ประธานาธิบดีแห่งสาธารณรัฐอินโดนีเซีย (อินโดนีเซีย: Presiden Republik Indonesia) เป็นประมุขแห่งรัฐและหัวหน้ารัฐบาลของสาธารณรัฐอินโดนีเซีย ประธานาธิบดีเป็นประมุขแห่งอำนาจบริหารของรัฐบาลอินโดนีเซีย และเป็นผู้บัญชาการทหารแห่งกองทัพอินโดนีเซีย
เมื่อวันที่ 20 ตุลาคม พ.ศ. 2556 โจโก วีโดโด ได้ดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีคนที่ 7และคนปัจจุบันของอินโดนีเซีย
ประธานาธิบดี มีอำนาจตามรัฐธรรมนูญที่จะแต่งตั้งและถอดถอนรัฐมนตรี ประธานาธิบดีมีสิทธิเสนองบประมาณในสภาผู้แทนราษฎร เพื่อหารือเกี่ยวกับงบประมาณที่ต้องผ่านสภาผู้แทนราษฎร และยังมีอำนาจที่จะบรรลุข้อตกลงให้ข้อบังคับของรัฐบาลมีผลตามกฎหมาย และในกรณีฉุกเฉินมีอำนาจที่จะทำให้กข้อบังคับของรัฐบาลสามารถแทนกฎหมาย ประธานาธิบดีมีอำนาจสูงสุดเหนือกองทัพอินโดนีเซีย ประธานาธิบดีสามารถลงนามในสนธิสัญญา แต่งตั้งทูต และต้อนรับทูตจากประเทศอื่น ๆ สามารถแต่งตั้งคณะกรรมการพิจารณาคดีที่เกี่ยวข้องกับสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร ประธานาธิบดีมีอำนาจที่จะให้อภัยโทษ แต่ต้องพิจารณาคำแนะนำของศาล และประธานาธิบดียังมีสิทธิเสนอรายชื่อว่าที่ประธานศาลฎีกา.
ตามกฎหมายในพ.ศ. 2521 ระบุว่าอดีตประธานาธิบดีมีสิทธิได้รับเงินบำนาญ อดีตประธานาธิบดียังมีสิทธิพักที่บ้านโดยที่ไฟฟ้า น้ำ และค่าโทรศัพท์ดูแลโดยรัฐบาล นอกจากนั้นอดีตประธานาธิบดีจะมีสิทธิการดูแลสุขภาพฟรีสำหรับครอบครัวของพวกเขา และมีคนขับรถ
