ธรรมยุติกนิกาย หรือ คณะธรรมยุต เป็นคณะสงฆ์ที่พระวชิรญาณเถระทรงตั้งขึ้นเพื่อฟื้นฟูศาสนาพุทธในสยาม และแก้ไขวัตรปฏิบัติให้ถูกต้องตามพระธรรมวินัย เมื่อพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวผนวชอยู่นั้น ได้ทรงศึกษาพระไตรปิฎกอย่างแตกฉานทำให้มีพระวิจารณญาณเกี่ยวกับความเป็นมาของพระพุทธศาสนา และความประพฤติปฏิบัติของพระภิกษุสามเณรได้อย่างละเอียดถี่ถ้วน เป็นเหตุให้มีพระราชดำริในอันที่จะฟื้นฟูการสั่งสอนพระพุทธศาสนา และการประพฤติปฏิบัติของพระสงฆ์ให้ถูกต้องตามพระธรรมวินัยตามที่ได้ทรงศึกษา และทรงพิจารณาสอบสวนจนเป็นที่แน่แก่พระราชหฤทัยว่าถูกต้องเป็นจริงอย่างไร แล้วพระองค์ได้ทรงนำประพฤติปฏิบัติขึ้นก่อน หรือกล่าวอีกอย่างหนึ่งก็คือ ทรงเริ่มแก้ไขที่พระองค์เองเป็นอันดับแรก ต่อมาเมื่อมีบุคคลอื่นเห็นชอบและนิยมตาม จึงได้มีผู้ประพฤติปฏิบัติตามอย่างพระองค์ขึ้น และมีจำนวนมากขึ้นเป็นลำดับ จนเกิดเป็นพระสงฆ์หมู่หนึ่ง หรือนิกายหนึ่ง ที่ได้ชื่อในภายหลังว่า ธรรมยุติกนิกาย หรือที่เรียกสั้น ๆ ว่า “ธรรมยุต” อันมีความหมายว่า ผู้ประกอบด้วยธรรม หรือชอบด้วยธรรม หรือยุติตามธรรม ทั้งนี้ก็เพราะว่าพระสงฆ์นี้เกิดขึ้นด้วยมุ่งแสวงหาว่า ข้อใดเป็นธรรม เป็นวินัย เป็นสัตถุศาสน์ (คือคำสั่งสอนของพระศาสดา) แล้วปฏิบัติข้อนั้น เว้นข้อที่ไม่เป็นธรรม ไม่เป็นวินัย ไม่เป็นสัตถุศาสน์ แม้จะเป็นอาจินปฏิบัติ (ข้อปฏิบัติตามกันมาแต่ผิดพระธรรมวินัย) พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว มีพระบรมราชโองการ ให้ประกาศใช้พระราชบัญญัติลักษณะการปกครองคณะสงฆ์ขึ้น เป็นครั้งแรกในประเทศไทย พระราชบัญญัติฉบับนี้มีชื่อว่า พระราชบัญญัติคณะสงฆ์ ร.ศ. 121 มีสาระสำคัญคือได้ยกสถานะคณะธรรมยุติ ให้เป็นนิกายอย่างถูกต้องตามกฎหมาย
ธรรมยุติกนิกาย ตั้งขึ้นโดยมีวัตถุประสงค์เพื่อปฏิรูปและฟื้นฟูด้านวัตรปฏิบัติของสงฆ์ ให้มีความถูกต้องและเข้มงวดตามพุทธบัญญัติ ให้พระภิกษุสงฆ์มีวัตรปฏิบัติที่เคร่งครัดถูกต้องตามพระวินัยปฏิบัติในสิ่งที่ถูกต้องดีงาม ศึกษาพระปริยัติธรรมอย่างเข้าใจแจ่มแจ้ง เป็นการฟื้นฟูพระพุทธศาสนาในส่วนที่บกพร่องของพระสงฆ์ไทยที่มีมาแต่โบราณ ให้สมบูรณ์ทั้งพระวินัยปิฎกและพระสุตตันตปิฎก ซึ่งเป็นความพยายามของพระวชิรญาณเถระเพื่อช่วยปฏิรูปการคณะสงฆ์และเผยแผ่พระพุทธศาสนาให้เจริญรุ่งเรืองอย่างบริบูรณ์ขึ้นในประเทศไทย
การก่อตั้งคณะสงฆ์ธรรมยุติกนิกาย เป็นสาเหตุทำให้พระสงฆ์เถรวาทอื่นซึ่งเป็นพระสงฆ์ส่วนใหญ่ที่ไม่ใช่คณะธรรมยุต ได้มีการประชุมและมีมติให้เรียกพระสงฆ์ส่วนใหญ่ที่ไม่ใช่คณะธรรมยุต ว่า "มหานิกาย"
1. พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงรับเอาวินัยวงศ์ คือ ธรรมเนียมประพฤติปฏิบัติทางพระวินัยแบบรามัญมาเป็นข้อปฏิบัติเป็นครั้งแรก เมื่อ จ.ศ. 1187 ตรงกับ พ.ศ. 2368 อันเป็นปีที่ 2 แห่งการผนวชของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว การที่พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงรับเอาวินัยวงศ์แบบรามัญนิกายมาเป็นแบบปฏิบัตินั้น เป็นการเริ่มต้นแก้ไขการประพฤติปฏิบัติพระธรรมวินัยของพระองค์ ซึ่งยังผลให้มีผู้ประพฤติปฏิบัติตามจนเกิดเป็นพระสงฆ์คณะหนึ่งในเวลาต่อมา
2. สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาปวเรศวริยาลงกรณ์ ซึ่งเป็นพระเถรชั้นเดิมแห่งคณะธรรมยุต พระองค์หนึ่ง ทรงแสดงพระมติ “อันที่จริงคณะธรรมยุตค่อยเป็นมาโดยลำดับ ปีที่ออกหน้า ควรจะกำหนดว่าเป็นปีที่ตั้งนั้น คือ จ.ศ. 1191” ปี จ.ศ. 1191 ตรงกับ พ.ศ. 2372 อันเป็นที่พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ผนวชได้ 6 พรรษา และเสด็จจากวัดมหาธาตุกลับไปประทับ ณ วัดสมอราย(วัดราชาธิวาส) อีกครั้งหนึ่ง เพื่อทรงสะดวกในการที่จะปรับปรุงแก้ไข การประพฤติปฏิบัตพระธรรมวินัยในส่วนพระองค์เองได้โดยสะดวกพระทัย เพราะการประทับอยู่ในวัดมหาธาตุ อันเป็นที่สถิตของสมเด็จพระสังฆราช และเป็นพระราชอุปัธยาจารย์ของพระองค์ด้วยนั้น คงทรงเห็นว่าไม่เป็นการเหมาะสมที่จะประพฤติปฏิบัติวัตรปฏิบัติต่าง ๆ ที่แปลกจากทำเนียมปฏิบัติที่เคยเป็นมา ฉะนั้น การเสด็จกลับไปประทับที่วัดสมอราย จึงเท่ากับเป็นการเริ่มต้นการปรับปรุงแก้ใขวัตรปฏิบัติทางพระธรรมวินัยของพระองค์ พร้อมทั้งคณะศิษย์ที่มีจำนวนเพิ่มขึ้นอย่างจริงจัง
3. สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส ทรงแสดงพระมติไว้ ตามที่ปรากฏในลายพระหัตถ์ถวายพระพรพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวว่า “วันพรุ่งนี้ (คือวันที่ 11 มกราคม) เป็นวันที่คณะธรรมยุตและวัดบวรนิเวศ ตั้งมาได้ครบ 60 รอบปีบริบูรณ์” ตามความในลายพระหัตถ์ดังกล่าวนี้หมายความว่า ทรงถือเอาวันที่ 11 มกราคม ร.ศ. 55 ( ตรงกับ พ.ศ. 2379) อันเป็นวันที่พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเสด็จจากวัดสมอรายมาครองวัดบวรนิเวศวิหาร เป็นวันตั้งคณะธรรมยุต และเป็นวันตั้งวัดบวรนิเวศวิหาร
ตามความในพระราชประวัติแสดงให้เห็นว่า พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ทรงเริ่มปรับปรุงแก้ไขการประพฤติปฏิบัติพระธรรมวินัยในส่วนพระองค์ เพื่อให้ถูกต้องตามที่ทรงได้ศึกษาพิจารณามาตั้งแต่ผนวชได้ 2 พรรษา ขณะที่ยังประทับอยู่วัดมหาธาตุ และเริ่มมีสหธรรมิกอื่น ๆ นิยมปฏิบัติตามพระองค์ขึ้นบ้างแล้ว แต่ยังคงไม่มากนัก
ครั้นปี พ.ศ. 2372 อันเป็นปีที่ผนวชได้ 6 พรรษา พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงตั้งเป็นพระราชาคณะ มาถึงระยะนี้ คงมีภิกษุสามเณรที่นิยมการปฏิบัติตามอย่างพระองค์และมาถวายตัวเป็นศิษย์มากขึ้น จึงได้เสด็จจากวัดมหาธาตุกลับไปวัดสมอราย อันเป็นวัดนอกกำแพงพระนครและเป็นวัดฝ่ายอรัญญวาสี หรือวัดป่า ที่มีชื่ออยู่ในขณะนั้น ทั้งนี้ก็คงเพื่อความสะดวกพระทัย ในอันเป็นที่พระองค์พร้อมทั้งคณะศิษย์จะได้ประพฤติปฏิบัติ และบำเพ็ญกิจวัตรต่าง ๆ ทางพระธรรมวินัยที่เห็นว่าถูกว่าควรได้ตามประสงค์ แต่ศิษย์บางส่วนก็ยังคงอยู่ที่วัดมหาธาตุต่อมา
แม้เมื่อเสด็จมาประทับที่วัดสมอรายแล้ว การปรับปรุงแก้ไขวัตรปฏิบัติต่าง ๆ ในคณะของพระองค์ก็คงยังดำเนินไปได้ไม่ค่อยสะดวกนัก เพราะพระองค์มิได้ทรงเป็นอธิบดีสงฆ์แห่งสำนักนั้น ฉะนั้น ในขณะเมื่อประทับอยู่ที่วัดมหาธาตุก็ดี ที่วัดสมอรายก็ดี ธรรมเนียมปฏิบัติต่าง ๆ ที่พระองค์ได้ทรงพระราชดำริปรับปรุงแก้ไขขึ้นใหม่คงยังไม่ได้มีกำหนดเป็นรูปแบบที่ชัดเจนบริบูรณ์
ต่อเมื่อเสด็จมาครองวัดบวรนิเวศวิหาร เมื่อ พ.ศ. 2379 แล้ว จึงปรากฏหลักฐานว่า ทรงตั้งธรรมเนียมปฏิบัติสำหรับพระสงฆ์ธรรมยุติขึ้นอย่างไรบ้าง ดังที่ปรากฏในตำนานวัดบวรนิเวศวิหารเป็นต้น
โดยที่พระสงฆ์คณะธรรมยุติกนิกาย เกิดขึ้นจากผลของการแสวงหาความถูกต้องตามพระธรรมวินัย เริ่มแต่การทรงศึกษาสอบสวน ของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ตลอดมาจนถึงการศึกษาสอบสวนของพระเถรานุเถระผู้เป็นบูรพาจารย์แห่งคณะธรรมยุตเป็นลำดับมา
ระเบียบแบบแผนในด้านการปฏิรูปทางพระพุทธศาสนาของธรรมยุติกนิกาย โดยพระวชิรญาณเถระ (เจ้าฟ้ามงกุฏ : พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4)
