ฟ ฮิตเลอร์ ผู้นำลัทธินาซียึดอำนาจเปลี่ยนเป็นระบอบเผด็จการและแผ่ขยายดินแดนไปทั่วยุโรปในสงครามโลกครั้งที่สองหรือ จักรวรรดิที่ 3 แต่ฮิตเลอร์พ่ายแพ้สงคราม เยอรมนีจึงถูกแบ่งเป็นสองส่วน คือ เยอรมนีตะวันออก และ เยอรมนีตะวันตก จนรวมกันกลายเป็นประเทศเยอรมนีอีกครั้งใน ค.ศ. 1990
ประมาณ 100 ปีก่อน ค.ศ. ชนชาติเยอรมันลงใต้จากสแกนดิเนเวียและแพร่กระจายไปทั่วตั้งแต่แม่น้ำไรน์จนถึงเทือกเขาอูราล และเผชิญหน้ากับการแผ่ขยายของจักรวรรดิโรมัน แม้ชาวโรมันจะพยายามจะพิชิตชาวเยอรมัน ใน ค.ศ. 9 ทัพโรมันพ่ายแพ้ชาวเยอรมันที่ป่าทอยโทบวร์ก (Teutoburg Forest) ทำให้ชาวโรมันเลิกล้มความคิดที่จะรุกรานเยอรมัน และชนชาติเยอรมันก็รุกคืบไปตั้งรกรากตามชายแดนจักรวรรดิโรมัน และแตกออกเป็นหลายเผ่า ที่มีชื่อเสียงคือ วิซิกอธ แวนดัล แฟรงก์ ฯลฯ และเข้ารีตคริสต์ศาสนานิกายอาเรียนิสม์ (Arianism) ซึ่งชาวโรมันไม่ยอมรับ
แต่ในศตวรรษที่ 4 ชาวฮั่นมาจากเอเชียเป็นนักรบบนหลังม้าที่ป่าเถื่อน เข้าบุกเผาทำลายหมู่บ้านและสังหารชาวเยอรมันอย่างโหดเหี้ยม ทำให้เผ่าเยอรมันต่าง ๆ ทนไม่ไหวต้องหลบหนีเข้าไปในจักรวรรดิโรมัน บ้างด้วยสันติวิธีบ้างก็บุกเข้าไป ทำให้จักรวรรดิโรมันอ่อนแอ จนใน ค.ศ. 410 โอโดอาเซอร์ (Odoacer) ผู้นำเผ่าเยอรมันเผ่าหนึ่ง ยึดกรุงโรมและปลดจักรพรรดิโรมันองค์สุดท้ายใน ค.ศ. 476 จักรวรรดิโรมันจึงล่มสลาย
เมื่อจักรวรรดิโรมันล่มสลายชาวแฟรงก์ที่ตั้งรกรากในฝรั่งเศสก็เรืองอำนาจที่สุดในยุโรปภายใต้ราชวงศ์เมโรวิงเจียน ในเยอรมนี มีเผ่าต่าง ๆ ปกครองตนเองได้แก่พวกซูเอบี (Suebi) พวกธือริงเงน (Thuringen) พวกแซกซอน (Saxons) พวกบาวาเรียน (Bayern) และพวกแฟรงก์ (Franks) ซึ่งจะกลายเป็นชื่อแคว้นต่าง ๆ ในเยอรมนี (สวาเบีย ธูรินเจีย แซกโซนี บาวาเรีย และฟรังโคเนีย ตามลำดับ) แต่เผ่าเหล่านี้ต้องตกอยู่ภายใต้อำนาจของพวกแฟรงก์ ซึ่งแผ่ขยายอำนาจมาในศตวรรษที่ 5 ถึง 8 โดยเฉพาะสงครามกับพวกแซกซอนของพระเจ้าชาร์เลอมาญ (Charlemagne) ของชาวแฟรงก์ แห่งราชวงศ์คาโรลิงเจียน ทำให้พวกแซกซอนต้องเข้ารีตศาสนาคริสต์และอยู่ภายใต้การปกครองของพวกแฟรงก์
ยังมีเผ่าเยอรมันอีกเผ่า คือ พวกลอมบาร์ด (Lombards) เข้าบุกอิตาลี ทำให้พระสันตะปาปาทรงขอให้พระเจ้าชาร์เลอมาญทรงช่วยเหลือ พระเจ้าชาร์เลอมาญทรงขับไล่พวกลอมบาร์ดได้และได้รับการสวมมงกุฎจากพระสันตะปาปาเป็นจักรพรรดิโรมัน ใน ค.ศ. 800 เป็นจุดเริ่มต้นของจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ จักรวรรดิของพระเจ้าชาร์เลอมาญถูกแบ่งเป็นสามส่วนตามสนธิสัญญาแวร์ดังใน ค.ศ. 843 อาณาจักรแฟรงก์ตะวันออกจะกลายเป็นเยอรมนีในปัจจุบัน
ราชวงศ์คาโรแลงเจียนสิ้นสุดไปในอาณาจักรแฟรงก์ตะวันออก ผู้นำเผ่าทั้งสี่ (แซกโซนี บาวาเรีย ฟรังโคเนีย สวาเบีย) จึงเลือกดยุกเฮนรีแห่งแซกโซนีเป็นกษัตริย์แห่งเยอรมนี (King of Germany) ใน ค.ศ. 955 ชาวแมกยาร์ (Magyars) หรือชาวฮังการี เป็นชนเผ่าเร่ร่อนจากเอเชีย บุกมาถึงเยอรมนี เข้าเผาทำลายปล้มสะดมหมู่บ้าน สร้างความเดือดร้อน แต่จักรพรรดิออตโตก็ทรงขับไล่พวกแมกยาร์ได้ในการรบที่เลคฟิล์ด (Lechfield) ตามการสนับสนุนของพระสันตะปาปา พระโอรสคือ พระเจ้าออตโต เข้าช่วยเหลือพระสันตะปาปาจากการยึดครองของกษัตริย์แห่งอิตาลี (อาณาจักรแฟรงก์กลาง) พระเจ้าออตโตนำทัพเข้าปราบยึดอิตาลี และได้รับการสวมมงกุฎจากพระสันตะปาปาเป็นจักรพรรดิออตโตที่ 1 (Otto I) ใน ค.ศ. 962 เป็นจักรพรรดิองค์แรกแห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์
ใน ค.ศ. 1033 ราชอาณาจักรเบอร์กันดีในฝรั่งเศสถูกผนวกเข้ากับจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ ทำให้จักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิมีอาณาเขตไพศาลทั่วยุโรปกลาง และยังแผ่ขยายไปทางตะวันออกปราบปรามชาวสลาฟต่าง ๆ ได้แก่ พวกเวนด์ (Wends) พวกโอโบเดอไรต์ (Oboderites) และพวกโปล (Poles) กลายเป็นแคว้นเม็คเคลนเบิร์ก (Mecklenburg) แคว้นโปเมอราเนีย (Pomerania) และแคว้นบรานเดนบวร์ก (Brandenburg) กษัตริย์แห่งโบฮีเมีย (Bohemia - Czech) ก็เข้าสวามิภักดิ์ ทำให้จักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์แผ่ขยายอิทธิพลทั้งทางการเมืองและภาษาวัฒนธรรมไปยังดินแดนของชาวสลาฟทางตะวันออก เรียกว่า Ostsiedlung
จักรพรรดิเฮนรีที่ 4 ทรงต้องการจะรวบอำนาจในองค์การศาสนา เช่น การแต่งตั้งบิชอปต่าง ๆ มาอยู๋ที่พระองค์ แต่พระสันตะปาปาเกรกอรีที่ 8 ทรงไม่ยินยอมจึงเกิดข้อขัดแย้งในอำนาจการแต่งตั้งสงฆ์ (Investiture Controversy) พระสันตะปาปาทรงบัพพาชนียกรรม (ขับจากศาสนา) จักรพรรดิเฮนรีใน ค.ศ. 1072 ซึ่งเป็นโทษทีร้ายแรงยิ่งกว่าตายสำหรับคนสมัยนั้น และปลดจักรพรรดิเฮนรีจากตำแหน่ง ทำให้บรรดาขุนนางก่อกบฏแย่งอำนาจจากพระเจ้าเฮนรีและแยกตัว ทำให้พระเจ้าเฮนรียอมจำนน ใน ค.ศ. 1077 ทรงรอพระสันตะปาปาเท้าเปล่ากลางพายุหิมะที่คาโนสซา (Canossa) เพื่อขอขมาพระสันตะปาปา เป็นชัยชนะของฝ่ายศาสนาต่อฝ่ายโลก ให้อำนาจของจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิเสื่อมลงแต่บัดนั้น จนใน ค.ศ. 1122 ทั้งสองฝ่ายจึงสงบศึกในโองการพระสันตะปาปาแห่งเมืองวอร์ม (Concordat of Worms)
จักรพรรดิเฟรเดอริคที่ 1 แห่งราชวงศ์โฮเฮนชเตาเฟิน (Hohenstaufen) ทรงพยายามจะหยุดยั้งสงครามระหว่างพวกขุนนางในเยอรมนี โดยทรงแต่งตั้งดยุกเฮนรีแห่งแซกโซนี (Henry the Lion, Duke of Saxony) จากตระกูลเวล์ฟ (Welf) เป็นดยุกแห่งบาวาเรีย โดยเจ้าครองแคว้นเดิม คือมาร์เกรฟแห่งออสเตรีย (Margrave of Austria) ได้เลื่อนขั้นเป็นดยุก จักรพรรดิฟรีดริชทรงบุกอิตาลีเพื่อปราบกบฏและทำสงครามกับพระสันตะปาปาแต่อิตาลีรวมตัวเป็นสันนิบาตลอมบาร์ด (Lombard League) ต่อต้านพระจักรพรรดิและสนับสนุนพระสันตะปาปา จักรพรรดิฟรีดริชทรงกริ้วและปลดดยุกเฮนรีที่ไม่ช่วยเหลือพระองค์ ยกบาวาเรียให้ตระกูลวิตเตลสบาค (Wittlesbach) และแตกแคว้นแซกโซนีแบ่งเป็นหลายส่วน
จักรพรรดิฟรีดริชที่ 2 ทรงพยายามจะยึดอิตาลีอีกครั้ง โดยฝ่ายของพระองค์ เรียกว่าพวกกิบเบลลีน (Ghibelline) ต่อสู้กับพวกเกล์ฟ (Guelph) หรือตระกูลเวล์ฟที่ไปเข้าข้างพระสันตะปาปา จักรพรรดิเฟรเดอริคทรงต้องการจะพ้นจากความวุ่นวายใขเยอรมนี จึงทรงมอบอำนาจให้เจ้าครองแคว้นต่าง ๆ ทำให้เจ้าครองแคว้นในเยอรมนีแยกตัวออกไปแตกกระจัดกระจายในสมัยพระเจ้าเฟรเดอริคที่ 2 พระสันตะปาปาทรงเอาชนะจักรพรรดิได้
ใน ค.ศ. 1226 จักรพรรดิฟรีดริชโปรดให้อัศวินทิวทัน (Teutonic Knights) ไปพิชิตชาวบอลติก (Balts) ที่ยังไม่เข้ารีตคริสต์ศาสนาทางเหนือในสงครามครูเสดตอนเหนือ (Northern Crusades) ทำสงครามอย่างโหดเหี้ยมกับชาวพื้นเมือง ทำให้อิทธิพลของเยอรมันและคริสต์ศาสนาเข้าสู่บริเวณบอลติก
จักรพรรดิเฟรเดอริคสิ้นพระชนม์ ทำให้ราชวงศ์โฮเฮนชเตาเฟินล่มสลาย จนกลายเป็นสมัยไร้จักรพรรดิ (Interregnum)
เมื่อไม่มีผู้นำดยุกรูดอล์ฟแห่งออสเตรีย (Rudolf of Habsburg) จากตระกูลฮับส์บูร์กจึงได้รับเลือกเป็นกษัตริย์แห่งเยอรมนีใน ค.ศ. 1273 แต่ไม่ได้สวมมงกุฎเป็นจักรพรรดิ บรรดาเจ้าครองแคว้นต่าง ๆ ก็อาศัยโอกาสตั้งตนเป็นอิสระกันหมด ทำให้พระเจ้ารูดอล์ฟทรงมีอำนาจเฉพาะในแคว้นออสเตรียเท่านั้น ตระกูลสามตระกูล คือ ฮับส์บูร์ก ตระกูลลักเซมเบิร์ก (Luxembourg) และ ตระกูลวิตเตลสบาค (Wittelsbach) ผลัดกันเป็นกษัตริย์แห่งเยอรมนีใน ค.ศ. 1312 พระเจ้าเฮนรีแห่งโบฮีเมีย ตระกูลลักเซมเบิร์กสวมมงกุฎเป็นจักรพรรดิ ทำให้มีจักรพรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์อีกครั้ง แต่นับแต่นั้นมาจักรพรรดิทุกพระองค์มีอำนาจเฉพาะในแคว้นของตนเท่านั้น เยอรมนีจึงแตกเป็นแคว้นเล็กแคว้นน้อย และรวมกันไม่ได้อีกเลยไปอีก 600 ปี
ราชวงศ์ลักเซมเบิร์กปกครองจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์แต่มีอำนาจเฉพาะในแคว้นโบฮีเมียเท่านั้น แม้จักรพรรดิหลายพระองค์จะทรงพยายามกู้พระราชอำนาจคืนแต่ก็ไม่สำเร็จ ใน ค.ศ. 1350 กาฬโรคก็ระบาดมายังเยอรมนี คร่าชีวิตผู้คนไปหลายล้าน ใน ค.ศ. 1356 ออกพระราชโองการสารตราทอง (Golden Bull) ปรับปรุงระบบการปกครองจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ใหม่ โดยแต่งตั้งเจ้านครรัฐผู้คัดเลือกเจ็ดองค์ เป็นบรรพชิตสามองค์และเป็นขุนนางสี่คนที่รวมทั้ง
ใน ค.ศ. 1414 พระเจ้าซิกิสมุนด์แห่งฮังการี (Sigismund) ทรงได้เป็นกษัตริย์แห่งเยอรมนี ในแคว้นโบฮีเมียเกิดลัทธินอกรีตของ แจน ฮุส (Jan Hus) แจน ฮุส ถูกเผาทั้งเป็นใน ค.ศ. 1415 ใน ค.ศ. 1417 ทรงแต่งตั้งให้ตระกูลโฮเฮนโซเลิร์น (Hohenzollern) เป็นมาร์กราฟแห่งบรันเดนบูร์ก ใน ค.ศ. 1419 พระเจ้าซิกิสมุนด์ได้เป็นกษัตริย์แห่งโบฮีเมีย แต่ชาวโบฮีเมียไม่ยอมรับ เพราะทรงสังหาร แจน ฮุส ก่อกบฏลุกฮือต่อต้าน พระเจ้าซิกิสมุนด์ทรงนำทัพเข้าปราบเรียกว่าสงครามฮุสไซท์ (Hussite War) ซึ่งพระเจ้าซิจิสมุนด์ก็ทรงไม่สามารถจะยึดแคว้นโบฮีเมียได้
ใน ค.ศ. 1437 ฟรีดิช ดยุกแห่งออสเตรีย พระชามาดาในพระเจ้าซิกิสมุนด์ ขึ้นเป็นจักรพรรดิฟรีดิชที่ 3 ทำให้ราชวงศ์ฮับส์บูร์กปกครองจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ไปอีก 400 ปี
จักรพรรดิมักซีมีเลียนที่ 1ทรงอภิเษกกับแมรีแห่งเบอร์กันดี (Mary of Burgundy) ทำให้ทรงได้รับแคว้นเบอร์กันดีและกลุ่มประเทศแผ่นดินต่ำ (Low Countries) มาครอง ทรงมอบแคว้นเบอร์กันดีให้พระโอรสคือฟิลิปเดอะแฮนด์ซัม (Philip the Handsome) ใน ค.ศ. 1495 ทรงออกจักรวรรดิปฏิรูป (Reichsreform) แบ่งรัฐต่างในจักรวรรดิเป็นกลุ่ม (Reichskreise) และตั้งศาลสูงสุดในจักรวรรดิ (Reichskammergeritch) การปฏิรูปของจักรพรรดิมักซีมีเลียนจะส่งผลปกครองของจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ไปจนล่มสลาย
กษัตริย์ฝรั่งเศสทรงพยายามจะบุกยึดคาบสมุทรอิตาลีใน ค.ศ. 1494 ในสงครามอิตาลี (Italian Wars) จักรพรรดิแมกซิมิเลียนทรงร่วมมือกับชาติต่าง ๆ ในยุโรปและพระสันตะปาปาต้านการรุกรานของฝรั่งเศส ใน ค.ศ. 1519 พระโอรสคือพระเจ้าชาร์ลส์ที่ 1 แห่งสเปน ขึ้นเป็นจักรพรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ เป็นการรวมสองอาณาจักรทำให้อาณาเขตของราชวงศ์แฮปสบูร์กแผ่ขยาย
พระสันตะปาปาทรงต้องการจะหาเงินมาสร้างวิหารอันสวยงามตามสถาปัตยกรรมเรเนสซองส์ จึงทรงขายบัตรไถ่บาป (indulgences) ในเยอรมนีเพื่อหาเงินโดยอ้างว่าใครซื้อบัตรนี้จะได้รับการไถ่บาป ซึ่งแน่นอนว่าได้รับการประท้วงจากทั้งชาวบ้านขุนนางและสงฆ์ทั้งหลาย การปฏิรูปศาสนา (The Reformation) จึงเริ่มใน ค.ศ. 1517 เมื่อ มาร์ติน ลูเธอร์ (Martin Luther) ตอกตะปูคำประท้วง 95 ข้อ (95 Theses) ไว้หน้าโบสถ์ในเมืองวิทเทนเบิร์ก (Wittenburg) ลูเธอร์ได้รับการสนับสนุนจากอิเล็กเตอร์แห่งแซกโซนี จักรพรรดิชาร์ลส์และพระสันตะปาปาทรงเรียกประชุมสภาเมืองวอร์มส์ (Diet of Worms) บังคับให้ลูเธอร์ขอโทษพระสันตะปาปาและถอนคำประท้วงคืน แต่ลูเธอร์ไม่ยอม
นิกายลูเธอร์จึงแผ่ขยายไปทั่วเยอรมนี เป็นนิกายแรกของโปรเตสแตนต์ เพราะบรรดาเจ้าครองแคว้นต่างต้องการพ้นจากอำนาจของจักรพรรดิจึงใช่ศาสนาเป็นเครื่องมือ อิเล็กเตอร์แห่งแซกโซนีให้ลูเธอร์เก็บตัวอยู่ในปราสาทวาร์ตบูร์ก (Wartburg Castle) เพื่อความปลอกภัยและที่นั่นเองลูเธอร์แปลคัมภีร์ไบเบิลเป็นภาษาเยอรมันเป็นครั้งแรก
บรรดาชาวบ้านที่เข้านับถือนิกายลูเธอร์ (Lutheranism) จึงฉวยโอกาสก่อกบฏใน ค.ศ. 1524 ต่อเจ้านครต่าง ๆ ในสงครามชาวบ้าน (Peasants' War) แต่เจ้าครองแคว้นก็ปราบปรามกบฏอย่างรวดเร็ว และขุนนางใหญ่คืออิเล็กเตอร์แห่งแซกโซนีและแลนด์กราฟแห่งฮีส (Landgrave of Hesse) ตั้งสันนิบาติชมาลคาดิค (Schmalkadic League) และชักชวนขุนนางอื่น ๆ เข้าร่วมอ้างว่าเพื่อปกป้องนิกายโปรเตสแตนต์ แต่ที่จริงเพื่อทำลายอำนาจของจักรพรรดิ จักรพรรดิชาร์ลส์ทรงง่วนอยู่กับสงครามต่างประเทศ ทำให้นิกายโปรเตสแตนต์สามารถแทรกซึมฝังรากลึกลงไปในเยอรมนี จนใน ค.ศ. 1546 ก็ทรงว่างสามารถมาปราบกบฏขุนนางโปรเตสแตนต์ เป็นสงครามชมาลคาดิค (Schmalkadic War) และปราบได้ใน ค.ศ. 1547 ใน ค.ศ. 1548 ทรงทำสันติภาพออกซ์บูร์ก (Peace of Augsburg) ยอมรับนิกายลูเธอร์ (แต่ไม่ยอมรับนิกายอื่น) และใช้คนในรัฐนั้นนับถือศาสนาตามเจ้าครองแคว้น (Cuius regio, eius regio)
แม้สันติภาพออกซ์บูร์กจะให้เสรีภาพแก่นิกายลูเธอร์ แต่ภายหลังไม่นานนิกายคัลแวง (Calvinism) ก็เข้าแทนที่นิกายลูเธอร์ในหลาย ๆ แคว้น และเรียกร้องสิทธิของนิกายตน และสันติภาพออกซ์บูร์กก็ให้เสรีภาพกับนิกายลูเธอร์และพวกเจ้าครองแคว้นเท่านั้น ประชาชนที่ต้องถูกหลัก Cuius regio, eius regio บังคับอยู่นั้นไม่ได้มีเสรีภาพเลย ในเยอรมนีก็เกิดสองขั้วศาสนา คือพวกคาทอลิกทางใต้ (บาวาเรีย วืร์ซบูร์ก ฯลฯ) พวกลูเธอรันทางเหนือเป็นส่วนใหญ่ และพวกคัลแวงในบางแคว้น เช่น พาลาติเนต (Palatinate หรือ Pfalz) ฮีส (Hesse) และบรานเดนบวร์ก (Brandenburg)
ใน ค.ศ. 1606 บรรดาแคว้นที่เป็นคัลแวงรู้สึกไม่ปลอดภัย จึงตั้งสันนิบาติสหภาพอิแวนเจลิคัล (League of Evangelical Union) นำโดยอิเล็กเตอร์เฟรเดอริคพาลาติเนต (Frederick, Elector Palatinate) ฝ่ายคาทอลิกนำโดยดยุกแมกซิมิเลียนแห่งบาวาเรีย (Maximilian, Duke of Bavaria) ตั้งสันนิบาตคาทอลิกใน ค.ศ. 1609 จักรพรรดิเฟอร์ดินานด์ที่ 2 แห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ ทรงเป็นคาทอลิกที่เคร่งครัดและต้องการจะทำลายล้างนิกายอื่นให้สิ้น พระองค์ทรงเป็นกษัตริย์แห่งโบฮีเมียด้วย ซึ่งชาวโบฮีเมียก็ไม่พอใจจักรพรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิอยู่แล้วตั้งแต่สงครามฮุสไซท์ ใน ค.ศ. 1618 ชาวโบฮีเมียจับผู้แทนพระองค์โยนออกนอกหน้าต่างของอาคารหลังหนึ่ง เรียกว่าการโยนบกที่กรุงปราก (Defenestration of Prague) สงครามสามสิบปี (Thirty Years' War) จึงเริ่ม
จักรพรรดิเฟอร์ดินานด์ทรงเป็นกษัตริย์แห่งโบฮีเมียก่อนจะสวมมงกุฎ กบฏโบฮีเมียจึงให้อิเล็กเตอร์เฟรเดอริคเป็นกษัตริย์แทนใน ค.ศ. 1619 ทำให้ในบรรดาอิเล็กเตอร์มีพวกโปรแตสแตนต์มากกว่า อันตรายว่าพระเจ้าเฟอร์ดินานด์จะไม่ได้เป็นจักรพรรดิ จึงทรงรีบสวมมงกุฎก่อนที่บรรดาอิเล็กเตอร์จะทราบข่าวว่าอิเล็กเตอร์เฟรเดอริคเป็นกษัตริย์แห่งโบฮีเมียแทนที่พระองค์ เกิดกบฏของพวกโปรเตสแตนต์ลุกลามในโบฮีเมียและออสเตรีย สเปนส่งทัพมาช่วยเพราะหวังจะได้ยึดแคว้นพาลาติเนต จักรพรรดิเฟอร์ดินานด์เอาชนะอิเล็กเตอร์เฟรเดอริคในการรบที่ไวท์เมาท์เทน (White Mountain) ใน ค.ศ. 1620 ความพ่ายแพ้ของอิเล็กเตอร์ทำให้สันนิบาติสหภาพอิแวนเจลิคัลล่มสลาย แคว้นพาลาติเนตถูกสเปนยึด อิเล็กเตอร์เฟรเดอริคหลบหนีไปเนเธอร์แลนด์ จักรพรรดิทรงออกพระราชกฤษฎีกายึดดินแดนคืน (Edict of Restitution) ใน ค.ศ. 1629 เพื่อยึดดินแดนที่เคยเป็นคาทอลิกตามสันติภาพออกซ์บูร์กคืน
สงครามนี้ควรจะเป็นแค่กบฏของโบฮีเมียและพาลาติเนต แต่พระเจ้าคริสเตียนที่ 4 แห่งเดนมาร์ก ทรงเป็นลูเธอรันและต้องการจะยึดเมืองต่าง ๆ ทางเหนือของเยอรมนีเพื่อจะคุมการค้าในทะเลนบอลติก จึงนำทัพบุกใน ค.ศ. 1625 จักรพรรดิเฟอร์ดินานด์ส่งวาลเลนสไตน์ (Albretch von Wallenstein) และทิลลี (General Tilly) ไปปราบทัพเดนมาร์ก ยึดแคว้นโปรเตสแตนต์ต่าง ๆ ได้ และบุกยึดเดนมาร์ก พระเจ้าคริสเตียนจึงยอมแพ้
พระเจ้ากุสตาฟที่ 2 อดอล์ฟ (Gustaf II Adolf) แห่งสวีเดนทรงยกทัพมาช่วยพวกลูเธอรันใน ค.ศ. 1630 ด้วยความช่วยเหลือของคาร์ดินัล ริเชอลิเออ (Cardinal Richelieu) แห่งฝรั่งเศสที่ต้องการโค่นอำนาจพระจักรพรรดิ พระเจ้ากุสตาฟทรงเอาชนะทิลลีได้ที่ไบร์เทนฟิลด์ (Breitenfield) ใน ค.ศ. 1631 วาลเลนสไตน์มาสู้กับพระเจ้ากุสตาฟที่ลืตเซน (L?tzen) ปลงพระชนม์พระเจ้ากุสตาฟใน ค.ศ. 1632 จนนำไปสู่สนธิสัญญาปรากใน ค.ศ. 1635 เลื่อนการบังคับใช้พระราชกฤษฎีกายึดดินแดนคืนไปอีก 40 ปี เพื่อให้เจ้าครองโปรแตสแตนต์เตรียมตัว ซึ่งฝรั่งเศสไม่พอใจ เพราะจักรพรรดิทรงมีอำนาจมากขึ้น
ฝรั่งเศสจึงประกาศสงครามใน ค.ศ. 1636 แต่ก็ถูกสเปนดักไว้ทุกทาง แต่ก็ยังเป็นโอกาสให้สวีเดนเอาชนะทัพพระจักรพรรดิได้ สวีเดนและฝรั่งเศสชนะออสเตรียที่เลนส์ (Lens) และสเปนที่โรครัว (Rocroi) นำไปสู่สันติภาพเวสฟาเลีย (Peace of Westphalia) ใน ค.ศ. 1648
สันติภาพเวสฟาเลียเป็นสันติภาพที่ยุติสงครามศาสนาในยุโรป มีข้อตกลงหลายประการ ที่เกี่ยวกับเยอรมนีมีดังนี้
สงครามสามสิบปีทำให้เยอรมนีราบเป็นหน้ากลอง ประชากรล้มตายไปมาก สันติภาพเวสฟาเลียทำให้อำนาจของเจ้าครองแคว้นต่าง ๆ ลดลง เพราะไม่อาจมีกองทัพเป็นของตนเองและไม่สามารถเข้าร่วมการเมืองระหว่างประเทศได้ ทำให้ออสเตรียแผ่อิทธิพลเข้ามาในเยอรมนีแต่ก็ต้องแข่งขันกับสวีเดนที่ได้ดินแดนทางเหนือของเยอรมันไปมาก ขณะเดียวกันทางตะวันตกพระเจ้าหลุยส์ที่ 14 แห่งฝรั่งเศสก็ทรงทำทุกวิถีทางเพื่อจะให้ได้แคว้นในลุ่มแม่น้ำไรน์ไปครอง
แต่แคว้นในเยอรมนีที่มีอำนาจที่สุดคือบรานเดนบวร์ก หรือเรียกว่าบรานเดนบวร์ก-ปรัสเซีย (Brandenburg-Prussia) เพราะอิเล็กเตอร์แห่งบรานเดนบวร์กนั้น เป็นดยุกแห่งปรัสเซีย (Duke of Prussia) อันเป็นตำแหน่งขุนนางของกษัตริย์โปแลนด์ ครองแคว้นปรัสเซียที่โปแลนดืยึดมาจากอัศวินทิวโทนิค ใน ค.ศ. 1701 บรานเดนบวร์ก-ปรัสเซียได้เลือนสถานะเป็นอาณาจักรในปรัสเซีย (Kingdom in Prussia) อาณาจักรปรัสเซียทำสงครามล้มล้างอิทธิพลของสวีเดนในเยอรมนีเหนือ และสะสมดินแดนเรื่อย ๆ จนใหญ่ขึ้น พระเจ้าเฟรเดอริคมหาราชแห่งปรัสเซีย ทรงเปลี่ยนชื่ออาณาจักรเป็นอาณาจักรแห่งปรัสเซีย (Kingdom of Prussia)
ใน ค.ศ. 1740 จักรพรรดินีมาเรีย เธเรซา ทรงเป็นสตรี ทำให้ไม่อาจครองบัลลังก์ได้โดยไม่มีข้อขัดแย้งตามกฎซาลิค (Salic Law) ทำให้พระเจ้าเฟรเดอริคบุกออสเตรียเพื่อปลดพระนางจากบัลลังก์ เป็นสงครามสืบราชสมบัติออสเตรีย (War of the Austrian Succession) พระเจ้าเฟรเดอริคทรงยึดแคว้นไซเลเซีย (Silesia) มาจากออสเตรียได้ ดังนั้นบรรดาประเทศต่าง ๆ ในยุโรปเห็นว่าการขยายตัวของปรัสเซียเป็นภัยจึงรวมกันทำสงครามกับปรัสเซียในสงครามเจ็ดปี (Seven Years' War) ปรัสเซียต่อสู้กับสามมหาอำนาจ (ฝรั่งเศส ออสเตรีย รัสเซีย) มีเพียงบริเตนเป็นพันธมิตร แต่ก็สามารถชนะสงครามได้ อาณาจักรปรัสเซียยิ่งแผ่ขยายไปอีกในการแบ่งประเทศโปแลนด์ (Partition of Poland) ใน ค.ศ. 1772 ค.ศ. 1793 และ ค.ศ. 1795
ใน ค.ศ. 1789 ฝรั่งเศสเกิดการปฏิวัติฝรั่งเศส บรรดาชาติต่าง ๆ รวมตัวกันต่อต้านคณะปฏิวัติที่กำลังแผ่อิทธิพลออกมาจากฝรั่งเศส ใน ค.ศ. 1800 ตามสนธิสัญญาลูเนวิลล์ (Luneville) ยกเยอรมนีส่วนตะวันตกของแม่น้ำไรน์ทั้งหมดให้ฝรั่งเศส ใน ค.ศ. 1804 นโปเลียนปราบดาภิเษกตนเองเป็นจักรพรรดิ ทำให้ชาติต่างรวมตัวเป็นสัมพันธมิตรครั้งที่ 3 (Third Coalition) จนพ่ายแพ้นโปเลียนในการรบที่อุล์ม (Ulm) ใน ค.ศ. 1805 ทำสนธิสัญญาเพรสบูร์ก (Pressburg) ล้มล้างจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ จักรพรรดิแห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์กลายเป็นจักรพรรดิออสเตรีย (Austrian Emperor) ขณะที่แคว้นต่าง ๆ ที่เหลือรวมตัวกันเป็น สมาพันธรัฐแห่งไรน์ (Confederation of the Rhine) เป็นรัฐบริวารของนโปเลียน แคว้นต่าง ๆ ก็ได้เลื่อนขั้น เช่น แซกโซนี บาวาเรีย วืตเตมบูร์ก ได้เป็นอาณาจักร สมาพันธรัฐนำโดยสังฆราช (Primate) คือ คาร์ล ธีโอดอร์ ฟอน ดัลเบิร์ก (Karl Theodore von Dalberg) รัฐต่าง ๆ ในสมาพันธรัฐจะต้องส่งทัพเข้าช่วยฝรั่งเศส โดยที่ฝรั่งเศสจะให้การปกป้องเป็นการตอนแทน
ปรัสเซียแพ้ฝรั่งเศสที่เยนา (Jena) และเออร์ชตัตด์ (Auerstedt) จนทำสนธิสัญญาทิลซิท (Tilsit) ใน ค.ศ. 1807 ปรัสเซียเสียทางตะวันออกของแม่น้ำเอลเบกลายเป็นแคว้นวอร์ซอว์ (Grand Duchy of Warsaw) และก่อตั้งราชอาณาจักรเวสฟาเลีย (Kingdom of Westphalia) ความพ่ายแพ้ของปรัสเซียทำให้เยอรมนีตกอยู่ภายใต้อิทธิพลของฝรั่งเศส จนสุดท้ายสมาพันธรัฐประกอบด้วยสี่อาณาจักร (เวสฟาเลีย บาวาเรีย แซกโซนี วืตเตมบูร์ก) ห้าแกรนด์ดัชชี (บาเดน ฮีส เบิร์ก แฟรงก์เฟิร์ต และวืร์ซบูร์ก) สิบสามดัชชี สิบเจ็ดเจ้าชาย และนครรัฐอิสระสามนคร คือฮัมบูร์ก ลือเบค และเบรเมน
ใน ค.ศ. 1813 นโปเลียนพ่ายแพ้สัมพันธมิตรในการรบที่ไลพ์ซิจ (Leipzig) อำนาจของฝรั่งเศสจึงจบลง สมาพันธรัฐแห่งไรน์จึงถูกยุบ บรรดาชาติต่าง ๆ ในยุโรป จึงฟื้นฟูระบอบราชาธิปไตยในยุโรป จึงตั้งคองเกรสแห่งเวียนนา (Congress of Vienna) มาประชุมหารือ นำโดยเจ้าชายเมตเตอร์นิค (Metternich) อัครเสนาบดีออสเตรีย
คองเกรสแห่งเวียนนาให้แคว้นต่าง ๆ ในจักรวรรดิโรมันเดิม รวมตัวกลายเป็นสมาพันธรัฐเยอรมัน (German Confederation) มีจักรพรรดิออสเตรียเป็นประมุข มีสภาสมาพันธรัฐ (Federal Assembly) ที่เมืองแฟรงก์เฟิร์ตเป็นสภาหารือกิจการบ้านเมือง ทางปรัสเซียก็ได้รับการฟื้นฟูดินแดนคืน มีผลทำให้ออสเตรียและปรัสเซียเป็นสองมหาอำนาจที่แผ่อิทธิพลเข้าครอบงำเยอรมนี
แม้คองเกรสแห่งเวียนนาจะพยายามบีบให้ยุโรปกลับสู่ระบอบสมบูรณายาสิทธฺราชย์สักเพียงใด แต่ก็สายไปแล้ว เพราะด้วยอิทธิพลของฝรั่งเศสและนโปเลียน ทำให้แนวความคิดเสรีนิยม (Liberalism) ฝังรากลงไปในเยอรมนี ใน ค.ศ. 1817 พวกนักศึกษาหัวก้าวหน้าจัดงานเลี้ยงที่เมืองวาร์ตบูร์กเผาทำลายหนังสือที่สนับสนุนระบอบกษัตริย์ ใน ค.ศ. 1819 นักศึกษาคนหนึ่งสังหารอาจารย์ในมหาวิทยาลัยเพราะตำหนิแนวความคิดเสรีนิยมและชาตินิยม (Nationalism) ของนักเรียน ทำให้เจ้าชายเมตเตอร์นิคทรงออกกฤษฎีกาคาร์ลสบาด (Karlsbad Decrees) ให้มีการเซนเซอร์หนังสือและควบคุมมหาวิทยาลัยมิให้แนวความคิดปฏิวัติแพร่ไป รวมทั้งลงโทษพวกเสรีนิยมด้วย แต่พวกเสรีนิยมก็เก็บความเคียดแค้นไว้ เกิดนักเขียนหลายท่านตามกระแสโรแมนติค (Romanticism) ที่มีผลงานปรัชญาต่อต้านระบอบกษัตริย์ เรียกว่า สมัยฟอร์ไมซ์ (Vorm?rz - สมัยก่อนเดือนมีนาคม)
การปฏิวัติอุตสาหกรรมเข้าสู่เยอรมนีในที่สุด สมาพันธรัฐเยอรมัน ยกเว้นออสเตรีย ทำข้อตกลงการค้าเสรีปลอดภาษีกับรัสเซีย รวมกันเป็นเขตเสรีการค้าโชลเฟอเรน (Zollverein)
ใน ค.ศ. 1848 เกิดการปฏิวัติทั่วยุโรป ในเยอรมนีก็เช่นกัน เรียกว่าการปฏิวัติเดือนมีนาคม (March Revolution) ในแคว้นต่าง ๆ ทั่วเยอรมัน บรรดาเจ้าครองนครต่างเกรงว่าตนจะประสบชะตากรรมเดียวกับกษัตริย์ฝรั่งเศส จึงยอมจำนนแต่โดยดี ขณะปฏิวัติกำลังจะร่างรัฐธรรมนูญที่สภาแฟรงเฟิร์ต และมอบบัลลังก์ให้พระเจ้าเฟรเดอริค วิลเฮมที่ 4 แห่งปรัสเซียไปครอง แต่ทรงปฏิเสธ ทำให้การปฏิวัติล้มเหลวจบลงทันที เจ้าครองแคว้นก็ลุกฮือต่อต้านอีกครั้ง คณะปฏิวัติจึงสลายตัว
(เยอรมัน: Deutsches Reich, หรืออย่างไม่เป็นทางการว่า Deutsches Kaiserreich ; อังกฤษ: German Empire)เป็นชื่อที่ใช้เรียกเพื่อหมายถึงรัฐเยอรมันในช่วงตั้งแต่การประกาศเป็นจักรพรรดิเยอรมันของวิลเฮล์มที่ 1 แห่งปรัสเซีย (18 มกราคม พ.ศ. 2414) ถึงการสละราชสมบัติของวิลเฮล์มที่ 2 (9 พฤศจิกายน พ.ศ. 2461) รวมเวลา 47 ปี.ในสมัยนี้เยอรมนีรุ่งเรืองมากทั้งด้านเศรษฐกิจ การทหาร และอื่นๆถือว่าเป็นมหาอำนาจใหม่แห่งยุโรป มีอำนาจเทียบได้กับจักรวรรดิอังกฤษ แต่ช่วงหลังของจักรวรรดิเยอรมันได้มีปัญหากับบริเตนเรื่องการขยายอำนาจทางทะเล และ การสร้างจักรวรรดิอาณานิคมขึ้นมา จึงทำให้เกิดปัญหากับจักรวรรดิอังกฤษมหาอำนาจเดิม ปีค.ศ.1914 จักรวรรดิเยอรมนีรุ่งเรืองสุดขีด มีอาณานิคมทั่วโลก ทั้งในแอฟริกา อาทิ โตโก แคเมอรูน นามิเบีย และ แทนซาเนีย ส่วนในเอเชียก็มีบริเวณชิงเต่าของจีน และทางตอนเหนือของปาปัวนิวกินี รวมทั้งหมู่เกาะบางแห่งในมหาสมุทรแปซิฟิกด้วย ต่อมาจักรวรรดิออสเตรีย-ฮังการีมีปัญหากับเซอเบียจึงเกิดสงครามขึ้นโดย จักรวรรดิออสเตรีย-ฮังการีดึงจักรวรรดิเยอรมันเข้าร่วมสงครามในนามฝ่ายมหาอำนาจกลาง เป็นเหตุให้เยอรมันเข้าร่วมสงครามโลกครั้งที่1ช่วงต้นสงครามฝ่ายมหาอำนาจกลางได้เปรียบฝ่ายสัมพันธมิตรหลายอย่างทั้ง กลยุทธทางการสงคราม และความแข็งแกร่งของทหาร ระหว่างสงครามเยอรมันได้ประดิษฐ์ แก๊สพิษ ที่ทำให้ทหารฝรั่งเศสหายใจติดขัดและอาจถึงตายได้ แต่ระหว่างสงครามพระโอรสของพระเจ้าวิลเฮล์มที่ 2 ได้ขอร้องพระบิดาให้ทำสนธิสัญญาสงบศึกกับฝ่ายสัมพันธมิตรแต่ไม่สำเร็จ ช่วงท้ายของสงครามหลังจากที่อเมริกาเข้าร่วมสงคราม เยอรมันก็เริ่มเสียเปรียบ พันธมิตรของเยอรมันทั้ง ออสเตรีย-ฮังการีก็ประกาศยอมแพ้ ส่วนบัลแกเรียและออตโตมันแพ้สงครามให้กับสัมพันธมิตร ทำให้เยอรมนีต้องต่อสู้กับพันธมิตรอย่างโดดเดี่ยวและได้แพ้สงครามในค.ศ.1918 และได้เป็นจุดจบของจักรวรรดิเยอรมนี
สาธารณรัฐไวมาร์ (เยอรมัน: Weimarer Republik ; อังกฤษ: Weimar Republic) เป็นชื่อที่ในปัจจุบันใช้เรียกสาธารณรัฐที่ปกครองประเทศเยอรมนีช่วงตั้งแต่ ค.ศ. 1919 ถึง 1933 ประวัติศาสตร์เยอรมนีช่วงนี้นิยมเรียกว่า ช่วงไวมาร์
ชื่อของสาธารณรัฐนั้นตั้งตามชื่อเมืองไวมาร์ ที่ซึ่งรัฐสภาได้ประชุมกันเพื่อเขียนรัฐธรรมนูญฉบับใหม่หลังจากจักรวรรดิเยอรมันถูกล้มล้างลงหลังจากพ่ายแพ้สงครามโลกครั้งที่หนึ่ง
ถึงแม้ว่ารูปแบบการปกครองจะเปลี่ยนไป แต่สาธารณรัฐแห่งใหม่นี้ ยังคงเรียกตัวเองว่า "Deutsches Reich" ซึ่งเป็นชื่อเดียวกับในสมัยที่ปกครองด้วยระบอบราชาธิปไตย ก่อน ค.ศ. 1919
คำว่า "สาธารณรัฐไวมาร์" เป็นคำที่นักประวัติศาสตร์คิดขึ้นมาใช้ และไม่เคยถูกใช้อย่างเป็นทางการในช่วงที่สาธารณรัฐดังกล่าวดำรงอยู่. ในระหว่างยุคนี้ คำว่า Deutsches Reich ส่วนใหญ่แล้วจะถูกแปลเป็น "The German Reich" ในประเทศที่ใช้ภาษาอังกฤษ โดยที่คำว่า "Reich" จะไม่ถูกแปลเป็น "Empire" อีกต่อไป
จากความอ่อนแอของสาธารณรัฐไวมาร์ เกิดจาก สนธิสัญญาแวร์ซายน์ที่มีมาตรการที่กดขี่ ประการหนึ่งก็คือเรื่องของค่าปฏิกรรมสงครามที่มูลค่ามหาศาล และมาตรการอื่นๆที่สร้างความอึดอัดต่อเยอรมนีอย่างมาก โดยต่อมาเกิดวิกฤติการณ์ตลาดหุ้นวอลสตีท(Wall Street)ล้มสลาย เกิดภาวะเศรษฐกิจตกต่ำ Great Depression สร้างความพินาศแก่ระบบเศรษฐกิจไปทั่วโลก โดยเฉพาะทวีปยุโรป ทำให้สถานการภายในประเทศเกิดความปั่นป่วนวุ่นวายมากขึ้น ผู้คนตกงาน นายจ้างและผู้ใช้แรงงานรับภาระค่าใช้จ่ายมากขึ้น จึงเป็นเหตุให้พรรคนาซีของฮิตเลอร์ อ้างความชอบธรรมในการสถาปนาตนเองขึ้น
นาซีเยอรมนี (อังกฤษ: Nazi Germany) หรือ จักรวรรดิที่สาม (อังกฤษ: Third Reich) เป็นชื่อสามัญเรียกประเทศเยอรมนี ระหว่างปี 1933 ถึง 1945 โดยมีอดอล์ฟ ฮิตเลอร์และพรรคกรรมกรชาติสังคมนิยมเยอรมันปกครอง นาซีเยอรมนีตั้งอยู่ในทวีปยุโรป มีกรุงเบอร์ลินเป็นเมืองหลวง มีชื่ออย่างเป็นทางการว่า จักรวรรดิเยอรมัน (เยอรมัน: Deutsches Reich) และ มหาจักรวรรดิเยอรมัน (เยอรมัน: Gro?deutsches Reich) นับตั้งแต่ปี 1943 เป็นต้นมา ในสมัยของฮิตเลอร์ เยอรมนีกลายสภาพเป็นรัฐเผด็จการเบ็ดเสร็จ ซึ่งการใช้ชีวิตแทบทั้งหมดอยู่ในการควบคุมของรัฐ อดอล์ฟ ฮิตเลอร์ได้นำประเทศเยอรมนีเข้าสู่สงครามโลกครั้งที่สองเพื่อล้างแค้นสัมพันธมิตรและต้องการยึดครองยุโรปทั้งหมด แต่นาซีเยอรมนีกลับต้องล่มสลายลงหลังถูกฝ่ายสัมพันธมิตรเอาชนะในเดือนพฤษภาคม 1945 และยุติสงครามโลกครั้งที่สองในทวีปยุโรป
