ประชาไท เป็นหนังสือพิมพ์ออนไลน์ ก่อตั้งเมื่อ พ.ศ. 2547 โดย จอน อึ๊งภากรณ์ นำเสนอข่าวสารทั่วไป โดยเฉพาะที่เกี่ยวกับสังคม การเมือง สิทธิมนุษยชน บทสัมภาษณ์และข้อเขียนของนักวิชาการ นักเคลื่อนไหว องค์กรสิทธิ และองค์กรพัฒนาเอกชน ผู้อำนวยการปัจจุบันคือ จีรนุช เปรมชัยพร บรรณาธิการคือ ชูวัส ฤกษ์ศิริสุข
ประชาไท (เฉพาะ prachathai.com) เป็นเว็บไซต์ที่มีผู้เข้าชมจากประเทศไทยมากเป็นอันดับที่ 3,889 (19 กันยายน 2557) จากการจัดอันดับโดยอะเล็กซา
ประชาไทริเริ่มโดยแนวคิดของ จอน อึ๊งภากรณ์ ซึ่งต้องการทำสื่อที่เป็นอิสระไม่ถูกควบคุมโดยหน่วยงานภาครัฐ หลังจากได้เห็นตัวอย่างสื่อในประเทศฟิลิปปินส์ ชื่อ มินดานิวส์ จอนจึงเริ่ม โครงการวารสารข่าวทางอินเทอร์เน็ตเพื่อการศึกษาและสุขภาวะของชุมชน เมื่อวันที่ 1 มิถุนายน พ.ศ. 2547 โดยได้รับเงินทุนสนับสนุนจากกองทุนส่งเสริมสุขภาพ (สสส.) และสถาบันพัฒนาองค์กรชุมชน (พอช.) ในภายหลังยังได้รับเงินอุดหนุนเพิ่มเติมจากมูลนิธิร็อกเกอะเฟลเลอร์ และ Open Society Institue
ในระยะเริ่มต้นประชาไทจดทะเบียนเป็นนิติบุคคลในชื่อ คณะบุคคล ร่วมดำเนินโครงการวารสารข่าวทางอินเทอร์เน็ตเพื่อการศึกษาและสุขภาวะของชุมชน ในภายหลังได้จดทะเบียนเป็นมูลนิธิชื่อว่า "มูลนิธิสื่อเพื่อการศึกษาของชุมชน" มีนายเกษม ศิริสัมพันธ์ เป็นประธานมูลนิธิ
เว็บบอร์ดประชาไท เป็นพื้นที่แยกต่างหากจากหนังสือพิมพ์ประชาไท ที่ www.prachataiwebboard.com เปิดเพื่อให้สาธารณะแลกเปลี่ยนกันเรื่องสังคมและการเมือง
เว็บบอร์ดประชาไทปิดตัวลงเมื่อ 31 กรกฎาคม 2553 โดยจีรนุช เปรมชัยพร ให้เหตุผลในจดหมายถึงผู้อ่านและสมาชิกเว็บบอร์ดว่าเป็นเพราะสถานการณ์การจับกุมผู้โพสต์แสดงความคิดเห็นในพื้นที่ออนไลน์เกิดขึ้นอย่างต่อเนื่องในช่วงดังกล่าว ทั้งที่เป็นข่าวและไม่เป็นข่าวจากข้อกล่าวหา “เป็นภัยต่อความมั่นคงของชาติ” ด้วยพ.ร.บ.ว่าด้วยการกระทำความผิดเกี่ยวกับคอมพิวเตอร์, พ.ร.ก.สถานการณ์ฉุกเฉิน และกฎหมายอาญามาตรา 112
โทนี คาตาลัคซี นักค้นคว้าวิจัยทางการเมืองในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ได้ออกมาระบุว่านักวิชาการกลุ่มดังกล่าวรับเงินจากองค์กร National Endowment for Democracy ในประเทศสหรัฐอเมริกา เขากล่าวว่า นางสาว สาวตรี สุขศรี สมาชิกกลุ่มนิติราษฎร์ ที่ถูกจับกุมวันนี้ ได้ “รับเงินสนับสนุน” จาก “สถานทูตสหรัฐฯ” ให้ไป “Study Trip” เรื่อง สิทธิมนุษยชน ซึ่งมีพฤติกรรมเช่นเดียวกับ รองศาสตราจารย์ ดร. ปิ่นแก้ว เหลืองอร่ามศรี อาจารย์มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ที่ “รับเงินสนับสนุน” จากอเมริกา คนพวกนี้ถือว่าเป็นนักวิชาการจอมปลอมที่อาศัยความเป็นนักวิชาการแต่ทำงานให้กับ โรเบิร์ต อัมสเตอร์ดัม ล็อบบี้ยิสต์ของทักษิณ โดยใช้ประเด็นสิทธิมนุษยชน โจมตีผู้ต่อต้านระบอบทักษิณ รวมถึงต่อต้านสถาบันกษัตริย์ไทยและ สื่อที่ปกป้องนักวิชาการพวกนี้ก็มีแต่เฉพาะ “ประชาไท” ที่ได้รับเงินสนับสนุนจากรัฐบาลอเมริกา เช่นเดียวกัน ทำให้พวกเขาทำงานเป็นขบวนการเดียวกัน เพราะมีแหล่งสนับสนุนจากที่เดียวกัน คือรัฐบาลอเมริกา เพื่อให้มา “โจมตี” ไทย ทั้งนี้ถ้าคุณมีปัญหากับประเทศของคุณ คุณมีสิทธิที่ลุกขึ้นเพื่อต่อต้านได้ แต่ถ้าคุณรับเงินจากต่างประเทศเพื่อมาโจมตีและต่อต้านประเทศของคุณ พฤติกรรมแบบนี้ เขาเรียกว่า “กบฏทรยศแผ่นดิน” ทั้งนี้ ภายหลัง รัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2557 นางคริสตี เคนนีย์ เอกอัครราชทูตสหรัฐอเมริกาประจำประเทศไทย ได้แวะเข้าเยี่ยมพูดคุยกับ น.ส.จีรนุช เปรมชัยพร ผู้อำนวยการเว็บไซด์ประชาไท ซึ่งเรื่องนี้มีการวิจารณ์อย่างมากถึงความเป็นไปได้ที่รัฐบาลสหรัฐอเมริกาสนับสนุนทางการเงิน
