ประวัติศาสตร์บรูไน สุลต่านแห่งบรูไนทรงสร้างจักรวรรดิบรูไนตั้งแต่คริสต์ศตวรรษที่14ถึงคริสต์ศตวรรษที่16 ปกครองตั้งแต่ทางตอนเหนือของเหาะบอร์เนียวและทางตอนใต้ของฟิลิปปินส์ ต่อมามีสงครามกับสเปนสั้นๆ ทำให้บรูไนเริ่มอ่อนกำลังลง จนบรูไนเสียดินแดนซาราวักให้กับรายาผิวขาว จนกระทั่งต้องยอมอยู่ภายใต้การปกครองของอังกฤษ จนบรูไนได้รับเอกราชเมื่อวันที่1 มกราคม พ.ศ. 2527
ข้อมูลทางประวัติศาสตร์ของบรูไนก่อนการมาถึงของเฟอร์ดินัน แมกเจลเลนนั้นอาศัยข้อมูลจากเอกสารจีนเป็นสำคัญ นักประวัติศาสตร์เชื่อว่ามีรัฐในดินแดนนี้มาก่อนจักรวรรดิบรูไน รัฐที่เป็นไปได้ เช่น วิชยปุระทางตะวันตกเฉียงเหนือของบอร์เนียว และอาจเป็นรัฐหนึ่งของจักรวรรดิศรีวิชัย อีกรัฐหนึ่งที่เป็นไปได้คือโปนี ในพุทธศตวรรษที่ 15 โปนีได้ติดต่อกับจีนในสมัยราชวงศ์ซ้อง ต่อมา ในพุทธศตวรรษที่ 19 โปนีตกต่ำลงและกลายเป็นส่วนหนึ่งของจักรวรรดิมัชปาหิตของชวา หนังสือนครา เกรตากามาเขียนโดยปราปันจาเมื่อ พ.ศ. 1908 ได้กล่าวว่าบรูไนเป็นรัฐบริวารของมัชปาหิต แต่ก็ไม่มีหลักฐานมากกไปกว่าความสัมพันธ์เชิงสัญลักษณ์และบรรณาการรายปีซึ่งเป็นถั่วเขียวและปาล์ม ในสมัยราชวงศ์หมิงได้เรียกร้องบรรณาการจากโปนีใน พ.ศ. 1913 ต่อมา ผู้ปกครองโปนี มานาจิห์ เชียนา ได้เดินทางไปยังนานกิง เมืองหลวงของราชวงศ์หมิงใน พ.ศ. 1951 และเสียชีวิตที่นั่น
ใน พ.ศ. 1967 จักรพรรดิจีนยุติการเดินเรือของกองเรือมหาสมบัติทำให้ความสัมพันธ์กับโปนีสิ้นสุดลง หลักฐานในสมัยราชวงศ์ซ้องกล่าวว่าโปนีเป็นรัฐที่ได้รับอิทธิพลจากศาสนาฮินดูอย่างมาก ผ่านทางชวาและสุมาตรา แต่ไม่ได้รับมาโดยตรงจากอินเดีย การเขียนใช้อักษรแบบฮินดู แต่ก็ได้รับอิทธิพลจากจีน เนื่องจากพบเหรียญของจีนอายุราวพุทธศตวรรษที่ 12 ตามชายฝั่งของบรูไน
การตั้งถิ่นของชาวจีนนั้นมีในสมัยจักรพรรดิหงอู่ โดยผู้แทนไปยังอินโดนีเซีย แล้วให้บรูไนจ่ายส่วยให้กับจีน 30ปีต่อมาจีนได้ขยายอิทธิพลไปทางตะวันออกของบรูไนและได้สร้างหมู่บ้านของชาวจีนขึ้น ในปีค.ศ.1402 หลังการสิ้นพระชนม์ของสุลต่านมูฮัมหมัด ชาห์ ลูกชายเขาได้เป็นผู้สำเร็จราชการ หลังการสิ้นพระชนม์ของสุลต่านฮาซันจิตได้สิ้นพระชนม์ลงจนเกิดการชิงราชบัลลังก์ของบรูไน องค์ซำปิงที่เป็นทูตจีนประจำบรูไนรวมอำนาจอีกครั้ง ต่อมาเข้าได้กลับไปยังจีนและกองทัพของเขา ก่อนเสียชีวิตที่นานกิง ภรรยาของเขาเสียชีวิตที่บรูไน ปัจจุบันนี้องซำปิงยังเป็นบรรพบุรุษของชาวบรูไน และเป็นต้นกำเนิดของราชวงศ์บรูไน สุสานของเขาถูกคุ้มครองโดยรัฐบาลบรูไน บุคคลที่รู้เรื่องขององค์ซำปิงดีสุดคือ รายาแห่งซูลูเมื่อเขามาบรูไนเขารู้ว่าได้รับคำสั่งให้มาเก็บเพชรพลอยในรัฐซาบาห์ ตามบันทึกองค์ซำปิงไม่ได้เป็นสุลต่านแต่ลูกสาวเขาได้แต่งงานกับสุลต่านและเขาเป็นสุลต่านพ่อตามกฎหมาย
ในช่วงพุทธศตวรรษที่ 20 โปนีได้มีความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดกับอาณาจักรของชาวมุสลิมคือมะละกา และน่าจะเป็นจุดเริ่มต้นของการปกครองในปัจจุบัน ในชะอีรอาวังเซอมวนกล่าวว่าสุลต่านบรูไนใปัจจุบันเดิมเป็นเดวา เออมัส กายางัน ที่ลงมาในโลกรูปของไข่ เมื่อแตกออกได้กลายเป็นเด็กมากมาย และเด็กคนหนึ่งได้รัยอิสลามทำให้ได้ได้เป็นสุลต่านองค์แรก สุลต่านองค์ที่ 2 เป็นคนจีนหรือมีมเหสีเป็นคนจีน สุลต่านองค์ที่ 3 เป็นชาวอาหรับซึ่งในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ถือว่าเป็นเชื้อสายของนบีมูฮัมหมัด
สุลต่านบรูไนได้ขยายอำนาจออกไปกว้างขวาง ปัจจัยหนึ่งคือการที่มะละกาถูกโปรตุเกสยึดครองใน พ.ศ. 2054 ทำให้บรูไนกลายเป็นเมืองท่าที่สำคัญของมุสลิม บรูไนปกครองด้วยระบบสุลต่านที่มีสุลต่านอยู่ในระดับบนสุดแต่มีอำนาจจำกัดโดยมีสภาของเจ้าชายควบคุม ในยุคของสุลต่านโบลเกียห์จัดว่าเป็นยุคทองของบรูไน โดยได้ขยายอำนาจครอบคลุมพื้นที่ชายฝั่งของซาราวักและซาบาห์ หมู่เกาะซูลูและเกาะทางตะวันตกเฉียงเหนือของบอร์เนียว อิทธิพลของสุลต่านแผ่ไปถึงทางเหนือของฟิลิปปินส์โดยสร้างอาณานิคมในอ่าวมะนิลา ใน พ.ศ. 2064 ปีสุดท้ายในสมัยสุลต่านโบลเกียห์ เฟอร์ดินาน แมกเจลเลน นักเดินทางชาวยุโรปคนแรกได้เดินทางมาถึงบรูไนและได้ชื่นชมความงามของเมืองไว้มากมาย ในสมัยนั้นมี 25,000 ครอบครัวอาศัยอยู่ในบ้านไม้ที่สร้างบนเสาเหนือน้ำปัจจุบันชื่อกับปงเอเยอร์ พระราชวังถูกล้อมด้วยกำแพงอิฐป้องกันด้วยทองเหลืองและปืนใหญ่เป็นจำนวนมาก
ความสัมพันธ์ระหว่างบรูไนกับมหาอำนาจยุโรปมีความแตกต่างกันไป ประเทศแรกในยุโรปที่ให้ความสำคัญกับบรูไนคือโปรตุเกส ซึ่งเคยเข้ามามีอิทธิพลทางการค้า แต่มีความเกี่ยวข้องกันน้อยมาก โปรตุเกสยังสังเกตว่าสุลต่านมีส่วนร่วมต่อเศรษฐกิจของลิกอร์(นครศรีธรรมราช)ในปัจจุบันและสยาม ด้านความสัมพันธ์กับสเปนนั้นไม่ค่อยเป็นมิตร บรูไนและสเปนมีการกระทบกระทั่งกันทางเรือตั้งแต่ พ.ศ. 2108 และใน พ.ศ. 2114 สเปนประสบความสำเร็จในการยึดมะนิลาไปจากบรูไน บรูไนพยายามเข้ายึดดินแดนคืนแต่ล้มเหลว ต่อมาใน พ.ศ. 2121 สเปนยึดครองหมู่เกาะซูลูและเข้าโจมตีบรูไนเพื่อให้สุลต่านสละอำนาจในฟิลิปปินส์และยอมให้มิชชันนารีเข้ามาเผยแผ่ศาสนาในบรูไน การสู้รบเริ่มขึ้นเมื่อ 26 มิถุนายน พ.ศ. 2121 เป็นเวลา 72 วันผลปรากฏว่าซูลูได้เป็นเอกราช ส่วนบรูไนเสียเกาะลูซอนในฟิลิปปินส์ไป
หลังจากสุลต่านฮัสซันสิ้นพระชนม์ อำนาจของบรูไนตกต่ำลง มีการสู้รบกันเองภายในและการเข้ามาล่าอาณานิคมของตะวันตก ต่อมา ใน พ.ศ. 2382 เจมส์ บรู๊ก นักเดินทางชาวอังกฤษเดินทางมาถึงบอร์เนียวและได้สนับสนุนกลุ่มที่กบฏต่อสุลต่าน บรูไนได้แพ้เจมส์ บรู๊ก จนกระทั่งต้องยอมรับสิทธิปกครองตนเองของซาราวัก โดยบรูกได้เป็นรายาผิวขาวในซาราวัก และได้พยายามขยายอำนาจเข้ามมายึดครองดินแดนของบรูไน ต่อมา ใน พ.ศ. 2386 เกิดความขัดแย้งโดยเปิดเผยระหว่างบรูกส์กับสุลต่าน ซึ่งบรูกส์เป็นฝ่ายชนะ สุลต่านยอมรับเอกราชของซาราวัก ต่อมา ในพ.ศ. 2389 อังกฤษได้ยกทัพมาโจมตีบรูไน สุลต่านซาลาฟุดดินที่ 2 ยอมลงนามสนธิสัญญาสันติภาพเพื่อสงบศึกกับอังกฤษ แต่ต้องยกลาบวนให้กับอังกฤษในปีเดียวกัน ตอนแรกนั้นอังกฤษเช่าซาราวักแต่ต่อมาบรูไนกลับเสียซาราวักให้ ต่อมาบรูไนยอมเป็นรัฐในอารักขาของอังกฤษ ก่อนไดัรับเอกราชในวันที่1 มกราคม พ.ศ. 2527